Characterisation of the molecular basis of protein S anticoagulant function

Protein S has an established role in the protein C anticoagulant pathway as a cofactor for anticoagulant protein C (APC) and has also recently been shown to serve as a cofactor enhancing the anticoagulant activity of tissue factor pathway inhibitor (TFPI). Despite its physiological role and clinical importance, the molecular bases of its functions are not fully understood. The aim of my thesis was to clarify the molecular mechanisms involved in the protein S interaction with APC and TFPI. More than 30 point or composite protein S variants were constructed and analysed during this project. These variants spanned the Gla, thrombin sensitive region (TSR), epidermal growth-factor1 (EGF1) and EGF2 domains of protein S. Protein S was expressed in mammalian cells and was purified by chromatography, as required. Protein S was characterised by size, cleavage, multimerisation, γ-carboxylation of the Gla domain, binding to phospholipids and to domain specific monoclonal antibodies. Variants were evaluated for their APC and TFPI cofactor activities both by calibrated automated thrombography and in purified FVa inactivation or FXa inhibition assays, respectively. The protein S variant, protein S D95A, with substitution in EGF1 was found to be largely devoid of functional APC cofactor activity and I believe that this residue plays an important role in protein S anticoagulant function. It was γ- carboxylated and bound phospholipids and domain specific monoclonal antibodies with an apparent dissociation constant similar to that of wild type protein S. Importantly, protein S D95A enhanced the anticoagulant activity of TFPI, suggesting that distinct residues in protein S mediate its APC and TFPI cofactor activity. Two composite mutants in the protein S EGF1 domain had partially reduced TFPI cofactor activity in plasma. However, none of the more than 30 variants spanning the Gla-TSR-EGF1-EGF2 domain of protein S completely disrupted the protein S cofactor activity towards TFPI. Collectively, these results shed light on the molecular basis of protein S cofactor function and suggest distinct residues in protein S are involved in the binding to APC and to TFPI

Threat and violence in health care workplaces - A qualitative interview-study about the employer's responsibility regarding the prevention and occurrence of a threat and violence situation at the workplace and how the staff are effected by these situations with a gender-perspective

Hot och våld är ett problem inom många områden i yrkeslivet idag. Vi har valt att göra en kvalitativ intervjustudie med fem personer vid fyra intervjutillfällen med personer som genom sin yrkesprofession kommer i kontakt med vårdpersonal som arbetar i det praktiska vårdarbetet. Vår metod är semistrukturerad kvalitativ intervjumetod. Vårt syfte är att belysa situationen på vårdarbetsplatser och intervjuerna fokuserar på orsaker, arbetsgivarens ansvar, åtgärder för att arbeta förebyggande och när det har inträffat en hot- eller våldsituation. Genusperspektivet har vi använt av som vår teorianknytning. Det som lyftes fram i våra intervjuer var vikten av att få till stånd en dialog mellan patient/vårdtagare och personal samt betydelsen utav bemötande inom vården för att förebygga att hot och våldsituationer uppstår. Skillnader i dessa situationer för män och kvinnor visade sig vara att män ofta förväntas att ta hand om hot- och våldssituationerna som uppstår och samma krav ställs inte på kvinnorna. Det uppfattas som att det kan vara mer accepterat för kvinnor att diskutera sin rädsla inför hot och våld vilket inte uppfattas som lika självklart för männen att diskutera sin rädsla inför dessa situationer. Det har framkommit uppgifter om att männen kan vara bättre på att hantera situationen efter att hot och/eller våld har förekommit på arbetsplatsen. Det som framgick om arbetsgivarens ansvar var att det skall finnas en handlingsplan på arbetsplatserna som samtliga anställda skall känna till. När det uppstår en hot- och våldsituation består arbetsgivarens ansvar i att se till att handlingsplanen följs samt att personalen får den hjälp de behöver för att kunna bearbeta händelsen. Hjälpen består av debriefing i någon form där personalen får tala ut om händelsen, får stöd, eventuellt kopplas psykolog in för dem som behöver ytterligare bearbetning och diskussioner förs över hur situationer utav detta slag kan undvikas eller minskas i omfattning i det fortsatta arbetet. Hot och våldsituationer uppfattar vi som föränderliga situationer som det går att påverka på arbetsplatser beroende på bemötande och med ett ökat riskmedvetande inför hot- och våldsituationer i arbetsmiljön.Folkhälsovetenskapligt progra

