Vers une ontologie des processus de propagation des maladies infectieuses

International audiencePlusieurs ontologies sont construites au sein du projet Infectious Disease Ontology (IDO) pour fournir un vocabulaire commun du domaine et une représentation formelle des connaissances permettant de garantir leur partage, l'interopérabilité entre applications et le raisonnement. Dans ce papier, l'ontologie que nous proposons présente la modélisation des connaissances sur la propagation des maladies infectieuses. Le modèle prend en compte la structure multidimensionnelle et la nature complexe de la dynamique de propagation des maladies infectieuses. Nous étudions la propagation à l'échelle de la population tout en montrant ses interdépendances avec les processus sous-jacents aux échelles individuelle et biologique. Le choix de catégorisation des entités du domaine en tant que continuant ou occurrent est étudié. Une extension du modèle à la propagation de la bilharziose au Sénégal est également présentée

Modélisation ontologique de processus dans le domaine de la veille épidémiologique

Session "Posters"National audienceDans ce papier, nous proposons une modélisation ontologique des processus de la veille sur les maladies infectieuses. Nous montrons l'intérêt de formaliser les aspects dynamiques des connaissances du domaine de la veille. Cette modélisation est menée sur trois niveaux : i) conceptuel modélisant des processus de la veille, de la veille sur les maladies infectieuses et de la propagation d'une maladie infectieuse ; ii) semi-formel correspondant à l'élaboration de patrons de processus pour faciliter la réutilisation des modèles conceptuels de?finis, et iii) formel correspondant à la formalisation des patrons élaborés. Ces patrons sont traduits dans le langage PSL pour rendre opérationnelle leur réutilisation et raisonner sur les modèles définis. La pertinence de la réutilisation des patrons est testée dans le domaine de l'épidémiologie de la bilharziose. Notre travail s'inscrit dans une approche de modélisation par spécification de la veille épidémiologique et constitue un apport à la mise en place des systèmes de veille. Une autre contribution est de participer aux travaux dans le domaine des ontologies des processus en prenant en compte les spécificités des phénomènes épidémiologiques

Actes des 25es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2014)

National audienceLes Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances fêtent cette année leurs 25 ans. Cette conférence est le rendez-vous annuel de la communauté française et francophone qui se retrouve pour échanger et réfléchir sur des problèmes de recherche qui se posent en acquisition, représentation et gestion des connaissances. Parmi les vingt et un articles sélectionnés pour publication et présentation à la conférence, un thème fondateur de l'ingénierie des connaissances domine : celui de la modélisation de domaines. Six articles traitent de la conception d'ontologies, trois articles de l'annotation sémantique et du peuplement d'ontologies et deux articles de l'exploitation d'ontologies dans des systèmes à base de connaissances. L'informatique médicale est le domaine d'application privilégié des travaux présentés, que l'on retrouve dans sept articles. L'ingénierie des connaissances accompagne l'essor des technologies du web sémantique, en inventant les modèles, méthodes et outils permettant l'intégration de connaissances et le raisonnement dans des systèmes à base de connaissances sur le web. Ainsi, on retrouve les thèmes de la représentation des connaissances et du raisonnement dans six articles abordant les problématiques du web de données : le liage des données, leur transformation et leur interrogation ; la représentation et la réutilisation de règles sur le web de données ; la programmation d'applications exploitant le web de données. L'essor des sciences et technologies de l'information et de la communication, et notamment des technologies du web, dans l'ensemble de la société engendre des mutations dans les pratiques individuelles et collectives. L'ingénierie des connaissances accompagne cette évolution en plaçant l'utilisateur au cœur des systèmes informatiques, pour l'assister dans le traitement de la masse de données disponibles. Quatre articles sont dédiés aux problématiques du web social : analyse de réseaux sociaux, détection de communautés, folksonomies, personnalisation de recommandations, représentation et prise en compte de points de vue dans la recherche d'information. Deux articles traitent de l'adaptation des systèmes aux utilisateurs et de l'assistance aux utilisateurs et deux autres de l'aide à la prise de décision. Le taux de sélection de cette édition de la conférence est de 50%, avec dix-neuf articles longs et deux articles courts acceptés parmi quarante-deux soumissions. S'y ajoutent une sélection de neuf posters et démonstrations parmi douze soumissions, présentés dans une session dédiée et inclus dans les actes. Enfin, une innovation de cette édition 2014 de la conférence est la programmation d'une session spéciale " Projets et Industrie ", animée par Frédérique Segond (Viseo), à laquelle participeront Laurent Pierre (EDF), Alain Berger (Ardans) et Mylène Leitzelman (Mnemotix). Trois conférencières invitées ouvriront chacune des journées de la conférence que je remercie chaleureusement de leur participation. Nathalie Aussenac-Gilles (IRIT) retracera l'évolution de l'ingénierie des connaissances en France depuis 25 ans, de la pénurie à la surabondance. A sa suite, Frédérique Segond (Viseo) abordera le problème de " l'assouvissement " de la faim de connaissances dans la nouvelle ère des connaissances dans laquelle nous sommes entrés. Enfin, Marie-Laure Mugnier (LIRMM) présentera un nouveau cadre pour l'interrogation de données basée sur une ontologie, fondé sur des règles existentielles

