Gene Regulatory Networks controlling Arabidopsis Root Stem Cells

Conferencia sobre aproximaciones sistémicas al conocimiento biológicoGene Regulatory Networks controlling Arabidopsis Root Stem Cells Identifying the transcription factors (TFs) and associated regulatory processes involved in stem cell regulation is key for understanding the initiation and growth of tissues and organs. Although many TFs have been described in the Arabidopsis root stem cells, a comprehensive view of the transcriptional signature of the stem cells is lacking. We used a systems biology approach to predict interactions among the genes involved in stem cell identity and maintenance. We first transcriptionally profiled four stem cell populations and developed a gene regulatory network (GRN) inference algorithm, GENIST, which combines spatial and temporal transcriptomic datasets to identify important TFs and infer gene-to-gene interactions. Our approach resulted in a map of gene interactions that orchestrates the transcriptional regulation of stem cells. In addition to linking known stem cell factors, our resulting GRNs predicted additional TFs involved in stem cell identity and maintenance. We mathematically modeled and experimentally validated some of our predicted transcription factors, which confirmed the robustness of our algorithm and our resulting networks. Our approach resulted in the finding of a factor, PERIANTHIA (PAN), which may play an important role in stem cell maintenance and QC function. We then developed an imaging system to perform in vivo, long-term imaging experiments that will be used to understand the dynamics of the regulatory interactions between PAN and its downstream TFs in a cell-specific manner. For this, we designed and 3-D printed a Multi-sample Arabidopsis Growth and Imaging Chamber (MAGIC) that provides near-physiological imaging conditions and allows high-throughput time-course imaging experiments in the ZEISS Lightsheet Z.1. We showed MAGIC’s imaging capabilities by following cell divisions, as an indicator of plant growth and development, over prolonged time periods, and demonstrated that plants imaged with our chamber undergo cell divisions for >16 times longer than those with the glass capillary system supplied by the ZEISS Z1. Future in vivo observations of the expression of PAN and its predicted downstream factors will be key to refine our model predictions and obtain information about the dynamics of the regulatory processes. Our systems biology approach illustrates the strength of integrating computational and technological tools into the experimental approaches to solve key biological questions. We anticipate that our algorithm and our approach can be applied to solve similar problems in a diverse number of systems, which can result in unsupervised predictions of gene functions and gene candidates.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Graphic proposal for the great hall of the Palace of the Counts of Oliva

