Chlamydia pan-genomic analysis reveals balance between host adaptation and selective pressure to genome reduction

Background Chlamydia are ancient intracellular pathogens with reduced, though strikingly conserved genome. Despite their parasitic lifestyle and isolated intracellular environment, these bacteria managed to avoid accumulation of deleterious mutations leading to subsequent genome degradation characteristic for many parasitic bacteria. Results We report pan-genomic analysis of sixteen species from genus Chlamydia including identification and functional annotation of orthologous genes, and characterization of gene gains, losses, and rearrangements. We demonstrate the overall genome stability of these bacteria as indicated by a large fraction of common genes with conserved genomic locations. On the other hand, extreme evolvability is confined to several paralogous gene families such as polymorphic membrane proteins and phospholipase D, and likely is caused by the pressure from the host immune system. Conclusions This combination of a large, conserved core genome and a small, evolvable periphery likely reflect the balance between the selective pressure towards genome reduction and the need to adapt to escape from the host immunity

Visualisering av data från Research.fi och Vipunen.fi

Syftet med webbportalen Research.fi är att tillhandahålla en katalog över alla publikationer som ges ut av utbildnings- och forskningsorganisationer i Finland. Parallellt med detta erbjuder en annan viktig portal, Vipunen.fi, en omfattande statistiktjänst för utbildning i Finland, med data om olika aspekter av finsk utbildning, kultur och vetenskap. Publikationsregistren på Research.fi innehåller information som används för att bedöma organisationernas effektivitet och profil. Dock finns det ett begränsat antal rapporter som kan genereras på webbportalen. För en djupare analys av organisationernas publiceringsverksamhet behöver man få tillgång till rådata som inte är direkt tillgänglig. Dessutom finns det relevant information, som statistik över studerande, examina och personal, som kan inhämtas från Vipunen.fi och andra webbplatser. Denna studie undersöker möjligheten att skrapa och analysera data från Research.fi och Vipunen.fi för att undersöka korrelationer i den insamlade informationen. Målet är att identifiera trender i publikationer från yrkeshögskolor baserat på data från Research.fi, Vipunen.fi och andra öppna källor. Problemformuleringen adresserar frågan: "Vilka trender kan identifieras i publikationsaktiviteten för finländska yrkeshögskolor genom att använda explorativ dataanalys av öppna källor och utbildningsstatistik?" Målet är att samla en datamängd med relevant information och använda explorativ dataanalys för att hitta återkommande mönster i data. För att uppnå de önskade resultaten användes flera metoder, inklusive datautvinning och visualisering. En stor del av datainsamlingen gjordes manuellt, såsom att samla information om antalet anställda eller antalet studerande vid olika institutioner från Vipunen.fi. Resultaten visar att det är möjligt att hitta korrelationer och trender i publiceringsaktiviteten för finländska yrkeshögskolor genom att använda explorativ dataanalys av öppna källor och statistiska data från Vipunen.fi. Vidareutveckling av denna forskning kan innebära att fördjupa analysen av data och inkludera ytterligare variabler för att bättre förstå trender och mönster inom publikationsaktiviteten vid finländska yrkeshögskolor. Detta skulle kunna bidra till att identifiera tendenser och potentiellt förbättra publiceringsstrategier vid dessa institutioner

