Characterization of Toxoplasma gondii subtelomeric-like regions: identification of a long-range compositional bias that is also associated with gene-poor regions

Background Chromosome ends are composed of telomeric repeats and subtelomeric regions, which are patchworks of genes interspersed with repeated elements. Although chromosome ends display similar arrangements in different species, their sequences are highly divergent. In addition, these regions display a particular nucleosomal composition and bind specific factors, therefore producing a special kind of heterochromatin. Using data from currently available draft genomes we have characterized these putative Telomeric Associated Sequences in Toxoplasma gondii. Results An all-vs-all pairwise comparison of T. gondii assembled chromosomes revealed the presence of conserved regions of ∼ 30 Kb located near the ends of 9 of the 14 chromosomes of the genome of the ME49 strain. Sequence similarity among these regions is ∼ 70%, and they are also highly conserved in the GT1 and VEG strains. However, they are unique to Toxoplasma with no detectable similarity in other Apicomplexan parasites. The internal structure of these sequences consists of 3 repetitive regions separated by high-complexity sequences without annotated genes, except for a gene from the Toxoplasma Specific Family. ChIP-qPCR experiments showed that nucleosomes associated to these sequences are enriched in histone H4 monomethylated at K20 (H4K20me1), and the histone variant H2A.X, suggesting that they are silenced sequences (heterochromatin). A detailed characterization of the base composition of these sequences, led us to identify a strong long-range compositional bias, which was similar to that observed in other genomic silenced fragments such as those containing centromeric sequences, and was negatively correlated to gene density. Conclusions We identified and characterized a region present in most Toxoplasma assembled chromosomes. Based on their location, sequence features, and nucleosomal markers we propose that these might be part of subtelomeric regions of T. gondii. The identified regions display a unique trinucleotide compositional bias, which is shared (despite the lack of any detectable sequence similarity) with other silenced sequences, such as those making up the chromosome centromeres. We also identified other genomic regions with this compositional bias (but no detectable sequence similarity) that might be functionally similar.Fil: Dalmasso, Maria Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Carmona, Santiago Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Ángel, Sergio Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Agüero, Fernan Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentin

Relación entre la auditoría tributaria preventiva y el manejo de los riesgos en el incumplimiento del pago de los impuestos en la empresa Berries del Perú SAC

El objetivo de la investigación fue establecer la relación que existe entre la auditoría tributaria preventiva con el manejo de los riesgos en el incumplimiento del pago de los impuestos en la empresa Berries del Perú SAC, la auditoría tributaria se debe considerar como un enfoque que además del cumplimiento de los impuestos constituye un proceso preventivo para los fraudes. Y por otro lado la prevención en los riesgos, es prepararse con anticipación, es evitar que algo suceda, advertir las situaciones a darse, es decir, nos condiciona a manejar las probables circunstancias del incumplimiento del pago. La investigación se trabajó con 95 expertos en tributación. El tipo de investigación que se trabajó fue aplicada, con sus niveles descriptivo y con diseño descriptivo correlacional, se demostró la hipótesis de investigación. Es decir, que entre la auditoría tributaria preventiva y el manejo de los riesgos en el incumplimiento del pago de los impuestos existe una correlación positiva muy fuerte, r = 0, 999. Sugerimos seguir promoviendo estrategias de comunicación en los diferentes medios por parte de la entidad tributaria gubernamental para que la población se concientice al pago de tributos y no lo considere como un aspecto punitivo sino como parte natural en sus procesos de gestión

Gestión de compras y su relación con el abastecimiento de bienes en una institución de salud pública, Lima 2023

El objetivo fue determinar la relación que existe entre la Gestión de compras y el abastecimiento de bienes en una Institución de salud pública, Lima 2023. La metodología fue descriptivo, correlacional, diseño no experimental, transversal. La población conformó el íntegro de la población dado su cantidad adecuada para aplicar una muestra censal. La muestra fue el total de la población, conformada por 50 trabajadores del área de compras. Se utilizó el programa SPSS 25. Los resultados fueron: En la hipótesis general obtuvo el valor de rho = 0.564 tal que la relación de variables es moderada media positiva, de la gestión de compras y adquisiciones se obtuvo rho = 0.205, tal que no existe relación entre la Gestión de compras y las adquisiciones de bienes en una Institución de salud pública, de la gestión de compras y calidad la correlación resultó rho = 0.515 siendo moderada media positiva, de la gestión de compras e inventarios se obtuvo una correlación rho = 0.506 siendo moderada media positiva, siendo el valor de sig. fue menor que 0,05 por lo que se aceptaron las hipótesis planteadas

