Absceso hepático invasivo recidivante por Klebsiella mucoviscidosa

Liver abscess is an infection with polymicrobial etiology, but the emergence of Klebsiella pneumoniae as the main cause, specifically serotypes K1 or K2 with a mucoid phenotype, is increasing in Europe. We present here the case of a 76 years old man who consulted due to fever. He had a history of two previous admissions for liver abscesses secondary to Klebsiella pneumoniae. The abdominopelvic CT showed a new liver abscess and the blood cultures were positive, again, for K. pneumoniae, confirming mucoviscid serotype K1.El absceso hepático es una infección con etiología polimicrobiana, pero la emergencia de Klebsiella pneumoniae como principal causante, y en concreto los serotipos K1 o K2 con fenotipo mucoide, está aumentando en Europa. Se presenta el caso de un varón de 76 años, que consultó por cuadro febril. Presentaba antecedentes de dos ingresos previos por abscesos hepáticos secundarios a Klebsiella pneumoniae. El TAC abdomino-pélvico evidenció un nuevo absceso hepático y los hemocultivos fueron positivos, nuevamente, para K. pneumoniae, constatándose serotipo mucoviscidoso K1

Role of the first WHO mutation catalogue in the diagnosis of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis in the Valencia Region, Spain: a retrospective genomic analysis

9 páginas, 2 figuras, 1 tablaBackground: In June, 2021, WHO published the most complete catalogue to date of resistance-conferring mutations in Mycobacterium tuberculosis. Here, we aimed to assess the performance of genome-based antimicrobial resistance prediction using the catalogue and its potential for improving diagnostics in a real low-burden setting. Methods: In this retrospective population-based genomic study M tuberculosis isolates were collected from 25 clinical laboratories in the low-burden setting of the Valencia Region, Spain. Culture-positive tuberculosis cases reported by regional public health authorities between Jan 1, 2014, and Dec 31, 2016, were included. The drug resistance profiles of these isolates were predicted by the genomic identification, via whole-genome sequencing (WGS), of the high-confidence resistance-causing variants included in the catalogue and compared with the phenotype. We determined the minimum inhibitory concentration (MIC) of the isolates with discordant resistance profiles using the resazurin microtitre assay. Findings: WGS was performed on 785 M tuberculosis complex culture-positive isolates, and the WGS resistance prediction sensitivities were: 85·4% (95% CI 70·8–94·4) for isoniazid, 73·3% (44·9–92·2) for rifampicin, 50·0% (21·1–78·9) for ethambutol, and 57·1% (34·0–78·2) for pyrazinamide; all specificities were more than 99·6%. Sensitivity values were lower than previously reported, but the overall pan-susceptibility accuracy was 96·4%. Genotypic analysis revealed that four phenotypically susceptible isolates carried mutations (rpoB Leu430Pro and rpoB Ile491Phe for rifampicin and fabG1 Leu203Leu for isoniazid) known to give borderline resistance in standard phenotypic tests. Additionally, we identified three putative resistance-associated mutations (inhA Ser94Ala, katG Leu48Pro, and katG Gly273Arg for isoniazid) in samples with substantially higher MICs than those of susceptible isolates. Combining both genomic and phenotypic data, in accordance with the WHO diagnostic guidelines, we could detect two new multidrug-resistant cases. Additionally, we detected 11 (1·6%) of 706 isolates to be monoresistant to fluoroquinolone, which had been previously undetected. Interpretation: We showed that the WHO catalogue enables the detection of resistant cases missed in phenotypic testing in a low-burden region, thus allowing for better patient-tailored treatment. We also identified mutations not included in the catalogue, relevant at the local level. Evidence from this study, together with future updates of the catalogue, will probably lead in the future to the partial replacement of culture testing with WGS-based drug susceptibility testing in our setting. Funding: European Research Council and the Spanish Ministerio de Ciencia.This project received funding from the European Research Council under the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Program Grant 101001038 (TB-RECONNECT; awarded to IC), from Ministerio de Ciencia (Spanish Government) Project PID2019-104477RB-I00 (awarded to IC), and from Generalitat Valenciana Project AICO/2018/113 (awarded to IC). AMG-M is funded by a Formación deProfesorado Universitario grant programme (FPU19/04562) from Ministerio de Universidades (Spanish Government). IC is also supported by the European Commission–NextGenerationEU, through Centro Superior de Investigaciones Científicas Global Health Platform (PTI Salud Global). We thank all the members of the Valencia RegionTuberculosis Working Group

Population-based sequencing of Mycobacterium tuberculosis reveals how current population dynamics are shaped by past epidemics

