Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

Phenotypics characteristics by Enterobacter cloacae controlled for the system quorum sensing

Muitas bactérias apresentam um sistema elaborado de comunicação entre células dependente de densidade celular, denominado como quorum sensing, e o conhecimento de fenótipos controlados por esse mecanismo pode contribuir para a elucidação de processos importantes na microbiologia de alimentos. O objetivo deste trabalho foi determinar fenótipos regulados por quorum sensing em Enterobacter cloacae 067, isolado de leite cru refrigerado. Foram comparadas características fenotípicas da estirpe selvagem de E. cloacae 067 com uma estirpe transconjugante, que sintetiza a enzima lactonase, responsável pela hidrólise de acil homoserina lactonas (AHLs), moléculas sinal do sistema quorum sensing. Estirpes selvagem e transconjugante de E. cloacae 067 cresceram em temperaturas de 4 °C a 43 °C, com ótimo entre 36 °C e 43 °C e a população máxima foi atingida a 30 °C. A densidade óptica das culturas da estirpe transconjugante foram maiores (p < 0,05) do que a da selvagem, tanto em meios de cultura complexos como em meios minerais, contendo uma única fonte de carbono orgânico. A motilidade por espalhamento não foi verificada nas estirpes testadas e a motilidade por contração não foi alterada no transconjugante. Biofilmes foram formados em superfície de poliestireno e a estirpe E. cloacae 067 selvagem apresentou maior adesão que a estirpe transconjugante, quando cultivada nos meios Luria Bertani (LB), triptona, extrato de levedura e fosfato (TYEP) e meio mínimo de sais (MMS). A adição de cálcio ao meio TYEP reduziu a formação de biofilmes pela estirpe selvagem, mas não na transconjugante. Em superfície de aço inoxidável a adesão da estirpe selvagem foi cerca de um ciclo logarítmico maior do que a transconjugante, por até 48 horas de incubação. Após este período, diferenças entre as estirpes não foram detectadas, tanto na observação microscópica quanto na contagem de células viáveis aderidas. A diferença na adesão de E. cloacae 067 selvagem e transconjugante em poliestireno e em aço inoxidável sugere que o sistema quorum sensing regula a formação de biofilmes nesta estirpe. Atividades das enzimas amilases, celulases, lipases e pectinases não foram verificadas nas estirpes selvagem e transconjugante de E. cloacae 067. Entretanto, o transconjugante foi capaz de liquefazer a gelatina após 12 dias de incubação a 30 °C, o que não foi observado na estirpe selvagem. O transconjugante de E. cloacae 067 também apresentou maior atividade proteolítica em ágar caseinato e em ágar LB acrescido de 2 % de leite e maior grau de proteólise do leite do que o selvagem. A coagulação do leite desnatado reconstituído a 12 % e do leite pasteurizado por E. cloacae 067 transconjugante ocorreu após 36 horas de incubação, enquanto a estirpe selvagem coagulou o leite somente após 96 horas. Estes resultados sugerem a existência de um mecanismo de regulação negativa da atividade proteolítica em E. cloacae 067 pelo sistema quorum sensing. A atividade proteolítica de ambas as estirpes avaliadas não foi detectada em zimograma contendo azocaseína como substrato. Entretanto, quando gelatina foi usada como substrato, foi possível a observação de atividade proteolítica no extrato proteico das estirpes selvagem e transconjugante no gel. A análise dos sobrenadantes livres de células e concentrados 15 vezes, em gel de poliacrilamida evidenciou maior número de bandas de proteínas extracelulares produzidas pela E. cloacae 067 selvagem do que pela transconjugante, sugerindo