Gestión logística en el Instituto Nacional Cardiovascular – INCOR – Lima 2019

La investigación que lleva como título Gestión logística en el Instituto Nacional Cardiovascular – INCOR – Lima 2019 tuvo como objetivo principal determinar cuál es el nivel de la Gestión logística y sus dimensiones en las áreas usuarias del Instituto Nacional Cardiovascular – INCOR, se estableció como objetivos específicos Determinar el nivel de la dimensión compras y abastecimiento en las áreas de Centro Quirúrgico, Central de Esterilización y Administrativa, Determinar el nivel de la dimensión inventarios en las áreas de Centro Quirúrgico, Central de Esterilización y Administrativa y Determinar el nivel de la dimensión centro de distribución y almacenes en las áreas de Centro Quirúrgico, Central de Esterilización y Administrativa. El estudio se realizó bajo el método hipotético deductivo, de paradigma positivista e insertado en el enfoque cuantitativo; muestra un diseño no experimental de tipo transversal, el subtipo del diseño correspondió al descriptivo – comparativo ya que se realizó tomando la recolección de datos en 3 muestras, la población estuvo conformada por 84 colaboradores de las áreas del Instituto Nacional Cardiovascular – INCOR, la técnica utilizada fue la encuesta, asimismo se utilizó la herramienta del cuestionario con alternativas de tipo Likert, para la validez de los instrumentos se utilizó la prueba de Aiken, para la confiabilidad alfa de Cronbach. Para el análisis descriptivo; tablas de frecuencia porcentuales, tablas cruzadas, figuras estadísticas y para la prueba de hipótesis se utilizó; prueba de normalidad, estadísticos para la prueba de hipótesis de datos no paramétricos de comparación se utilizó (Kruskal Wallis).Con los resultados obtenidos se pudo comprobar que no existe diferencias en el nivel de la variable logística y sus dimensiones en las áreas del Instituto Nacional Cardiovascular – INCOR, asimismo también se comprobó que las 3 área fueron calificadas con el porcentaje más alto en el nivel moderado, esto quiere decir que aún faltan procedimientos que mejorar para que la percepción sea más alta, con esto se lograra mejorar la atención del principal cliente que es el paciente

Empresas del régimen MYPE tributario del sector manufactura no primario - Apemives, y su relación con la imposición de sanciones proveniente del decreto legislativo N° 981, Distrito Villa El Salvador, 2020

