Biostatistical Analysis Methods Used in the Development of Biotechnological Vaccines and One Minitab Practise

Amaç: Bu çalışmada, biyoteknolojik aşı geliştirmek için kullanılan biyoistatistik analiz yöntemlerinin tanıtılması amaçlanmıştır. Tanıtılan tekniklerden örneklem büyüklüğü belirleme yöntemi kullanılarak örnek olay üzerinden Minitab uygulaması yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma kapsamında öncelikli olarak biyoistatistiğin kullanım amaçları tanıtılmıştır. Aşı geliştirmede kullanılan biyoistatistik teknikler teorik olarak anlatılmıştır. Binom ve stokastik aktarım modelleri ve geliştirilen aşının koruyucu etkilerinin değerlendirilmesi başlıkları dâhilinde analiz yöntemleri detaylandırılmıştır. Teorik altyapısı detaylı biçimde anlatılan tekniklerin istatistik formülleri ve formüllerin açıklamaları belirtilmiştir. Örnek bir senaryo verilerek Minitab paket programında aşı denemesi için gereken örneklem sayısı hesaplanmıştır. Bulgular: Standart sapma, hata payı, güç ve beklenen ortalama koruyuculuk oranına göre Minitab paket programında örneklem sayısı hesaplanmıştır. %80 koruyuculuk oranı için örneklem sayısı 18, %90 koruyuculuk oranı için örneklem sayısı 30 ve %99 koruyuculuk oranı için örneklem sayısı 58 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Aşı geliştirme sürecinin farklı aşamaları için farklı istatistik tekniklere ihtiyaç duyulduğu görülmüştür. Aşı geliştirme sürecinde başvurulan istatistik yöntemler küçük bir örneklemin analiz edilmesinden random olarak gerçekleştirilen saha denemelerine kadar çeşitlenmektedir. Bu nedenle İstatistik bilimi modern teknoloji kullanılarak aşı geliştirme sürecinin vazgeçilmez bir unsuru haline gelmiştir. Bu yöntemlerin başlıcalarının; binom ve stokastik aktarım modelleri, deterministik diferansiyel denklem modelleri ve geliştirilen aşıların koruyucu etkilerinin değerlendirildiği istatistik analizler olduğu görülmüştür

Ev Merkezli Anne-Bebek Etkileşim Programının Annelerin Duyarlılık ve Karşılıklı Etkileşim Davranışları ile Bebeğin Gelişimine Etkisi

The aim of this study is to examine the effect of The Home-centered Mother-Infant Interaction Program on infant development through the intuitive behaviors of mothers, along with mutual interaction between mother and infant. The study was conducted in the province of Malatya with 44 infants (22 in the control group and 22 in the experimental group) who were nine to twelve months old, and their mothers. The study data were collected using a general information form, susceptibility testing, mutuality testing, and the Denver Developmental Screening Test II. This is an empirical study which used the pretest-posttest permanence test control group model. The study data were analyzed using the Statistical Program for Social Sciences (SPSS) 22 package program. For data analysis, the study used descriptive statistics methods (mean, standard deviation, frequency, and rate). The study used the independent groups t test to compare the two groups’ quantitative data with normal distributions, and the Mann-Whitney U test to compare their variables that did not have normal distributions. The study also used the dependent groups t test to make the in-group comparisons of the variables with normal distributions, and Wilcoxon signed rank test to make the in-group comparisons of the variables that did not have normal distribution. The study results indicated that there was a significant difference (p<0.05) between the mothers’ pretest and posttest mean intuition scores in the experimental and control groups, to the advantage of the experimental group. There was also a significant difference (p<0.05) between the mothers’ mean pretest and posttest mutuality scores in the experimental and control groups, to the advantage of the experimental group. Finally, there was a significant difference (p<0.05) between the infants’ pretest and posttest personal-social, fine motor, and gross motor mean scores in the experimental and control groups. However, there was no significant difference (p>0.05) in language abilities between infants in the experimental and control groups.Bu araştırma, Ev Merkezli Anne-Bebek Etkileşim Programı’nın (EMABEP) annelerin duyarlılık ve karşılıklı etkileşim davranışları ile bebeğin gelişimine etkisini incelemek amacıyla yapılmıştır. Araştırma, Malatya merkezde bulunan 9-12 aylık 44 bebek ve annesi (22 deney, 22 kontrol) ile yürütülmüştür. Araştırmada bilgi toplamak için Genel Bilgi Formu, Duyarlılık Testi, Karşılıklılık Testi ve Denver Gelişimsel Tarama Testi II kullanılmıştır. Araştırmada ön test-son test-kalıcılık testi kontrol gruplu model kullanılarak deneysel bir uygulama gerçekleştirilmiştir. Verileri analiz etmek için SPSS 22 paket programı kullanılmıştır. Çalışma verileri değerlendirilirken tanımlayıcı istatistiksel metotlar (ortalama, standart sapma, frekans, oran) kullanılmıştır. Normal dağılım gösteren niceliksel verilerin iki grup karşılaştırmalarında Bağımsız Gruplar t Testi, normal dağılım göstermeyen değişkenlerin iki grup karşılaştırmalarında Mann Whitney U Testi kullanılmıştır. Normal dağılım gösteren değişkenlerin grup içi karşılaştırmalarında Bağımlı Gruplar t Testi, normal dağılım göstermeyen değişkenlerin grup içi karşılaştırmalarında Wilcoxon İşaretli Sıralar Testi kullanılmıştır. Araştırmanın sonucunda; deney ve kontrol grubundaki annelerin duyarlılık davranışı ön test ve son test puan ortalamaları arasında deney grubu lehine anlamlı bir fark olduğu (p<0.05) saptanmıştır. Deney ve kontrol grubundaki annelerin karşılıklılık testi ön test ve son test puan ortalamaları arasında deney grubu lehine anlamlı bir fark olduğu (p<0.05) belirlenmiştir. Deney ve kontrol grubundaki bebeklerin kişisel-sosyal, ince motor ve kaba motor alanda ön test-son test puanları arasında deney grubu lehine anlamlı fark olduğu (p<0.05), dil alanında anlamlı fark olmadığı (p>0.05) saptanmıştır

