Indicação de sombreamento artificial para o cultivo de Carapichea Ipecacuanha de acordo com a atividade fotoquímica / Indication of artificial shading for the cultivation of Carapichea Ipecacuanha according to photochemical activity

A ipecacuanha (Carapichea ipecacuanha (Brot.) L.Andersson) produz em suas raízes compostos que possuem alto valor econômico para a indústria farmacêutica, a emetina e a cefalina. Com intuito de contornar o processo de extinção que vem ocorrendo com essa espécie, melhores formas de cultivo e reintrodução no habitat natural devem ser encontradas. Para tal, diversos aspectos fisiológicos precisam ser analisados, como por exemplo, a influência da intensidade luminosa no crescimento e desenvolvimento dessa planta. Desta forma, este trabalho avaliou como diferentes níveis de sombreamento podem influenciar na atividade fotoquímica da fotossíntese da ipecacuanha, em diferentes estações do ano. As plantas foram dispostas em três casas de vegetação com diferentes níveis de sombreamento (50, 70 e 90%), sendo considerado o sombreamento de 70% o controle. Foram realizadas análises de fluorescência transiente da clorofila a, de acordo com as estações de 2018 (verão, outono, inverno e primavera). O sombreamento de 90%, para todas as estações do ano, foi o mais adequado para a atividade fotoquímica da fotossíntese. No entanto, o sombreamento de 50% apresentou índice de performance inferior para todas as estações, quando comparados ao controle

Diversidade molecular entre populações de Spodoptera frugiperda no Brasil avaliada por marcadores AFLP

The objective of this work was to evaluate the molecular diversity, by AFLP markers, of six Spodoptera frugiperda populations collected in maize crops in different geographical regions of Brazil. DNA was extracted from fourth‑instar larvae, and AFLP reactions were performed with seven oligonucleotide primer combinations. From the six studied S. frugiperda populations, a major group was identified, formed by three more genetically‑related populations. The evaluated S. frugiperda populations show high genetic variability, with a maximum of 58% similarity.O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade molecular, por meio de marcadores AFLP, de seis populações de Spodoptera frugiperda coletadas na cultura do milho, em diferentes regiões geográficas do Brasil. O DNA foi extraído de lagartas de quarto instar, e as reações de AFLP foram realizadas com sete combinações de oligonucleotídeos iniciadores. A partir das seis populações de S. frugiperda estudadas, foi identificado um grupo principal formado por três populações geneticamente mais relacionadas. As populações de S. frugiperda analisadas mostram alta variabilidade genética, com máximo de 58% de similaridade

Population genetic analysis of brazilian peach breeding germplasm.

ABSTRACT Peach has great economic and social importance in Brazil. Diverse sources of germplasm were used to introduce desirable traits in the Brazilian peach breeding pool, composed mainly by local selections and accessions selected from populations developed by the national breeding programs, adapted to subtropical climate, with low chill requirement, as well as accessions introduced from several countries. In this research, we used SSR markers, selected by their high level of polymorphism, to access genetic diversity and population structure of a set composed by 204 peach selected genotypes, based on contrasting phenotypes for valuable traits in peach breeding. A total of 80 alleles were obtained, giving an average of eight alleles per locus. In general, the average value of observed heterozygosity (0.46) was lower than the expected heterozygosity (0.63). STRUCTURE analysis assigned 162 accessions splitted into two subpopulations based mainly on their flesh type: melting (96) and non-melting (66) flesh cultivars. The remaining accessions (42) could not be assigned under the 80% membership coefficient criteria. Genetic variability was greater in melting subpopulation compared to non-melting. Additionally, 55% of the alleles present in the breeding varieties were also present in the founder varieties, indicating that founding clones are well represented in current peach cultivars and advanced selections developed. Overall, this study gives a first insight of the peach genetic variability available and evidence for population differentiation (structure) in this peach panel to be exploited and provides the basis for genome-wide association studies

Diversity, structure and genetic relationship of Prunus rootstocks evaluated by analysis of morphological characters and SSR loci