The Biophysics of Na+,K+-ATPase in neuronal health and disease

Na+,K+-ATPase is one of the most important proteins in the mammalian cell. It creates sodium and potassium gradients which are fundamental for the membrane potential and sodium-dependent secondary active transport. It has a second role in the cell as a receptor that by binding chemicals from the cardiotonic steroids family, the most knowledgeable of them is ouabain, triggers various signaling pathways in the cell which regulate gene activation, proliferation, apoptosis, etc. It has been shown that several severe neurological diseases are associated with mutations in the Na+,K+-ATPase encoding genes. Although Na+,K+-ATPase was discovered already in 1957 by the Danish scientist Jens Skou, the knowledge about the function of this enzyme  is still not complete.   In the studies included in the thesis, we have learned more about the function of Na+,K+-ATPase in different aspects of health and disease. In study I we showed a mechanism of ouabain-dependent regulation of the NMDA receptor, one of the most important receptors in the nervous system, via binding with Na+,K+-ATPase. This allows us to look at the Na+,K+-ATPase as regulator via protein-protein interaction. In study II we investigated a different aspect of Na+,K+-ATPase functioning – to look at how binding of ouabain to Na+,K+-ATPase activates a number of signaling cascades by looking at the phosphoproteome status of the cells. This allows us to see the whole picture of ouabain-mediated cascades and further characterize them. In study III we focused on the role of Na+,K+-ATPase in severe epileptic encephalopathy caused by a mutation in the ATP1A1 gene. We performed a molecular and cellular study to describe how mutations affects protein structure and function and found that this mutation converts the ion pump to a nonspecific leak channel. In study IV we performed a translational study of the most common mutation for rapid-onset dystonia-parkinsonism. We studied how this mutation affects the nervous system on the protein-, cellular-, and organism level and found that the complete absence of ultraslow afterhyperpolarization (usAHP) could explain gait disturbances found in patients. In the on-going study we showed that Na+,K+-ATPase can oligomerize and that this effect is triggered by ouabain binding to the Na+,K+-ATPase. In this study, we utilized a novel fluorescence labelling approach and used biophysical techniques with single molecule sensitivity to track Na+,K+-ATPase interactions.   In summary, we applied biophysical and molecular methods to study different aspects of the function of Na+,K+-ATPase, and gained insights that could be helpful not only for answering fundamental questions about Na+,K+-ATPase but also to find a treatment for patients with diseases associated with mutations in this protein.Na+,K+-ATPas är ett av de viktigaste proteinerna i däggdjurscellen. Det skapar natrium- och kaliumgradienter som är grundläggande för den elektriska potentialen över cellmembranet och för natriumberoende sekundär aktiv transport. Det har dessutom en roll som receptor som genom att binda hjärtstimulerande steroider, varav den mest kända är ouabain, startar olika signalvägar i cellen som bl.a. reglerar genaktivering, prolifiering och apoptos. Det har visats att flera allvarliga neurologiska sjukdomar är kopplade till mutationer i Na+,K+-ATPas gener. Trots att Na+,K+-ATPas upptäcktes redan 1957, av Dansken Jens Skou, är vår kunskap om enzymets funktion ännu inte komplett. I studierna i denna avhandling har vi lärt oss mer om Na+,K+-ATPas funktion inom hälsa och sjukdomar. I studie I påvisade vi en ouabainberoende reglering av NMDA-receptorn – en grundläggande receptor i nervsystemet – via bindning till Na+,K+-ATPas. Detta visar att Na+,K+- ATPas fungerar som en regulator genom att direkt interagera med andra proteiner. I studie II undersökte vi en annan sida av Na+,K+-ATPas funktion – hur bindning av ouabain till Na+,K+-ATPas aktiverar flera signal-kaskader – genom att titta på cellens fosfoproteoms-status. Vi kunde på så sätt få en mer heltäckande bild av ouabain-styrda kaskader, och karakterisera dem. I studie III fokuserade vi på Na+,K+-ATPas roll i svårartad epileptisk encefalopati orsakad av en mutation i ATP1A1-genen. Vi utförde en molekylär och cellulär studie för att beskriva hur en mutation påverkar proteinets struktur och funktion, och fann att mutationen omvandlar jonpumpen till en ospecifik läckkanal. I studie IV genomförde vi en translationell studie för den vanligaste mutationen vid dystoni parkinsonism med snabb debut. Vi studerade hur mutationen påverkar vi nervsystemet på protein-, cell-, och organismnivå och fann att frånvaro av ultralångsam efterhyperpolarisering skulle kunna förklara patienters problem med gången. I pågående studie visade vi att Na+,K+-ATPas kan oligomerisera och att detta startas av bindning till ouabain. I denna studie utvecklade vi en fluorescensmärkning av Na+,K+-ATPas, och oligomeriseringen studerades med fluorescenstekniker med en-molekylkänslighet. Sammanfattningsvis har vi använt biofysikaliska och molekylära metoder för att studera olika aspekter av Na+,K+-ATPas funktion och nått insikter som kan vara till hjälp, inte bara för att beskriva grundläggande molekylära funktioner men även för att hitta botemedel mot sjukdommar kopplade till mutationer i Na+,K+-ATPas

