Fourface: Uma ferramenta de reconhecimento de expressões faciais / Fourface: A facial expression recognition tool

Através dos estudos das áreas de Computação Afetiva, este trabalho visa apresentar os resultados do desenvolvimento de uma ferramenta computacional capaz de capturar as expressões faciais do usuário participante utilizando- se do Kinect, a fim de realizar a elaboração de cenários para avaliação da afetividade de indivíduos por meio da captura dos traços de personalidade em expressões faciais

PhageWeb – Web Interface for Rapid Identification and Characterization of Prophages in Bacterial Genomes

This study developed a computational tool with a graphical interface and a web-service that allows the identification of phage regions through homology search and gene clustering. It uses G+C content variation evaluation and tRNA prediction sites as evidence to reinforce the presence of prophages in indeterminate regions. Also, it performs the functional characterization of the prophages regions through data integration of biological databases. The performance of PhageWeb was compared to other available tools (PHASTER, Prophinder, and PhiSpy) using Sensitivity (Sn) and Positive Predictive Value (PPV) tests. As a reference for the tests, more than 80 manually annotated genomes were used. In the PhageWeb analysis, the Sn index was 86.1% and the PPV was approximately 87%, while the second best tool presented Sn and PPV values of 83.3 and 86.5%, respectively. These numbers allowed us to observe a greater precision in the regions identified by PhageWeb while compared to other prediction tools submitted to the same tests. Additionally, PhageWeb was much faster than the other computational alternatives, decreasing the processing time to approximately one-ninth of the time required by the second best software. PhageWeb is freely available at http://computationalbiology.ufpa.br/phageweb

Avaliações iniciais da quercetina na maturação in vitro de oócitos ovinos

The aim of this study was to evaluate the effect of quercetin on the in vitro maturation (IVM) of oocytes and the subsequent in vitro fertilization (IVF) of ovine embryos. For this purpose, oocytes were collected and divided into the following treatment groups: control group, containing CON medium (control); and groups Q2, Q4, and Q8, with control medium supplemented with 2, 4, and 8 µM of quercetin, respectively. After IVM, the degree of cumulus cells expansion, presence of the first polar body (PB), and the other part of the oocytes proceeded to in vitro fertilization (IVF), where oocytes were incubated with spermatozoa for a period of 20 hours. Subsequently, the presumptive zygotes underwent in vitro culture (IVC) for 48 hours, and at the end of the process, the rate of cleaved structures was evaluated. The results were expressed in percentage and compared using the Chi-square test, with a significant difference considered when P<0.05. Evaluating the expansion of cumulus cells, the CON and Q2 groups showed the best expansion rates compared to the Q4 and Q8 groups. Regarding the presence of the 1st PB, it was observed that only the Q8 group exhibited lower rates compared to the control group. When evaluating the rate of cleaved structures, it was observed that the Q2 group showed a higher number compared to the Q8 group. Quercetin does not influence the maturation of ovine oocytes.El objetivo del presente estudio fue evaluar el efecto de la quercetina en la maduración in vitro (MIV) de ovocitos y la posterior fertilización in vitro (FIV) de embriones ovinos. Para ello, se recolectaron y seleccionaron ovocitos divididos en los siguientes grupos de tratamiento: grupo control, que contenía medio CON (control); y los grupos Q2, Q4 y Q8, con medio control al que se le añadieron 2, 4 y 8 µM de quercetina, respectivamente. Tras la MIV se evaluó el grado de expansión de las células del cúmulo, la presencia del primer corpúsculo polar (CP) y la otra parte de los ovocitos se utilizó para la fecundación in vitro (FIV), donde los ovocitos fueron incubados con espermatozoides durante un período de 20 horas. Posteriormente, los presuntos cigotos pasaron a cultivo in vitro (CIV) durante 48 horas y, al final del proceso, se evaluó la tasa de estructuras clivadas. Los resultados se expresaron en porcentaje y se compararon utilizando la prueba de Chi-cuadrado, considerando una diferencia significativa cuando P<0,05. Al evaluar la expansión de las células del cúmulo, los grupos CON y Q2 mostraron las mejores tasas de expansión en comparación con los grupos Q4 y Q8. En cuanto a la presencia del 1er CP, se observó que solo el grupo Q8 mostró tasas más bajas en comparación con el grupo control. Al evaluar la tasa de estructuras clivadas, se observó que el grupo Q2 mostró un número mayor en comparación con el grupo Q8. La quercetina no influye en la maduración de ovocitos ovinos.O objetivo do presente estudo foi avaliar o efeito da quercetina na MIV de oócitos e na subsequente PIV de embriões ovinos. Para isso, foram colhidos e selecionados oócitos divididos nos seguintes grupos de tratamento: grupo controle, contendo meio CON (controle); e grupos Q2, Q4 e Q8, com meio controle, acrescido de 2, 4 e 8 µM de quercetina, respectivamente. Após a MIV foi avaliado o grau de expansão das células do cumulus, presença do primeiro corpúsculo polar (CP) e a outra parte dos oócitos seguiu para a fecundação in vitro (FIV), onde os oócitos foram incubados com os espermatozoides, por um período de 20 h. Em seguida, os presumíveis zigotos seguiram para o cultivo in vitro (CIV), por um período de 48 h e, ao final do processo, foi avaliada a taxa de estruturas clivadas. Os resultados foram expressos em porcentagem e comparados, usando o Teste do Qui-quadrado e foi considerada diferença significativa quando P<0,05. Avaliando a expansão das células do cumulus, os grupos CON e Q2 apresentaram as melhores taxas de expansão, quando comparadas aos grupos Q4 e Q8. Quanto à presença do 1º CP, foi possível observar que somente o grupo Q8 apresentou taxas menores, quando comparado ao grupo controle. Já avaliando a taxa de estruturas clivadas, foi possível observar que o grupo Q2 apresentou maior número quando comparado ao grupo Q8. A quercetina não influencia na maturação de oócitos ovinos

