Nitrate reduction in Haloferax alexandrinus: the case of assimilatory nitrate reductase

Haloferax alexandrinus Strain TM JCM 10717T = IFO 16590T is an extreme halophilic archaeon able to produce significant amounts of canthaxanthin. Its genome sequence has been analysed in this work using bioinformatics tools available at Expasy in order to look for genes encoding nitrate reductase-like proteins: respiratory nitrate reductase (Nar) and/or assimilatory nitrate reductase (Nas). The ability of the cells to reduce nitrate under aerobic conditions was tested. The enzyme in charge of nitrate reduction under aerobic conditions (Nas) has been purified and characterised. It is a monomeric enzyme (72 ± 1.8 kDa) that requires high salt concentration for stability and activity. The optimum pH value for activity was 9.5. Effectiveness of different substrates, electron donors, cofactors and inhibitors was also reported. High nitrite concentrations were detected within the culture media during aerobic/microaerobic cells growth. The main conclusion from the results is that this haloarchaeon reduces nitrate aerobically thanks to Nas and may induce denitrification under anaerobic/microaerobic conditions using nitrate as electron acceptor. The study sheds light on the role played by haloarchaea in the biogeochemical cycle of nitrogen, paying special attention to nitrate reduction processes. Besides, it provides useful information for future attempts on microecological and biotechnological implications of haloarchaeal nitrate reductases.This work was funded by research grant from the MINECO Spain (CTM2013-43147-R) and by funds from the Department of Biology, Faculty of Science, Anadolu University (Turkey)

Examination of married individuals marital satisfaction in terms of psychological well- being, spousal support and mindfulness levels

