Calculating and Using Second Order Accurate Solutions of Discrete Time Dynamic Equilibrium Models

We describe an algorithm for calculating second order approximations to the solutions to nonlinear stochastic rational expectations models. The paper also explains methods for using such an approximate solution to generate forecasts, simulated time paths for the model, and evaluations of expected welfare differences across different versions of a model. The paper gives conditions for local validity of the approximation that allow for disturbance distributions with unbounded support and allow for non-stationarity of the solution process.

Antibiotic susceptibility pattern and biofilm formation in coagulase negative staphylococci

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Molecular Characterization and Antimicrobial Susceptibility of Staphylococcus aureus Isolates from Clinical Infection and Asymptomatic Carriers in Southwest Nigeria

Few reports from Africa suggest that resistance pattern, virulence factors and genotypes differ between Staphylococcus aureus from nasal carriage and clinical infection.We therefore compared antimicrobial resistance, selected virulence factors and genotypes of S. aureus from nasal carriage and clinical infection in Southwest Nigeria. Non-duplicate S. aureus isolates were obtained from infection (n = 217) and asymptomatic carriers (n = 73) during a cross sectional study in Lagos and Ogun States, Nigeria from 2010–2011. Susceptibility testing was performed using Vitek automated systems. Selected virulence factors were detected by PCR. The population structure was assessed using spa typing. The spa clonal complexes (spa-CC) were deduced using the Based Upon Repeat Pattern algorithm (BURP). Resistance was higher for aminoglycosides in clinical isolates while resistances to quinolones and tetracycline were more prevalent in carrier isolates. The Panton-Valentine leukocidin (PVL) was more frequently detected in isolates from infection compared to carriage (80.2 vs 53.4%; p<0.001, chi2-test). Seven methicillin resistant S. aureus isolates were associated with spa types t002, t008, t064, t194, t8439, t8440 and t8441. The predominant spa types among the methicillin-susceptible S. aureus isolates were t084 (65.5%), t2304 (4.4%) and t8435 (4.1%). spa-CC 084 was predominant among isolates from infection (80.3%, n = 167) and was significantly associated with PVL (OR = 7.1, 95%CI: 3.9– 13.2, p<0.001, chi2- test). In conclusion, PVL positive isolates were more frequently detected among isolates from infection compared to carriage and are associated with spa-CC 084

Simulación de la dispersión transversal en dispositivos de microfluídica basados en papel

El desarrollo de plataformas microfluídicas que integran papel y otros derivados de la celulosa ha tenido un notable crecimiento en los últimos cinco años. En efecto, estos soportes son de gran disponibilidad y bajo costo, permiten el transporte de fluidos mediante capilaridad, son compatibles con los sistemas biológicos y permiten la adsorción/desorción de moléculas para implementar diversas reacciones químicas. Estas ventajas hacen que la microfluídica basada en papel se aplique a sistemas de análisis cada vez más diversos, y por lo tanto se vuelve cada vez más necesaria la optimización de las diferentes operaciones unitarias que se realizan en los dispositivos. Varias de esas operaciones, notablemente el mezclado, dilución, separación por tamaños y formación de gradientes, tienen un factor común que es el transporte advectivo-difusivo de especies químicas en la matriz porosa. En este marco, el presente trabajo aborda el modelado y la simulación numérica de la dispersión transversal de especies químicas en un medio poroso. Este estudio básico está dirigido a obtener reglas de escala para el mejor diseño de las operaciones mencionadas en microdispositivos basados en papel a través de diferentes aproximaciones para el término de flujo difusivo en la ecuación de transporte. La idea central es apartarse del modelo Fickiano clásico de difusión, regido por un coeficiente constante tanto en espacio como en tiempo, propio de la naturaleza química de la sustancia transportada y del solvente, para incluir modelos extraídos de literatura reciente. Estos modelos, son esencialmente sensibles (además de la naturaleza química ya mencionada) a las características del medio poroso (permeabilidad, porosidad y ángulo de contacto) y a las características del campo de fluidos para el solvente utilizado. Los modelos se implementarán a través de la herramienta OpenFOAM (R) y se utilizarán a los fines de evaluar diseños de generadores de gradientes microfluídicos en papel y estimar sus potenciales ventajas frente a generadores desarrollados en microcanales clásicos.Publicado en: Mecánica Computacional vol. XXXV, no. 28.Facultad de Ingenierí

Incremento de la eficiencia de los análisis de flujo lateral a través de campos eléctricos