[EN] The now-demolished Palace of the Counts of Oliva, in the province of Valencia (Spain), was an outstanding example of late Gothic and early Renaissance architecture and art. Its great hall was particularly impressive, with rich, complex decoration that constituted a cultural milestone linked recently to the ‘Germanías’, or Brotherhoods. Through research conducted in image and document collections, a graphic reproduction of the room has been produced, with special emphasis on its frieze. The procedures and techniques used in this process are examined here, before a final contemplation of the possible uses for these results.[ES] El desaparecido palacio condal de Oliva, provincia de Valencia (España), fue una obra sobresaliente de la arquitectura y el arte del tardogótico y primer Renacimiento. En él, descolló su salón señorial, cuya rica y compleja decoración constituye un hito cultural, recientemente vinculado a las Germanías. A través de la investigación en fondos gráficos y documentales se presenta la restitución gráfica de la estancia, con dedicación especial a su friso. Asimismo, se describe el procedimiento de las técnicas empleadas y se plantean los posibles usos de estos resultados.“Memory, Image and Conflict in the Art and Architecture of the Renaissance: the Germanías Revolt in Valencia”, R&D Project (HAR2017-88707-P) financed by MINECO/AEI/ FEDER, UEArciniega García, L.; Camarasa Balaguer, P. (2021). Propuesta gráfica para el salón señorial del palacio condal de Oliva. EGA Expresión Gráfica Arquitectónica. 26(43):56-67. https://doi.org/10.4995/ega.2021.13831OJS56672643AGNESIUS, I. B. 1543. Apologia in defensionem virorum illustr. equestrium, bonorumq[ue] ciuium Valentinorum…Valencia: Ioannem Baldovinum et Ioannem Mey.ARCINIEGA, L. 2001. La memòria del ducat de Gandia i els seus titols annexos. Redactada per Basilio Sebastián Castellanos per al duc d'Osuna, 1851-1852. Gandia: CEIC Alfons el Vell.ARCINIEGA, L. 2019. Humanismo y Germanías: la decoración del palacio condal de Oliva, Hispanic Research Journal, 20:5, pp. 451-71. https://doi.org/10.1080/14682737.2019.1734341BENITO, F, and J. BÉRCHEZ. 1987. Presencia del Renacimiento en la arquitectura valenciana. 1500-1570. Historia del Arte Valenciano, El Renacimiento, ed. V. Aguilera, vol. 3, 121-57. Valencia: Consorci d'Editors Valencians.BÉRCHEZ, J. 1994. Arquitectura renacentista valenciana (1500-1570). Valencia: Bancaixa.BRANT, S. 1497. Stultifera Nauis. Basilea: Iahannus Bergman de Olpe.ESTEVE, A. (ed.) 1997. El Palau dels Centelles d'Oliva. Recull gràfic i documental. Oliva: Associació Cultural Centelles i Riusech.GAVARA, J. 2013. 'El nuevo léxico «a la romana» del palacio condal de Oliva y sus posibles artífices'. El palacio condal de Oliva. Catálogo de los planos de Egil Fischer y Vilhelm Lauritzen. Oliva: Ajuntament d'Oliva, pp. 19-29.GONZÁLEZ, M. mss. c. 1916. Catálogo monumental y artístico de la provincia de Valencia. Madrid: CSIC.LLORENTE, T. 1889. Valencia. Sus monumentos y artes. Su naturaleza e historia. Barcelona: Daniel Cortezo, t. II.MARTÍNEZ, J. Á. 2016. Restitución gráfica de la sala 12 del Palacio Condal de Oliva a partir del legado gráfico de Fischer y Lauritzem, EGA Expresión Gráfica Arquitectónica, v. 21, n. 28, p. 60-69. https://doi.org/10.4995/ega.2016.6049MULLER, P. E. 1996. The Oliva Palace of the Centelles. Arkitekturhistorisk Arsskrift, 18, pp. 121-58.MULLER, P. E. 1997. El Palau d'Oliva dels Centelles. El Palau dels Centelles d'Oliva. Recull gràfic i documental, ed. A. Esteve. Oliva: Associació Cultural Centelles i Riusech, pp. 87-144.MULLER, P. E. 1999. A la recerca del Palau. Cabdells, 1, pp. 21-8.MULLER, P. E. 2013. El palacio de los Centelles de Oliva: contexto y contextos. El palacio condal de Oliva. Catálogo de los planos de Egil Fischer y Vilhelm Lauritzen, Oliva: Ajuntament d'Oliva, pp. 31-64.TORMO, E. 1923. Levante. Madrid: Espasa

Alteraciones de los pigmentos fotosintéticos, de la fluorescencia de las clorofilas y de ultraestructura de líquenes expuestos a dióxidos de azufre y nitrato

Tesis Univ. Complutense de Madrid.Fac. de Ciencias BiológicasTRUEProQuestpu

Aprovechamiento de la diversidad en Solanum L. sección Lycopersicon para la mejora genética de la calidad organoléptica en tomate

