Detectable clonal mosaicism and its relationship to aging and cancer

In an analysis of 31,717 cancer cases and 26,136 cancer-free controls from 13 genome-wide association studies, we observed large chromosomal abnormalities in a subset of clones in DNA obtained from blood or buccal samples. We observed mosaic abnormalities, either aneuploidy or copy-neutral loss of heterozygosity, of >2 Mb in size in autosomes of 517 individuals (0.89%), with abnormal cell proportions of between 7% and 95%. In cancer-free individuals, frequency increased with age, from 0.23% under 50 years to 1.91% between 75 and 79 years (P = 4.8 × 10(-8)). Mosaic abnormalities were more frequent in individuals with solid tumors (0.97% versus 0.74% in cancer-free individuals; odds ratio (OR) = 1.25; P = 0.016), with stronger association with cases who had DNA collected before diagnosis or treatment (OR = 1.45; P = 0.0005). Detectable mosaicism was also more common in individuals for whom DNA was collected at least 1 year before diagnosis with leukemia compared to cancer-free individuals (OR = 35.4; P = 3.8 × 10(-11)). These findings underscore the time-dependent nature of somatic events in the etiology of cancer and potentially other late-onset diseases

Personer som utsatts för våldsbrott och deras upplevelser av kontakten med polisen

Att bli utsatt för brott innebär ofta starka känslomässiga reaktioner och sättet som brottsoffer hanterar situationen beror till stor del på upplevelser som de har strax efter det inträffade brottet. Eftersom polisen i regel är de första att möta personer som utsatts för brott så har polisen en unik möjlighet att hjälpa brottsoffren att hantera det akuta traumat och undvika att de drabbas av sekundär viktmisering. Forskning har visat att brottsoffer, även de som utsatts för våldsbrott, generellt är nöjda med polisens hjälp och upplever kontakten med polisen som positiv. Denna uppsats syfte var att undersöka hur personer som utsatts för våldsbrott upplevde kontakten med polisen i samband med anmälan av brottet och vid utredningen av brottet. En kvalitativ ansats valdes och semistrukturerade intervjuer genomfördes med sex personer. Kontakten med dessa personer erhölls genom brottsofferjourer som dessa personer hade varit i kontakt med. För att analysera materialet användes en manifest innehållsanalys och genom denna skapades sex kategorier med underkategorier: upplevelse av polisens hjälp som bättre än förväntat med underkategorin förväntningar på att polisen ska gripa gärningsmannen, tillgänglighet, information med underkategorierna information om stöd och hjälp samt information om utvecklingen i det egna ärendet, polisen som professionell med underkategorin förbättrad syn på polisen genom insikt i polisens arbete, upplevelse av polisens arbete som ifrågasättande samt poliskontaktens påverkan på respondenterna med underkategorierna betydelsen av att polisen tog situationen på allvar och polisens stöd. Resultatet visade att respondenterna bland annat upplevde polisens hjälp som bättre än förväntat, att de snabbt fick hjälp och att polisen tog dem på allvar och gav dem stöd. Majoriteten av respondenterna var nöjda med kontakten med polisen och de förefaller inte vara sekundärt viktimiserade. Nyckelord: brottsoffer, våldsbrott, polisen, upplevelser, sekundär viktmisering2013-08-26</p

Personer som utsatts för våldsbrott och deras upplevelser av kontakten med polisen

Att bli utsatt för brott innebär ofta starka känslomässiga reaktioner och sättet som brottsoffer hanterar situationen beror till stor del på upplevelser som de har strax efter det inträffade brottet. Eftersom polisen i regel är de första att möta personer som utsatts för brott så har polisen en unik möjlighet att hjälpa brottsoffren att hantera det akuta traumat och undvika att de drabbas av sekundär viktmisering. Forskning har visat att brottsoffer, även de som utsatts för våldsbrott, generellt är nöjda med polisens hjälp och upplever kontakten med polisen som positiv. Denna uppsats syfte var att undersöka hur personer som utsatts för våldsbrott upplevde kontakten med polisen i samband med anmälan av brottet och vid utredningen av brottet. En kvalitativ ansats valdes och semistrukturerade intervjuer genomfördes med sex personer. Kontakten med dessa personer erhölls genom brottsofferjourer som dessa personer hade varit i kontakt med. För att analysera materialet användes en manifest innehållsanalys och genom denna skapades sex kategorier med underkategorier: upplevelse av polisens hjälp som bättre än förväntat med underkategorin förväntningar på att polisen ska gripa gärningsmannen, tillgänglighet, information med underkategorierna information om stöd och hjälp samt information om utvecklingen i det egna ärendet, polisen som professionell med underkategorin förbättrad syn på polisen genom insikt i polisens arbete, upplevelse av polisens arbete som ifrågasättande samt poliskontaktens påverkan på respondenterna med underkategorierna betydelsen av att polisen tog situationen på allvar och polisens stöd. Resultatet visade att respondenterna bland annat upplevde polisens hjälp som bättre än förväntat, att de snabbt fick hjälp och att polisen tog dem på allvar och gav dem stöd. Majoriteten av respondenterna var nöjda med kontakten med polisen och de förefaller inte vara sekundärt viktimiserade. Nyckelord: brottsoffer, våldsbrott, polisen, upplevelser, sekundär viktmisering2013-08-26</p