Rural road design according to the safe system approach

In this chapter, the reader is introduced to the topic of driver distraction: its definition and mechanisms; its impact on driving performance and safety; approaches to preventing it; evidence-based injury prevention and mitigation countermeasures; and new frames of reference for conceptualizing distraction as traditional driving functions and tasks become increasingly automated. Some strategies that might be considered by societal stakeholders in setting a coordinated agenda for the management of distracted driving going into the future are also presented. Until all vehicles can safely drive themselves, in all conditions, all of the time, it is unlikely that, for driver distraction, Vision Zero will be achieved. In the meantime, however, there is much that can be done to slow its spread and mitigate it effects

The role of subsoil properties for phosphorus leaching in agricultural soils

Phosphorus (P) leaching from agricultural land is a large contributor to eutrophication of many surface waters and the Baltic Sea. Better knowledge of P sorption and release in the subsoil could enable the development of effective mitigation strategies for P leaching. This thesis examined the impact of soil properties on P leaching from four Swedish agricultural soils (two clays, two sands), using intact soil columns extracted with (length 1.05 m) and without (length 0.77 m) topsoil. The role of the subsoil as a source or sink for P leaching was also investigated, and placement of quicklime (CaO) on top of the subsoil as a mitigation strategy for P leaching was evaluated. Leaching of dissolved reactive P (DRP) from subsoil lysimeters was 94% of that from full-length lysimeters in one of the clay soils, and 70% in the other. The higher contribution of the former clay subsoil was probably due to high P content deeper in the soil. Leaching of DRP was low from full-length and subsoil lysimeters (0.12 and 0.08 kg ha-1 yr-1, respectively) in one of the sandy soils, despite high topsoil P content, due to high P sorption capacity and low degree of P saturation in the subsoil. However, leaching of DRP was very high from full-length and subsoil lysimeters (3.33 and 3.29 kg ha-1 yr-1, respectively) from the other sandy soil with moderate topsoil P content, due to high P content and low P sorption capacity in the subsoil. These results indicate that the subsoil can function as both a source and sink for P leaching. Phosphorus leaching increased with increasing P content and DPS in subsoil and decreasing P sorption capacity in topsoil and subsoil, indicating that these parameters could be used for P leaching risk assessments. However, on soils with preferential flow in the subsoil, P leaching may be high despite high subsoil P sorption capacity. Hence, both chemical and physical properties of topsoil and subsoil must be considered in implementation of appropriate, cost-effective mitigation strategies for P loss reductions. Application of lime on top of the subsoil significantly reduced leaching of particulate P (PP) in both clay subsoils by 49 and 51%, respectively, compared with unlimed controls. This suggests that subsoil liming might be an appropriate method to reduce P leaching from clay soils