Content analysis of the graduate theses in the intersection of music education and psychology in Turkey

İnsanın zihinsel, duygusal ve davranışsal süreçlerini incelemeyi temel alan psikoloji, müzik eğitiminde bireyin müziksel gelişimi ve öğrenme süreçlerini inceleyerek bu doğrultuda öğretim yöntem ve materyallerini belirlemek üzere faydalanılması gereken en önemli alanlardan biridir ve bununla birlikte müzik eğitimi alan yazınında farklı psikolojik boyutları ele alan çalışmalara sıklıkla rastlanmaktadır. Araştırmanın amacı Türkiye’de müzik eğitimi ve psikoloji ortak alanındaki alanyazının önemli bir çoğunluğunu oluşturan lisansüstü tezlerin eğilimlerini belirleyerek bu alanla ilgili olan araştırmacılara fikir oluşturmak ve gelecekte yapılacak olan çalışmalara yön sağlamaktır. İçerik analizi yöntemi ile yapılandırılan araştırmada YÖK tez merkezinden ulaşılan 149 tez araştırmanın evrenini oluşturmuştur. Veriler tez sınıflama formu ile toplanarak betimsel analiz yöntemlerinden frekans ve yüzde hesaplamalarıyla analiz edilmiştir. Araştırmanın sonucunda lisansüstü tezlerin demografik özelliklerine, müzik eğitimi alt boyutlarına, psikoloji konu/uzmanlık alanlarına, psikoloji alt boyutlarına, araştırma desenine, tezlere dahil edilen grubun belirlenme şekline, araştırmaya dahil edilen grubun unvanına, veri toplama aracına ve veri analiz yöntemine göre dağılımlarına ilişkin sonuçlar tartışılmıştır