Tesis por compendioMany modern tomato cultivars, in general, do not satisfy the organoleptic expectations of the consumers, as among the selection criteria used, the organoleptic quality has not been prioritized. However, the growing disappointment of consumers with this aspect has placed organoleptic quality as an important breeding objective. The present thesis aims to contribute to fulfil this objective, using the natural variability present in the genus Solanum section Lycopersicon to increase the content in compounds involved in the perception by the taste. Initially, a capillary zone electrophoresis method has been optimized, allowing the simultaneous quantification of organic acids such as oxalic, malic and citric acids and sugars such as glucose, fructose and sucrose, which determine, to a greater extent, the taste perception in tomatoes, with limits Of detection below 2 and 25 ¿g ml -1 respectively. Its high automation and reproducibility, as well as its simple sample preparation, running time of less than 20 minutes and a low execution cost, have enables its use in the evaluation of organoleptic quality in tomato germplasm. Next, accessions and non-bred varieties of cultivated tomato of different origins, as well as wild and wild-related entries (Solanum lycopersicum, S. pimpinellifolium, S. habrochaites, S. pennellii and S. peruvianum) have been evaluated in order to detect sources of variability potentially useful in breeding programs. Among the materials evaluated there is great variability and very high contents in compounds responsible for tomato taste. Accessions from the Lycopersicon group have been identified, which include the phylogenetically closest wild species to the crop, which nearly triple the contents of sugars and malic acid and double that of citric acid of the commercial varieties taken as control. These accessions will facilitate breeding programs targeted to balanced increases of taste. Although more phylogenetically distant, two accessions of S. habrochaites, from the Eriopersicon group, with malic and citric acid contents seven and nine times greater than the best of controls have been identified, which may be useful when looking for materials with shades of acidic taste. Finally, since the environment can influence directly or through the interaction of genotype x environment the accumulation of these compounds, a multi-environment study has been developed as a tool to evaluate the real genetic potential of various accessions for the improvement of taste tomato. In this study, we have evaluated clonal replicates in three different environments to more accurately estimate the contribution of the environment, genotype and genotype x environment interaction. The effect of the environment has been estimated from the contribution to the accumulation of these compounds of the photosynthetically active radiation and the temperature, observing that the radiation affects to a greater degree the content in sugars and the temperature to the accumulation of acids. With the predictions of genotypic contribution and genotype x environment interaction, two accessions have been identified, one of S. habrocahites and another of S. pimipinellifolium, which may be interesting as sources of variability to increase taste with acid hue for its high Content of malic and citric acids and their stability. The identification of materials with different accumulation profiles of citric, malic and glutamic acids will also be useful in the study of the regulation of the cycles of tricarboxylic acids and GABA shunt. On the other hand, it has been concluded that in order to take advantage of the intra-population variation it will be necessary to evaluate a large number of plants.Muchos cultivares modernos de tomate, en general, no satisfacen las expectativas organolépticas de los consumidores, ya que entre los criterios de selección no se ha priorizado la calidad organoléptica. Sin embargo, la creciente decepción de los consumidores con este aspecto ha situado la calidad organoléptica como un importante objetivo de mejora. La presente tesis pretende contribuir al abordaje de este objetivo desde el punto de vista del aprovechamiento de la variabilidad natural presente en el género Solanum sección Lycopersicon para aumentar el contenido en compuestos implicados en la percepción por el gusto. Inicialmente se ha puesto a punto método de electroforesis capilar zonal desarrollado permite cuantificar de forma simultánea ácidos orgánicos como el oxálico, málico y cítrico y azúcares como la glucosa, fructosa y sacarosa que determinan, en mayor medida, la percepción del gusto en tomate con límites de detección inferiores a 2 y 25 ¿g ml-1 respectivamente. Su elevada automatización y reproducibilidad, así como su escasa preparación de muestra, tiempo de carrera inferior a 20 minutos y reducido coste de ejecución, han permitido aplicarlo de forma generalizada en ensayos de evaluación de características de calidad organoléptica en germoplasma de tomate. A continuación, se han evaluado entradas y variedades no mejoradas de tomate cultivado de diferentes orígenes, así como entradas silvestres y de especies silvestres relacionadas (Solanum lycopersicum, S. pimpinellifolium, S. habrochaites, S. pennellii y S. peruvianum) para detectar fuentes de variabilidad potencialmente útiles en la mejora. Entre los materiales recolectados existe gran variabilidad y contenidos muy elevados en compuestos responsables del gusto en tomate. Se han identificado entradas del grupo Lycopersicon, que incluye las especies silvestres filogenéticamente más próximas a la cultivada, que casi triplican los contenidos en azúcares y ácido málico y duplican el de ácido cítrico de las variedades comerciales tomadas como control, lo que facilitará su uso en planes de mejora de la calidad