Jordbrukets påverkan på Östersjön

The Baltic Sea, due to its special conditions, is a unique and vulnerable marine environment. There are many pressures that have an impact on the sea and one of the major problems is the extensive flow of nutrients from land. The most visible effect of the supply of nutrients is the annual algal blooms. One of the main sources of nitrogen and phosphorus supply is agriculture. Nutrient losses from arable land have been increasing as agricultural production has intensified. At the end of the twentieth century an increased awareness of these problems led to the formation of organizations such as HELCOM and Baltic 21. While these international organizations work in different ways to restore the state of the marine environment and decrease the supply of nutrients, they all use indicators to illustrate the situation and track improvements. Indicators are an approach used to characterize a complex reality. This approach has been used for example to point out the main factors in agriculture that have an influence on the nutrient balance of the Baltic Sea. While an indicator does not represent a complete explanation, it can sometimes shed light on some aspects of a problem and hopefully even on possible solutions. A number of important agricultural factors that may have an impact on the Baltic Sea are presented more closely and studied in this analysis. The results suggest that for some of the indicators there is a correlation with nutrient losses. The connection between nutrient balances and losses is clear – an increased surplus in nutrient balances leads to an increase in nutrient leaching to the sea. The highest nitrogen losses come from Denmark and Germany (57 and 40 kg N/ha agricultural land), the two countries with the greatest surpluses. Finland, the country with the highest phosphorus losses (1.1 kg P/ha agricultural land), also has a significant phosphorus surplus. There is a clear correlation between animal density and nitrogen balance which indicates that there may be measures to be taken in order to decrease nitrogen losses from agriculture. The problem with using animal density as an indicator for the agricultural influence on the Baltic Sea is that measures can be taken which decrease nutrient losses without actually decreasing the amount of animals. The positive changes that arise from these measures may therefore not be possible to see in this indicator. The study also showed a correlation between production of meat, cereals and milk and nutrient balances of both nitrogen and phosphorus which indicates that nutrient losses increase as the production of each of these increases. However, a high use of mineral fertilizers did not show any correlation with high nutrient losses from agricultural land. In addition, while forage plants and fallow land are known to have low nutrient losses compared to areas with cereals, the study did not show on any link between these factors and nutrient losses. Finally, the study shows that on the whole, correlations between nitrogen balances and different agricultural factors generally are more pronounced than those for phosphorus.Östersjön – ett ungt hav med speciella förutsättningar och en unik artsammansättning. Men även ett hav som utstår stora påfrestningar. Varje sommar matas vi via massmedia med bilder på ett Östersjön grönt av algblomning. En algblomning som till stora delar beror på den ökade tillförseln av kväve och fosfor som skett under det senaste århundradet. En stor del av denna näring härrör från åkermarken i tillrinningsområdet vilken har ökat i takt med att jordbruket intensifierats, våtmarker torrlagts och diken rätats ut. I slutet av 1900-talet ökade medvetandegraden om Östersjöns tillstånd, vilket bland annat resulterade i nationella miljömål, internationella samarbeten och EU-direktiv. Organisationer som Helsingforskommissionen, HELCOM, och Baltic 21 kom till och direktiv som Nitratdirektivet trädde i kraft. Dessa internationella organisationer har olika sätt att arbeta men gemensamt för dem är att alla använder sig av indikatorer. Detta dels för att se hur Östersjön mår men även för att följa utvecklingen av de sektorer som bidrar med näringstillförseln, bland annat jordbruket. Indikatorer är ett sätt att förenkla en komplex verklighet med syftet att synliggöra de nyckelfaktorer inom bland annat jordbruket som påverkar Östersjön och dess näringsbalans. En indikator kan inte stå för hela förklaringen men den kan ge besked om en del av problemet och förhoppningsvis även om möjliga åtgärder. Det är alltså svårt att hitta en heltäckande indikator och det kan därför vara lämpligt att använda sig av flera olika. Vid en närmare studie av ett antal jordbruksfaktorer med nyckelroller i sammanhanget framkom, med överskotten i växtnäringsbalanserna som hjälp, i vissa fall ett samband med de belastningsberäkningar som idag finns tillgängliga för de olika länderna. • Danmark och Tyskland redovisar ett högre medelläckage av kväve från jordbruksmarken än övriga länder samtidigt som Lettland och Litauen redovisar något lägre läckagesiffror. För kväve framkom ett tydligt samband mellan medelläckage och överskotten i balanserna. Analysen visar alltså att ett ökat kväveöverskott även ökar kväveförlusterna till vatten. Kvävebalanserna är likartade för de flesta länder förutom Lettland, Tyskland och Danmark. Lettland har det lägsta överskottet i sammanställningen. När det gäller enbart den del av Tyskland som hör till Östersjöns avrinningsområde är kväveöverskottet något högre än övriga länders samtidigt som Danmark har ett mycket större överskott i kvävebalansen än övriga