Evli Bireylerin Evlilik Doyumlarının Psikolojik İyi Oluş, Eş Desteği ve Bilinçli Farkındalık Düzeyleri Açısından İncelenmesi, Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2021. Bu çalışmanın amacı evli bireylerin evlilik doyumlarının psikolojik iyi oluş, eş desteği, bilinçli farkındalık düzeylerinin bazı kişisel değişkenler açısından incelenmesidir. Bu amaçla evli bireylerin psikolojik iyi oluş düzeyleri, eş destek düzeyleri, bilinçli farkındalık düzeyleri; cinsiyet, yaş, eğitim durumu, çalışma durumu, kaç yıldır evli oldukları, çocuk sayıları ve nasıl evlendikleri (görücü usülü, flört) değişkenleri bakımından incelenmiştir. Bu araştırma ilişkisel tarama modeline uygun bir araştırmadır. Araştırma Ankara ilinde yaşayan en az 3 yıldır evli olan 485 (354 kadın, 131 erkek) katılımcıdan elde edilen veriler ile gerçekleştirilmiştir. Bu araştırmada verilerin toplanması için demografik bilgileri içeren kişisel bilgi formu, bireylerin evlilik doyumunu ölçek amacıyla 'Evlilik Doyumu Ölçeği', psikolojik iyi oluş düzeylerini tespit etmek amacıyla 'Psikolojik İyi Oluş Ölçeği', eş destek düzeylerini belirlemek amacıyla 'Eş Destek Ölçeği' ve bilinçli farkındalık düzeylerini ölçmek amacıyla 'Bilinçli Farkındalık Ölçeği' kullanılmıştır. Araştırmadaki verilerin normal dağılıp dağılmadığının test edilmesi amacıyla veriler üzerinde Kolmogorov Smirnov testi yapılmış ve daha sonra verilerin analizi kısmına geçilmiştir. Verilerin analizi için: Kruskall Wallis testi, Mann Whitney U testi, Spearman Korelasyon analizi ve çoklu regresyon analizi kullanılmıştır. Araştırmanın sonuçlarına göre evlilik doyumu yaş, eğitim durumu, çocuk sayısı, çalışma durumu, evlilik süresine göre farklılık göstermezken; cinsiyet, evlilik süresi ve evlenme biçimine göre anlamlı farklılık göstermektedir. Katılımcıların Evlilik Doyumu Ölçeğinden aldıkları puanlara bakıldığında; erkeklerin puanlarının kadınların puanlarından daha yüksek olduğu, kendileri tanışarak evlenenlerin puanlarının görücü usulü ile evlenenlerden daha yüksek olduğu, 3-7 yıl evli olan bireylerin puanları en düşük iken, 17 yıl ve üzeri evli olan bireylerin puanları en yüksek bulunmuştur. Psikolojik iyi oluş düzeyi cinsiyet, eğitim durumu, çalışma durumu, evlilik süreleri, evlenme biçimi, yaş ve çocuk sayısı değişkenlerine göre anlamlı farklılık göstermemektedir. Eş destek düzeyi, cinsiyet, çalışma durumu, yaş gibi değişkenlere göre farklılık göstermezken; eğitim düzeyi, evlilik süresi, evlenme biçimi ve çocuk sayısı değişkenlerine göre farklılık göstermektedir. Katılımcıların eş desteği alt boyutları olan; duygusal destek, maddi yardım ve bilgi desteği puanları eğitim durumlarına göre anlamlı bir farklılık gösterirken; takdir etme desteği, sosyal ilgi desteği puanları eğitim durumlarına göre anlamlı bir farklılık göstermemiştir. Katılımcıların görücü usulü ile evlenenlerin puanları kendileri tanışarak evlenenlerden daha yüksek olduğu; duygusal destek puanlarına bakıldığında, 13- 17 yıl evli olan bireylerin puanları en yüksek iken, 3-7 yıl evli olan bireylerin puanları en düşük olduğu; çocuğu olmayanların, 1 çocuğa sahip olanların, 2 çocuğa sahip olanların, 3 ve üzeri çocuğa sahip olanların puanları diğer boyutlardan alınan puanlara göre daha yüksek bulunmuştur. Bilinçli farkındalık ise, evlenme biçimi, çalışma durumu, cinsiyet, evlilik süresi, çocuk sayısı, eğitim durumuna göre farklılık göstermezken; yaş değişkenine göre anlamlı farklılık göstermektedir. Yaş değişkeni açısından 36-66 yaş aralığında yer alan katılımcıların puanlarının 21-35 yaş aralığında olan katılımcılardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Spearman korelasyon analizleri sonucunda bireylerin evlilik doyumu düzeyi ile psikolojik iyi oluş düzeyleri arasında pozitif yönlü anlamlı ilişki olduğu saptanmıştır. Evlilik doyumu düzeyi ile eş destek düzeyleri arasında negatif yönlü ilişki bulunmuştur. Evlilik doyumu ile bilinçli farkındalık düzeyleri arasında ise pozitif yönlü bir ilişki olduğu belirlenmiştir. Yapılan regresyon analizi sonucunda psikolojik iyi oluş ve eş desteğinin evlilik doyumu üzerindeki değişimin %23'ünü açıkladığı sonucuna ulaşılmıştır.The aim of this study is to examine the marital satisfaction of married individuals, psychological well- being, spousal support, mindfulness levels in terms of some personal variables. For this purpose, psychological well-being levels, spousal support levels, mindfulness levels of married individuals were examined in terms of; gender, age, education level, employment status, how many years they have been married, the number of children and how they got married (arranged, dating) variables. This research is suitable for the relational screening model. The research was carried out with the data obtained from 485 (354 female, 131 male) participants who have been married for at least 3 years, living in Ankara. In this study, a personal information form containing demographic information, a 'Marriage Satisfaction Scale' to measure individuals' marital satisfaction, a 'Psychological Well-being Scale' to measure psychological well-being levels, a 'Spousal Support Scale' to measure spousal support levels. The 'Mindful Attention Awareness Scale' to measure mindfulness level were used to collect data. In order to test whether the data in the research show a normal distribution. Kolmogorov Smirnov test was performed on the data and then the data analysis part was started. For the analysis of the data: Kruskall Wallis test, Mann Whitney U test, Spearman Correlation analysis and multiple regression analysis were used. According to the findings of the research, while marital satisfaction does not differ according to age, education level, employment status, and duration of marriage; there are significant differences according to gender, type of marriage and number of children. Considering the scores of the participants from the Marriage Satisfaction Scale; ıt was found that male's scores were higher than female's, that the scores of those who got married by themselves were higher than those who got married by arranged method, while the scores of the individuals who were married for 3-7 years were the lowest, while the scores of the individuals who were married for 17 years or more were the highest. The level of psychological well-being did not differ according to gender, educational status, employment status, duration of marriage, and type of marriage; differs significantly according to age and number of children variables. While the level of spousal support does not differ according to gender and working status; ıt differs significantly according to age, education level, duration of marriage, type of marriage and number of children. The sub- dimensions of the participants' spousal support; emotional support, fianncial aid and information support scores show a significant difference according to their educational status; Appreciation support and social interest support scores did not show a significant difference according to educational status. The scores of the participants who got married by arranged method were higher than those who got married by meeting themselves; When the emotional support scores are examined, the scores of the individuals married for 13-17 years are the highest, while the scores of the individuals married for 3-7 years are the lowest; The scores of those who do not have children, those who have 1 child, those who have 2 children, and those who have 3 or more children were found to be higher than the scores obtained from other dimensions. Mindfulness, on the other hand, does not differ according to the type of marriage, gender, education level; ıt differs significantly according to age, employment status, duration of marriage and number of children. In terms of age variable, it was determined that the scores of the participants in the 36-66 age range were higher than the participants in the 21- 35 age range. As a result of Spearman correlation analysis, a positive and significant relationship was found between the level of marital satisfaction and the level of psychological well-being. A negative relationship was found between marital satisfaction and spousal support. A positive relationship was found between marital satisfaction and the level of mindfulness. As a result of the regression analysis, it was concluded that psychological well-being and, spousal support explained 23% of the change in marital satisfaction