organoléptica que busquen incrementos equilibrados del gusto. Aunque más alejadas filogenéticamente, se han identificado dos entradas de S. habrochaites, del grupo Eriopersicon, con contenidos en ácido málico y cítrico siete y nueve veces mayores que el mejor de los controles, que pueden ser útiles cuando se busque obtener materiales con matices de sabor más ácido. Finalmente, dado que el ambiente puede influir directamente o a través de la interacción del genotipo x ambiente en la acumulación de estos compuestos, se ha desarrollado un estudio multi-ambiente como herramienta de evaluación del potencial genético real de diversas entradas para la mejora del gusto de tomate. En este estudio, se han evaluado réplicas clonales en tres ambientes diferentes para estimar con mayor precisión la contribución del ambiente, el genotipo y la interacción genotipo x ambiente. El efecto del ambiente se ha estimado a partir de la contribución a la acumulación de estos compuestos de la radiación fotosintéticamente activa y la temperatura, observándose que la radiación afecta en mayor grado al contenido en azúcares y la temperatura a la acumulación de ácidos. A partir de las predicciones de contribución genotípica y de interacción genotipo x ambiente se han identificado dos entradas, una de S. habrocahites y otra de S. pimipinellifolium, que pueden ser interesantes como fuentes de variabilidad para incrementar el gusto con matiz ácido por su elevado contenido en ácidos málico y cítrico y por su estabilidad. La identificación de materiales con distinto perfil de acumulación de los ácidos cítrico, málico y glutámico será también útil en el estudio de la regulación de los ciclos de los ácidos tricarboxílicos y del GABA shunt. Por otro lado, se ha puesto de manifiesto la necesidad de evaluar un número elMolts cultivars comercials de tomata, en general, no satisfan les expectatives organolèptiques dels consumidors, ja que entre els criteris de selecció no s'ha prioritzat la qualitat organolèptica. No obstant això, la creixent decepció dels consumidors ha situat la qualitat organolèptica com un important objectiu de millora. La present tesi pretén contribuir a l'abordatge d'aquest objectiu des del punt de vista de l'aprofitament de la variabilitat natural present en el gènere Solanum secció Lycopersicon per augmentar el contingut en compostos implicats en la percepció pel gust. Inicialment s'ha posat a punt un mètode d'electroforesi capil·lar zonal que permet quantificar de forma simultània àcids orgànics com l'oxàlic, màlic i cítric i sucres com la glucosa, fructosa i sacarosa que determinen, en major mesura, la percepció del gust en tomata amb límits de detecció inferiors a 2 i 25 mg ml-1 respectivament. La seua elevada automatització i reproductibilitat, així com la seua escassa preparació de mostra, temps de carrera inferior a 20 minuts i reduït cost d'execució, han permès aplicar-lo de forma generalitzada en assajos d'avaluació de característiques de qualitat organolèptica en germoplasma de tomata. A continuació, s'han avaluat entrades i varietats no millorades de tomata cultivada de diferents orígens, així com entrades silvestres i d'espècies silvestres relacionades (Solanum lycopersicum, S. pimpinellifolium, S. habrochaites, S. pennellii i S. peruvianum) per detectar fonts de variabilitat potencialment útils en la millora. Entre els materials avaluats existix gran variabilitat i continguts molt elevats en compostos responsables del gust en tomata. S'han identificat entrades del grup Lycopersicon, que inclou les espècies silvestres filogenèticament més properes a la conreada, que gairebé tripliquen els continguts en sucres i àcid màlic i dupliquen el d'àcid cítric de les varietats comercials preses com a control, el que facilitarà el seu ús en plans de millora de la qualitat organolèptica que busquen increments equilibrats del gust. Encara que més allunyades filogenèticament, s'han identificat dos entrades de S. habrochaites, del grup Eriopersicon, amb continguts d'àcid màlic i cítric set i nou vegades més grans que el millor dels controls, que poden ser útils quan es busque obtindre materials amb matisos de sabor més àcid. Finalment, atès que l'ambient pot influir directament o a través de la interacció del genotip x ambient en l'acumulació d'aquests compostos, s'ha desenvolupat un estudi multi-ambient com a eina d'avaluació del potencial genètic real de diverses entrades per la millora del gust de la tomata. En aquest estudi, s'han avaluat rèpliques clonals en tres ambients diferents per estimar amb més precisió la contribució de l'ambient, el genotip i la interacció genotip x ambient. L'efecte de l'ambient s'ha estimat a partir de la contribució a l'acumulació d'aquests compostos de la radiació fotosintèticament activa i la temperatura, observant-se que la radiació afecta en major grau al contingut en sucres i la temperatura a l'acumulació d'àcids. A partir de les prediccions de contribució genotípica i d'interacció genotip x ambient s'han identificat dues entrades, una de S. habrocahites i una altra de S. pimipinellifolium, que poden ser interessants com a fonts de variabilitat per incrementar el gust amb matís àcid pel seu elevat contingut en àcids màlic i cítric i per la seua estabilitat. La identificació de materials amb diferent perfil d'acumulació dels àcids cítric, màlic i glutàmic serà també útil en l'estudi de la regulació dels cicles dels àcids tricarboxílics i del GABA shunt. D'altra banda, s'ha posat de manifest la necessitat d'avaluar un nombre elevat de plantes per aprofitar correctament la variació intra-poblacional.Galiana Balaguer, L. (2017). Aprovechamiento de la diversidad en Solanum L. sección Lycopersicon para la mejora genética de la calidad organoléptica en tomate [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/86205TESISCompendi