Evaluation of COVID-19 Antibody Positivity of Health Professionals

Amaç: Koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19) kısa bir sürede pandemi haline gelmiş enfeksiyöz bir hastalıktır. COVID-19 hastalarında 7-11 gün sonra antikor cevabı gelişmektedir. Salgın süresince sağlık çalışanlarının durumunu kontrol etme açısından serolojik testlerin faydalı olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada salgının başlangıcında hastanemiz sağlık personelinin antikor pozitifliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Nisan 2020-Mayıs 2020 tarihleri arasında hastanemizde yapılan COVID-19 antikor taramasına katılan 150 adet sağlık personeline ait sonuçlar retrospektif olarak değerlendirildi. Kan örneklerinden elde edilen serumlara kolloidal altın bazlı immunokromatografik test yöntemi uygulandı. Demografik özellikler, lökosit sayısı, lenfosit sayısı, C-reaktif protein değerleri ve akciğer Bilgisayarlı Tomografi (BT) bulguları çalışmaya dahil edildi. Bulgular: Çalışmaya yaş ortalaması 39,5 ± 9,3 yıl olan toplam 150 kişi (95 kadın) dahil edildi. Yedi kişide (%4,6) antikor pozitifliği saptandı. İki pozitif kişinin akciğer BT’sinde viral pnömoni ile uyumlu buzlu cam infiltrasyonlarının varlığı gözlendi. Sonuç: Salgının ilk döneminde hastanemiz sağlık çalışanlarında yaklaşık %5 oranında antikor pozitifliği saptanması COVID-19 açısından riskli grupta olan sağlık personelinin devamlı izlenmesi ve tedbirlerin alınması gerekliliklerini ortaya koymaktadır.Objective: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is an infectious disease which has become a pandemic in a short time-period. Antibody response develops after 7 11 days in COVID-19 patients. Serologic tests are thought to be beneficial for checking status of the health professionals during the pandemic. In the present study, it was aimed to evaluate the antibody levels of the health professionals who work in our hospital at the beginning of the pandemic. Material and Method: The results of 150 health professionals who participated in the COVID-19 antibody screening which was performed in our hospital between April 2020 and May 2020 were evaluated retrospectively. Colloidal gold-based immunochromatographic test was performed on the serums which was obtained from the blood samples. Demographic characteristics, leukocyte counts, lymphocyte counts, C-reactive protein values, and lung Computed Tomography (CT) findings were included in the study. Results: A total of 150 subjects (95 females) with a mean age of 39.5 ± 9.3 years were included in the study. Antibody positivity was detected in seven (4.6%) subjects. Ground-glass infiltrates consistent with viral pneumonia were observed in the lung CT of two positive subjects Conclusion: Detecting approximately 5% antibody positivity in the health professionals who work in our hospital at the beginning of the pandemic, indicates the necessities of pursuing the health professionals who are in the risky group for COVID-19 and taking precautions

Investigation of the blastocystis hominis frequency in patients with irritable bowel syndrome

AimIn this study, it was aimed to investigate the relationship between Blastocystis hominis infection and inflammatory bowel syndrome (IBS). Methods: In this study, the frequency of B. hominis in the stool samples of 52 patients applied to Microbiology laboratory and pre-diagnosed with irritable bowel syndrome in January 2013-June 2013 was investigated, retrospectively. Microscopic investigations were evaluated after macroscopic examination. For this purpose, the stool samples of the diarrheal cases were investigated by trichrome staining after they were prepared by native-lugol and formol ethyl acetate concentration method. The results were compared with the examination of 2160 stool samples sent to our laboratory during the same period. Results: Stool samples of 52 patients pre-diagnosed with IBS were accepted to our laboratory in January 2013-June 2013. 13 of the patients were found as B. hominis positive. Weight loss and anorexia was identified only in one patient while abdominal pain, diarrhea and gas complaints were identified in all of the IBH and B. hominis positive patients. During the same period, parasites were detected in 96 (4.4%) of 2160 stool samples sent to our laboratory and the most common was B. hominis 48 (2.2%). 452 of these patients applied with diarrhea symptoms and B. hominis was detected in 36 samples (7.96%). Conclusion: The limited studies investigating the presence of B. hominis in patients with irritable bowel syndrome are far from illuminating the role of this agent in disease pathogenesis. We believe that further investigations should be performed. In this study, 25% of the patients were found as positive. J Clin Exp Invest 2014; 5 (2): 242-24

Evaluation of the Toxoplasma gondii IgG Avidity request and results in a tertiary care hospital