Evaluation des systèmes d'intelligence épidémiologique appliqués à la détection précoce des maladies infectieuses au niveau mondial.

Our work demonstrated the performance of the epidemic intelligence systems used for the early detection of infectious diseases in the world, the specific added value of each system, the greater intrinsic sensitivity of moderated systems and the variability of the type information source’s used. The creation of a combined virtual system incorporating the best result of the seven systems showed gains in terms of sensitivity and timeliness that would result from the integration of these individual systems into a supra-system. They have shown the limits of these tools and in particular: the low positive predictive value of the raw signals detected, the variability of the detection capacities for the same disease, but also the significant influence played by the type of pathology, the language and the region of occurrence on the detection of infectious events. They established the wide variety of epidemic intelligence strategies used by public health institutions to meet their specific needs and the impact of these strategies on the nature, the geographic origin and the number of events reported. As well, they illustrated that under conditions close to the routine, epidemic intelligence permitted the detection of infectious events on average one to two weeks before their official notification, hence allowing to alert health authorities and therefore the anticipating the implementation of eventual control measures. Our work opens new fields of investigation which applications could be important for both users systems.Nos travaux ont démontré les performances des systèmes d’intelligence épidémiologique en matière de détection précoce des évènements infectieux au niveau mondial, la valeur ajoutée spécifique de chaque système, la plus grande sensibilité intrinsèque des systèmes modérés et la variabilité du type de source d’information utilisé. La création d’un système virtuel combiné intégrant le meilleur résultat des sept systèmes a démontré les gains en termes de sensibilité et de réactivité, qui résulterait de l’intégration de ces systèmes individuels dans un supra-système. Ils ont illustrés les limites de ces outils et en particulier la faible valeur prédictive positive des signaux bruts détectés, la variabilité les capacités de détection pour une même pathologie, mais également l’influence significative jouée par le type de pathologie, la langue et la région de survenue sur les capacités de détection des évènements infectieux. Ils ont établis la grande diversité des stratégies d’intelligence épidémiologique mises en œuvre par les institutions de santé publique pour répondre à leurs besoins spécifiques et l’impact de ces stratégies sur la nature, l’origine géographique et le nombre des évènements rapportés. Ils ont également montré que dans des conditions proches de la routine, l’intelligence épidémiologique permettait la détection d’évènements infectieux en moyenne une à deux semaines avant leur notification officielle, permettant ainsi d’alerter les autorités sanitaires et d’anticiper la mise en œuvre d’éventuelles mesures de contrôle. Nos travaux ouvrent de nouveaux champs d’investigations dont les applications pourraient être importantes pour les utilisateurs comme pour les systèmes