Känsla av sammanhang i samlingen : En kvalitativ intervjustudie om förskollärares uppfattningar om samlingen

Studiens syfte är att bidra med ökad kunskap om förskollärares olika uppfattningar och erfarenheter av samling för barn i förskolan. För att samla in material som besvarar vårt syfte har åtta kvalitativa intervjuer med förskollärare använts som metod. Forskningen som valts ut pekar på att regler kring samlingen ofta finns samt att barnens tankar får ytterst lite plats. Den valda teorin för studien är Antonovskys salutogena teori där KASAM, en känsla av sammanhang, är i fokus. Med hjälp av KASAM:s tre centrala begrepp begriplighet, hanterbarhet och meningsfullhet analyserades resultatet. Resultatet visar att samtliga förskollärare i studien tycks använda olika anpassningar för att barnen ska kunna delta utifrån sina egna förutsättningar. Anpassningarna skiljer sig från varandra men förskollärarna uttrycker att samlingen ska upplevas begriplig, hanterbar och meningsfull för barnen. Resultatet visar också att det i förskollärarnas utsagor framkommer att de har en delad syn på samlingens syfte. Vissa av förskollärarna påtalar att samlingen alltid bör ha ett tydligt syfte medan andra talar om att samlingen kan vara ett sätt för att skapa en gemenskap. Studiens resultat visar vidare att KASAM verkar tillämpas i förskolans verksamhet och att beskrivna strukturer och rutiner kan möjliggöra för att barnen ska känna att samlingen blir begriplig.

Budgeting as a control tool – A study of Blekinge hospital in Karlskrona and S:t Görans hospital in Stockholm

Vårt syfte är att undersöka om och hur budgetens roll skiljer sig åt mellan en offentlig och en privat hälso- och sjukvårdsorganisationer. Vi har baserat vår uppsats och våra slutsatser på intervjuer, som vi gjort på Blekingesjukhuset i Karlskrona och S:t Görans sjukhus i Stockholm. Vi har gjort intervjuer på fyra till fem olika nivåer i båda organisationerna, för att få ett djup i vår undersökning. Vi har kommit fram till att det finns stora skillnader mellan det offentliga sjukhuset och det privata sjukhuset. Den största skillnaden fann vi vara budgetuppföljningen, men att det inte finns någon större skillnad mellan sjukhusen på lägre nivå, däremot på högre nivåer kan vi urskilja relativt stora skillnader. Vår slutsats är även den att det inte behöver vara ägandeformen i företaget som orsakar skillnader, utan det även kan vara samspelet mellan individerna i organisationerna som skiljer sig. Our purpose is to investigate if and how the purpose is different between a public and a privet heath care organization. We have based our essay and our conclusions on interviews, that we did at Blekingesjukhuset in Karlskrona and S:t Görans hospital in Stockholm. We have done the interviews on four to five different levels in both organizations, to get a depth in our investigation. Our conclusion is that there is big a difference in the budgeting between the public sector and the private sector. The big difference is in the follow up process of the budget, but we could not see that it differed so much in the lower levels of the organizations. It was much more obvious when we came up to the managerial level. Another conclusion we made was that it does not have to be the form of ownership that makes the difference; it can also be the interaction between individuals

Budgeting as a control tool – A study of Blekinge hospital in Karlskrona and S:t Görans hospital in Stockholm

