Cassette mutagenesis to identify the genes involved in quorum-sensing pathway and bacilysin biosynthesis in bacillus subtilis.

M.S. - Master of Scienc

Hücre yoğunluğu sinyali ve bacilysin biyosentezi arasındaki bağlantının moleküler düzeyde tanımlanması

TÜBİTAK TBAG01.02.2002Bacillus subtilis'in kompetans gelişimi, lipoptid antibiyotik sürfaktin biyosentezi ve sporulasyonun indüklenmesi "quorum-sensing" (hücre yoğunluğunun algılanması) global regülasyon mekanizması ile kontrol edilmektedir. B.subtilis'in belirli suşları tarafından sentezlenen ve bir dipeptid anyibiyotik olan bacilysin biyosentezinin de yine aynı mekanizmanın kontrolü altında olabileceği kısa süre önce laboratuvarımız tarafından rapor edilmişti. B.subtilis'te iki hücre dışı sinyal peptidi, ComX feromonu veCSF (KIompetans ve Sporulasyon Faktörü) ComA transkripsiyon faktörünü kontrol ederek kompetans gelişimi ve sürfaktin biyosentezini sağlamaktadır. Önceki çalışmamızda opp operonunun bloke edildiği mutantlar oluşturulmuş ve dipeptid antibiyotik basilisin biyosentezinin SpoOK (Opp) kontrolü altında gerçekleştiği gösterilmişti. Şimdiki çalışma, bahsedilen regülasyonmekanizmasında var olan diğer genetik belirleyicilerin basilisin biyosenteziyle olan muhtemel ilişkilerini aydınlatmayı amaçlamıştır. Bu amaç çerçevesinde öncelikli olarak srfA operonu ve comP,comA,phrC(CSF)İphrA,comQ,abrB,spoOA,spoOH,comS ve srfB genlerinin insersiyonel inaktivasyonları (kaset mutajenezleri) yapılmış, bunun için basilisin üreticisi suş B.subtilis PY79 ilgili genlerin bloke mutantlarının kromozomal DNA'larıyla transforme edilmiştir. Daha sonra seçilen transformantlarda basilisin üretimindeki değişiklikler "kağıt diski,agar difüzyon" metodu ile incelenmiştir. PhrC(CSF),ComQ-ComX ve ComA-ComP'nin basilysin biyosentezi iin gerekli olduğu bulunmuştur. srfA operonunun inaktivasyonu besilisin üretme kabiliyetinin yok olmasına neden olmuş, bu da sürfaktin operonunun basilisin biyosentezinde doğrudan fonksiyonu olduğunu kanıtlamıştır. abrB geninin spoOA mutantlarında bloke edilmesi spoOA mutasyonunun neden olduğu basilisin-negatif fenotipi suprese etmiş,aynı genin basilisin üreticisi suş PY79'da bloke edilmesi ise basilisin üretimini yaklaşık iki kat arttırmıştır

Vacuolization In Myeloid And Erythroid Precursors In A Child With Menkes Disease

PubMedWoSScopu

Decision support for inner city public transportation system

Decision support for inner city public transportation system Secil Savasaneril, Department of Industrial Engineering, Middle East Technical University, Z. Pelin Bayindir, Ugur Cetin, Nurbanu Ince In Turkey, a major portion of the inner city public transportation is carried out by municipalities. The decisions taken by the municipalities regarding public transporation include strategical (intermodal transportation network design, determining the fleet size), tactical (allocation of vehicles to counties,constructing the routes) and operational decisions (pick-ups and deliveries, maintenance). Since the municipalities have to provide transportation service to every resident, and at a low price, they are often left struggling with negative balance and operational inefficiencies. Due to low price policy, the revenues could only be increased through increased demand fulfilment. This implies operating under low costs and improving the service level is essential for survivability. We conduct a study to analyze the inefficiencies in the public transportation in Ankara. Due to large-scale of the problem, we focus on a single county in Ankara. We first identify the problems that lead to inefficiencies. Analysis of hourly transportation demand and supply reveal that there exist inefficiencies due to fleet allocation, routing and dispatch frequency of the vehicles. This leads to unsatisfied customers, especially in the peak hours. We provide decision support to the decision makers at the tactical level. Considering the daily and hourly transportation needs of the users, we determine routes and dispatch frequencies through a mathematical model. Alternative solutions are developed, and compared under performance measures such as; unmet demand, transport duration, or cost. Finally, the effect of factors such as fleet size, increase in fares and/or fuel prices, developing residential areas, on the robustness of the decisions are analyzed