Latency reversal agents affect differently the latent reservoir present in distinct CD4+ t subpopulations

Latency reversal agents (LRAs) have proven to induce HIV-1 transcription in vivo but are ineffective at decreasing the size of the latent reservoir in antiretroviral treated patients. The capacity of the LRAs to perturb the viral reservoir present in distinct subpopulations of cells is currently unknown. Here, using a new RNA FISH/flow ex vivo viral reactivation assay, we performed a comprehensive assessment of the viral reactivation capacity of different families of LRAs, and their combinations, in different CD4 T cell subsets. We observed that a median of 16.28% of the whole HIV-reservoir induced HIV-1 transcripts after viral reactivation, but only 10.10% of these HIV-1 RNA cells produced the viral protein p24. Moreover, none of the LRAs were powerful enough to reactivate HIV-1 transcription in all CD4 T cell subpopulations. For instance, the combination of Romidepsin and Ingenol was identified as the best combination of drugs at increasing the proportion of HIV-1 RNA cells, in most, but not all, CD4 T cell subsets. Importantly, memory stem cells were identified as highly resistant to HIV-1 reactivation, and only the combination of Panobinostat and Bryostatin-1 significantly increased the number of cells transcribing HIV within this subset. Overall, our results validate the use of the RNA FISH/flow technique to assess the potency of LRAs among different CD4 T cell subsets, manifest the intrinsic differences between cells that encompass the latent HIV reservoir, and highlight the difficulty to significantly impact the latent infection with the currently available drugs. Thus, our results have important implications for the rational design of therapies aimed at reversing HIV latency from diverse cellular reservoirs

Expression of CD20 after viral reactivation renders HIV-reservoir cells susceptible to Rituximab

The identification of exclusive markers to target HIV-reservoir cells will represent a significant advance in the search for therapies to cure HIV. Here, we identify the B lymphocyte antigen CD20 as a marker for HIV-infected cells in vitro and in vivo. The CD20 molecule is dimly expressed in a subpopulation of CD4-positive (CD4) T lymphocytes from blood, with high levels of cell activation and heterogeneous memory phenotypes. In lymph node samples from infected patients, CD20 is present in productively HIV-infected cells, and ex vivo viral infection selectively upregulates the expression of CD20 during early infection. In samples from patients on antiretroviral therapy (ART) this subpopulation is significantly enriched in HIV transcripts, and the anti-CD20 monoclonal antibody Rituximab induces cell killing, which reduces the pool of HIV-expressing cells when combined with latency reversal agents. We provide a tool for targeting this active HIV-reservoir after viral reactivation in patients while on ART

Peripheral and lung resident memory T cell responses against SARS-CoV-2

Resident memory T cells (T) positioned within the respiratory tract are probably required to limit SARS-CoV-2 spread and COVID-19. Importantly, T are mostly non-recirculating, which reduces the window of opportunity to examine these cells in the blood as they move to the lung parenchyma. Here, we identify circulating virus-specific T cell responses during acute infection with functional, migratory and apoptotic patterns modulated by viral proteins and associated with clinical outcome. Disease severity is associated predominantly with IFNγ and IL-4 responses, increased responses against S peptides and apoptosis, whereas non-hospitalized patients have increased IL-12p70 levels, degranulation in response to N peptides and SARS-CoV-2-specific CCR7 + T cells secreting IL-10. In convalescent patients, lung-T are frequently detected even 10 months after initial infection, in which contemporaneous blood does not reflect tissue-resident profiles. Our study highlights a balanced anti-inflammatory antiviral response associated with a better outcome and persisting T cells as important for future protection against SARS-CoV-2 infection. Lung resident memory T (T) cells are important for protection from viral infection in the lungs. Here the authors use paired lung biopsy material and blood to characterize T cell responses in patients with COVID-19 over time and find persistence of antiviral lung T cells that might be important to limit reinfectio

Trayectorias docentes e investigadoras en la universidad. 24 historias de vida profesional. Los efectos de los cambios en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios

[spa] Este texto forma parte de un proyecto de investigación Los efectos de los cambios sociales en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios, parcialmente financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (SEJ2006-01876), en el que nos planteamos explorar los cambios los ámbitos de la legislación, la organización institucional, la investigación, la gestión y la docencia en los últimos treinta años. El principal objetivo del estudio era profundizar en nuestra comprensión sobre el impacto del cambio económico, social, cultural, tecnológico y laboral que están experimentando las universidades españolas en la vida y la identidad profesional del personal docente e investigador, teniendo en cuenta el contexto nacional y europeo. Esta publicación recoge la 24 historias de vida profesional realizas con o sobre otros tantos docentes universitarios. Sus relatos analizados y contextualizados, significan una contribución significativa al conocimiento basado en la investigación sobre el saber profesional y la experiencia laboral en las universidades españolas, y en consecuencia, a nuestra comprensión sobre cómo los académicos se están enfrentando con los cambios actuales.[cat] Aquest text forma part d'un projecte d'investigació "Els efectes dels canvis socials en el treball i la vida professional dels docents universitaris", parcialment finançat per el Ministeri de Ciència i Innovació (SEJ2006-01876), on ens plantejavem explorar els canvis en els àmbits de legislació, l'organització institucional, la investigació, la gestió i la docència en els darrers trenta anys. El principal objectiu de l'estudi era aprofundir en la comprensió de l'impacte del canvi enconòmic, social, cultural, tecnològic i laboral que están experimentant les universitats espanyoles en la vida i la identitat professional del personal docent i investigador, tenint en compte el context nacional i europeu. Aquesta publicació recull 24 històries de vida professionals realitzades amb o sobre els docents universitaris. Els seus relats analitzats i contextualitzats, signifiquen una contribució significativa al coneixement basat en la investigació sobre el saber professional i l'experiència laboral a les universitats espanyoles, i en conseqüència, a la nostra comprensió sobre com els acadèmics s'estan enfrontant amb els canvis actuals.[eng] This text is part of a research project “The effects of social change at work and professional life of academics”, partly funded by the Ministry of Science and Innovation (SEJ2006-01876), in which we explored change in legislation, institutional organization, research, management and education in the last thirty years. The main objective of the study was to deepen our understanding of the impact of economic, social, cultural, technologicaland labour change undergoing in Spanish universities in the professional life and identity of teachers and researchers, taking into account the national and European contexts. This publication contains the 24 professional life histories developed about or with many other university teachers. Their analysed and contextualized narrativesare a significant contribution to research-based knowledge on professional knowledge and experience in Spanishuniversities, and therefore for our understanding of how scholars are facing and coping with current change.Ministerio de Educación y Ciencia. SEJ2006-0187

Trayectorias docentes e investigadoras en la universidad. 24 historias de vida profesional. Los efectos de los cambios en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios

[spa] Este texto forma parte de un proyecto de investigación Los efectos de los cambios sociales en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios, parcialmente financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (SEJ2006-01876), en el que nos planteamos explorar los cambios los ámbitos de la legislación, la organización institucional, la investigación, la gestión y la docencia en los últimos treinta años. El principal objetivo del estudio era profundizar en nuestra comprensión sobre el impacto del cambio económico, social, cultural, tecnológico y laboral que están experimentando las universidades españolas en la vida y la identidad profesional del personal docente e investigador, teniendo en cuenta el contexto nacional y europeo. Esta publicación recoge la 24 historias de vida profesional realizas con o sobre otros tantos docentes universitarios. Sus relatos analizados y contextualizados, significan una contribución significativa al conocimiento basado en la investigación sobre el saber profesional y la experiencia laboral en las universidades españolas, y en consecuencia, a nuestra comprensión sobre cómo los académicos se están enfrentando con los cambios actuales.[cat] Aquest text forma part d'un projecte d'investigació "Els efectes dels canvis socials en el treball i la vida professional dels docents universitaris", parcialment finançat per el Ministeri de Ciència i Innovació (SEJ2006-01876), on ens plantejavem explorar els canvis en els àmbits de legislació, l'organització institucional, la investigació, la gestió i la docència en els darrers trenta anys. El principal objectiu de l'estudi era aprofundir en la comprensió de l'impacte del canvi enconòmic, social, cultural, tecnològic i laboral que están experimentant les universitats espanyoles en la vida i la identitat professional del personal docent i investigador, tenint en compte el context nacional i europeu. Aquesta publicació recull 24 històries de vida professionals realitzades amb o sobre els docents universitaris. Els seus relats analitzats i contextualitzats, signifiquen una contribució significativa al coneixement basat en la investigació sobre el saber professional i l'experiència laboral a les universitats espanyoles, i en conseqüència, a la nostra comprensió sobre com els acadèmics s'estan enfrontant amb els canvis actuals.[eng] This text is part of a research project “The effects of social change at work and professional life of academics”, partly funded by the Ministry of Science and Innovation (SEJ2006-01876), in which we explored change in legislation, institutional organization, research, management and education in the last thirty years. The main objective of the study was to deepen our understanding of the impact of economic, social, cultural, technologicaland labour change undergoing in Spanish universities in the professional life and identity of teachers and researchers, taking into account the national and European contexts. This publication contains the 24 professional life histories developed about or with many other university teachers. Their analysed and contextualized narrativesare a significant contribution to research-based knowledge on professional knowledge and experience in Spanishuniversities, and therefore for our understanding of how scholars are facing and coping with current change.Ministerio de Educación y Ciencia. SEJ2006-0187

Trayectorias docentes e investigadoras en la universidad. 24 historias de vida profesional. Los efectos de los cambios en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios

[spa] Este texto forma parte de un proyecto de investigación Los efectos de los cambios sociales en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios, parcialmente financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (SEJ2006-01876), en el que nos planteamos explorar los cambios los ámbitos de la legislación, la organización institucional, la investigación, la gestión y la docencia en los últimos treinta años. El principal objetivo del estudio era profundizar en nuestra comprensión sobre el impacto del cambio económico, social, cultural, tecnológico y laboral que están experimentando las universidades españolas en la vida y la identidad profesional del personal docente e investigador, teniendo en cuenta el contexto nacional y europeo. Esta publicación recoge la 24 historias de vida profesional realizas con o sobre otros tantos docentes universitarios. Sus relatos analizados y contextualizados, significan una contribución significativa al conocimiento basado en la investigación sobre el saber profesional y la experiencia laboral en las universidades españolas, y en consecuencia, a nuestra comprensión sobre cómo los académicos se están enfrentando con los cambios actuales.[cat] Aquest text forma part d'un projecte d'investigació "Els efectes dels canvis socials en el treball i la vida professional dels docents universitaris", parcialment finançat per el Ministeri de Ciència i Innovació (SEJ2006-01876), on ens plantejavem explorar els canvis en els àmbits de legislació, l'organització institucional, la investigació, la gestió i la docència en els darrers trenta anys. El principal objectiu de l'estudi era aprofundir en la comprensió de l'impacte del canvi enconòmic, social, cultural, tecnològic i laboral que están experimentant les universitats espanyoles en la vida i la identitat professional del personal docent i investigador, tenint en compte el context nacional i europeu. Aquesta publicació recull 24 històries de vida professionals realitzades amb o sobre els docents universitaris. Els seus relats analitzats i contextualitzats, signifiquen una contribució significativa al coneixement basat en la investigació sobre el saber professional i l'experiència laboral a les universitats espanyoles, i en conseqüència, a la nostra comprensió sobre com els acadèmics s'estan enfrontant amb els canvis actuals.[eng] This text is part of a research project “The effects of social change at work and professional life of academics”, partly funded by the Ministry of Science and Innovation (SEJ2006-01876), in which we explored change in legislation, institutional organization, research, management and education in the last thirty years. The main objective of the study was to deepen our understanding of the impact of economic, social, cultural, technologicaland labour change undergoing in Spanish universities in the professional life and identity of teachers and researchers, taking into account the national and European contexts. This publication contains the 24 professional life histories developed about or with many other university teachers. Their analysed and contextualized narrativesare a significant contribution to research-based knowledge on professional knowledge and experience in Spanishuniversities, and therefore for our understanding of how scholars are facing and coping with current change.Ministerio de Educación y Ciencia. SEJ2006-0187

