Анализа алтернативних транскрипата гена CD81 у колоректалном карциному

Transkripcija gena CD81, čiji proteinski produkt ostvaruje brojne biološke uloge i uključen je u razvoj maligniteta, regulisana je alternativnim promotorima. U prethodnoj in silico studiji pokazali smo da se regulatorni proteini diferencijalno vezuju za alternativne promotore gena CD81 označene kao A i B, za koje je prethodno pokazano da su diferencijalno aktivni u kolorektalnom karcinomu.1,2 Cilj ovog rada bio je da se u kolorektalnom karcinomu in vitro analiziraju transkripti koji nastaju usled aktivnosti ovih promotora. Ekspresija alternativnih transkripata, kao i ukupna ekspresija gena CD81 analizirane su u humanim ćelijskim linijama kolona metodom PCR u realnom vremenu. Pokazano je da alternativni promotori doprinose ukupnoj ekspresiji gena CD81 sa relativno malim udelom: promotor A 0,43-12,86%, a promotor B 0,40-4,13%. U nemalignoj ćelijskoj liniji HCEC-1CT, pokazan je približno jednak nivo ekspresije transkripata oba promotora, dok je u malignim ćelijskim linijama HT29, Caco-2, HCT116, SW480 i SW620, ekspresija transkipata promotora A bila veća u odnosu na promotor B, što je očekivano na osnovu prethodnih in silico studija. Dobijeni rezultati ukazuju na potencijal alternativnih transkripata gena CD81 kao biomarkera za kolorektalni karcinom. Kako uloga transkripata nije poznata, njihova struktura i ekspresija sugerišu da treba ispitati mogućnost da neki od njih mogu biti duge nekodirajuće RNK.Транскрипција гена CD81, чији протеински продукт остварује бројне биолошке улоге и укључен је у развој малигнитета, регулисана је алтернативним промоторима. У претходној in silico студији показали смо да се регулаторни протеини диференцијално везују за алтернативне промоторе гена CD81 означене као А и Б, за које је претходно показано да су диференцијално активни у колоректалном карциному.1,2 Циљ овог рада био је да се у колоректалном карциному in vitro анализирају транскрипти који настају услед активности ових промотора. Експресија алтернативних транскрипата, као и укупна експресија гена CD81 анализиране су у хуманим ћелијским линијама колона методом ПЦР у реaлном времену. Показано је да алтернативни промотори доприносе укупној експресији гена CD81 са релативно малим уделом: промотор А 0,43-12,86%, а промотор Б 0,40-4,13%. У немалигној ћелијској линији HCEC-1CT, показан је приближно једнак ниво експресије транскрипата оба промотора, док је у малигним ћелијским линијама HT29, Caco-2, HCT116, SW480 и SW620, експресија транскипата промотора А била већа у односу на промотор Б, што је очекивано на основу претходних in silico студија. Добијени резултати указују на потенцијал алтернативних транскрипата гена CD81 као биомаркера за колоректални карцином. Како улога транскрипата није позната, њихова структура и експресија сугеришу да треба испитати могућност да неки од њих могу бити дуге некодирајуће РНК.Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije, Zlatibor, Srbija 21 - 25. 9. 2022

A new Aculodes species (Prostigmata: Eriophyoidea: Eriophyidae) associated with medusahead, Taeniatherum caput-medusae (L.) Nevski (Poaceae)

A new species of plant mite (Acari: Eriophyidae) was discovered on medusahead (Taeniatherum caputmedusae), an annual grass that is native to central Asia and the Mediterranean Basin. It is invasive in western North America. Aculodes altamurgiensis sp. nov., is described here and differentiated from other Aculodes spp., on the basis of morphology. Its DNA fingerprinting was reported and compared with Aculodes mckenziei collected from Elymus repens and Bromus inermis. Pairwise comparison of MT-001 sequences between A. altamurgiensis sp. nov., and A. mckenziei revealed 20.2-21.5% genetic divergence between these congeneric species. First collected in Parco Nazionale dell'Alta Murgia in Apulia, Italy in 2014,A. altamurgiensis sp. nov., has been subsequently collected from medusahead in Serbia, Bulgaria, Iran and Turkey. Based on these data and on preliminary observations on the effects of the mite on plant growth, A. altamurgiensis sp. nov., is currently being investigated as a candidate biological control agent of medusahead

Poland - Serbia : the challenges of the scientific cooperation

Foreword: "This book contains the collection of 21 academic articles (arranged alphabetically according to the names of the Authors) dedicated to Professor Iliija Rosić, former Rector of Kragujevae University and the Dean of the Faculty of Economics, who died on January 11,2008.The book contains the preface, a biographical note including a complete list of acadcmic achievements, as well as the outline of Professor Rosic’s scholarly, academic and organizational activities in Poland."(...

Prevalence of Pneumocystis jirovecii pneumonia (2010-2013): the first Croatian report

Pneumocystis jirovecii is an important cause of interstitial pneumonia particularly among immunocompromised hosts. We analysed the prevalence of P. jirovecii pneumonia (PCP) among HIV-infected and HIV-uninfected patients presented with interstitial pneumonia or acute respiratory syndrome hospitalized in six Croatian tertiary care hospitals. Over four-year period (2010-2013), a total of 328 lower respiratory tract samples: 253 (77.1%) bronchoalveolar lavage fluid, 43 (13.1%) tracheal aspirates and 32 (9.8%) bronchial aspirates from 290 patients were examined by real-time polymerase chain reaction (PCR). PCP was detected in 23 (7.9%) patients. The prevalence of PCP differed significantly among tested groups (χ2 = 95.03; d.f. = 3; p < 0.001). HIV-infected patients were more often positive (56.6%, 95%CI = 37.3-72.4) compared to other groups (patients with malignant disease 7.7%, 95%CI = 2.6-20.3; transplant patients 7.7%, 95%CI = 2.2-24.1; patients with other diagnosis 1.5%, 95%CI = 0.5-4.4). Majority of HIV-positive patients (80%) were newly diagnosed cases. Our results indicate that HIV-infected patients still represents the main risk group for P. jirovecii infection. PCP is responsible for pneumonia in 56.6% HIV-positive patients in Croatia, primarily those who do not know that they are HIV infected

Transcript CD81-215 may be a long noncoding RNA of stromal origin with tumor-promoting role in colon cancer

The role of tetraspanin CD81 in malignant transformation is best studied in colorectal cancer, and it appears that other transcripts beside the fully coding mRNA may also be dysregulated in malignant cells. Recent data from a comprehensive pan-cancer transcriptome analysis demonstrated differential activity of two alternative CD81 gene promoters in malignant versus nonmalignant gut mucosa. The promoter active in gut mucosa gives rise to transcripts CD81-203 and CD81-213, while the promoter active in colon and rectal cancer gives rise to transcripts CD81-205 and CD81-215. Our study aimed to explore the biomarker potential of the transcripts from the alternative CD81 gene promoters in colon cancer, as well as to investigate their structure and potential function using in silico tools. The analysis of the transcripts' expression in several colon cell lines cultivated in 2D and 3D and a set of colon cancer and healthy gut mucosa samples by qPCR and RNA sequencing suggested their low expression and stromal origin. Expression patterns in tumor and nontumor tissue along with in silico data suppose that the transcript CD81-215 may be a noncoding RNA of stromal origin with possible involvement in signaling related to malignant transformation