Los análisis de flujo lateral (AFL) representan un grupo de dispositivos portables y autónomos para la detección rápida y sencilla de diversos indicadores bioquímicos de agentes patógenos y enfermedades. Además de las aplicaciones en salud, el uso de los AFL se ha extiendido al control ambiental, fitosanitario y bromatológico, entre otros campos requiriendo de la tecnología límites de detección muy ambiciosos. Recientemente, se ha demostrado que los límites de detección de los AFL pueden incrementarse al menos dos órdenes de magnitud, si se combinan con la aplicación de campos eléctricos para el transporte electroforético de especies. Es sabido que el desarrollo de dispositivos de AFL implica importantes esfuerzos experimentales dada la necesidad de explorar diseños, caracterizar los materiales utilizados y controlar los parámetros cinéticos de las reacciones. Si a esto sumamos la aplicación de campos eléctricos a soluciones de electrolitos con conductividades eléctricas heterogéneas, el escenario para el diseño empírico se vuelve demasiado complejo. De esta manera, contar con herramientas que permitan reducir los costos y tiempos de experimentación resulta clave para la implementación efectiva de esta tecnología. Para ello el desarrollo de prototipos numéricos que permitan simular eficientemente nuevos diseños de AFL sometidos a campos eléctricos resulta de gran utilidad tecnológica y científica. En este trabajo se presenta la implementación de un prototipo numérico de un AFL sometido a campos eléctricos. El modelo consiste en la solución acoplada de: (i) un modelo fluidodinámico de imbibición capilar, (ii) un modelo de transporte de materia que incluye términos electromigrativos, (iii) un modelo de conductividad eléctrica y conservación de cargas, y (iv) un modelo reactivo de tipo antígeno-anticuerpo. El dominio completo se resuelve utilizando el método de elementos finitos utilizando PETSc-FEM, tanto para los fenómenos de transporte y reacción como para el modelo de flujo por imbibición capilar, que se resuelve con un enfoque tipo Darcy basado en permeabilidades heterogéneas. Se concluye que la realización de ensayos virtuales permite determinar la ventana de trabajo apropiada (en términos de parámetros operativos) para lograr mejorar el límite de detección y el rendimiento global de los dispositivos.Publicado en: Mecánica Computacional vol. XXXV, no. 28.Facultad de Ingenierí

Laminin-6 and Laminin-5 Are Recognized by Autoantibodies in a Subset of Cicatricial Pemphigoid

We characterized basement membrane zone (BMZ) autoantigens targeted by autoantibodies (AAb) from patients with cicatricial pemphigoid. Serum from a patient with severe oral cicatricial pemphigoid contained IgG anti-BMZ AAb. The AAb labeled a lower BMZ component on salt-split skin and localized to the lower lamina lucida/lamina densa by direct and indirect immunoelectron microscopy (HEM) but did not label blood vessels. The AAb did not react with EHS laminin-1 and type IV collagen, pepsinized human type IV collagen, recombinant entactin, or NC1 domain of type VII collagen by dot blotting and western blotting. We focused our studies on the laminin family, as laminin-5 was identified as an autoantigen in cicatricial pemphigoid. Culture-conditioned media from normal keratinocytes (containing laminin-6 and laminin-5) and JEB keratinocytes (containing laminin-6 but not laminin-5) were studied by western blotting. Under nonreducing conditions, the patient's AAb recognized a 600-kDa protein (laminin-6) intensely and a 400-kDa protein (laminin-5) weakly in normal keratinocyte medium even though abundant laminin-5 was present. In JEB keratinocyte medium, however, the 600-kDa protein (laminin-6) alone was recognized by the patient's AAb. The AAb also immunolabeled BMZ of JEB skin that lacked laminin-5. The AAb from this patient and two other patients with anti-laminin-5 cicatricial pemphigoid immunoprecipitated both laminin-6 an4 laminin-5. Taken together, the results of IEM, non-reducing western blotting, immunoprecipitation, and JEB skin BMZ immunolabeling indicate that laminin-6, as well as laminin-5, is identified by the AAb from a subset of cicatricial pemphigoid patients. We propose the name “anti-laminin cicatricial pemphigoid” for this subset

Validation of conversion between Mini-Mental State Examination and Montreal Cognitive Assessment

Introduction: Harmonizing data across cohorts is important for validating findings or combining data in meta‐analyses. We replicate and validate a previous conversion of MoCA to MMSE in PD. Methods: We used five studies with 1,161 PD individuals and 2,091 observations measured with both the MoCA and MMSE. We compared a previously published conversion table using equipercentile equating with log‐linear smoothing to our internally derived scores. Results: Both conversions found good agreement within and across the studies when comparing true and converted MMSE (mean difference: 0.05; standard deviation: 1.84; median difference: 0; interquartile range: –1 to 1, using internal conversion). Conclusions: These results show that one can get a reliable and valid conversion between two commonly used measures of cognition in PD studies. These approaches need to be applied to other scales and domains to enable large‐scale collaborative analyses across multiple PD cohorts. © 2016 International Parkinson and Movement Disorder Society </p

Value at Risk models with long memory features and their economic performance

We study alternative dynamics for Value at Risk (VaR) that incorporate a slow moving component and information on recent aggregate returns in established quantile (auto) regression models. These models are compared on their economic performance, and also on metrics of first-order importance such as violation ratios. By better economic performance, we mean that changes in the VaR forecasts should have a lower variance to reduce transaction costs and should lead to lower exceedance sizes without raising the average level of the VaR. We find that, in combination with a targeted estimation strategy, our proposed models lead to improved performance in both statistical and economic terms