Vårt syfte är att undersöka om och hur budgetens roll skiljer sig åt mellan en offentlig och en privat hälso- och sjukvårdsorganisationer. Vi har baserat vår uppsats och våra slutsatser på intervjuer, som vi gjort på Blekingesjukhuset i Karlskrona och S:t Görans sjukhus i Stockholm. Vi har gjort intervjuer på fyra till fem olika nivåer i båda organisationerna, för att få ett djup i vår undersökning. Vi har kommit fram till att det finns stora skillnader mellan det offentliga sjukhuset och det privata sjukhuset. Den största skillnaden fann vi vara budgetuppföljningen, men att det inte finns någon större skillnad mellan sjukhusen på lägre nivå, däremot på högre nivåer kan vi urskilja relativt stora skillnader. Vår slutsats är även den att det inte behöver vara ägandeformen i företaget som orsakar skillnader, utan det även kan vara samspelet mellan individerna i organisationerna som skiljer sig. Our purpose is to investigate if and how the purpose is different between a public and a privet heath care organization. We have based our essay and our conclusions on interviews, that we did at Blekingesjukhuset in Karlskrona and S:t Görans hospital in Stockholm. We have done the interviews on four to five different levels in both organizations, to get a depth in our investigation. Our conclusion is that there is big a difference in the budgeting between the public sector and the private sector. The big difference is in the follow up process of the budget, but we could not see that it differed so much in the lower levels of the organizations. It was much more obvious when we came up to the managerial level. Another conclusion we made was that it does not have to be the form of ownership that makes the difference; it can also be the interaction between individuals

Autoimmune disease and subsequent risk of developing alimentary tract cancers among 4.5 million US male veterans

Autoimmunity is clearly linked with hematologic malignancies, but less is known about autoimmunity and alimentary tract cancer risk, despite the specific targeting of alimentary organs and tissues by several autoimmune diseases. The authors therefore conducted the first systematic evaluation of a broad range of specific autoimmune diseases and risk for subsequent alimentary tract cancer. On the basis of 4,501,578 US male veterans, the authors identified 96,277 men who developed alimentary tract cancer during up to 26.2 years of follow-up. By using Poisson regression methods, the authors calculated relative risks (RRs) and 95% confidence intervals. A history of autoimmune disease with localized alimentary tract effects generally increased cancer risks in the organ(s) affected by the autoimmune disease, such as primary biliary cirrhosis and liver cancer (RR, 6.01; 95% confidence interval [CI], 4.76-7.57); pernicious anemia and stomach cancer (RR, 3.17; 95% CI, 2.47-4.07); and ulcerative colitis and small intestine, colon, and rectal cancers (RR, 2.53; 95% CI, 1.05-6.11; RR, 2.06; 95% CI, 1.70-2.48; and RR, 2.07; 95% CI, 1.62-2.64, respectively). In addition, a history of celiac disease, reactive arthritis (Reiter disease), and systemic sclerosis all were associated significantly with increased risk of esophageal cancer (RR, 1.86-2.86). Autoimmune diseases without localized alimentary tract effects generally were not associated with alimentary tract cancer risk, with the exception of decreased risk for multiple alimentary tract cancers associated with a history of multiple sclerosis. These findings support the importance of localized inflammation in alimentary tract carcinogenesis. Future research is needed to confirm the findings and improve understanding of underlying mechanisms by which autoimmune diseases contribute to alimentary tract carcinogenesis

Intestinal Microbiota Composition Is Associated with Minimal Residual Disease Negativity in Patients with Multiple Myeloma