The Biophysics of Na+,K+-ATPase in neuronal health and disease

Na+,K+-ATPase is one of the most important proteins in the mammalian cell. It creates sodium and potassium gradients which are fundamental for the membrane potential and sodium-dependent secondary active transport. It has a second role in the cell as a receptor that by binding chemicals from the cardiotonic steroids family, the most knowledgeable of them is ouabain, triggers various signaling pathways in the cell which regulate gene activation, proliferation, apoptosis, etc. It has been shown that several severe neurological diseases are associated with mutations in the Na+,K+-ATPase encoding genes. Although Na+,K+-ATPase was discovered already in 1957 by the Danish scientist Jens Skou, the knowledge about the function of this enzyme  is still not complete.   In the studies included in the thesis, we have learned more about the function of Na+,K+-ATPase in different aspects of health and disease. In study I we showed a mechanism of ouabain-dependent regulation of the NMDA receptor, one of the most important receptors in the nervous system, via binding with Na+,K+-ATPase. This allows us to look at the Na+,K+-ATPase as regulator via protein-protein interaction. In study II we investigated a different aspect of Na+,K+-ATPase functioning – to look at how binding of ouabain to Na+,K+-ATPase activates a number of signaling cascades by looking at the phosphoproteome status of the cells. This allows us to see the whole picture of ouabain-mediated cascades and further characterize them. In study III we focused on the role of Na+,K+-ATPase in severe epileptic encephalopathy caused by a mutation in the ATP1A1 gene. We performed a molecular and cellular study to describe how mutations affects protein structure and function and found that this mutation converts the ion pump to a nonspecific leak channel. In study IV we performed a translational study of the most common mutation for rapid-onset dystonia-parkinsonism. We studied how this mutation affects the nervous system on the protein-, cellular-, and organism level and found that the complete absence of ultraslow afterhyperpolarization (usAHP) could explain gait disturbances found in patients. In the on-going study we showed that Na+,K+-ATPase can oligomerize and that this effect is triggered by ouabain binding to the Na+,K+-ATPase. In this study, we utilized a novel fluorescence labelling approach and used biophysical techniques with single molecule sensitivity to track Na+,K+-ATPase interactions.   In summary, we applied biophysical and molecular methods to study different aspects of the function of Na+,K+-ATPase, and gained insights that could be helpful not only for answering fundamental questions about Na+,K+-ATPase but also to find a treatment for patients with diseases associated with mutations in this protein.Na+,K+-ATPas är ett av de viktigaste proteinerna i däggdjurscellen. Det skapar natrium- och kaliumgradienter som är grundläggande för den elektriska potentialen över cellmembranet och för natriumberoende sekundär aktiv transport. Det har dessutom en roll som receptor som genom att binda hjärtstimulerande steroider, varav den mest kända är ouabain, startar olika signalvägar i cellen som bl.a. reglerar genaktivering, prolifiering och apoptos. Det har visats att flera allvarliga neurologiska sjukdomar är kopplade till mutationer i Na+,K+-ATPas gener. Trots att Na+,K+-ATPas upptäcktes redan 1957, av Dansken Jens Skou, är vår kunskap om enzymets funktion ännu inte komplett. I studierna i denna avhandling har vi lärt oss mer om Na+,K+-ATPas funktion inom hälsa och sjukdomar. I studie I påvisade vi en ouabainberoende reglering av NMDA-receptorn – en grundläggande receptor i nervsystemet – via bindning till Na+,K+-ATPas. Detta visar att Na+,K+- ATPas fungerar som en regulator genom att direkt interagera med andra proteiner. I studie II undersökte vi en annan sida av Na+,K+-ATPas funktion – hur bindning av ouabain till Na+,K+-ATPas aktiverar flera signal-kaskader – genom att titta på cellens fosfoproteoms-status. Vi kunde på så sätt få en mer heltäckande bild av ouabain-styrda kaskader, och karakterisera dem. I studie III fokuserade vi på Na+,K+-ATPas roll i svårartad epileptisk encefalopati orsakad av en mutation i ATP1A1-genen. Vi utförde en molekylär och cellulär studie för att beskriva hur en mutation påverkar proteinets struktur och funktion, och fann att mutationen omvandlar jonpumpen till en ospecifik läckkanal. I studie IV genomförde vi en translationell studie för den vanligaste mutationen vid dystoni parkinsonism med snabb debut. Vi studerade hur mutationen påverkar vi nervsystemet på protein-, cell-, och organismnivå och fann att frånvaro av ultralångsam efterhyperpolarisering skulle kunna förklara patienters problem med gången. I pågående studie visade vi att Na+,K+-ATPas kan oligomerisera och att detta startas av bindning till ouabain. I denna studie utvecklade vi en fluorescensmärkning av Na+,K+-ATPas, och oligomeriseringen studerades med fluorescenstekniker med en-molekylkänslighet. Sammanfattningsvis har vi använt biofysikaliska och molekylära metoder för att studera olika aspekter av Na+,K+-ATPas funktion och nått insikter som kan vara till hjälp, inte bara för att beskriva grundläggande molekylära funktioner men även för att hitta botemedel mot sjukdommar kopplade till mutationer i Na+,K+-ATPas