This study aimed to assess the diversity, structure and the genetic relationship, evaluated by phenotypic and molecular of 75 Prunus rootstocks collection belonging to EMBRAPA Clima Temperado. The phenotypic analyzes were conducted by the evaluation of 21 qualitative and 26 quantitative traits of different plant organs and molecular analyzes were based on evaluation of 17 SSR loci. The data of quantitative traits were categorized by Scott & Knott method and submitted along with the qualitative data to statistical analysis (hierarchical by Jaccard coefficient) and clustering of phenotypic relationship. Molecular data were first converted to different formats and subjected to various statistical analyzes. The UPGMA dendogram obtained by genetic distance matrix calculated by Li & Nei coefficient, using the data of SSR loci evaluated was not able to distinguish between Tsukuba-1, Tsukuba-2 and Tsukuba-3 accesses, however, showed phenotypic effective to distinguish them. The dendograms of both analyzes together with the results of Bayesian approaches allowed the identification of three pools with high relation with the different groups that make up the collection. It was found that principal coordinates analysis based on phenotypic data, proved most effective for the detection of three pools detected with the hierarchical and the Bayesian approach. With the molecular data, the principal coordinates analysis corroborated with results obtained by the dendogram and the Bayesian approach. The access of group South Brazilian originating from samples collected in orchards in the region of Pelotas, which have no known pedigree, had largely down genetic and phenotypic distance, low 0.49 per both analyzes, with Aldrighi and Capdeboscq, and other known access. These accesses were traditionally used in the past as rootstocks in the state of Rio Grande do Sul. For both phenotypic and molecular analyzes, the group access of other species contributed more to genetic and phenotypic diversity, as expected, because are different species and with low similarity of features. Phenotypic and genetic characterization proved effective for elucidating the diversity, structure and genetic, and phenotypic relationship of the rootstocks of Prunus collection.O presente trabalho objetivou avaliar a diversidade, estrutura e relação genética, por avaliação molecular, e fenotípica de uma coleção de 75 acessos de porta-enxertos de Prunus da EMBRAPA Clima Temperado. As análises fenotípicas foram conduzidas com a avaliação de 21 caracteres qualitativos e 26 quantitativos de diferentes órgãos das plantas, e as análises moleculares foram baseadas na avaliação de 17 loci SSR. Os dados dos caracteres quantitativos foram categorizados pelo método de agrupamento Scott & Knott e submetidos juntamente com os dados qualitativos às análises estatísticas de agrupamento (hierárquica pelo coeficiente de Jaccard) e de relação fenotípica. Os dados moleculares foram convertidos primeiramente para diferentes formatos e submetidos às diferentes análises estatísticas. O dendograma UPGMA obtido a partir da matriz de distância genética calculada pelo coeficiente Nei & Li, utilizando os dados dos loci SSR, não foi capaz de distinguir os acessos Tsukuba-1, Tsukuba-2 e Tsukuba-3, no entanto, os dados fenotípicos mostraram-se eficazes para distingui-los. Os dendograma de ambas as análises, juntamente com a abordagem Bayesiana, possibilitaram a identificação de três pools, com alta relação com os diferentes grupos que compõem a coleção. Verificou-se que análise de coordenadas principais, baseada em dados fenotípicos, mostrou-se mais eficaz para a detecção dos três pools detectados com as abordagens hierárquica e Bayesiana. Com os dados moleculares, a análise de coordenadas principais corroborou parcialmente com os resultados obtidos pelo dendograma e pela análise Bayesiana. Os acessos do grupo sul-brasileiro originários de coletas realizadas em pomares da região de Pelotas, os quais não possuem genealogia conhecida, apresentaram em grande parte baixa distância genética e fenotípica, abaixo de 0,49 por ambas as análises, em relação aos acessos Aldrighi e Capdeboscq. Estes acessos foram tradicionalmente usados no passado como porta-enxertos no estado do Rio Grande do Sul. Por ambas as análises, fenotípicas e moleculares, o grupo de acessos de outras espécies foi nalmente quem mais contribuiu para a diversidade genética e fenotípica, como já era esperado, pois são espécies distintas e com baixa similaridade de características. A caracterização genética por ambas as técnicas de análise mostrou-se efetiva para a elucidação da diversidade, estrutura e relação genética e fenotípica da coleção de porta-enxertos de Prunus avaliada