que o sistema quorum sensing pode estar envolvido na regulação de outras proteínas extracelulares, além de proteases.Many bacteria present an elaborate system of communication dependent of cell density known as quorum sensing, and the knowledge of the phenotypes controlled by this mechanism may contribute for the elucidation of important processes in food microbiology. The objective of this study was to determine phenotypes regulated by quorum sensing in Enterobacter cloacae 067 isolated from cooled raw milk. Phenotypic characteristics of E. cloacae 067 wild type were compared to the transconjugant strain, that synthesizes the lactonase enzyme, which is responsible for hydrolysis of Nacylhomoserine lactones (AHLs) that are signal molecules of the quorum sensing system. Wild type and transconjugant strains of E. cloacae 067 were grown in temperatures from 4 °C until 43 °C. The optimum temperature was between 36 °C and 43 °C and the maximum population was reached at 30 °C. The optical density of transconjugant strain culture was higher (p < 0,05) than the wild type in both complex and in mineral medium which contained only one organic carbon source. The swarming motility was not verified in E. cloacae strains tested and the twitching motility was not modified in the transconjugant. Biofilms was formed in polystyrene surface and E. cloacae 067 wild type presented higher adhesion than the transconjugant strain when cultivated in Luria Bertani medium (LB), triptona, extract yeast and phosphate medium (TYEP), and in minimal medium (MMS). The addition of calcium to the TYEP medium reduced the biofilm formation by the wild type, but not in the transconjugant. In stainless steel surface, the adhesion of the wild type was approximately one logarithmic cycle higher than the transconjugant until 48 hours of incubation. After this period, differences were not detected in both microscopic observation and in the counting of adhered viable cells. The difference in adhesion of E. cloacae 067 wild type and transconjugant in polystyrene and stainless steel suggests that quorum sensing system regulates biofilm formation by this strain. Amylases, celulases, lipases and pectinases activities were not verified in the wild type and transconjugant strains of E. cloacae 067. However, the transconjugant strain was capable to use gelatin after 12 days of incubation at 30 °C. The transconjugant of E. cloacae 067 presented higher proteolytic activity in casein agar and in LB agar added of 2% (w/v) of skim milk. This strain also presented higher degree of proteolyses than the wild type. The spoilage of reconstituted 12% (w/v) skim milk and of pasteurized milk for E. cloacae 067 transconjugant occurred after 36 hours of incubation, while the milk spoilage for the wild type strain occurred only after 96 hours. These results suggest the existence of a mechanism of partial negative regulation of proteolytic activity in E. cloacae 067 for the quorum sensing system. The proteolytic activity of both strains was not detected in the zimogram azocasein gel. However, when gelatin was used as substrate, it was possible to observe proteolytic activity in protein extract of the wild type and transconjugant strains. Analysis of the free supernatant of cells, concentrated 15 turn, in SDS-PAGE exhibited higher number of extracellular protein bands produced by E. cloacae 067 wild type than the transconjugant. Therefore, this suggests that besides proteases, quorum sensing system may be involved in the regulation of other extracellular proteins.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superio