Alteraciones de los pigmentos fotosintéticos, de la fluorescencia de las clorofilas y de ultraestructura de líquenes expuestos a dióxidos de azufre y nitrato

Tesis Univ. Complutense de Madrid.Fac. de Ciencias BiológicasTRUEProQuestpu

A first approach to a proposal of a soft robotic link acting as a neck

[Abstract] The purpose of this paper is to design a soft robotic neck prototype with two Degrees of Freedom (DOF) and propose a control system based on a fractional order PD controller (FPD). The neck will be able to perform movements of flexion, extension and lateral bending. To achieve these movements, the design is made based on a cable-driven mechanism, with components easy to manufacture in a 3D printer. Simulations are performed to validate the feasibility of the developed parallel robot prototype and the robustness of the proposed control scheme to mass changes at the tip.Ministerio de Economía y Empresa; DPI2016-75330-

A new approach for direct kinematic solution of a soft robotic neck

[Resumen] El mecanismo de cuello robótico presentado en este trabajo tiene como elemento principal un eslabón blando que emula un cuello humano con dos grados de libertad (DOF) (flexión, extensión y flexión lateral). El dispositivo se basa en un Mecanismo Paralelo Accionado por Cable (CDPM). Se desarrolla una cinemática directa a partir del sistema estático y la distribución geométrica del mecanismo, y se presentan ecuaciones lineales que permiten conocer fácilmente la longitud de los cables para hallar la posición del cuello, tanto en ángulos de inclinación como de orientación. Para el control del motor se utiliza un controlador PI de orden fraccionario (FOPI).[Abstract] The robotic neck mechanism presented in this paper has as its main element a soft link that emulates a human neck with two DOF (flexion, extension and lateral bending). The mechanism is based on a Cable-Driven Parallel Mechanism (CDPM). A direct kinematics is developed from the static system and the geometric distribution of the mechanism, and linear equations are presented that relate the length of the cables and the position of the neck, both in inclination and orientation angles. For the motor control, a fractional order PI controller (FOPI) is usedMinisterio de Economia Industria y Competitividad; PID2020-113194GB-I0

La restauración de la torre del homenaje del castillo de Requena (Valencia)

[EN] The text deals with the methodology employed in the restoration of the Donjon of Requena Castle, from the preliminary studies and initial archaeological probes to the project, works, enhancement and inauguration for the public to be able to enjoy the monument. After describing the monument, it reviews its history, the different uses that have been made of it and the recent restoration works carried out in the mid 20th century by the architect G. Valentín Gamazo. Finally, the authors explain the key criteria and describe in detail the interventions performed to restore the walls, flag floors, vaults and roof, and the lighting systems designed for the building.[ES] El texto aborda la metodología empleada en la restauración de la torre del Homenaje del castillo de Requena, desde los estudios previos y catas arqueológicas iniciales, hasta su proyecto, obra, puesta en valor y apertura al público para que pudiera disfrutar del monumento. Tras una descripción del edificio, realiza un recorrido por su historia, el diverso uso de que ha sido objeto y las recientes restauraciones realizadas a mediados del siglo XX por el arquitecto G. Valentín Gamazo. Por último, los autores exponen los criterios guía y describen con detalle las intervenciones realizadas para la restauración de muros, forjados, bóvedas y cubierta, así como los sistemas de iluminación diseñados para su puesta en valor.Balaguer, P.; Vicén, L. (2012). La restauración de la torre del homenaje del castillo de Requena (Valencia). Loggia, Arquitectura & Restauración. (24-25):76-83. doi:10.4995/loggia.2012.3000SWORD768324-25PAZ Y ESPEJO, J.: "Castillos y fortalezas del reino: Noticias de su estado y de sus alcaides y tenientes durante los siglos XV y XVI (Continuación)", Revista de Archivos, bibliotecas y museos XVIII, 1912, pp. 443-445.BLAY GARCÍA, F.: "Torre del homenaje de la fortaleza de Requena: arqueología de la construcción. Informe inédito", anexo al Proyecto de restauración y acondicionamiento de la Torre del Homenaje de Requena, 2008.MARTÍNEZ VALLE, A.: "Informe de la intervención. Ref. 2003/0360-V. Informe inédito", anexo al Proyecto de restauración y acondicionamiento de la Torre del Homenaje de Requena, 2008