Avaliações iniciais do uso do eugenol como antioxidante na maturação in vitro de oócitos ovinos

The aim of this study was to assess the effect of eugenol on the in vitro production of ovine embryos. Oocytes were aspirated and taken for in vitro maturation (IVM), where they were divided into 4 groups: the CON (control), in which the oocytes were immersed in medium without an antioxidant; in the EU10, EU20, EU40 groups, the same medium as in the COM group was used, supplemented with 10, 20, and 40 µM of eugenol, respectively. The degree of expansion of cumulus cells was evaluated. Subsequently, the oocytes underwent in vitro fertilization and in vitro culture, and at the end of this process, the rate of cleaved structures was assessed. Regarding the expansion rate of cumulus cells, the CON group exhibited higher rates compared to the groups supplemented with eugenol. Evaluating oocytes with fully expanded cumulus cells, only the EU40 group showed a lower rate when compared to the rest of the treatment groups. Whereas observing oocytes with partially expanded cumulus cells, the EU40 group showed higher expansion percentages compared to the other treatments. Concerning the presence of the first polar body in the oocytes, it was observed that there was no statistical difference between the treatment groups. Lastly, concerning the cleaved structures, the CON and EU10 groups showed the highest rates compared to the EU20 and EU40 groups. Thus, it was possible to conclude that the use of 10 µM of eugenol in the IVM of ovine oocytes proved to be the optimal concentration of this substance.El objetivo del presente estudio fue evaluar el efecto del eugenol en la producción in vitro de embriones ovinos. Los ovocitos fueron aspirados y llevados para la maduración in vitro (MIV), donde se dividieron en 4 grupos: el CON (control), en el cual los ovocitos fueron sumergidos en medio sin antioxidantes; en los grupos EU10, EU20, EU40 se utilizó el mismo medio que en el grupo CON, pero con la adición de 10, 20 y 40 µM de eugenol, respectivamente. Se evaluó el grado de expansión de las células del cúmulo. Después de esto, los ovocitos fueron sometidos a la fecundación in vitro y al cultivo in vitro, y al final de este proceso se evaluó la tasa de estructuras clivadas. En cuanto a la tasa de expansión de las células del cúmulo, el grupo CON mostró tasas más altas en comparación con los grupos suplementados con eugenol. Al evaluar los ovocitos con células del cúmulo totalmente expandidas, solo el grupo EU40 mostró una tasa más baja en comparación con el resto de los grupos de tratamiento. Mientras que al observar los ovocitos con células del cúmulo parcialmente expandidas, el grupo EU40 mostró porcentajes de expansión más altos en comparación con los otros tratamientos. Respecto a la presencia del primer corpúsculo polar en los ovocitos, se observó que no hubo diferencia estadística entre los grupos de tratamiento. Por último, en relación con las estructuras clivadas, los grupos CON y EU10 mostraron las tasas más altas en comparación con los grupos EU20 y EU40. Por lo tanto, se pudo concluir que el uso de 10 µM de eugenol en la MIV de ovocitos ovinos resultó ser la concentración óptima de esta sustância.Objetivando avaliar o efeito do eugenol na produção in vitro de embriões ovinos. Os oócitos, foram aspirados e levados para a maturação in vitro (MIV), onde foram divididos em 4 grupos: o CON (controle), no qual os oócitos foram imersos em meio, sem antioxidante, já nos grupos EU10, EU20, EU40 foi utilizado o mesmo meio do grupo CON, acrescido de 10, 20 e 40 µM de eugenol, respectivamente. Foi avaliado o grau de expansão das células do cumulus. Após isso, os oócitos seguiram para a fecundação in vitro e cultivo in vitro, sendo, ao final desse processo, avaliada a taxa de estruturas clivadas. Em relação à taxa de expansão das células do cumulus, o grupo CON apresentou maiores taxas, quando comparado aos grupos adicionados de eugenol. Avaliando os oócitos com células do cumulus totalmente expandidas, somente o grupo EU40, apresentou-se menor, quando comparado ao restante dos grupos de tratamento. Já observando os oócitos com células do cumulus parcialmente expandidas, o grupo EU40, apresentou maiores percentuais de expansão, quando comparado aos demais tratamentos. Sobre a presença do primeiro corpúsculo polar nos oócitos, observou-se que não houve diferença estatística entre os grupos de tratamentos. E, por último, em relação às estruturas clivadas, os grupos CON e EU10 apresentaram as maiores taxas, quando comparado aos grupos EU20 e EU40. Dessa maneira, foi possível concluir que a utilização de 10 µM de eugenol na MIV de oócitos ovinos apresentou ser a melhor concentração dessa substância