Phenotypics characteristics controlled for quorum sensing in Aeromonas hydrophila.

As bactérias apresentam um sistema elaborado de comunicação entre células dependente de densidade celular, denominado quorum sensing. O conhecimento de fenótipos controlados por esse sistema, como a produção de enzimas hidrolíticas que resultam na deterioração de alimentos, formação de biofilmes e mecanismos de patogenicidade podem contribuir para a elucidação de processos importantes na microbiologia de alimentos e permitir a elaboração de estratégias de controle de patógenos e deterioradores. O objetivo deste trabalho foi determinar fenótipos regulados por quorum sensing em Aeromonas hydrophila, isolada de leite cru refrigerado. Foram comparadas características fenotípicas, como produção de enzimas hidrolíticas, motilidade, formação de biofilmes e perfil protéico das estirpes selvagens Embrapa 029 e ATCC 7966 de A. hydrophila mutantes incapazes de sintetizar homoserina lactonas aciladas (AHLs), moléculas sinal do sistema quorum sensing. Os mutantes de A. hydrophila foram construídos utilizando a estratégia de mutação sítio dirigida, pela interrupção do gene ahyI com o gene que codifica gentamicina-3-acetiltransferase, utilizando o vetor suicida pKNG101. Os mutantes 029-8, 029-14 e 029-21, comprovadamente apresentaram o sistema quorum sensing comprometido e não foram capazes de produzir AHL detectáveis pelo biomonitor Chromobacterium violaceum CV026. Entretanto, estes mutantes apresentaram os genes ahyI e ahyR intactos quando analisados por PCR. Pela técnica de RT-PCR foi constatado que A. hydrophila QS 029-14 foi incapaz de transcrever os genes ahyR e ahyI, o que comprovou a incapacidade de produzir a proteína reguladora de resposta (AhyR) e a sintase de AHL (AhyI). Estes mutantes perderam a capacidade de hidrolisar gelatina e apresentaram perda ou redução da atividade de hidrólise de caseína. A atividade de &#946;-hemólise e a motilidade tipo swimming, comumente observada na estirpe selvagem, não foram observadas no mutante A. hydrophila QS 029-14, o que indica que estas características estão sob regulação do quorum sensing. As estirpes selvagens e mutantes apresentaram atividades das enzimas amilase e lipases. Estirpes selvagens e o mutante QS 029-14 de A. hydrophila foram capazes de aderir aos cupons de aço inoxidável imersos em meio TYEP. Entretanto, menor adesão do mutante QS 029-14 foi verificada tanto pela contagem de células sésseis viáveis como pela observação microscópica dos cupons. Este resultado reforça as evidências do envolvimento do mecanismo de quorum sensing na regulação da formação de biofilmes nesta espécie. A análise dos sobrenadantes livres de células e de proteínas intracelulares, em gel de poliacrilamida 12 %, evidenciou a expressão diferencial de proteínas extracelulares e intracelulares produzidas pelas estirpes A. hydrophila Embrapa 029, ATCC 7966 e A. hydrophila mutante QS 029-14, sugerindo que o sistema quorum sensing pode estar envolvido na regulação de algumas proteínas extracelulares e intracelulares. A análise de espectrometria de massa e sequenciamento da região amino-terminal de uma banda de proteína presente no sobrenadante extracelular da estirpe mutante QS 029-14 sugerem uma maior expressão de transportador ABC nesta estirpe. Os resultados sugerem que o sistema quorum sensing ou o fator ou fatores que regulam a transcrição dos genes ahyI e ahyR regulam a expressão de genes responsáveis pela atividade proteolítica, &#946;-hemólise, motilidade, formação de biofilmes e possivelmente de transportadores de membrana em A. hydrophila.Bacteria have a communication system among cells, dependent on cellular density, called quorum sensing. Knowledge of phenotypes controlled by this system, such as production of hydrolytic enzymes which result in food spoilage, biofilm formation and mechanisms of pathogenicity will contribute to elucidate important processes in food microbiology and development of control strategies for pathogenic and spoilage microorganisms. The aim of this study was to determine the phenotypes regulated by quorum sensing in Aeromonas hydrophila isolated from cooled raw milk. Phenotypic characteristics, such as production of the hydrolytic enzymes, motility, biofilm formation and protein profile of A. hydrophila ATCC 7966 and Embrapa 029 wild-type strains, and acyl homoserine lactones (AHLs)-deficient mutant were compared. A. hydrophila QS mutants were constructed using a site-directed mutagenesis strategy. The ahyI gene was interrupted by gentamicin 3-acetyltransferase gene using the suicide vector pKNG101. Mutant bacteria 029-8, 029-14 and 029-21 showed the quorum sensing system compromised and they were not able to produce detectable AHL by the Chromobacterium violaceum CV026. However, A. hydrophila mutants showed intact ahyI and ahyR when analyzed by PCR. By RT-PCR technique, A. hydrophila mutant strain QS 029-14 was unable to transcribe ahyI and ahyR genes, which proved the inability to produce the regulatory protein response (AhyR) and AHL synthase (AhyI). These mutants lost the capacity to hydrolyze gelatin and showed losses or reduction of proteolytic activity. Swimming motility and &#946;-hemolysis activity were observed in wild-type strain while these characteristics were absent in A. hydrophila QS 029-14. This leads to the indication that these features are under regulation of quorum sensing system. Both wild-type and mutant strains showed amylase and lipase activities. A. hydrophila wild-type and its mutant strain QS 029-14 were able to adhere on stainless steel coupons immersed in TYEP broth. The mutant strain QS 029-14 showed a lower adhesion which was verified by both the viable sessile cells counts and microscopic analysis of the coupons. This result strongly indicates the role of quorum sensing mechanism in the regulation of biofilm formation in this species. Polyacrylamide gel analysis of cell-free supernatants and intracellular proteins showed a differential expression of intracellular and extracellular proteins produced by A. hydrophila ATCC 7966 and Embrapa 029 wild-type strains and A. hydrophila 029-14 mutant strain. These data leads to the indication that quorum sensing system might be involved in the regulation of some extracellular and intracellular proteins. The mass spectrometry analysis and sequencing of the amino-terminal region of the protein band present in the extracellular supernatant of the mutant strain QS 029-14 suggest an increased expression of ABC-type transporter. These results suggest that the quorum sensing system or the factor or factors related to the transcription of genes ahyI and ahyR regulate the expression of genes responsible for the proteolytic activity, &#946;-hemolysis, motility and biofilm formation in A. hydrophila.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológic

Características físico-químicas e microbiológicas de morango minimamente processado

O presente trabalho teve como objetivo avaliar as alterações físico-químicas e microbiológicas de morangos submetidos ao processamento mínimo. Foram avaliados os efeitos da lavagem com cloreto de cálcio ou polietilenoglicol na microbiota contaminante e na textura dos morangos e da sanificação com ozônio gasoso ou clorado orgânico. Análises de textura, cor, perda de massa e microbiota contaminante foram feitas durante o armazenamento a 5 °C por 12 dias em embalagens envoltas com uma a quatro camadas de filme de cloreto de polivinil (PVC). A adição de até 1,5% de cloreto de cálcio ou de 0,5% de polietilenoglicol na água de lavagem não garantiu a manutenção da textura do morango ao final do período de armazenamento. A ozonização dos morangos por 60 minutos foi mais efetiva para reduzir (p < 0,05) a contagem de mesófilos aeróbios, fungos e leveduras e coliformes do que a ozonização por 30 minutos ou a imersão em solução de clorado orgânico. Os morangos armazenados em embalagens recobertas com três camadas de filme PVC apresentaram aumento na textura e na intensidade de escurecimento e redução na microbiota contaminante. Os principais fungos isolados de morangos minimamente processados durante o armazenamento pertenciam ao gênero Fusarium e à espécie Cladosporium cladosporioides

Características físico-químicas e microbiológicas de morango minimamente processado Physical-chemical and microbiological characteristics of fresh-cut strawberry