The Biophysics of Na+,K+-ATPase in neuronal health and disease

Na+,K+-ATPase is one of the most important proteins in the mammalian cell. It creates sodium and potassium gradients which are fundamental for the membrane potential and sodium-dependent secondary active transport. It has a second role in the cell as a receptor that by binding chemicals from the cardiotonic steroids family, the most knowledgeable of them is ouabain, triggers various signaling pathways in the cell which regulate gene activation, proliferation, apoptosis, etc. It has been shown that several severe neurological diseases are associated with mutations in the Na+,K+-ATPase encoding genes. Although Na+,K+-ATPase was discovered already in 1957 by the Danish scientist Jens Skou, the knowledge about the function of this enzyme  is still not complete.   In the studies included in the thesis, we have learned more about the function of Na+,K+-ATPase in different aspects of health and disease. In study I we showed a mechanism of ouabain-dependent regulation of the NMDA receptor, one of the most important receptors in the nervous system, via binding with Na+,K+-ATPase. This allows us to look at the Na+,K+-ATPase as regulator via protein-protein interaction. In study II we investigated a different aspect of Na+,K+-ATPase functioning – to look at how binding of ouabain to Na+,K+-ATPase activates a number of signaling cascades by looking at the phosphoproteome status of the cells. This allows us to see the whole picture of ouabain-mediated cascades and further characterize them. In study III we focused on the role of Na+,K+-ATPase in severe epileptic encephalopathy caused by a mutation in the ATP1A1 gene. We performed a molecular and cellular study to describe how mutations affects protein structure and function and found that this mutation converts the ion pump to a nonspecific leak channel. In study IV we performed a translational study of the most common mutation for rapid-onset dystonia-parkinsonism. We studied how this mutation affects the nervous system on the protein-, cellular-, and organism level and found that the complete absence of ultraslow afterhyperpolarization (usAHP) could explain gait disturbances found in patients. In the on-going study we showed that Na+,K+-ATPase can oligomerize and that this effect is triggered by ouabain binding to the Na+,K+-ATPase. In this study, we utilized a novel fluorescence labelling approach and used biophysical techniques with single molecule sensitivity to track Na+,K+-ATPase interactions.   In summary, we applied biophysical and molecular methods to study different aspects of the function of Na+,K+-ATPase, and gained insights that could be helpful not only for answering fundamental questions about Na+,K+-ATPase but also to find a treatment for patients with diseases associated with mutations in this protein.Na+,K+-ATPas är ett av de viktigaste proteinerna i däggdjurscellen. Det skapar natrium- och kaliumgradienter som är grundläggande för den elektriska potentialen över cellmembranet och för natriumberoende sekundär aktiv transport. Det har dessutom en roll som receptor som genom att binda hjärtstimulerande steroider, varav den mest kända är ouabain, startar olika signalvägar i cellen som bl.a. reglerar genaktivering, prolifiering och apoptos. Det har visats att flera allvarliga neurologiska sjukdomar är kopplade till mutationer i Na+,K+-ATPas gener. Trots att Na+,K+-ATPas upptäcktes redan 1957, av Dansken Jens Skou, är vår kunskap om enzymets funktion ännu inte komplett. I studierna i denna avhandling har vi lärt oss mer om Na+,K+-ATPas funktion inom hälsa och sjukdomar. I studie I påvisade vi en ouabainberoende reglering av NMDA-receptorn – en grundläggande receptor i nervsystemet – via bindning till Na+,K+-ATPas. Detta visar att Na+,K+- ATPas fungerar som en regulator genom att direkt interagera med andra proteiner. I studie II undersökte vi en annan sida av Na+,K+-ATPas funktion – hur bindning av ouabain till Na+,K+-ATPas aktiverar flera signal-kaskader – genom att titta på cellens fosfoproteoms-status. Vi kunde på så sätt få en mer heltäckande bild av ouabain-styrda kaskader, och karakterisera dem. I studie III fokuserade vi på Na+,K+-ATPas roll i svårartad epileptisk encefalopati orsakad av en mutation i ATP1A1-genen. Vi utförde en molekylär och cellulär studie för att beskriva hur en mutation påverkar proteinets struktur och funktion, och fann att mutationen omvandlar jonpumpen till en ospecifik läckkanal. I studie IV genomförde vi en translationell studie för den vanligaste mutationen vid dystoni parkinsonism med snabb debut. Vi studerade hur mutationen påverkar vi nervsystemet på protein-, cell-, och organismnivå och fann att frånvaro av ultralångsam efterhyperpolarisering skulle kunna förklara patienters problem med gången. I pågående studie visade vi att Na+,K+-ATPas kan oligomerisera och att detta startas av bindning till ouabain. I denna studie utvecklade vi en fluorescensmärkning av Na+,K+-ATPas, och oligomeriseringen studerades med fluorescenstekniker med en-molekylkänslighet. Sammanfattningsvis har vi använt biofysikaliska och molekylära metoder för att studera olika aspekter av Na+,K+-ATPas funktion och nått insikter som kan vara till hjälp, inte bara för att beskriva grundläggande molekylära funktioner men även för att hitta botemedel mot sjukdommar kopplade till mutationer i Na+,K+-ATPas