Aplicação de carvão ativado na micropropagação de framboesa, cv. Heritage

Tradicionalmente, a propagação comercial de plantas de framboesa é feita vegetativamente, usando estacas (DZIEDZIC; JAGLA, 2013). No entanto, essa técnica convencional é demorada e não produz material de plantio livre de vírus. A micropropagação clonal permite tanto a eliminação de vírus quanto o estabelecimento de plantas uniformes de alta qualidade que se multiplicam rapidamente (MARTIN et al., 2002). As plantas de framboesa micropropagadas são usadas para o estabelecimento de plantas matrizes, bem como para a criação de plantações comerciais. Tem sido estudado os efeitos de diferentes fatores no cultivo in vitro, tais como, pré-tratamento e o estágio de iniciação da cultura (WU et al., 2009), o crescimento da planta, reguladores (HUNKOVA et al., 2016) e a composição mineral do meio (POOTHONG, S.; REED, 2014) na micropropagação de framboesa. Por se tratar de uma espécie semilenhosa, ao ser cultivada in vitro, a framboeseira libera exsudatos derivados da oxidação de compostos fenólicos, sendo necessário o uso de antioxidantes no meio de cultura. A oxidação ocorre em função da liberação de compostos fenólicos in vitro, precursores da síntese de lignina, pelo tecido injuriado. Esse acúmulo de polifenóis e produtos de oxidação, como melanina, suberina, lignina, cutina e calose em torno da superfície excisada, modificam a composição do meio de cultivo e a absorção de metabólitos (ANDRADE et al., 2000).Sem bols

Análise multivariada da divergência genética de genótipos de arroz sob estresse salino durante a fase vegetativa Multivariate analysis of genetic divergence of genotypes of rice under salt stress during the vegetative phase

A salinidade, dos solos e da água de irrigação, constitui fator limitante para o cultivo do arroz, principalmente nos estágios iniciais do desenvolvimento e no período de floração. A utilização de fontes de água de má qualidade para irrigação resulta no acúmulo de sais no solo, causando toxicidade importante na cultura. Uma solução para o problema seria a introdução de variedades com tolerância à salinidade elevada. Assim, objetivou-se com este trabalho avaliar a divergência genética entre genótipos de arroz visando à seleção de genótipos tolerantes à salinidade durante a fase vegetativa. Sementes de 10 genótipos de arroz foram cultivadas in vitro, em meio MS acrescido de 0 e 136 mM de NaCl. Após 21 dias, foram avaliados seis caracteres morfológicos e os resultados submetidos a análises multivariadas. Os métodos de otimização de Tocher, baseado na distância de Mahalanobis, e a dispersão gráfica das variáveis canônicas seguiram a mesma tendência de agrupamento dos genótipos, formando seis grupos distintos. A característica massa fresca da parte aérea foi a que mais contribuiu para a dissimilaridade genética entre os genótipos, pelo método de Singh, enquanto as duas primeiras variáveis canônicas foram suficientes para explicar 91,27% da variação observada. Nas condições experimentais testadas, os genótipos apresentaram graus distintos de tolerância à salinidade, sendo BRS Colosso, BRS Bojuru e BR IRGA 410, pertencentes aos grupos três e quatro, os que se mostraram mais tolerantes ao estresse salino e o genótipo Moti, pertencente ao grupo dois, o que se mostrou mais sensível.Soil salinity is a limiting factor for rice cultivation, especially in the early stages of development and the flowering period. The use of sources of poor quality water for irrigation results in the accumulation of salts in the soil, causing major toxicity in culture. A solution to the problem would be the introduction of varieties with tolerance to high salinity. Hus the aim of this work is to evaluate genetic divergence among rice genotypes, aiming at the selection of genotypes tolerant to salinity during the vegetative phase. Seeds of 10 rice genotypes were grown in vitro on MS medium supplemented with 0 and 136 mM NaCl. After 21 days, six morphological characters were evaluated and the results subjected to multivariate analysis. The methods of Tocher, based on Mahalanobis distance, and graphic dispersion of canonic variables followed the same pattern of clustering structure, forming six groups. The characteristic of shoot fresh weight was the largest contributor to the genetic dissimilarity between genotypes by the method of Singh, while the other two canonic variables were sufficient to account for 91.27% of observed variation. Under the experimental conditions tested, the genotypes showed different degrees of salinity tolerance, while Colossus BRS, BRS Bojuru and BR IRGA 410, belonging to the groups three and four, were those who were more tolerant genotype and Moti, belonging to two what was more sensitive to salt stress

