A Multi-Method Approach for Proteomic Network Inference in 11 Human Cancers.

Protein expression and post-translational modification levels are tightly regulated in neoplastic cells to maintain cellular processes known as 'cancer hallmarks'. The first Pan-Cancer initiative of The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network has aggregated protein expression profiles for 3,467 patient samples from 11 tumor types using the antibody based reverse phase protein array (RPPA) technology. The resultant proteomic data can be utilized to computationally infer protein-protein interaction (PPI) networks and to study the commonalities and differences across tumor types. In this study, we compare the performance of 13 established network inference methods in their capacity to retrieve the curated Pathway Commons interactions from RPPA data. We observe that no single method has the best performance in all tumor types, but a group of six methods, including diverse techniques such as correlation, mutual information, and regression, consistently rank highly among the tested methods. We utilize the high performing methods to obtain a consensus network; and identify four robust and densely connected modules that reveal biological processes as well as suggest antibody-related technical biases. Mapping the consensus network interactions to Reactome gene lists confirms the pan-cancer importance of signal transduction pathways, innate and adaptive immune signaling, cell cycle, metabolism, and DNA repair; and also suggests several biological processes that may be specific to a subset of tumor types. Our results illustrate the utility of the RPPA platform as a tool to study proteomic networks in cancer

Tumor-intrinsic expression of the autophagy gene Atg16l1 suppresses anti-tumor immunity in colorectal cancer

Autofàgia; Càncer colorectal; ImmunosupressióAutofagia; Cáncer colorrectal; InmunosupresiónAutophagy; Colorectal cancer; ImmunosuppressionMicrosatellite-stable colorectal cancer (MSS-CRC) is highly refractory to immunotherapy. Understanding tumor-intrinsic determinants of immunotherapy resistance is critical to improve MSS-CRC patient outcomes. Here, we demonstrate that high tumor expression of the core autophagy gene ATG16L1 is associated with poor clinical response to anti-PD-L1 therapy in KRAS-mutant tumors from IMblaze370 (NCT02788279), a large phase III clinical trial of atezolizumab (anti-PD-L1) in advanced metastatic MSS-CRC. Deletion of Atg16l1 in engineered murine colon cancer organoids inhibits tumor growth in primary (colon) and metastatic (liver and lung) niches in syngeneic female hosts, primarily due to increased sensitivity to IFN-γ-mediated immune pressure. ATG16L1 deficiency enhances programmed cell death of colon cancer organoids induced by IFN-γ and TNF, thus increasing their sensitivity to host immunity. In parallel, ATG16L1 deficiency reduces tumor stem-like populations in vivo independently of adaptive immune pressure. This work reveals autophagy as a clinically relevant mechanism of immune evasion and tumor fitness in MSS-CRC and provides a rationale for autophagy inhibition to boost immunotherapy responses in the clinic

Simultaneous enumeration of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data.

Immune cells infiltrating tumors can have important impact on tumor progression and response to therapy. We present an efficient algorithm to simultaneously estimate the fraction of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data. Our method integrates novel gene expression profiles from each major non-malignant cell type found in tumors, renormalization based on cell-type-specific mRNA content, and the ability to consider uncharacterized and possibly highly variable cell types. Feasibility is demonstrated by validation with flow cytometry, immunohistochemistry and single-cell RNA-Seq analyses of human melanoma and colorectal tumor specimens. Altogether, our work not only improves accuracy but also broadens the scope of absolute cell fraction predictions from tumor gene expression data, and provides a unique novel experimental benchmark for immunogenomics analyses in cancer research (http://epic.gfellerlab.org)