Abstract Background: Multiple myeloma (MM) patients who achieve minimal residual disease (MRD) negative status after upfront treatment have prolonged progression-free and overall survival compared with those who remain MRD(+) (Landgren CO, Devlin SM et al. Bone Marrow Transplant. 2016;51(12):1565-8). Commensal intestinal microbial composition has been associated with treatment outcomes in cancer patients. We sought to evaluate whether the composition of the intestinal microbiota is associated with MRD status in patients with MM. Methods: Stool samples were collected prospectively from 34 patients after completion of upfront therapy for MM at the time of MRD testing. MRD was assessed with next-generation flow cytometry of bone marrow aspirates (sensitivity 10-5). Microbial analysis was performed via sequencing of 16S rRNA V4-V5 regions using the Illumina MiSeq platform and sequence data was analyzed using UPARSE (Edgar RC, Nature Methods 2013;10(10):996-8). The linear discriminant effect size method (LEfSe) (Segata N et al. Genome Biol. 2011;12(6):R60.) was used to compare detected clades among all groups and evaluate for associations with outcomes, using MRD as class and autologous stem cell transplant (ASCT) as subclass. Alpha diversity was calculated by the Inverse Simpson index and differential relative abundance were calculated using the phyloseq package and compared using the Wilcoxon rank sum test on the R statistical computing platform. Results: Among 34 patients evaluable for microbiota composition and MRD status, the median age was 62.5 years and 16 (47.1%) were MRD(-) at time of stool collection. 24 (70.6%) were treated with carfilzomib, lenalidomide, and dexamethasone as induction therapy (MRD(-): 14 (87.5%), MRD(+):10 (55.5%). 4 (28.5%) MRD(-) patients had autologous stem cell transplant(ASCT), compared with 10 (55.5%) who were MRD(+). In the cohort's samples, we observed 19 phyla, 315 genera, 654 species, and 1549 operational taxonomic units (OTUs). There was no significant difference in alpha diversity between MRD(-) (median 12.24, IQR = 8.76-13.98) and MRD(+) patients (median 12.44, IQR = 8.36 -16.23), p=0.6 by Wilcoxon rank sum test. A positive association with MRD negativity was noted with two butyrate-producing organisms, Eubacterium hallii (p=0.001) and Faecalibacterium prausnitzii (p= 0.006). To further evaluate these relationships, we performed a differential abundance analysis of these selected taxa in MRD(+) and MRD(-) patients at the genus and species level. The relative abundance of the genera Eubacterium and Faecalibacterium were higher in fecal samples from MRD(-) patients than MRD(+) patients (Eubacterium MRD(-): median 4.51% (IQR = 2.83 - 7.32%) vs. MRD(+): median 3.07% (IQR = 1.35 - 3.87%), p=0.0326; Faecalibacterium MRD(-): median 1.68% (IQR = 0.69 - 7.48%) vs. MRD(+): median 0.003% (IQR = 0 - 3.19%), p=0.022. The relative abundance of both species of interest were higher in MRD(-) patients than in MRD(+) patients: E. hallii MRD(-): median 2.67% (IQR = 2.11 - 3.98%) vs. MRD(+): median 1.01% (IQR = 0 - 2.16%), p=0.001; F. prausnitzii MRD(-): median 1.43% (IQR = 0.53 - 7.28%) vs. MRD(+): median 0.3%, (IQR = 0 - 2.54%), p=0.022. Other species of Eubacterium and Faecalibacterium were not significantly differentially abundant between the two groups. Conclusions: Intestinal microbiota containing several butyrate-producing anaerobes appear to be associated with MRD-negativity in patients with myeloma, with higher relative abundance of Eubacterium hallii and Faecalibacterium prausnitzii in MRD(-) patients compared with MRD(+) patients. Butyrate and other short-chain fatty acids are biologically active metabolites formed during microbial fermentation of dietary or host-derived carbohydrates, which supply the host with energy and also modulate immunity, including exerting anti-inflammatory functions. Microbes of the genus Eubacterium have been associated with reduced risk of relapse in several hematologic cancers after allogeneic hematopoietic cell transplantation, including MM (Peled JU, Devlin SM et al. J Clin Oncol 2017;35(15):1650-9). This is first study to our knowledge to suggest an association between gut microbiota and MRD status in patients with myeloma and supports further investigation of a potential role for intestinal microbiota in the natural history and treatment of myeloma. Disclosures Peled: Seres Therapeutics: Research Funding. Landgren:Karyopharm: Consultancy; Merck: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Pfizer: Consultancy; Janssen: Consultancy, Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees, Research Funding; Celgene: Consultancy, Research Funding; Amgen: Consultancy, Research Funding; Takeda: Consultancy, Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees, Research Funding. Lesokhin:Squibb: Consultancy, Honoraria; Genentech: Research Funding; Bristol-Myers Squibb: Consultancy, Honoraria, Research Funding; Serametrix, inc.: Patents & Royalties: Royalties; Takeda: Consultancy, Honoraria; Janssen: Research Funding

Minimal residual disease negativity in multiple myeloma is associated with intestinal microbiota composition

Patients with multiple myeloma (MM) who achieve minimal residual disease (MRD) negativity after upfront treatment have superior outcomes compared with those who remain MRD+. Recently, associations have been shown between specific commensal microbes and development of plasma cell disorders. Here, we report the association between intestinal microbiota composition and treatment outcome in MM. Microbiota composition of fecal samples collected from 34 MM patients after induction therapy and at the time of flow cytometry-based bone marrow MRD testing was determined by 16S ribosomal RNA sequencing. We observed a higher relative abundance of Eubacterium hallii in the 16 MRD- patients relative to the 18 MRD+ patients. No association was observed between microbial relative abundance and autologous stem cell transplantation history or MM paraprotein isotype. No differences in microbiota a diversity were observed between MRD- and MRD+ patients. The potential association of microbiota composition with treatment response in MM patients is an important parameter for additional correlative and clinical investigation