El objetivo del presente estudio es advertir la vulneración constitucional al derecho sancionador tributario y transgresión de los principios fundamentales de razonabilidad y proporcionalidad contenida en la Tabla 1 de Infracciones y Sanciones del Decreto Legislativo (981, 2017); al establecer sanciones tributarias para empresas del Régimen MYPE Tributario utilizando los mismos parámetros que fueron diseñados para empresas de un mayor régimen tributario. La Tabla 1 de Infracciones y Sanciones Tributarias del DL 981 fue creada en el año 1993 para tipificar sanciones de incumplimiento para contribuyentes del régimen general; sin embargo, el legislador viene utilizando esta misma tabla de sanciones para contribuyentes del régimen tributario menor y que recién fue incorporado a la legislación en diciembre del 2016; lo que evidentemente resulta oneroso y afecta su reducida estructura patrimonial; con efectos adversos para empresas que recién inicia actividades, ya que la imposición de multas la descapitalizan financieramente las conducen a la quiebras o cierre de negocios. El presente estudio se realizó a empresas del régimen mype tributario pertenecientes al sector Manufactura No Primario – APEMIVES del Distrito de Villa El Salvador, por el ejercicio económico 2020, donde se advierte que muchas de estas entidades pertenecen a las micro y pequeñas empresas, los cuales en conjunto a nivel nacional representan el 70% de contribuyentes afectos a rentas empresarial o de negocios conforme al gran directorio de empresas en la SUNAT. La metodología de estudio, se realizó desde la perspectiva cuantitativa, tomando como parámetro de análisis y medición la variable dependiente para empresas del Régimen-mype Tributario, y variable independiente para infracciones contenidas en la Tabla 1 del DL 981. La metodología se origina en los estudios de Max Weber (1864-1920) quien introduce el termino entendimiento (HERNANDEZ, FERNANDEZ, BAPTISTA, 2003, pág. 3). El método empleado e el trabajo de investigación es el deductivo que en opinión Westreicher, s.f. refiere en extraer una conclusión en base a una premisa o una serie de proposiciones que se asume como verdadera; el diseño es descriptivo de corte transversal y de nivel correlacional. Finalmente señalar que la gran mayoría de estas empresas del Régimen MYPE Tributario sector Manufactura No Primario – APEMIVES se componen en negocios unipersonales en etapa formativa, en estado de precariedad, con niveles de subsistencia familiar, y con alta desventaja competitiva, debiendo lidiar su permanencia en el mercado formal contra grandes corporaciones empresariales ubicadas en el régimen general; situación que el Decreto Legislativo 981 no ha advertido, ya que viene utilizando una misma tabla de sanciones para ambos regímenes tributarios, con grave consecuencia de descapitalización, quiebra o desaparición, por la onerosa imposición de multa, ya que las multas que se imponen, afectan directamente la estructura patrimonial y capital de trabajo de empresas del sector Manufactura No Primario – APEMIVES.The objective of this investigation is to warn of the constitutional violation of the tax penalty law and violation of the fundamental principles of reasonableness and proportionality contained in Table 1 of Infractions and Sanctions of Legislative Decree 981; when classifying tax sanctions for companies of the MYPE Tax Regime, using the same parameters for companies of the General Regime. Table 1 of Tax Sanctions of DL 981 was created in 1993 to classify non-compliance sanctions for taxpayers of the general regime; However, the legislator has been using this same table of sanctions for taxpayers of the mype tax regime, whose regime was created in December 2016; and without taking into account that the onerousness of the sanctions significantly affect the reduced patrimonial structure, limited income level and workload; which induces that many of these companies enter informality. The present study was carried out on taxpayers of the Non-Primary Manufacturing MYPE Tax Regime - APEMIVES, for the fiscal year 2020, where it is noted that these companies are constituted by micro and small companies, which are part of the large SUNAT directory, constituting the mypes nationwide, on average, 70% of third-category rental companies. The research study methodology was carried out from a quantitative perspective, taking as a parameter of analysis and measurement the dependent variable for companies of the Tax Regime-MYPE, and independent variable for the offenses contained in Table 1 of DL 981. The methodology originates from the studies of Max Weber (1864-1920) who introduces the term understanding and uses data collection to test the hypothesis based on numerical measurement and statistical analysis to establish behavior patterns, and uses data collection (HERNANDEZ, FERNANDEZ, BAPTISTA, 2003, p. 3). The method used is the deductive one, which consists of drawing a conclusion based on a premise or a series of propositions that are assumed to be true (Westreicher, n.d.); its design is descriptive, cross-sectional and correlational level. Finally, it should be noted that the vast majority of these companies in the Non-Primary Manufacturing Tax MSE Regime - APEMIVES are made up of one-person businesses in the formative stage, in a state of precariousness, with levels of family subsistence, and with a high competitive disadvantage, having to deal with their permanence in the formal market against large business corporations located in the general regime; a situation that Legislative Decree 981 has not warned about, since it has been using the same table of sanctions for both tax regimes, with serious consequence of decapitalization, bankruptcy or disappearance, due to the onerous imposition of a fine, since the fines that are imposed affect directly the equity structure and working capital of companies in the Non-Primary Manufacturing sector - APEMIVES

FastqCleaner: an interactive Bioconductor application for quality-control, filtering and trimming of FASTQ files

Background Exploration and processing of FASTQ files are the first steps in state-of-the-art data analysis workflows of Next Generation Sequencing (NGS) platforms. The large amount of data generated by these technologies has put a challenge in terms of rapid analysis and visualization of sequencing information. Recent integration of the R data analysis platform with web visual frameworks has stimulated the development of user-friendly, powerful, and dynamic NGS data analysis applications.Results This paper presents FastqCleaner, a Bioconductor visual application for both quality-control (QC) and pre-processing of FASTQ files. The interface shows diagnostic information for the input and output data and allows to select a series of filtering and trimming operations in an interactive framework. FastqCleaner combines the technology of Bioconductor for NGS data analysis with the data visualization advantages of a web environment.Conclusions FastqCleaner is an user-friendly, offline-capable tool that enables access to advanced Bioconductor infrastructure. The novel concept of a Bioconductor interactive application that can be used without the need for programming skills, makes FastqCleaner a valuable resource for NGS data analysis.Fil: Roser, Leandro Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Agüero, Fernán Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Sanchez, Daniel Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentin

Fruit set and development of tomato grown in greenhouse : application of variable doses of plant growth regulators.