Objectives: Toxoplasmosis is a parasitic infection caused by Toxoplasma gondii (T. gondii) with various clinical outcomes. Serological tests determining IgG and IgM produced against T. gondii are widely used for laboratory diagnosis of the infection. IgG avidity test identifying the infection initiation in diagnosis is required when specific IgM antibodies are not able to be detected in early period of infection, IgM antibodies in patients with reactivation are not increased or especially in pregnant with IgM positivity. In this study, it was aimed to evaluate avidity test results and to determine the algorithmic place of this test in T. gondii infection. Methods: In this study, avidity test results requested from all of the clinics and services from serology laboratory in 1 January 2013-31 December 2013 were included. Totally, 84 anti-T. gondii IgG avidity was requested. The avidity value was researched by ELISA method using anti-T. gondii IgG avidity kit in patients included in this study. Anti-T. gondii IgG and IgM antibody tests were performed by ELISA method using commercial kit. Results: 61, 13 and 2 requests were evaluated as high avidity 72.6%, low avidity 15.5% and intermediate value 2.4%, respectively, while 8 requests were unnecessary. Conclusion: It was concluded that primarily anti-T. gondii IgG and IgM tests should be performed in suspicious cases in terms of toxoplasmosis and the IgG avidity tests should be requested from only suitable cases after the evaluation of the test results according to clinic table of the patients and/or the week of pregnancy. J Clin Exp Invest 2014; 5 (2): 246-24

Programlama Öğretimi için Bir Model Önerisi: Yedi Adımda Programlama

There are a number of studies in the literature revealing that programming instruction has positive effects on development of different cognitive skills. However, there are scarcely any studies suggesting pedagogical approaches to how programming should be done. Therefore, this study focused on how to do programming instruction that target developing students’ cognitive skills. In this study, it was aimed to suggest a model for teaching in order to develop various cognitive skills of students. Within the scope of the study, a programming instruction model was created, and it was called Programming in Seven Steps (PSS) model. As research design, special case study was used from qualitative research methods. The research team consisted of two groups: design team (1 faculty member from the department of Computer Education and Intructional Technologies (CEIT), 2 master’s degree students, and 2 PhD students) and a Design Evaluation Team (DET) (10 IT and Software teachers who work in secondary schools affiliated to the Ministry of National Education) in the process of constructing the PSS model. During the research, the documents and interviews with the design evaluation team were analyzed with the purpose of determining the steps of the PSS model. The study elaborates the process followed to create the model, the features of the proposed model, and interviews with the design evaluation team. This article details the overall path to designing of the model, the features of the model, and DET interviews. It is aimed that the model introduced in this study will become a guide for educators who want to teach programming at secondary school level.Alanyazında programlama öğretiminin pek çok bilişsel beceriye olumlu etkilerini ortaya koyan çalışmalar yer almaktadır. Buna karşın programlama öğretiminin sistematik bir şekilde gerçekleştirilebilmesi amacıyla pedagojiye yönelik çalışmalar oldukça sınırlı sayıdadır. Bu nedenle çalışmada, öğrencilerin bilişsel becerilerinin gelişimine yönelik bir programlama öğretiminin nasıl yapılması gerektiği üzerine odaklanılmıştır. Çalışmanın amacı; Programlama öğretimi sürecinde öğrencilerin çeşitli bilişsel becerilerinin gelişimini sağlamak amacıyla kullanılabilecek bir öğretim modeli önerisinde bulunmaktır. Çalışma kapsamında, oluşturulan programlama öğretimi modeline Yedi Adımda Programlama (YAP) modeli adı verilmiştir. Araştırma deseni olarak nitel araştırma yöntemlerinden özel durum çalışması kullanılmıştır. Araştırmanın, YAP modelinin oluşturulması aşamasında araştırma grubunu tasarım ekibi (1 BÖTE öğretim üyesi ile 2 yüksek lisans, 2 doktora öğrencisi) ve tasarım değerlendirme ekibi (MEB’e bağlı ortaokullarda görevli 10 Bilişim Teknolojileri ve Yazılım Dersi öğretmeni) oluşturmaktadır. Araştırma süreci boyunca YAP modeli adımlarının belirlenmesi amacıyla doküman analizi ve tasarım değerlendirme ekibi ile yapılan görüşmelerin analizi gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada, modelin oluşturulması için izlenen süreç, oluşturulan modelin özellikleri ve tasarım değerlendirme ekibi ile yapılan görüşmelere yer verilmiştir. Bu çalışma ile ortaya konulan modelin, ortaokul düzeyinde programlama öğretimi yapmak isteyen eğitimciler için yol gösterici olması hedeflenmektedir

Doğu Akdeniz Bölgesi’nde Örtü Altı Organik Domates Üretiminde Hastalık, Zararlı ve Yabancı Otların Mücadelesinin Yönetimi