länder. För fosfor sticker Danmark och Finland ut med högre överskott och Finland har dessutom det största medelläckaget av fosfor. Lettland är det enda land som inte visar på något fosforöverskott över huvud taget. • En tydlig korrelation framgick i analysen mellan djurtätheten och överskotten i kvävebalanserna. Danmark är det land som ligger i topp för båda dessa indikatorer samtidigt som Lettland står har den lägsta djurtätheten. Även Tyskland visar på en hög djurtäthet, en siffra som dock representerar hela landet och inte enbart den del som hör till avrinningsområdet. Ett samband mellan djurtäthet och balans, om än inte lika tydligt, framkom dessutom även när det gäller fosfor. • Tyskland som helhet använder mest handelsgödsel med avseende på kväve. Även när det gäller fosfor använder hela Tyskland, tillsammans med Polen, mest handelsgödsel. Estland och Lettland har en låg handelsgödselanvändning, beträffande både kväve och fosfor. Ett samband mellan användningen av handelsgödsel och överskotten i balanserna var något som förväntades men inte kunde bevisas i denna analys. • I Danmark utgör mer än hälften av den totala markytan jordbruksmark vilket är den största andelen i avrinningsområdet. Finlands och Sveriges jordbruksarealer är mycket små, endast några procent av den totala markarealen. Andelarna vall och träda skiljer sig dessutom väldigt mycket åt mellan länderna. I Sverige består mer än hälften av åkermarken av vall och träda och i Polen är denna areal mycket liten. Vall och träda anses förvisso vara lågläckande arealer men mycket vall tyder även på mycket nötkreatur vilket totalt sett ökar överskotten i balanserna. Det gick inte att påvisa någon korrelation mellan dessa arealer och vare sig överskotten i kvävebalanserna eller kväveläckagen i denna analys. • En tydlig korrelation framkom mellan både kväve- respektive fosforöverskottet och produktionen av såväl kött, spannmål som mjölk. Danmark hade den överlägset största produktionen per capita av alla dessa livsmedelskategorier samtidigt som de, vilket tidigare nämnts, även har de överlägset största näringsöverskotten. • När det gäller de naturgivna förutsättningarna utmärker sig Polen, med mycket sandjordar, samt Finland, med mycket lerjordar. Hög kväveutlakning förknippas generellt med sandjordar medan fosforförlusterna kan vara betydande från lerjordar. Det kan vara en förklaring till det höga medelläckaget av fosfor i Finland. Finlands låga årsmedelnederbörd är emellertid något som talar emot höga fosforförluster. Finland har dock troligen ofta kraftig snösmältning med ytavrinning som följd, vilket skulle kunna förklara en del av läckaget. • Tyskland har störst invånarantal per hektar jordbruksmark, en siffra som dock gäller hela landet. Efter Tyskland är det Sverige som har den högsta befolkningstätheten sett per arealenhet jordbruksmark. Den lägsta befolkningstätheten sett i relation till jordbruksmarken står Litauen för. Analysen visar dock inte på något samband mellan invånarantalet per hektar jordbruksmark och överskotten i balanserna. • På grund av det stora överskottet i balanserna har Danmark, trots relativt lågt befolkningsantal, även det största överskottet per capita för både kväve och fosfor. Övriga länder, förutom Sverige och Lettland, som uppvisar de lägsta siffrorna, ligger ungefär lika. • När det gäller konsumtionen och självförsörjningsgraden av kött utmärker sig Lettland, med en låg konsumtion och låg självförsörjningsgrad, och Danmark, med en hög konsumtion och hög grad av självförsörjning. Det är dock svenskarna och finländarna som konsumerar mest mjölk medan den lägsta mjölkkonsumtionen sker i Polen. Självförsörjningsgraden av kött är dessutom låg i Estland. • Fyra av länderna i avrinningsområdet har beslutat att låta hela landets yta omfattas av nitratdirektivet; Danmark, Tyskland, Finland och Litauen. I övriga länder omfattas mindre än 20 % av arealen, med allra minst andel i Polen. • Inom ramen för EU:s Landsbygdsprogram för perioden 2007-2013 är Finland det land som betalar ut mest pengar fördelat per arealenhet jordbruksmark i form av miljöersättningar till jordbruket med syftet att minska växtnäringsförlusterna. Finland är även det land som redovisar de största fosforförlusterna från jordbruket. Miljöersättning för insådd av fånggröda finns, inom ramen för detta program, i Sverige, Finland, Polen, Tyskland och Danmark. Miljöersättning för anläggning av skyddszoner finns inom programmet i Sverige, Finland, Litauen, Polen och Tyskland. Sammanfattningsvis kan det konstateras att det för kväve finns flera indikatorer som kan användas för att beskriva jordbrukets påverkan på övergödningen av Östersjön. För fosfor är det svårare att enkelt beskriva denna påverkan. En viktig slutsats är också att det inte finns en enkel indikator, utan en kombination av flera ger en bättre beskrivning av situationen. Detta är även en allmän synpunkt som kunnat lyftas fram ur den undersökning som redovisas i rapporten, där personer som på något sätt arbetar med Östersjön och näringsbelastningen från jordbruket intervjuats. För att till fullo kunna ge en rättvis bild av jordbrukets påverkan kan det vara nödvändigt att göra bedömningar på regional nivå, men här handlar det om att hitta balans mellan krav på detaljnivå och tillgång till data för alla länder. Detta arbete bidrar till att ge en bild av situationen när det gäller jordbrukets påverkan i länderna kring Östersjön idag. Genom att bygga vidare på det arbete som här inletts bör det finnas möjligheter att utveckla verktyg för att kunna följa hur åtgärdsarbetet inom jordbruket resulterar i förändringar som främjar livet i Östersjön