Leveraging User-Friendly Network Approaches to Extract Knowledge From High-Throughput Omics Datasets

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2019-12-16T11:53:58Z No. of bitstreams: 1 Ramos Pablo I . Leveraging...pdf: 3323461 bytes, checksum: 578b227bea15bb4a3114f428396fddb2 (MD5)Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio ([email protected]) on 2019-12-16T12:16:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Ramos Pablo I . Leveraging...pdf: 3323461 bytes, checksum: 578b227bea15bb4a3114f428396fddb2 (MD5)Made available in DSpace on 2019-12-16T12:16:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ramos Pablo I . Leveraging...pdf: 3323461 bytes, checksum: 578b227bea15bb4a3114f428396fddb2 (MD5) Previous issue date: 2019Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Brazil [Universal 28/2018; grant protocol 427183/2018-9]. LA received a postdoctoral fellowship from the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de 725 Nível Superior (CAPES). AQ acknowledges funding from Fundação Oswaldo Cruz (INOVA - Process VPPIS-001-FIO-18-45). Publication fees were defrayed by Fundação Oswaldo Cruz. The funders had no role in study design, analysis, decision to publish, or preparation of the manuscriptFundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Federal University of Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Laboratório de Genética Molecular e Biotecnologia Vegetal. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Ceará. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Fortaleza, CE, Brasil.Fundação José Silveira. Multinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde. Salvador, BA, Brasil.Recent technological advances for the acquisition of multi-omics data have allowed an unprecedented understanding of the complex intricacies of biological systems. In parallel, a myriad of computational analysis techniques and bioinformatics tools have been developed, with many efforts directed towards the creation and interpretation of networks from this data. In this review, we begin by examining key network concepts and terminology. Then, computational tools that allow for their construction and analysis from high-throughput omics datasets are presented. We focus on the study of functional relationships such as co-expression, protein-protein interactions, and regulatory interactions that are particularly amenable to modeling using the framework of networks. We envisage that many potential users of these analytical strategies may not be completely literate in programming languages and code adaptation, and for this reason, emphasis is given to tools' user-friendliness, including plugins for the widely adopted Cytoscape software, an open-source, cross-platform tool for network analysis, visualization, and data integration

POPULATION GENETIC ANALYSIS OF BRAZILIAN PEACH BREEDING GERMPLASM

<div><p>ABSTRACT Peach has great economic and social importance in Brazil. Diverse sources of germplasm were used to introduce desirable traits in the Brazilian peach breeding pool, composed mainly by local selections and accessions selected from populations developed by the national breeding programs, adapted to subtropical climate, with low chill requirement, as well as accessions introduced from several countries. In this research, we used SSR markers, selected by their high level of polymorphism, to access genetic diversity and population structure of a set composed by 204 peach selected genotypes, based on contrasting phenotypes for valuable traits in peach breeding. A total of 80 alleles were obtained, giving an average of eight alleles per locus. In general, the average value of observed heterozygosity (0.46) was lower than the expected heterozygosity (0.63). STRUCTURE analysis assigned 162 accessions splitted into two subpopulations based mainly on their flesh type: melting (96) and non-melting (66) flesh cultivars. The remaining accessions (42) could not be assigned under the 80% membership coefficient criteria. Genetic variability was greater in melting subpopulation compared to non-melting. Additionally, 55% of the alleles present in the breeding varieties were also present in the founder varieties, indicating that founding clones are well represented in current peach cultivars and advanced selections developed. Overall, this study gives a first insight of the peach genetic variability available and evidence for population differentiation (structure) in this peach panel to be exploited and provides the basis for genome-wide association studies.</p></div