Classification of Salmonella enterica of the (Para-)Typhoid Fever Group by Fourier-Transform Infrared (FTIR) Spectroscopy

Typhoidal and para-typhoidal Salmonella are major causes of bacteraemia in resource-limited countries. Diagnostic alternatives to laborious and resource-demanding serotyping are essential. Fourier transform infrared spectroscopy (FTIRS) is a rapidly developing and simple bacterial typing technology. In this study, we assessed the discriminatory power of the FTIRS-based IR Biotyper (Bruker Daltonik GmbH, Bremen, Germany), for the rapid and reliable identification of biochemically confirmed typhoid and paratyphoid fever-associated Salmonella isolates. In total, 359 isolates, comprising 30 S. Typhi, 23 S. Paratyphi A, 23 S. Paratyphi B, and 7 S. Paratyphi C, respectively and other phylogenetically closely related Salmonella serovars belonging to the serogroups O:2, O:4, O:7 and O:9 were tested. The strains were derived from clinical, environmental and food samples collected at different European sites. Applying artificial neural networks, specific automated classifiers were built to discriminate typhoidal serovars from non-typhoidal serovars within each of the four serogroups. The accuracy of the classifiers was 99.9%, 87.0%, 99.5% and 99.0% for Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A, B and Salmonella Paratyphi C, respectively. The IR Biotyper is a promising tool for fast and reliable detection of typhoidal Salmonella. Hence, IR biotyping may serve as a suitable alternative to conventional approaches for surveillance and diagnostic purposes

In vitro activity of ceftolozane-tazobactam against Enterobacter cloacae complex clinical isolates with different β-lactam resistance phenotypes

International audienceThe study evaluated the activity of ceftolozane-tazobactam (C/T) against 94 unique clinical isolates of complex (ECC). No difference was observed according to the ECC cluster. The activity greatly varied depending on the β-lactamase-producing profile: 100%, 67%, and 19% of wild-type, extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing, and AmpC-overproducing strains, respectively, were susceptible to C/T. The use of C/T could be of interest for the treatment of some infections caused by ESBL-producing AmpC-nonoverexpressing ECC isolates

Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health

National audienceContexte : Pseudomonas aeruginosa (PSAE) est une bacterie responsable d’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Tres impliquee dans la formation de biofilm, une structure participant a l’echappement aux antimicrobiens, PSAE est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment a cause de l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergent-desinfectant tres utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Face aux problematiques communes chez l’Homme et l’animal, une approche ≪ une seule sante ≫ est aujourd’hui necessaire pour une meilleure comprehension des enjeux, et pour identifier les risques et anticiper les emergences de demain. Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE. Matériel et Méthodes : Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux et 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante et conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, le typage multi-locus (MLST), le core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise. Résultats : Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associes a des clones a haut risque d’acquisition des resistances (HRC). Discussion/Conclusion : Bien que moins representee en medecine veterinaire, la resistance de PSAE aux antimicrobiens ne doit pas etre negligee. Malgre une population globale plus diversifiee, des HRC problematiques chez l’Homme sont presents chez l’animal. Ces similitudes rendent compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser par la presence de souches resistantes aux desinfectants. La recherche de mutations specifiques sur les genes regulant les pompes d’efflux (mecanisme suspecte comme induisant la sensibilite diminuee au CDMA), ainsi que la caracterisation du biofilm forme par PSAE par des technologies innovantes (impedancemetrie et microfluidique) sont en cours d’investigation, afin de comprendre ce phenomene, recemment observe, de resistance cumulee aux antibiotiques et desinfectants

Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health

National audienced’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Elle est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment liee a l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergentdesinfectant utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE. Matériel et Méthodes Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux, 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante, conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, typage multi-locus (MLST), core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise. Résultats Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associés a des clones à haut risque d’acquisition des resistances (HRC). Discussion/Conclusion Bien que moins representes en medecine veterinaire, les niveaux de resistance de PSAE aux antimicrobiens soulignent la necessite de maintenir les efforts sur leurs bonnes pratiques d’utilisation, particulierement pour les antibiotiques de dernier recours. Malgre une population plus diversifiee, la presence de HCR problematiques chez l’Homme rend compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser du fait de la resistance cumulee aux desinfectants et antibiotiques dont les mecanismes sont investigues

Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health

National audienced’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Elle est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment liee a l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergentdesinfectant utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE. Matériel et Méthodes Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux, 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante, conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, typage multi-locus (MLST), core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise. Résultats Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associés a des clones à haut risque d’acquisition des resistances (HRC). Discussion/Conclusion Bien que moins representes en medecine veterinaire, les niveaux de resistance de PSAE aux antimicrobiens soulignent la necessite de maintenir les efforts sur leurs bonnes pratiques d’utilisation, particulierement pour les antibiotiques de dernier recours. Malgre une population plus diversifiee, la presence de HCR problematiques chez l’Homme rend compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser du fait de la resistance cumulee aux desinfectants et antibiotiques dont les mecanismes sont investigues

Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health

National audienceContexte : Pseudomonas aeruginosa (PSAE) est une bacterie responsable d’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Tres impliquee dans la formation de biofilm, une structure participant a l’echappement aux antimicrobiens, PSAE est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment a cause de l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergent-desinfectant tres utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Face aux problematiques communes chez l’Homme et l’animal, une approche ≪ une seule sante ≫ est aujourd’hui necessaire pour une meilleure comprehension des enjeux, et pour identifier les risques et anticiper les emergences de demain. Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE. Matériel et Méthodes : Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux et 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante et conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, le typage multi-locus (MLST), le core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise. Résultats : Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associes a des clones a haut risque d’acquisition des resistances (HRC). Discussion/Conclusion : Bien que moins representee en medecine veterinaire, la resistance de PSAE aux antimicrobiens ne doit pas etre negligee. Malgre une population globale plus diversifiee, des HRC problematiques chez l’Homme sont presents chez l’animal. Ces similitudes rendent compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser par la presence de souches resistantes aux desinfectants. La recherche de mutations specifiques sur les genes regulant les pompes d’efflux (mecanisme suspecte comme induisant la sensibilite diminuee au CDMA), ainsi que la caracterisation du biofilm forme par PSAE par des technologies innovantes (impedancemetrie et microfluidique) sont en cours d’investigation, afin de comprendre ce phenomene, recemment observe, de resistance cumulee aux antibiotiques et desinfectants

Decreased susceptibility to a major component of disinfectant among equine Pseudomonas aeruginosa (PSAE) isolates

National audienceBackground: Didecyldimethylammonium chloride (DDAC) is a quaternary ammonium compound used in several disinfection products in veterinary and hospital environments. In Human medicine, strains of Pseudomonas aeruginosa (PSAE) have been showed to present a decreased susceptibility to DDAC according to the NFEN-13727+A2 referential by incompletely understood mechanisms. Decreased susceptibility to antibiotics and disinfectant agents is a major concern to public health as it allows pathogens to persist in their environment. Objectives: The purpose of this study was to evaluate the existence of PSAE strains with DDAC decreased susceptibility among animals in Normandy, France. Study design: Based on a “One health” approach, our global project aims at a better understanding of the resistance mechanisms to disinfectants and antibiotics for PSAE. Methods: Between 1996 and 2020, 183 strains (Table I) isolated from animal samples (including 146 equines) were provided by our reference laboratory and routine diagnostic service. Minimum inhibitory concentrations (MICs) of DDAC were determined using broth microdilution method. Decreased susceptibility was defined as MIC≥64 mg/L, corresponding to the concentration of DDAC in a disinfectant solution according to the manufacturer’s instructions. Results: During the 1996–2015 period all strain tested were sensitive to DDAC , whereas for years 2017, 2018, 2019 and 2020 respectively 20%; 26.3%; 6.5% and 12% of strains presented decrease susceptibility (Figure I). Over all 10.4% of the strains presented this phenotype and 84.21% of them were equine (Figure II). Finally, equine respiratory and genital samples are those which have shown the most decrease in sensitivity, representing respectively 42.11% and 36.84% of all strains. Main limitation: From 1996 to 2015, only 23 strains have been isolated; for years 2017 and 2018, only strains showing antibimicrobial resistances phenotype were selected. Conclusion: Decreased susceptibility to DDAC is also present in the veterinary industry. Genomic analyses are underway to determine the relatedness of theses strains and to understand the mechanisms involved.Short title: Adaptation to a major disinfectant-componentSources of funding: Conseil Régional de Normandie and Ministère de l’Agriculture (EcoAntibio) support this stud

