Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts

Intoxicação experimental por narasina em ovinos

Intoxicação pelo antibiótico ionóforo narasina foi induzida experimentalmente em 13 ovinos; desses, seis morreram espontaneamente, três foram sacrificados in extremis e quatro se recuperaram. O início dos sinais clínicos ocorria entre 2 horas e 7 dias após a administração da droga e persistiam por 7 horas a 14 dias. Inicialmente havia respiração ofegante e entrecortada, taquipnéia, febre, redução temporária do apetite ou anorexia e atonia ruminal seguidos de alterações no andar, como arrastar das pinças, apoio sobre os boletos dos membros posteriores, incoordenação, rigidez, relutância em movimentar-se e alteração na frequência e intensidade dos sons cardíacos. Ocorriam também gemidos, ranger de dentes, urina acastanhada e decúbito esternal ou lateral. Um animal apresentou morte súbita. Alterações macroscópicas foram observadas em sete dos ovinos necropsiados e consistiam de áreas pálidas nos músculos esqueléticos e no miocárdio. Os músculos mais frequentemente atingidos foram masseter, semitendíneo, esterno-cefálico, braquicefálico, extrínsecos da língua, peitoral, supra-espinhal e redondo maior. Havia hidropericárdio, edema e congestão pulmonares, fígado pálido, edema da parede da vesícula biliar, linfonodos ocasionalmente avermelhados e suculentos ao corte, edema periesofágico e entre os feixes musculares da região cervical e acúmulo de alimento semi-mastigado acumulado na cavidade oral. Histologicamente as áreas pálidas dos músculos esqueléticos e do miocárdio correspondiam a lesões degenerativo-necróticas multifocais a focalmente extensas associadas ou não a processos regenerativos, nos músculos esqueléticos, e reparativos, no miocárdio. As lesões histológicas foram mais acentuadas nos músculos da língua e dos membros

Intoxicação experimental por narasina em bovinos

Intoxicação por narasina foi induzida pela administração oral da droga a 11 bovinos. Desses, cinco tiveram morte espontânea, um foi sacrificado in extremis e outros cinco apresentaram sinais clínicos da toxicose, mas se recuperaram. Os sinais clínicos iniciaram entre 12 horas e 4 dias após ingestão da narasina e a duração do curso clínico variou de 24 horas até 9 dias. Houve anorexia, redução na intensidade e número de movimentos ruminais, fezes pastosas, ressequidas ou diarréicas. Os animais apresentavam relutância em movimentar-se, tinham andar incoordenado e rígido, e caminhavam arrastando as pinças dos membros posteriores. Em alguns a mastigação era lenta, com salivação abundante e havia disfagia. A intensidade dos sons cardíacos estava aumentada e, em um caso, ocorreu discreto pulso positivo da jugular. Alguns animais apresentaram depressão, gemidos, dispnéia, respiração abdominal e polidipsia. Em um caso houve mioglobinúria. As principais alterações observadas à necropsia localizavam-se no miocárdio e consistiam de áreas pálidas irregulares focais ou palidez difusa. Sinais de insuficiência cardíaca como edema pulmonar, hidrotórax, edema subcutâneo de declive e sangue coagulado no ventrículo esquerdo foram também observados. Alterações degenerativas representadas por áreas pálidas foram vistas nos músculos esqueléticos de 3 bovinos, mas de forma marcada somente em um. Os músculos mais envolvidos foram masseter, extrínsecos da língua, tensor da fáscia lata, semitendíneo, semimembranáceo, psoas, quadriceps femoris, músculos da face medial da escápula, grande dorsal e gastrocnêmio. A histopatologia consistiu de miopatia e cardiomiopatia degenerativas. Regeneração de miofibras e fibrose foram observadas, respectivamente, nos músculos esqueléticos e no miocárdio

Sarna sarcóptica (Sarcoptes scabiei) em cachorro-do-mato (Cerdocyon thous)