Lumbricus Terrestris 7-etoksirezorufin-0-deetilaz (erod) Enzimi Aktivitesi Üzerine Çevresel Kirleticilerin Etkileri

Polluted water, atmospheric poisonous gasses, urban and industrial wastes passes over the cavities and affects the organisms living inside of the soil. Polycyclic aromatic hydrocarbons and polychlorynated biphenyls are two of the most important groups of these pollutants. The effects of environmental pollutants on Lumbricus terrestris samples were determined by the fluorescent spec trop h o tome trie measurement of 7- Etho xy resorufin-(9-dee thy 1 ase (EROD) activities catalysed by CYP4501A1. Along the sampling sites between Eskişehir and Kütahya, the results suggested the induction of the enzyme activity according to the intensity of agricultural activities, industrialization and urbanization levels of the regions. The results clearly show the influence of industrial complexes near Kütahya and Çukurhisar

Lumbricus Terrestris 7-etoksirezorufin-0-deetilaz (erod) Enzimi Aktivitesi Üzerine Çevresel Kirleticilerin Etkileri

Polluted water, atmospheric poisonous gasses, urban and industrial wastes passes over the cavities and affects the organisms living inside of the soil. Polycyclic aromatic hydrocarbons and polychlorynated biphenyls are two of the most important groups of these pollutants. The effects of environmental pollutants on Lumbricus terrestris samples were determined by the fluorescent spec trop h o tome trie measurement of 7- Etho xy resorufin-(9-dee thy 1 ase (EROD) activities catalysed by CYP4501A1. Along the sampling sites between Eskişehir and Kütahya, the results suggested the induction of the enzyme activity according to the intensity of agricultural activities, industrialization and urbanization levels of the regions. The results clearly show the influence of industrial complexes near Kütahya and Çukurhisar