Pandémie COVID-19 - Approches philosophiques

Le papier commence par une rétrospective des débats sur l'origine de la vie : le virus ou la cellule ? Le virus a besoin de la cellule pour se répliquer, mais la cellule est une forme plus évoluée à l'échelle évolutive de la vie. De plus, l'étude des virus soulève des questions conceptuelles et philosophiques pressantes sur leur nature, leur classification et leur place dans le monde biologique. Le sujet des pandémies est abordé à partir de l'existentialisme d'Albert Camus et Sartre, du remplacement du rituel d'exclusion par le mécanisme disciplinaire de Michel Foucault, et de l'hypothèse Gaia, développée par James Lovelock et soutenue dans la pandémie actuelle par Bruno Latour. Les dimensions sociales des pandémies, leur lien avec le réchauffement climatique, qui a conduit à une augmentation des maladies infectieuses, et la déforestation de vastes zones, qui ont provoqué la migration des virus de leur zone d'origine (leur « réservoir ») sont mis en évidence ci-dessous. L'éthique des pandémies est abordée sous plusieurs points de vue philosophiques, dont le plus important dans une crise de telles dimensions globales est l'utilitarisme qui consiste à maximiser les bénéfices pour la société en conflit direct avec la vision ordinaire (kantienne) du respect des personnes en tant qu'individus. Après une rétrospective du virus COVID-19 qui a causé la pandémie actuelle, son cycle de vie et son histoire, avec un accent sur la philosophie de la mort, est discuté le concept de biopouvoir initialement développé par Foucault, en référence à la pratique des États modernes de contrôle des populations, et le débat généré par Giorgio Agamben qui déclare que ce qui se manifeste dans cette pandémie est la tendance croissante des États à utiliser l'état d'urgence comme un paradigme normal de gouvernement. Une autre approche intéressante et très débattue est celle générée par les travaux de Slavoj Žižek, qui déclare que la pandémie actuelle a conduit à la faillite du capitalisme « barbare » actuel, se demandant si le chemin que l'humanité empruntera est un néocommunisme. Un autre effet négatif important est la désocialisation, avec la conclusion de certains philosophes que nous ne pouvons pas exister indépendamment de nos relations avec les autres, que l'humanité d'une personne dépend de l'humanité de ceux qui l'entourent. La dernière section est consacrée à prédire à quoi ressemblera le monde après la pandémie, et il y a déjà des signes de changement de paradigme, y compris la disparition soudaine de l'idéologie du « mur » : une toux a suffi à rendre soudain impossible d'échapper à la responsabilité qui chaque individu l'a envers tous les êtres vivants pour le simple fait qu'il fait partie de ce monde et du désir d'en faire partie. Le tout est toujours impliqué en partie, car tout est, en un sens, dans tout et dans la nature il n'y a pas de régions autonomes qui font exception. La pandémie COVID-19 semble restaurer la suprématie qui appartenait autrefois à la politique. L'une des vertus du virus est sa capacité à générer une idée plus sobre de la liberté : être libre signifie faire ce qui doit être fait dans une situation précise. SOMMAIRE: Abstract Introduction 1 Virus 1.1 Ontologie 2 Pandémies 2.1 Dimensions sociales 2.2 Ethique 3 COVID-19 3.1 Biopolitique 3.2 Néocommunisme 3.3 Désocialisation 4 Prévisions Bibliographie DOI: 10.13140/RG.2.2.17905.9200

Analyse critique de la culture de sécurité face aux risques biologiques et pandémiques pour les infirmières