Pseudovirion-binding and neutralizing antibodies to cutaneous Human Papillomaviruses correlated to presence of HPV DNA in skin.

We compared seroreactivity to Human papillomavirus (HPV) antigens measured with two different high-throughput assays. One method used GST-L1 fusion proteins and the other heparin-bound HPV pseudovirions as antigens and both methods used multiplexed fluorescent beads for detection. For six HPV types (5, 6, 15, 16, 32 and 38), seroreactivity could be measured in parallel for 434 serum samples from non-immunosuppressed patients with skin lesions (squamous cell carcinoma of the skin, basal cell carcinoma of the skin, actinic keratosis and benign skin lesions). Biopsies from the skin lesions were tested for presence of HPV DNA using three different PCR methods, with typing by sequencing. Among the types included in the serological tests, HPV DNA of types HPV5, 15, 38 and 76 were most frequently detected in the tumours. Serum samples from subjects with HPV DNA positive biopsies and randomly selected serum samples from subjects with HPV DNA negative biopsies were also tested with neutralization assays with HPV5, 38 and 76 pseudovirions. Agreement of the three serological methods varied from poor to moderate and showed limited consistency. Type-specific seroprevalences among patients positive for the same type of HPV DNA (sensitivity of serology) was improved with the pseudovirion-based method (average of 40%, maximum 63%) compared to the GST-L1 method (average of 20%, maximum of 25%). Neutralization was the most sensitive assay for HPV38 (50%). In summary, the pseudovirion-based methods appeared to have an improved sensitivity

High-mobility group box protein 1 (HMGB1): an alarmin mediating the pathogenesis of rheumatic disease

High-mobility group box protein 1 (HMGB1) is a non-histone nuclear protein that has a dual function. Inside the cell, HMGB1 binds DNA, regulating transcription and determining chromosomal architecture. Outside the cell, HMGB1 can serve as an alarmin to activate the innate system and mediate a wide range of physiological and pathological responses. To function as an alarmin, HMGB1 translocates from the nucleus of the cell to the extra-cellular milieu, a process that can take place with cell activation as well as cell death. HMGB1 can interact with receptors that include RAGE (receptor for advanced glycation endproducts) as well as Toll-like receptor-2 (TLR-2) and TLR-4 and function in a synergistic fashion with other proinflammatory mediators to induce responses. As shown in studies on patients as well as animal models, HMGB1 can play an important role in the pathogenesis of rheumatic disease, including rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus, and polymyositis among others. New approaches to therapy for these diseases may involve strategies to inhibit HMGB1 release from cells, its interaction with receptors, and downstream signaling

Establishing the validity of domestication genes using DNA from ancient chickens

Peer reviewedPostprin

Nutrient losses over time via surface runoff and subsurface drainage from an agricultural field in northern Sweden

Nitrogen (N) and phosphorus (P) losses, via both surface runoff and subsurface drainage water, were monitored in an agricultural field in northern Sweden for 32 yr. The objective was to determine losses of N and P in a long-term perspective in relation to meteorological factors and impacts of agricultural land use, with a focus on relative contributions of surface runoff and subsurface drainage water to N and P losses. In order to collect surface runoff water, an embankment was installed on three sides of the field, and the fourth side had an open ditch that drove runoff water to a measuring station. Subsurface water draining from the field was collected in a fishbone-shaped drainage system that terminated at the measuring station. In 50% of years (16/32), mean annual concentration of total N (TN) was significantly higher in subsurface drainage water than in surface runoff water. An opposing trend was seen for total P (TP), with mean annual concentration being significantly higher in surface runoff water than in subsurface drainage water in all but 3 of the 32 yr monitored. Years with a barley crop had higher TN concentration in subsurface drainage water but no difference in surface runoff compared with years with ley. In contrast, years with barley had lower TN concentration in surface runoff than years with ley, with no difference in TP in subsurface drainage water

Demokraattiset innovaatiot ylikansallisessa ja globaalissa hallinnassa

Peer reviewe