PAZAR KURTLARININ AĞIZDAN AĞIZA İLETİŞİME ETKİSİNDE MÜŞTERİ GÜVENİNİN ARACILIK ROLÜ

Müşterilerinin güvenini sağlayan her işletme, gittikçe önemi artan güçlü bir sadakatçıktısı olan ağızdan ağıza iletişim (WOM) ile geri dönüş alacaktır. Günümüzün en etkili iletişimaraçlarından WOM ile son zamanlarda incelenen tüketici grubu olarak karşımıza çıkan pazarkurtları, çalışma kapsamında detaylı bir şekilde incelenmektedir. Çalışmanın amacı, pazarkurtları, müşteri güveni ve WOM arasındaki ilişkilerin hem teorik hem de ampirik olarakaraştırmaktır. Araştırma modeli kapsamında, Yapısal Eşitlik Modellemesi (YEM) ile analizlerSPSS ve AMOS programları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çalışmadan elde edilen sonuçlaragöre faktörler arasındaki doğrudan ilişkilerin yanında pazar kurtlarının WOM’a olan etkisindemüşteri güveninin önemli aracı rol üstlendiği tespit edilmiştir.Every business that provides the customer’s trust will get back to the day with a strong loyalty output is that WOM. The market mavens that have been confronted as the consumer group, which has recently been examined by WOM from the most influential communication tools of today. These are studied in detail in the scope of the study. The aim of the study is to investigate both theoretically and empirically the relationships between market mavens, customer trust and WOM. Within the research model, analyzes were performed using SPSS and AMOS programs with Structural Equation Modeling (SEM). According to the results obtained from the study, it is revealed that direct relations between the factors, consumer trust plays an important mediating role in the effect of market mavens on WOM

Sermaye yapısı kararları ve işletmenin getitiri performansına etkisi

56 page

Sosyal Yargı Kuramı Perspektifinde Genç Tüketicilerin Davranışsal Niyetlerinin Oluşumunda İlgilenim Düzeylerinin Etkisi

Bu çalışmanın amacı, Nedenli Eylem Teorisi (TRA) ve Teknoloji Kabul Modeli(TAM) kapsamında ele alınan tutum-niyet ve davranış modelinden de hareket edilerek satın almadavranışının öncüsü olan niyet üzerinde ilgilenimin etkisini ortaya koymaktır. Bu çalışma SosyalYargı Teorisine dayandırılmaktadır. Çalışma kapsamında ilgilenim; ilgi, hedonik değer, sembolikdeğer, algılanan risk ve hata olasılığı olmak üzere beş boyutlu bir şekilde ele alınmaktadır.Çalışmada, ilgilenim ölçeğinde yer alan boyutların ayrı ayrı davranışsal niyete olan etkileriölçülmektedir. AMOS ve SPSS paket programları kullanılarak kurgulanan araştırma modelianaliz edilmiştir. Bu çalışmanın temel bulgusu, genç tüketicilerin ilgilenim düzeylerinin,davranışsal niyet oluşumları üzerinde etkili olmasıdır.The purpose of this study demonstrate the effect of involvement on the intention, which is the pioneer of buying behavior, by acting on the attitude-intention-behavior model based on Theory of Reasoned Action (TRA) and Technology Acceptance Model (TAM). This study is based on the Social Judgment Theory. Involvement was addressed in five dimensions, interest, symbolic value, hedonic value, perceived risk and probability of error. In this study, the effects of individual dimensions of the scale of involvement on behavioral intention are measured. The research model constructed using AMOS and SPSS package programs was analyzed. The main finding of this study is that the level of interest of young consumers influences behavioral intentions

Teknolojik İnovasyona Yönelik Uyumda Tüketici Yenilikçiliğinin Rolü: Algılanan Değerin Aracı Etkisi