Decreased susceptibility to a major component of disinfectant associated to human and equine Pseudomonas aeruginosa (PSAE) isolates

International audienceBackground: Didecyldimethylammonium chloride (DDAC) is a quaternary ammonium compound used in several disinfection products in veterinary and hospital environments. In Human medicine, strains of Pseudomonas aeruginosa (PSAE) have been showed to present a decreased susceptibility to DDAC according to the NFEN-13727+A2 referential by incompletely understood mechanisms. Decreased susceptibility to antibiotics and disinfectant agents is a major concern to public health as it allows pathogens to persist in their environment. Objectives: The purpose of this study was to evaluate the existence of PSAE strains with DDAC decreased susceptibility among animals in Normandy, France. Study design: Based on a “One health” approach, our global project aims at a better understanding of the resistance mechanisms to disinfectants and antibiotics for PSAE. Methods: Between 1996 and 2020, 183 strains isolated from animal samples (including 146 equines) were provided by our reference laboratory and routine diagnostic service. Minimum inhibitory concentrations (MICs) of DDAC were determined using broth microdilution method. Decreased susceptibility was defined as MIC≥64mg/L, corresponding to the concentration of DDAC in a disinfectant solution according to the manufacturer’s instructions. Results: During the 1996–2015 period all strain tested were sensitive to DDAC, whereas for years 2017, 2018, 2019 and 2020 respectively 20%; 26.3%; 6.5% and 12% of strains presented decrease susceptibility. Over all 10.4% of the strains presented this phenotype and 84.21% of them were equine. Finally, equine respiratory and genital samples are those which have shown the most decrease in sensitivity, representing respectively 42.11% and 36.84% of all strains. Main limitation: From 1996 to 2015, only 23 strains have been isolated; for years 2017 and 2018, only strains showing antibimicrobial resistances phenotype were selected. Conclusion: Decreased susceptibility to DDAC is also present in the veterinary industry. Genomic analyses are underway to determine the relatedness of theses strains and to understand the mechanisms involved.Short title: Adaptation to a major disinfectant-componentSources of funding: Conseil Régional de Normandie and Ministère de l’Agriculture (EcoAntibio) support this stud

Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health

National audienceContexte : Pseudomonas aeruginosa (PSAE) est une bacterie responsable d’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Tres impliquee dans la formation de biofilm, une structure participant a l’echappement aux antimicrobiens, PSAE est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment a cause de l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergent-desinfectant tres utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Face aux problematiques communes chez l’Homme et l’animal, une approche ≪ une seule sante ≫ est aujourd’hui necessaire pour une meilleure comprehension des enjeux, et pour identifier les risques et anticiper les emergences de demain. Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE. Matériel et Méthodes : Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux et 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante et conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, le typage multi-locus (MLST), le core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise. Résultats : Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associes a des clones a haut risque d’acquisition des resistances (HRC). Discussion/Conclusion : Bien que moins representee en medecine veterinaire, la resistance de PSAE aux antimicrobiens ne doit pas etre negligee. Malgre une population globale plus diversifiee, des HRC problematiques chez l’Homme sont presents chez l’animal. Ces similitudes rendent compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser par la presence de souches resistantes aux desinfectants. La recherche de mutations specifiques sur les genes regulant les pompes d’efflux (mecanisme suspecte comme induisant la sensibilite diminuee au CDMA), ainsi que la caracterisation du biofilm forme par PSAE par des technologies innovantes (impedancemetrie et microfluidique) sont en cours d’investigation, afin de comprendre ce phenomene, recemment observe, de resistance cumulee aux antibiotiques et desinfectants