Tubifex tubifex'DE TALYUM İLE İNDÜKLENEN OKSİDATİF STRESE KARŞI OLUŞAN ANTİOKSİDAN YANITLAR

Talyum (Tl)’un canlı sistemler üzerindeki etkisi son yıllarda önemli bir sorun haline gelmiştir. Bununla birlikte, sucul sistemlerin Tl’a maruz kalmasının sonuçları ile ilgili çok az bilgi mevcuttur. Bu çalışmanın amacı, sucul oligoket Tubifex tubifex’in antioksidan biyolojik belirteçlerinde (metallotionein (MT), toplam glutatyon (GSH), glutatyon peroksidaz (GPx), glutatyon S-transferaz (GST) ve katalaz (CAT)), TI’un subletal dozlarına yanıt olarak meydana gelen değişikliklerin araştırılmasıdır. Deney grupları 0.25, 0.5 ve 1 µg l-1’lik konsantrasyonlarda, 7 ve 15 günlük süreler boyunca talyum asetat’a maruz bırakılmıştır. MT seviyelerinde ilgi çekici bir azalma gözlenmiştir. 0.25 µg l-1’ lık konsantrasyon toplam GSH, GPx ve GST aktiviteleri üzerinde etki göstermezken, 0.5 ve 1 µg l-1’ lık konsantrasyonlar toplam GSH ve GPx aktivitelerini 7 günün sonunda indüklemiştir. Daha uzun maruz kalma süresi GPx ve GST aktiviteleri ile birlikte toplam GSH’un da tüm konsantrasyonlarda azalmasına neden olmuştur. CAT aktivitesinde tüm deney gruplarında gözlenen anlamlı artışa rağmen, lipid peroksidasyonunun (LP) artan konsantrasyon ve süreye bağlı olarak arttığı gözlenmiştir. Sonuçlar Tl ile indüklenen oksidatif strese karşı, T. tubifex’in antioksidan sisteminin olası hareket mekanizmasını ortaya koymakta ve Tl’un sucul ekosistemlerdeki etkileri ile ilgili gelecekte yapılacak değerlendirmeler için önemli bir bilgi kaynağı oluşturmaktadır

Synthesis, Structural Analysis and Determination of Mutagenic Activities of Two Newly Synthesized Benzimidazole Derivatives

Bu çalışmada ilaç hammaddesi olarak kullanılması düşünülen ve antispazmodik aktivitesi bulunan iki tetrahidrobenzimidazol türevi bileşiğin kimyasal sentezi yapılmış, yapısal analizleri. Analitik melodi arla belirlenmiş ve Ames S a 1 m o n e 11 a/m i k ro zo m testi ile mutajenik özellikleri araştırılmıştır. TA 98 ve TA 100 suşları kullanılarak, metaboiik aktivasyonlu ve metabolik aktivasyonsuz olarak gerçekleştirilen deneyler sonucunda, negatif kontrolle karşılaştırıldığında bileşiklerin mutajenik özellik göstermediği belirlenmiştir. Ancak, doza bağlı artış göz önüne alındığında bileşiklerin her ikisinin de kullanılan suşlardan biri veya her ikisi için zayıf mutajeniteye sahip olduğu gözlenmiştir

Glutathione Redüktaz Enziminin Gammarus Pulex’ten Saflaştırılması Ve Biyokimyasal Yönden Karakterizasyonu

Fresh water amphipods have been one of the most popular living organisms used in ecotoxicological studies for years. Besides its advantages like being wide spread throughout many regions in the world, being accessible and causing no problems in laboratory conditions, it is also a sensitive organism against many toxic substances. Gutathione reductase is an enzyme that transforms oxidant glutathione into reduced glutathione in a cell and is in the structure of flavoprotein that is seen in all living tissues. The function of the enzyme is to take part in the protection of the cell against oxidative stress and to take part in the production of deoxiribonucleotides. In this current study, Glutathione reductase enzyme in Gammanis pulex, an aquatic invertebrate serving as aliment for the fish, has been purified after 14 stages and its molecular weight has been determined through SDS-PAGE electrophorese methodUzun yıllardan beri tatlı su amfıpodları, ekotoksikolojik çalışmalarda kullanılan en popüler canlı guruplarından birisi olmuştur. Dünyanın birçok bölgesinde yaygın olarak bulunması, elde edilebilme ve toplama kolaylığı, laboratuvar koşullarında yaşatılabilmesi konusunda büyük sorunlar çıkmayışı gibi avantajlarının yanı sıra bir çok toksik maddeye karşı da duyarlı bir organizmadır. Glutatyon redüktaz enzimi hücrede okside glutatyonu redükte glutatyona dönüştürmeden sorumlu olan ve tüm dokularda tespit edilen flavoprotein yapısında bir enzimdir. Enzimin fonksiyonu hücrenin oksidatif strese karşı korunmasında ve deoksiribonükleotitleriıı üretiminde rol almasıdır. Bu çalışmada sucul bir omurgasız olan ve balıkların besinini teşkil eden Gammarus pulex ’ deki glutatyon redüktaz enzimi 14 basamakta pürifıye edilmiş ve SDS-PAGE elektroforez yöntemi ile molekül ağırlığı tespit edilmiştir