O presente trabalho teve como objetivo avaliar as alterações físico-químicas e microbiológicas de morangos submetidos ao processamento mínimo. Foram avaliados os efeitos da lavagem com cloreto de cálcio ou polietilenoglicol na microbiota contaminante e na textura dos morangos e da sanificação com ozônio gasoso ou clorado orgânico. Análises de textura, cor, perda de massa e microbiota contaminante foram feitas durante o armazenamento a 5 °C por 12 dias em embalagens envoltas com uma a quatro camadas de filme de cloreto de polivinil (PVC). A adição de até 1,5% de cloreto de cálcio ou de 0,5% de polietilenoglicol na água de lavagem não garantiu a manutenção da textura do morango ao final do período de armazenamento. A ozonização dos morangos por 60 minutos foi mais efetiva para reduzir (p This study aimed to evaluate the physical-chemical and microbiological changes in strawberries subjected to the fresh-cut process. The effects on the contaminants and texture of strawberries washed with calcium chloride and polyethylene glycol and of ozone gas and organic chlorine as sanitizer to reduce microbial contamination were evaluated. Analyses of texture, color, weight loss and microbial contaminants were made during storage at 5 °C for 12 days in packs wrapped in up to four layers of PVC film. The addition of 0.5, 1.0 and 1.5% of calcium chloride or 0.5% of polyethylene glycol in the washing water did not ensure the maintenance of the texture of the strawberry at the end of the period of storage. The ozonation of strawberries for 60 minutes was more effective in reducing (p < 0.05) the count of mesophilic aerobics microorganisms, yeasts and molds and coliforms, when compared to results obtained with strawberries ozonizated for 30 minutes and immersed in a solution of organic chlorine. The strawberries stored in packages covered with three layers of PVC film showed an increase in texture and intensity of browning and a reduction in microbial contaminants. The main molds isolated on the strawberry were of the genus Fusarium and the species Cladosporium cladosporioides

Quorum sensing regulated phenotypes in Aeromonas hydrophila ATCC 7966 deficient in AHL production.

The virulence of Aeromonas hydrophila is positively regulated by a quorum sensing (QS) system based on the ahyRI genes. The aim of this study was to evaluate the phenotypic characteristics related to virulence in the A. hydrophila strain ATCC 7966 in order to check if virulence traits are still functioning, despite the absence of a well characterized QS system. As expected, we were not able to detect quorum signaling AHL molecules in A. hydrophila ATCC 7966 by cross-streaking or thin layer chromatography with AHL biosensor strains. Although A. hydrophila ATCC 7966 did not produce AHLs, transcription of the ahyI and ahyR genes was observed by RT-PCR. Phenotypes generally recognized as QS-regulated in A. hydrophila were maintained in ATCC 7966; these phenotypes included proteolytic activity on casein and gelatin and amylolytic, lipolytic, and ?- hemolytic activities, as well as the ability to adhere to surfaces and to form biofilms. Moreover, the addition of exogenous AHLs did not induce changes in the evaluated phenotypes. The results suggest that although this strain does not produce AHL as evaluated in this study, it maintains the phenotypes commonly associated with QS in this species indicating that other regulatory mechanisms independent of ahyRI may be in place

Molecular analysis reveals the diversity of Hepatozoon species naturally infecting domestic dogs in a northern region of Brazil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) - (grant 311686/2015-0); Conselho de Aperfeiçoamento de Pessoal científico e Tecnológico (CNPq) - (grant 311686/2015-0)Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Tecnologia Biomolecular. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Tecnologia Biomolecular. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Tecnologia Biomolecular. Belém, PA, Brazil.Universidade Estadual Paulista - Campus de Botucatu. Instituto de Biociências. Departamento de Parasitologia. Botucatu, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Centro de Inovações Tecnológicas. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Tecnologia Biomolecular. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Tecnologia Biomolecular. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Tecnologia Biomolecular. Belém, PA, Brazil.This study aimed to optimize molecular methods for detecting DNA of Hepatozoon spp. as well as identify the phylogenetic relationships of Hepatozoon strains naturally infecting domestic dogs in Belém, Pará, northern Brazil. Blood samples were collected from 138 dogs, and screened for Hepatozoon spp. using a new nested PCR assay. Positive samples were subjected to genetic characterization based on amplification and sequencing of approximately 670 bp of the Hepatozoon spp. 18S rRNA. Of the positive dogs, four shared the haplotype Belém 01, one dog presented the haplotype Belém 02 and two dogs shared the haplotype Belém 03. A Bayesian inference indicates that haplotypes Belém 01 and Belém 02 are phylogenetically related to H. canis, while Belém 03 is related to H. americanum. Overall, based on the first molecular evidence of H. americanum in Brazilian domestic dogs, the proposed protocol may improve the epidemiological investigation of canine hepatozoonosis