Las hormonas vegetales son capaces de controlar el desarrollo reproductivo, desde la diferenciación floral hasta los últimos estadios del desarrollo de los frutos. En particular, la etapa de fructificación y desarrollo depende del contenido endógeno de estas sustancias, y es posible manipular la iniciación del desarrollo del fruto por aplicación externa de hormonas. Previamente se evaluó el proceso de fructificación y desarrollo en el cultivo de tomate en invernadero en respuesta a la aplicación de b-NOA y AG3 en dosis fijas: se observó sensibilidad diferencial dependiendo del genotipo y tipo de regulador. El objetivo de este trabajo fue establecer dosis y momento óptimo para la aplicación de b-NOA y AG3 como formas de mejorar la fructificación y el desarrollo de frutos partenocárpicos. Como factores se consideraron tipo de regulador -b-NOA y AG3- en dosis y momentos de aplicación variables. Empleando ovarios no polinizados como sistema experimental fue posible concluir que la aplicación de 40 ppm de b-NOA a 7 días post antesis ofrece las mayores ventajas desde el punto de vista del rendimiento y menor impacto fisiológico, sin alterar el período de desarrollo de los frutos.Vegetable hormones are capable of controlling the reproductive development, from the flower differentiation until the last stages in the fruit development. In particular, the fruit set and development stage depends on the endogenous content of this substance, being possible to manipulate the beginning of the fruit development by external application of hormones. We have previously evaluated the fruit set and development process in tomato cultivation in greenhouse in response to the application of b-NOA and GA3 in fixed doses. Differential sensitivity was observed depending on the genotype and regulator type. The purpose of this work is to establish the optimum dose and moment for the application of b-NOA and GA3 as ways to improve the fruit set and development of parthenocarpic fruits. Regulator types b-NOA and GA3 in variable doses and application moments were considered as factors. Using unpollinated ovaries as an experimental system, it was possible to conclude that the application of 40 ppm of b-NOA at 7 days post antesis would offer the best advantages from a performance point of view and a lower physiologic impact, not altering the period of fruit development.Fil: Agüero, Marta S..Fil: Barral, Gabriela.Fil: Miguelisse, Nancy E..Fil: Castillo, Oscar E.

Characterization of Toxoplasma gondii subtelomeric-like regions: identification of a long-range compositional bias that is also associated with gene-poor regions

Background Chromosome ends are composed of telomeric repeats and subtelomeric regions, which are patchworks of genes interspersed with repeated elements. Although chromosome ends display similar arrangements in different species, their sequences are highly divergent. In addition, these regions display a particular nucleosomal composition and bind specific factors, therefore producing a special kind of heterochromatin. Using data from currently available draft genomes we have characterized these putative Telomeric Associated Sequences in Toxoplasma gondii. Results An all-vs-all pairwise comparison of T. gondii assembled chromosomes revealed the presence of conserved regions of ∼ 30 Kb located near the ends of 9 of the 14 chromosomes of the genome of the ME49 strain. Sequence similarity among these regions is ∼ 70%, and they are also highly conserved in the GT1 and VEG strains. However, they are unique to Toxoplasma with no detectable similarity in other Apicomplexan parasites. The internal structure of these sequences consists of 3 repetitive regions separated by high-complexity sequences without annotated genes, except for a gene from the Toxoplasma Specific Family. ChIP-qPCR experiments showed that nucleosomes associated to these sequences are enriched in histone H4 monomethylated at K20 (H4K20me1), and the histone variant H2A.X, suggesting that they are silenced sequences (heterochromatin). A detailed characterization of the base composition of these sequences, led us to identify a strong long-range compositional bias, which was similar to that observed in other genomic silenced fragments such as those containing centromeric sequences, and was negatively correlated to gene density. Conclusions We identified and characterized a region present in most Toxoplasma assembled chromosomes. Based on their location, sequence features, and nucleosomal markers we propose that these might be part of subtelomeric regions of T. gondii. The identified regions display a unique trinucleotide compositional bias, which is shared (despite the lack of any detectable sequence similarity) with other silenced sequences, such as those making up the chromosome centromeres. We also identified other genomic regions with this compositional bias (but no detectable sequence similarity) that might be functionally similar.Fil: Dalmasso, Maria Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Carmona, Santiago Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Ángel, Sergio Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Agüero, Fernan Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentin

Fruit set and development of tomato grown in greenhouse : effect of plant growth regulators

El proceso de fructificación y desarrollo en tomate puede ser inducido naturalmente por polinización o partenocarpia y artificialmente por aplicación de reguladores; esta respuesta es variable según tipo y dosis de hormona, momento de aplicación y cultivar involucrado. El objetivo de este trabajo fue evaluar la capacidad de auxinas y giberelinas para inducir el desarrollo partenocárpico en genotipos de crecimiento indeterminado. Como factores se consideraron tipo de regulador -AG3 y β-NOA- en dosis fija, momento de aplicación -0, 5, 12, 19, 26 dpa- y genotipo -Rutgers, Fortaleza F1 y Colt 45-. Las mejores respuestas a nivel de porcentaje de fructificación y peso fresco se obtuvieron con β-NOA en comparación con AG3. Considerando todos los factores analizados, solamente la aplicación de β-NOA a 5 dpa permitió alcanzar porcentajes de fructificación y tamaño final de frutos similares a los obtenidos por autopolinización. El período de sensibilidad y el tamaño final de los frutos presentaron interacción con las variables genotipo, momento de aplicación y tipo de regulador. Se observó además que AG3 provocó un escaso desarrollo placentario y ausencia de óvulos mientras que β-NOA indujo un desarrollo de placentas y óvulos similar al de los frutos obtenidos por autopolinización.The process of fruit set and development in tomato can be naturally induced by pollination or parthenocarpy and artificiall y by hormonal application; this response is variable according to type and dose of the hormone, moment of application and cultivar involved. The purpose of this work was to evaluate the capacity of auxins and gibberellins to induce the parthenocarpic development in genotypes of undetermined growth. The considered factors were type of regulator -AG3 and β-NOAin set dose, moment of application -0, 5, 12, 19, 26 dpa-, and genotype -Rutgers, Fortaleza F1 and Colt 45-. The best responses regarding percentage of fructification and fresh weight are obtained with β-NOA in comparison with AG3. Considering all the analyzed factors, only the application of β-NOA to 5 dpa allowed to obtain the percentages of fruit set and final size of fruits similar to the ones obtained by autopollination. The period of sensitivity and the final size of fruits presented interaction with the genotype variables, moment of application and type of regulator. It was also observed that AG3 caused a scarce placental development and ovule absence while β-NOA induced a placenta and ovule development similar to the one in fruits obtained by autopollination.Fil: Castillo, Oscar E..Fil: Barral, Gabriela.Fil: Rodríguez, Gustavo.Fil: Miguelisse, Nancy E..Fil: Agüero, Marta S.

Impacto de la educación sobre la pobreza en las regiones de planificación de Costa Rica / Impact of Education on Poverty in Planning Regions of Costa Rica

En este artículo se explican las diferencias regionales en la pobreza de los hogares   a través de la descomposición entre las variables de formación del capital humano y el lugar (región geográfica) donde las personas viven, siendo este el primer estudio que se realiza de este tipo en Costa Rica. Se utilizan estimaciones por Mínimos Cuadrados Ordinarios (MCO) y el Método de Descomposición de Oaxaca-Blinder, corrigiendo el sesgo de selección por el método propuesto por Heckman (1979), para examinar el impacto que los niveles de formación educativa y región donde se habita tienen sobre la incidencia de pobreza. Para ello se usan los datos de los Censos de Población y Vivienda del año 2011, para las 7 regiones de planificación del país. This article explains the regional differences in household poverty through the decomposition between two variables, human capital formation and the place (geographical region) where people live; this being the first study that is carried out of this type in Costa Rica. Estimates by Ordinary Least Squares (OLS) and the Oaxaca-Blinder Decomposition Method, correcting the selection bias by the method proposed by Heckman (1979), are used to examine the impact that the levels of educational formation and the region where we live have ot the incidence of poverty. To do this, data from the Population and Housing Censuses for 2011 are used for the 7 planning regions of the country