Synthesis, Structural Analysis and Determination of Mutagenic Activities of Two Newly Synthesized Benzimidazole Derivatives

Bu çalışmada ilaç hammaddesi olarak kullanılması düşünülen ve antispazmodik aktivitesi bulunan iki tetrahidrobenzimidazol türevi bileşiğin kimyasal sentezi yapılmış, yapısal analizleri. Analitik melodi arla belirlenmiş ve Ames S a 1 m o n e 11 a/m i k ro zo m testi ile mutajenik özellikleri araştırılmıştır. TA 98 ve TA 100 suşları kullanılarak, metaboiik aktivasyonlu ve metabolik aktivasyonsuz olarak gerçekleştirilen deneyler sonucunda, negatif kontrolle karşılaştırıldığında bileşiklerin mutajenik özellik göstermediği belirlenmiştir. Ancak, doza bağlı artış göz önüne alındığında bileşiklerin her ikisinin de kullanılan suşlardan biri veya her ikisi için zayıf mutajeniteye sahip olduğu gözlenmiştir

Glutathione Redüktaz Enziminin Gammarus Pulex’ten Saflaştırılması Ve Biyokimyasal Yönden Karakterizasyonu

Fresh water amphipods have been one of the most popular living organisms used in ecotoxicological studies for years. Besides its advantages like being wide spread throughout many regions in the world, being accessible and causing no problems in laboratory conditions, it is also a sensitive organism against many toxic substances. Gutathione reductase is an enzyme that transforms oxidant glutathione into reduced glutathione in a cell and is in the structure of flavoprotein that is seen in all living tissues. The function of the enzyme is to take part in the protection of the cell against oxidative stress and to take part in the production of deoxiribonucleotides. In this current study, Glutathione reductase enzyme in Gammanis pulex, an aquatic invertebrate serving as aliment for the fish, has been purified after 14 stages and its molecular weight has been determined through SDS-PAGE electrophorese methodUzun yıllardan beri tatlı su amfıpodları, ekotoksikolojik çalışmalarda kullanılan en popüler canlı guruplarından birisi olmuştur. Dünyanın birçok bölgesinde yaygın olarak bulunması, elde edilebilme ve toplama kolaylığı, laboratuvar koşullarında yaşatılabilmesi konusunda büyük sorunlar çıkmayışı gibi avantajlarının yanı sıra bir çok toksik maddeye karşı da duyarlı bir organizmadır. Glutatyon redüktaz enzimi hücrede okside glutatyonu redükte glutatyona dönüştürmeden sorumlu olan ve tüm dokularda tespit edilen flavoprotein yapısında bir enzimdir. Enzimin fonksiyonu hücrenin oksidatif strese karşı korunmasında ve deoksiribonükleotitleriıı üretiminde rol almasıdır. Bu çalışmada sucul bir omurgasız olan ve balıkların besinini teşkil eden Gammarus pulex ’ deki glutatyon redüktaz enzimi 14 basamakta pürifıye edilmiş ve SDS-PAGE elektroforez yöntemi ile molekül ağırlığı tespit edilmiştir