Bu çalışma, 2004-2007 yılları arasında Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü’ne ait organik-topraklı, topraksız kültür (organik-inorganik yetiştirme ortamları) ve kontrol seralarında yürütülmüş olup, örtü altı organik domates yetiştiriciliğinde karşılaşılan hastalık, zararlı ve yabancı otlara karşı organik tarıma uygun mücadele yöntemlerinin uygulanabilirliği, en uygun sulama programı araştırılmıştır. Organik-topraklı sera ve organik-inorganik kökenli dört farklı yetiştirme ortamlarından oluşan topraksız kültür seralarında her türlü girdiler ve yapılacak işlemler Tarım Bakanlığınca yayımlanan organik tarım yönetmeliğe uygun olarak seçilmiştir. Organik-topraklı seradan elde edilen ürüne ‘organik ürün’ sertifikası alımına yönelik gerekli denetlemeler danışman kuruluş tarafından yapılarak ürün sertifikalandırılmıştır. Örtü altı organik domates yetiştiriciliğinde kültürel önlemlerden solarizasyonun yanı sıra yararlı mikrorganizmalardan da yararlanılması ile hastalık, zararlı ve yabancı ot kontrollerinde mücadele sayısının azaltıldığı ve verimde geleneksel yetiştiriciliğe oranla ekonomik anlamda bir azalma görülmediği sonucuna varılmıştır. Organik topraklı, kontrol serası ve farklı yetiştirme ortamlarında organik domates yetiştiriciliğinde su kullanım etkinliği değerleri her üç deneme yılında da artan sulama suyuna bağlı olarak azalma göstermiştir. Organik-inorganik kökenli farklı yetiştirme ortamlarından oluşan topraksız kültür yetiştiriciliğinin ise gerek topraktan kaynaklanan hastalık, nematod ve yabancı ot çıkışının olmaması gerekse erkenci olması açısından dolayı özellikle toprağın bulaşık olduğu alanlarda organik-topraklı tarıma alternatif bir yetiştiricilik olabileceği kanısına varılmıştır

The frequency of Duchenne muscular dystrophy/Becker muscular dystrophy and Pompe disease in children with isolated transaminase elevation: results from the observational VICTORIA study

IntroductionElevated transaminases and/or creatine phosphokinase can indicate underlying muscle disease. Therefore, this study aims to determine the frequency of Duchenne muscular dystrophy/Becker muscular dystrophy (DMD/BMD) in male children and Pompe disease (PD) in male and female children with isolated hypertransaminasemia.MethodsThis multi-center, prospective study enrolled patients aged 3–216 months with serum alanine transaminase (ALT) and/or aspartate transaminase (AST) levels >2× the upper limit of normal (ULN) for ≥3 months. Patients with a known history of liver or muscle disease or physical examination findings suggestive of liver disease were excluded. Patients were screened for creatinine phosphokinase (CPK) levels, and molecular genetic tests for DMD/BMD in male patients and enzyme analysis for PD in male and female patients with elevated CPK levels were performed. Genetic analyses confirmed PD. Demographic, clinical, and laboratory characteristics of the patients were analyzed.ResultsOverall, 589 patients [66.8% male, mean age of 63.4 months (standard deviation: 60.5)] were included. In total, 251 patients (188 male and 63 female) had CPK levels above the ULN. Of the patients assessed, 47% (85/182) of male patients were diagnosed with DMD/BMD and 1% (3/228) of male and female patients were diagnosed with PD. The median ALT, AST, and CPK levels were statistically significantly higher, and the questioned neurological symptoms and previously unnoticed examination findings were more common in DMD/BMD patients than those without DMD/BMD or PD (p < 0.001).DiscussionQuestioning neurological symptoms, conducting a complete physical examination, and testing for CPK levels in patients with isolated hypertransaminasemia will prevent costly and time-consuming investigations for liver diseases and will lead to the diagnosis of occult neuromuscular diseases. Trial RegistrationClinicaltrials.gov NCT04120168

Satellite linked sensor networks for planetary scale monitoring

Sensor networks continue to attract significant interest in various research communities. An individual sensor system can provide important observations within a local area. However, local observations alone are not sufficient for some applications that require a global coverage. In this paper we introduce our interdisciplinary project PLASMA (PLAnetary Scale Monitoring Architecture). PLASMA aims at providing an integrated platform for in-situ and remote sensing. Our focuses include environmental monitoring, disaster monitoring, and emergency response systems enabled by reliable and high performance networking, infrastructures. This paper discusses motivating applications and the research challenges of our project in its early stages