Amaç – İşletmelerin başarısında ve büyümesinde, pazara sunulan yeni bir teknolojik inovasyon, kritik bir öneme sahip olsa da söz konusu inovasyonlara yönelik asıl başarı tüketicilerin kabulü ve uyumuyla sağlanabilmektedir. Bu doğrultuda çalışmada, tüketicilerin yenilikçilik tutumlarının, teknolojik inovasyona yönelik uyumlarındaki etkisi ve tüketicilerin karar almalarında oldukça etkili faktör olan algılanan değerin (Zeithaml, 1988) bu ilişkiye aracılık edip etmediği araştırılmıştır.Yöntem – 540 akıllı telefon kullanıcısından elde edilen veri, birtakım ön analizlere tabi tutulduktan sonra değişkenler arasındaki ilişkiler yapısal eşitlik modellemesi ile ölçülmüştür. Çalışmanın analizi kapsamında, araştırmanın amacına uygun olarak öncelikle cevapların bağımsızlık kontrolü testi, ortak yöntem sapma testi, tanımlayıcı analiz, normallik testi, korelasyon analizi, güvenilirlik analizi, açıklayıcı faktör analizi, doğrulayıcı faktör analizi ve son olarak yol analizi gerçekleştirilmiştir.Bulgular – Elde edilen bulgulara göre tüketicilerin yenilikçilik tutumları, hem tüketicilerin algıladıkları değeri hem de teknolojik inovasyonlara yönelik uyumu anlamlı ve pozitif yönde etkilemektedir. Algılanan değer de teknolojik inovasyona yönelik uyumu anlamlı ve pozitif yönde etkilemektedir. Ayrıca analiz sonucu ulaşılan kısmi aracılık rolüyle de tüketici yenilikçiliği arttıkça, algılanan değerin teknolojik inovasyona yönelik uyumdaki etkisini güçlendirdiği tespit edilmiştir.Tartışma – Gerçekleştirilen inovasyonların benimsenmesinde tüketici yenilikçiliğinin etkisini araştıran sınırlı sayıda çalışma yer alsa da (Jones vd., 2002; Schreier vd., 2007; Tellis vd., 2009); söz konusu ilişkide algılanan değerin etkisinin tespitine yönelik herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Yenilikçi bireylerin, değer algılamadıkları inovasyona uyum sağlama eğiliminin düşük olacağı düşünüldüğünden, subjektif olan ve mal veya hizmetlerin değişim ve gelişmesiyle birlikte değişim gösteren algılanan değer kavramı aracı değişken olarak çalışmada kullanılmıştır.Purpose - Although a new technological innovation introduced to the market is critical to the success and growth of businesses, the main success for these innovations can be achieved with the acceptance and adaptation of consumers. Accordingly, the study investigated whether the effect of consumers’ innovative attitudes on their adaptation to technological innovation and whether perceived value (Zeithaml, 1988), which is a highly influential factor in consumers’ decision making, mediates this relationship. Design/methodology/approach - After the data obtained from 540 smartphone users were subjected to some preliminary analysis, the relationships between variables were measured by structural equation modeling. Within the scope of the analysis of the study, in accordance with the purpose of the study, firstly, independence check test of answers, common method deviation test, descriptive analysis, normality test, correlation analysis, reliability analysis, explanatory factor analysis, confirmatory factor analysis and finally path analysis were performed. Findings - According to the findings, the innovativeness of the consumers affects both the perceived value of the consumers and the adaptation towards technological innovations in a significant and positive way. The perceived value also affects the adaptation towards technological innovation in a significant and positive way. In addition, it has been determined that as consumer innovativeness increases with the partial mediation role achieved as a result of the analysis, the effect of perceived value on adaptation to technological innovation strengthens. Discussion - Although there are a limited number of studies investigating the impact of consumer innovativeness in the adoption of innovations (Jones et al., 2002; Schreier et al., 2007; Tellis et al., 2009); No study has been found to determine the effect of the perceived value in the said relationship. Since it is thought that the tendency of innovative individuals to adapt to innovation, which they do not perceive value, will be low, the concept of perceived value, which is subjective and changes with the change and development of goods or services, was used as a mediator in the study

Tüketici Yenilikçiliğinin Görsel Haritalama Tekniğiyle Bibliyometrik Analizi

Çalışmada 1980-2018 yılları arasında “Tüketici Yenilikçiliği” alanında üretilen bilimselyayınlar bibliyometrik analiz yöntemiyle incelenmiş olup, akabinde elde edilen veriler görselharitalama tekniğiyle resmedilmiştir. Bu bağlamda çalışma, tüketici yenilikçiliği literatürününholistik bir bakış açısıyla değerlendirebilme imkanını sunmaktadır. Tüketici yenilikçiliğiliteratüründeki mevcut araştırma eğilimlerini değerlendirebilmek amacıyla bibliyometrik analizuygulanmıştır. Öte yandan, görselliği ön plana çıkaran haritalama yöntemini, ilgili alandaönemli kaynakların bir arada görülebilmesini sağlayan bir araç olarak nitelendirmekmümkündür. Bu doğrultuda araştırmanın örneklemini, Web of Science veri tabanından erişilenbilimsel yayınlar oluşturmaktadır. Takiben görsel ağ analizini gerçekleştirebilmek içinVOSviewer (version 1.6.9) paket programı kullanılmıştır.In the study, “Consumer Innovativeness” were examined scientific publications produced with bibliometric analysis method between the years 1980-2018, after that were illustrated with visual mapping technique. In this context, the study offers the possibility of evaluating consumer innovativeness literature from a holistic perspective. In order to evaluate the current research trends in the literature on consumer innovativeness, bibliometric analysis was applied. On the other hand, it is possible to characterize the mapping method that emphasizes visuality, such as a projection, as a tool that enables the visualization of important resources in the field. In this respect, the sample of the research consists of scientific publications accessed from the Web of Science database. In order to perform visual network analysis, VOSviewer (version 1.6.9) package program was used