Cachorros-do-mato (Cerdocyon thous) são canídeos selvagens encontrados em praticamente todos os estados brasileiros. Geralmente vivem e caçam em pares, mas podem ser encontrados em pequenos grupos, o que favorece a transmissão de doenças, como a sarna sarcóptica. O presente trabalho tem como objetivo descrever os achados epidemiológicos, parasitológicos e patológicos de dois casos fatais de sarna sarcóptica em cachorros-do-mato. Foram realizados necropsia de dois cachorros do mato, exame citológico de amostras de pele e crostas e exame histológico de amostras dos órgãos e tecidos. Na necropsia foram observados mau estado corporal, extensas áreas de alopecia, crostas cutâneas espessas que se desprendiam e eram intercaladas por áreas alopécicas intensamente eritematosas. No exame citológico foi observada grande quantidade de ácaros com gnatossoma curto e largo, idiossoma globoso, transversalmente estriado e com espinhos triangulares na superfície dorsal, ânus terminal e pernas curtas e grossas, característicos de Sarcoptes scabiei. Ao exame histológico da pele havia muitos túneis no estrato córneo da epiderme e abaixo dele, contendo grande quantidade de S. scabiei. Essas estruturas parasitárias estavam associadas a acantose e hiperqueratose acentuadas e dermatite superficial discreta. Os achados revelam a sarna sarcóptica como uma doença importante em cachorros do mato.Crab-eating foxes (Cerdocyon thous) are wild canids found in practically all Brazilian states. They usually live and hunt in pairs, but can be found in small groups, which favors the transmission of diseases such as sarcoptic mange. This study aims to describe the epidemiological, parasitological and pathological findings of two fatal cases of sarcoptic mange in C. thous. Two wild canids were necropsied and cytological examination of skin and crust samples and histologic evaluation of various tissue samples were performed. Gross findings included poor body condition and extensive alopecia with thick skin crusts interspersed by intensely reddened alopecic areas. The cytological examination revealed numerous mites with short gnathosoma and rounded idiosoma that were transversally striated and presented triangular spines on the dorsal surface, terminal anus, and short and thick legs, characteristic of Sarcoptes scabiei. Histologic examination of the skin revealed numerous tunnels into and under the stratum corneum of the epidermis containing high amounts of S. scabiei. The mites were associated with marked acanthosis and hyperkeratosis, and mild superficial dermatitis. The findings reveal that sarcoptic mange is an important disease in wild canids

Melanoma amelanótico em cães: estudo retrospectivo de 35 casos (2004-2010) e caracterização imuno-histoquímica

Melanomas são tumores agressivos de melanócitos que ocorrem principalmente na cavidade oral, nas junções mucocutâneas e na pele de cães. Este tipo de neoplasma pode apresentar diversos graus de pigmentação melânica, incluindo total ausência (melanomas amelanóticos [MA]). Os arquivos de biópsia do SPV-UFRGS, que compreendem o período de 2004 a 2010, foram revisados e levantados os casos de neoplasias melanocíticas em cães. Realizou-se estudo retrospectivo de 35 casos de MA e caracterização pela imuno-histoquímica (IHQ). As principais raças acometidas foram o Poodle, Dachshund e Cocker Spaniel, mas o maior número de casos foi observado em cães sem raça definida (SRD). A idade média desses cães foi de 10,7 anos (variação de 5 a 18 anos) e não houve predileção por sexo. As principais localizações incluíram cavidade oral (57,1%) e dígitos (17,1%). Histologicamente, 40% dos MA foram classificados como epitelioides, 34,3% como mistos e 25,7% como fusiformes. Na avaliação IHQ, 86,6% dos casos foram positivos para a vimentina, 70% para a proteína S-100 e 56,6% para o melan-A. Os resultados obtidos neste trabalho possibilitam concluir que os cães com MA caracterizavam-se por serem velhos. A forma celular mais observada foi a epitelioide. Devido a pouca diferenciação desses tumores, ressalta-se a importância da realização do painel imuno-histoquímico, sobretudo da proteína S-100, que apresentou melhor marcação que o melan-A