BeatBox - HPC simulation environment for biophysically and anatomically realistic cardiac electrophysiology

The BeatBox simulation environment combines flexible script language user interface with the robust computational tools, in order to setup cardiac electrophysiology in-silico experiments without re-coding at low-level, so that cell excitation, tissue/anatomy models, stimulation protocols may be included into a BeatBox script, and simulation run either sequentially or in parallel (MPI) without re-compilation. BeatBox is a free software written in C language to be run on a Unix-based platform. It provides the whole spectrum of multi scale tissue modelling from 0-dimensional individual cell simulation, 1-dimensional fibre, 2-dimensional sheet and 3-dimensional slab of tissue, up to anatomically realistic whole heart simulations, with run time measurements including cardiac re-entry tip/filament tracing, ECG, local/global samples of any variables, etc. BeatBox solvers, cell, and tissue/anatomy models repositories are extended via robust and flexible interfaces, thus providing an open framework for new developments in the field. In this paper we give an overview of the BeatBox current state, together with a description of the main computational methods and MPI parallelisation approaches.Comment: 37 pages, 10 figures, last version submitted to PLOS ON

Non-standard Abilities of PostgreSQL

Import 22/07/2015Cílem bakalářské práce je prozkoumat nadstandardní vlastnosti databázového systému PostgreSQL nad rámec standardu SQL, respektive konkurečních databázových systémů a následně pro ně najít situace, ve kterých se dají vhodně uplatnit. V práci jsou nejprve postupně vyčteny možnosti uživatelské rozšířitelnosti PostgreSQL databáze a následně vybrány, zdokumentovány a zdůvodněny právě ty, které jsou jen obtížně nahraditelné vlastnostmi standardu SQL. Další část práce se soustředí na postup vytvoření jednoho praktického uživatelského rozšíření datábaze. Tato část podrobně popisuje, co všechno bylo při implementaci tohoto rozšíření nutno provést. Závěrečná část práce se pak stručně zabývá srovnáním dvou konkurečních SŘBD z hlediska rozšířitelnosti.The goal of this bachelor thesis is to explore non-standard abilities of PostgreSQL database system beyond the SQL standard respectively beyond other competitive database systems and to find situations of practical applications for these non-standard abilities subsenquently. As first there are listed user-defined extensibility options of the PostgreSQL database and then there are picked those that are difficult to replace with abilities of SQL standard. Next part of the thesis is focused on process of creating one practical user-defined extension of the database system. This part in detail describes what was needed for the implementation of that user-defined extension. Final part then briefly compares PostgreSQL database with two other database managements systems from the point of extensibility.460 - Katedra informatikyvelmi dobř

Etude preliminaire sur une eventuelle tendance climatique de l'ETP. Le cas d'Avignon dans le midi de la France

* INRA Centre de Recherche d'Avignon, URD, Domaine St Paul, BP 91, 84143 Montfavet cedex Diffusion du document : INRA Centre de Recherche d'Avignon, URD, Domaine St Paul, BP 91, 84143 Montfavet cedexNational audienc

Estimation regionale du rayonnement solaire global dans le Chili aride et semi-aride

National audienc

Effets d'un mulch sur la temperature du sol

National audienc

A propos de la formule actualisée d'estimation de l'ETP de Penman-Monteith

* INRA, Documentation, Domaine St Paul, Site Agroparc, 84914 Avignon cedex 9 (FRA) Diffusion du document : INRA, Documentation, Domaine St Paul, Site Agroparc, 84914 Avignon cedex 9 (FRA)National audienc

Estimation de l'evapotranspiration en moyenne montagne (application au Mont Ventoux)

*Station de bioclimatologie/STEFCE, INRA Avignon Diffusion du document : Station de bioclimatologie/STEFCE, INRA AvignonNational audienc

Estimacion regional de la radiacion solar en Chile arido y semiarido

International audienc

L'estimation d'une évapotranspiration de référence par le modèle de Penman-Monteith actualisé

National audienc