23 páginas, 4 figuras, 1 tabla.Transmission is a driver of tuberculosis (TB) epidemics in high-burden regions, with assumed negligible impact in low-burden areas. However, we still lack a full characterization of transmission dynamics in settings with similar and different burdens. Genomic epidemiology can greatly help to quantify transmission, but the lack of whole genome sequencing population-based studies has hampered its application. Here, we generate a population-based dataset from Valencia region and compare it with available datasets from different TB-burden settings to reveal transmission dynamics heterogeneity and its public health implications. We sequenced the whole genome of 785 Mycobacterium tuberculosis strains and linked genomes to patient epidemiological data. We use a pairwise distance clustering approach and phylodynamic methods to characterize transmission events over the last 150 years, in different TB-burden regions. Our results underscore significant differences in transmission between low-burden TB settings, i.e., clustering in Valencia region is higher (47.4%) than in Oxfordshire (27%), and similar to a high-burden area as Malawi (49.8%). By modeling times of the transmission links, we observed that settings with high transmission rate are associated with decades of uninterrupted transmission, irrespective of burden. Together, our results reveal that burden and transmission are not necessarily linked due to the role of past epidemics in the ongoing TB incidence, and highlight the need for in-depth characterization of transmission dynamics and specifically tailored TB control strategies.European Research Council 638553-TB-ACCELERATE; European Research Council 101001038-TBRECONNECT; Ministerio de Ciencia e Innovación SAF2016-77346-RPeer reviewe

Evolución de la Tuberculosis en Castellón (2008-2012). Caracterización genotípica mediante 15 MIRU-VNTR

La tuberculosis (TB) es considerada una de las primeras enfermedades infecciosas humanas de las que se tiene constancia y aún hoy, en pleno siglo XXI, es una de las más importantes causantes de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. Según describe la Organización Mundial de la Salud (OMS) en su 19º informe, 9 millones de personas enfermaron de TB a nivel mundial en el año 2013, aunque en éste se refiere que ha habido una disminución de casos en los últimos años. También el Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC) y el Centro Nacional de Epidemiología (CNE) informan que en Europa y en España, en el año 2012, el número de casos de TB disminuyó respecto al año anterior. La presente Tesis Doctoral tiene como objetivos conocer la evolución de la TB en la provincia de Castellón a lo largo del periodo comprendido entre enero de 2008 a diciembre de 2012, describir las características clínico-epidemiológicas y microbiológicas de los casos diagnosticados con cultivo positivo, detallar la frecuencia de resistencias de Mycobacterium tuberculosis frente a fármacos tuberculostáticos de primera línea, y analizar los patrones de transmisión de TB en Castellón durante los años 2010, 2011 y 2012 mediante tipificación molecular, utilizando la técnica 15 MIRU-VNTR. Para conseguir los 3 primeros objetivos consultamos varias fuentes de información como son el Sistema de Información del Laboratorio (SIL), el Sistema del Análisis de la Vigilancia Epidemiológica (AVE) y los informes de TB editados por la Generalitat Valenciana. Para llevar a cabo el cuarto objetivo, analizamos las cepas congeladas y recuperadas de los tres años indicados mediante la técnica de epidemiología molecular 15 MIRU-VNTR. En la provincia de Castellón se declararon 387 casos de TB, de los que 320 (82,7%) tuvieron el cultivo positivo; en 2008 se diagnosticaron microbiológicamente 74 casos, 83 en el 2009, 66 en el 2010, 56 en el 2011 y 41 en el 2012. En cuanto a las características de los pacientes, la razón hombre/mujer fue de 1,9 y la edad media fue de 32,5 años, concentrándose el 60,6% en el grupo de adultos jóvenes (15-44 años). El 43,7% de los pacientes eran extranjeros, el 93,8% fueron casos no tratados previamente, el 29,4% presentaba al menos un factor de riesgo para desarrollar enfermedad tuberculosa y, por último, el 67,2% de los pacientes fueron hospitalizados. Respecto a las formas clínicas, un 87,2% fueron TB pulmonar, predominando la ganglionar entre las formas extrapulmonares. A partir del estudio convencional de contactos se sospechó 7 posibles brotes de 2 miembros. El estudio de sensibilidad se realizó a las 320 cepas aisladas, resultando resistentes el 13,5%, siendo la resistencia a isoniazida del 8,1%. En población de origen español el porcentaje de resistencias fue del 10,6% mientras que en extranjeros fue del 15,7%. Se realizó la tipificación molecular a 151 cepas de las 163 aisladas en los tres años. Los loci más polimórficos fueron el VNTR 4052, el VNTR 2163b y el VNTR 3690, y los que presentaron un poder de discriminación elevado, calculado a partir del índice de diversidad de Hunter-Gaston, fueron los MIRU 26, 40 y 10, y los VNTR 577, 2401, 3690, 2163b, 1955 y 4052. Evidenciamos que 122 cepas presentaron un patrón único y que 29 cepas se agruparon en 12 clusters, siendo el porcentaje de agrupación del 19,2% y la tasa de transmisión reciente de un 11,3%. En el presente estudio se concluye que la tasa de TB, y paralelamente el número de casos con cultivo positivo, en la provincia de Castellón ha disminuido a lo largo de los años analizados; que el fenómeno de la inmigración tiene una influencia importante en la TB de nuestra provincia; que el número de hospitalizaciones, aún siendo menor que en estudios previos, sigue siendo elevado y que la resistencia global de un 13,5% es también más elevada a la descrita en trabajos anteriores en Castellón. De estas resistencias, la de isoniazida superior al 5% obliga a tratar la TB en los dos primeros meses con asociación de 4 fármacos, como recomienda la OMS; el porcentaje elevado de resistencia a isoniazida en el año 2010 fue debido a un brote que fue confirmado con tipificación molecular. Aplicando la técnica 15 MIRU-VNTR, con un índice de discriminación elevado de 0,998, se ha detectado una baja tasa de transmisión durante los 3 años analizados