Une préoccupation grandissante face aux risques biologiques reliés aux maladies infectieuses est palpable tant au niveau international que national ou provincial. Des maladies émergentes telles que le SRAS ou la grippe A/H1N1 ont amené une prise en charge des risques pandémiques et à l’élaboration de mesures d’urgence pour maîtriser ces risques : développer une culture de sécurité est devenu une priorité de recherche de l’OMS. Malgré tout, peu d’écrits existent face à cette volonté de sécuriser la santé et le bien-être par toute une série de dispositifs au sein desquels les discours occupent une place importante en matière de culture de sécurité face aux risques biologiques. Une réflexion sociopolitique était nécessaire pour les infirmières qui sont aux premières loges en dispensant des soins à la population dans une perspective de prévention et de contrôle des infections (PCI) dans laquelle elles se spécialisent. Dès lors, ce projet avait pour buts d’explorer la perception du risque et de la sécurité face aux maladies infectieuses auprès des infirmières cliniciennes et gestionnaires québécoises; d’explorer plus spécifiquement l'existence ou l'absence de culture de sécurité dans un centre de santé et de services sociaux québécois (CSSS); et d’explorer les discours en présence dans le CSSS en matière de sécurité et de risques biologiques face aux maladies infectieuses et comment ces discours de sécurité face aux risques biologiques se traduisent dans le quotidien des infirmières. Les risques biologiques sont perçus comme identifiables, mesurables et évitables dans la mesure où les infirmières appliquent les mesures de préventions et contrôle des infections, ce qui s’inscrit dans une perspective positiviste du risque (Lupton, 1999). La gestion de ces risques se décline au travers de rituels de purification et de protection afin de se protéger de toute maladie infectieuse. Face à ces risques, une culture de sécurité unique est en émergence dans le CSSS dans une perspective de prévention de la maladie. Toutefois, cette culture de sécurité désirée est confrontée à une mosaïque de cultures qui couvrent différentes façons d’appliquer ou non les mesures de PCI selon les participants. La contribution de cette recherche est pertinente dans ce nouveau domaine de spécialité que constituent la prévention et le contrôle des infections pour les infirmières québécoises. Une analyse critique des relations de pouvoir tel qu’entendu par Foucault a permis de soulever les questions de surveillance infirmière, de politique de l’aveu valorisée, de punition de tout écart à l’application rigoureuse des normes de PCI, de contrôle de la part des cadres infirmiers et d’assujettissement des corps relevant des mécanismes disciplinaires. Elle a permis également de documenter la présence de dispositifs de sécurité en lien avec la tenue de statistiques sur les patients qui sont répertoriés en tant que cas infectieux, mais également en termes de circulation des personnes au sein de l’établissement. La présence d’un pouvoir pastoral est perceptible dans la traduction du rôle d’infirmière gestionnaire qui doit s’assurer que ses équipes agissent de la bonne façon et appliquent les normes de PCI privilégiées au sein du CSSS afin de réguler les taux d’infections nosocomiales présents dans l’établissement. En cas de non-respect des mesures de PCI touchant à l’hygiène des mains ou à la vaccination, l’infirmière s’expose à des mesures disciplinaires passant de l’avertissement, la relocalisation, l’exclusion ou la suspension de l’emploi. Une culture du blâme a été décrite par la recherche d’un coupable au sein de l’institution, particulièrement en temps de pandémie. Au CSSS, l’Autre est perçu comme étant à l’origine de la contamination, tandis que le Soi est perçu comme à l’abri de tout risque à partir du moment où l’infirmière respecte les normes d’hygiène de vie en termes de saines habitudes alimentaires et d’activité physique. Par ailleurs, les infirmières se doivent de respecter des normes de PCI qu’elles connaissent peu, puisque les participantes à la recherche ont souligné le manque de formation académique et continue quant aux maladies infectieuses, aux risques biologiques et à la culture de sécurité qu’elles considèrent pourtant comme des sujets priorisés par leur établissement de santé. Le pouvoir produit des effets sur les corps en les modifiant. Cette étude ethnographique critique a permis de soulever les enjeux sociopolitiques reliés aux discours en présence et de mettre en lumière ce que Foucault a appelé le gouvernement des corps et ses effets qui se capillarisent dans le quotidien des infirmières. Des recherches ultérieures sont nécessaires afin d’approfondir ce champ de spécialité de notre discipline infirmière et de mieux arrimer la formation académique et continue aux réalités infectieuses cliniques.At an international, national or provincial level, there is a growing concern related to biological risks and infectious disease. Emerging diseases such as SARS or influenza A/H1N1 brought a pandemic risk management and the development of emergency measures to control these risks: developing a safety culture has become a research priority for the WHO. However, few writings exist about the desire to secure health and well-being through a variety of devices in which the discourses takes a predominant place as regards of security against biological risks. From the perspective of prevention and infection control (PCI), in which the nurses specialize, a socio-political reflexion was necessary since they are at the forefront in providing care to the population. Therefore, the purpose of this project was to explore the discourses surrounding the safety culture against biological risks in the context of a Quebec healthcare facility “Centre de santé et de services sociaux” (CSSS). Biological hazards are perceived as identifiable, measurable and avoidable if the nurses apply the preventive and infection control measures, which is part of a positivist perspective of risk (Lupton, 1999). Managing these risks is declined through a purification and protection rituals in order to protect themselves from any infectious disease. Faced with these risks, a unique safety culture is emerging in the CSSS following a disease prevention perspective. However, the desired safety culture is faced with a mosaic of cultures that cover different ways to apply or not the prevention and infection control (PIC) measures according to participants. The contribution of this research is important within the prevention and control of infection field for Quebecois nurses. Critical analysis of power relations has raised questions about nursing surveillance, valorized confession policy, punishment for any deviation from the normative application of the PCI standards, monitoring by the nursing managers and subjugation of bodies within disciplinary mechanisms. It made it possible to document the presence of safety devices in conjunction with maintaining statistics on patients who are listed as infectious cases, but also in terms of flux of person’s movements within the institution. The presence of a pastoral power is perceptible in the translation of the administrative role of nurse who must ensure that its teams act in the right way and apply the preferred CSSS PIC standards to regulate the rate of nosocomial infections present within the establishment. In case of non-compliance with PIC related measures to hand hygiene or vaccination, the nurse may be subject to disciplinary action from the warning, the relocation, the exclusion or suspension of the employment. A culture of blame has been described by the search for a culprit in the institution. Within the CSSS, the Other is perceived as being the source of contamination, while the Self is seen as free from any risk from the moment the nurse respects the standards of hygiene of life in terms of healthy dietary habits and physical activity. In addition, nurses must respect the PIC standards they know little, since the research participants noted the lack of academic and continuous training concerning infectious diseases, biological hazards and safety culture that they consider prioritized by their health institution. Power produces effects on the bodies by modifying them. This ethnographic study criticizes, made it possible to raise the sociopolitic stakes connected to the involved speeches and to clarify what Foucault called the government of the bodies and his effects which are capillaries in the nurse’s daily normalities. Further researches are necessary to explore this nursing speciality and to link academic and continuous training to clinical infectious realities

Modélisation des signes dans les ontologies biomédicales pour l'aide au diagnostic.