O comprometimento das águas do riacho Piauí em Arapiraca/AL: causas e consequências / Riacho Piauí water commitment in Arapiraca / AL: causes and consequences

O trabalho faz uma análise a respeito do uso do solo e a qualidade das águas na bacia do riacho Piauí, no município de Arapiraca/AL. Os principais impactos verificados por meio de imagens de satélite, trabalho de campo e análises físico-químicas e bacteriológica da água em pontos do território em estudo, apontam as interferências antrópicas como causa da degradação, em especial a falta de saneamento básico. Um diferencial dessa bacia é ter suas nascentes em áreas densamente habitadas da cidade, cortando sobretudo o bairro Centro. Suas nascentes já se originam comprometidas e grande parte foram impermeabilizadas pela construção civil. As análises apresentadas foram feitas no final do período chuvoso do município, agosto deste ano, e aponta melhora das condições hídricas à medida que vai se distanciando da área urbana. Apesar de poluída, a bacia vem sendo utilizada economicamente, às vezes sendo captada água diretamente no curso d’água principal ou através de poços artesianos em suas margens. Coliformes fecais e a bactéria Escherichia Coli foram encontrados em 07 dos 10 pontos selecionados para pesquisa. Fato que repercute na saúde da população sendo as doenças gastrointestinais infecciosas e suas complicações apontadas como as maiores responsáveis por internações hospitalares em 2016. Este trabalho ilustra a dificuldade em conciliar crescimento econômico, sociedade e preservação ambiental. Fato a ser debatido para que as variáveis mencionadas caminhem juntas, servindo de suporte umas às outras e não de maneira inversamente proporcional como a verificada até o presente momento

PanWeb: A web interface for pan-genomic analysis

<div><p>With increased production of genomic data since the advent of next-generation sequencing (NGS), there has been a need to develop new bioinformatics tools and areas, such as comparative genomics. In comparative genomics, the genetic material of an organism is directly compared to that of another organism to better understand biological species. Moreover, the exponentially growing number of deposited prokaryote genomes has enabled the investigation of several genomic characteristics that are intrinsic to certain species. Thus, a new approach to comparative genomics, termed pan-genomics, was developed. In pan-genomics, various organisms of the same species or genus are compared. Currently, there are many tools that can perform pan-genomic analyses, such as PGAP (Pan-Genome Analysis Pipeline), Panseq (Pan-Genome Sequence Analysis Program) and PGAT (Prokaryotic Genome Analysis Tool). Among these software tools, PGAP was developed in the Perl scripting language and its reliance on UNIX platform terminals and its requirement for an extensive parameterized command line can become a problem for users without previous computational knowledge. Thus, the aim of this study was to develop a web application, known as PanWeb, that serves as a graphical interface for PGAP. In addition, using the output files of the PGAP pipeline, the application generates graphics using custom-developed scripts in the R programming language. PanWeb is freely available at <a href="http://www.computationalbiology.ufpa.br/panweb" target="_blank">http://www.computationalbiology.ufpa.br/panweb</a>.</p></div

Phylogenetic trees based on the NJ algorithm.

<p>Phylogenetic trees showing species evolution analysis for the 45 strains based on the NJ algorithm. The left graph is based on the gene distance matrix for core gene clusters, and the right graph is based on indel variations in core-gene clusters.</p

Name and description of each graph.

<p>Name and description of each graph.</p

West Nile Virus in the State of Ceará, Northeast Brazil

In June 2019, a horse with neurological disorder was diagnosed with West Nile virus (WNV) in Boa Viagem, a municipality in the state of Ceará, northeast Brazil. A multi-institutional task force coordinated by the Brazilian Ministry of Health was deployed to the area for case investigation. A total of 513 biological samples from 78 humans, 157 domestic animals and 278 free-ranging wild birds, as well as 853 adult mosquitoes of 22 species were tested for WNV by highly specific serological and/or molecular tests. No active circulation of WNV was detected in vertebrates or mosquitoes by molecular methods. Previous exposure to WNV was confirmed by seroconversion in domestic birds and by the detection of specific neutralizing antibodies in 44% (11/25) of equids, 20.9% (14/67) of domestic birds, 4.7% (13/278) of free-ranging wild birds, 2.6% (2/78) of humans, and 1.5% (1/65) of small ruminants. Results indicate that not only equines but also humans and different species of domestic animals and wild birds were locally exposed to WNV. The detection of neutralizing antibodies for WNV in free-ranging individuals of abundant passerine species suggests that birds commonly found in the region may have been involved as amplifying hosts in local transmission cycles of WNV