Trayectorias docentes e investigadoras en la universidad. 24 historias de vida profesional. Los efectos de los cambios en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios

[spa] Este texto forma parte de un proyecto de investigación Los efectos de los cambios sociales en el trabajo y la vida profesional de los docentes universitarios, parcialmente financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (SEJ2006-01876), en el que nos planteamos explorar los cambios los ámbitos de la legislación, la organización institucional, la investigación, la gestión y la docencia en los últimos treinta años. El principal objetivo del estudio era profundizar en nuestra comprensión sobre el impacto del cambio económico, social, cultural, tecnológico y laboral que están experimentando las universidades españolas en la vida y la identidad profesional del personal docente e investigador, teniendo en cuenta el contexto nacional y europeo. Esta publicación recoge la 24 historias de vida profesional realizas con o sobre otros tantos docentes universitarios. Sus relatos analizados y contextualizados, significan una contribución significativa al conocimiento basado en la investigación sobre el saber profesional y la experiencia laboral en las universidades españolas, y en consecuencia, a nuestra comprensión sobre cómo los académicos se están enfrentando con los cambios actuales.[cat] Aquest text forma part d'un projecte d'investigació "Els efectes dels canvis socials en el treball i la vida professional dels docents universitaris", parcialment finançat per el Ministeri de Ciència i Innovació (SEJ2006-01876), on ens plantejavem explorar els canvis en els àmbits de legislació, l'organització institucional, la investigació, la gestió i la docència en els darrers trenta anys. El principal objectiu de l'estudi era aprofundir en la comprensió de l'impacte del canvi enconòmic, social, cultural, tecnològic i laboral que están experimentant les universitats espanyoles en la vida i la identitat professional del personal docent i investigador, tenint en compte el context nacional i europeu. Aquesta publicació recull 24 històries de vida professionals realitzades amb o sobre els docents universitaris. Els seus relats analitzats i contextualitzats, signifiquen una contribució significativa al coneixement basat en la investigació sobre el saber professional i l'experiència laboral a les universitats espanyoles, i en conseqüència, a la nostra comprensió sobre com els acadèmics s'estan enfrontant amb els canvis actuals.[eng] This text is part of a research project “The effects of social change at work and professional life of academics”, partly funded by the Ministry of Science and Innovation (SEJ2006-01876), in which we explored change in legislation, institutional organization, research, management and education in the last thirty years. The main objective of the study was to deepen our understanding of the impact of economic, social, cultural, technologicaland labour change undergoing in Spanish universities in the professional life and identity of teachers and researchers, taking into account the national and European contexts. This publication contains the 24 professional life histories developed about or with many other university teachers. Their analysed and contextualized narrativesare a significant contribution to research-based knowledge on professional knowledge and experience in Spanishuniversities, and therefore for our understanding of how scholars are facing and coping with current change.Ministerio de Educación y Ciencia. SEJ2006-0187

Discovering HIV related information by means of association rules and machine learning

Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) is still one of the main health problems worldwide. It is therefore essential to keep making progress in improving the prognosis and quality of life of affected patients. One way to advance along this pathway is to uncover connections between other disorders associated with HIV/AIDS-so that they can be anticipated and possibly mitigated. We propose to achieve this by using Association Rules (ARs). They allow us to represent the dependencies between a number of diseases and other specific diseases. However, classical techniques systematically generate every AR meeting some minimal conditions on data frequency, hence generating a vast amount of uninteresting ARs, which need to be filtered out. The lack of manually annotated ARs has favored unsupervised filtering, even though they produce limited results. In this paper, we propose a semi-supervised system, able to identify relevant ARs among HIV-related diseases with a minimal amount of annotated training data. Our system has been able to extract a good number of relationships between HIV-related diseases that have been previously detected in the literature but are scattered and are often little known. Furthermore, a number of plausible new relationships have shown up which deserve further investigation by qualified medical experts