Introduction : Établir un diagnostic médical fiable requiert l identification de la maladie d un patient sur la base de l observation de ses signes et symptômes. Par ailleurs, les ontologies constituent un formalisme adéquat et performant de représentation des connaissances biomédicales. Cependant, les ontologies classiques ne permettent pas de représenter les connaissances liées au processus du diagnostic médical : connaissances probabilistes et connaissances imprécises et vagues. Matériel et méthodes : Nous proposons des méthodes générales de représentation des connaissances afin de construire des ontologies adaptées au diagnostic médical. Ces méthodes permettent de représenter : (a) Les connaissances imprécises et vagues par la discrétisation des concepts (définition de plusieurs catégories distinctes à l aide de valeurs seuils ou en représentant les différentes modalités possibles). (b) Les connaissances probabilistes (les sensibilités et les spécificités des signes pour les maladies, et les prévalences des maladies pour une population donnée) par la réification des relations ayant des arités supérieures à 2. (c) Les signes absents par des relations et (d) les connaissances liées au processus du diagnostic médical par des règles SWRL. Un moteur d inférences abductif et probabiliste a été conçu et développé. Ces méthodes ont été testées à l aide de dossiers patients réels. Résultats : Ces méthodes ont été appliquées à trois domaines (les maladies plasmocytaires, les urgences odontologiques et les lésions traumatiques du genou) pour lesquels des modèles ontologiques ont été élaborés. L évaluation a permis de mesurer un taux moyen de 89,34% de résultats corrects. Discussion-Conclusion : Ces méthodes permettent d avoir un modèle unique utilisable dans le cadre des raisonnements abductif et probabiliste, contrairement aux modèles proposés par : (a) Fenz qui n intègre que le mode de raisonnement probabiliste et (b) García-crespo qui exprime les probabilités hors du modèle ontologique. L utilisation d un tel système nécessitera au préalable son intégration dans le système d information hospitalier pour exploiter automatiquement les informations du dossier patient électronique. Cette intégration pourrait être facilitée par l utilisation de l ontologie du système.Introduction: Making a reliable medical diagnosis requires the identification of the patient s disease based on the observation of signs. Moreover, ontologies provide an adequate and efficient formalism for medical knowledge representation. However, classical ontologies do not allow representing knowledge associated with medical reasoning such as probabilistic, imprecise, or vague knowledge. Material and methods: In the current work, general knowledge representation methods are proposed. They aim at building ontologies fitting to medical diagnosis. They allow to represent: (a) imprecise or vague knowledge by discretizing concepts (definition of several distinct categories thanks to threshold values or by representing the various possible modalities), (b) probabilistic knowledge (sensitivity, specificity and prevalence) by reification of relations of arity greater than 2, (c) absent signs by relations and (d) medical reasoning and reasoning on the absent signs by SWRL rules. An abductive reasoning engine and a probabilistic reasoning engine were designed and implemented. The methods were evaluated by use of real patient records. Results: These methods were applied to three domains (the plasma cell diseases, the dental emergencies and traumatic knee injuries) for which the ontological models were developed. The average rate of correct diagnosis was 89.34 %. Discussion-Conclusion: In contrast with other methods proposed by Fenz and García-crespo, the proposed methods allow to have a unique model which can be used both for abductive and probabilistic reasoning. The use of such a system will require beforehand its integration in the hospital information system for the automatic exploitation of the electronic patient record. This integration might be made easier by the use of the ontology on which the system is based.RENNES1-Bibl. électronique (352382106) / SudocSudocFranceF

Développement d'une base de données sur la résistance aux antibiotiques et son utilisation en génomique

Le projet de maîtrise consistait à développer une base de données (BD) sur la résistance bactérienne aux antibiotiques et de l’utiliser dans les analyses bio-informatiques de deux projets de génomiques. La BD MERGEM (« Mobile Elements and Resistance Genes Enhanced for Metagenomics ») mettait l’emphase sur la bonne nomenclature des gènes et la fiabilité de l’annotation de leurs séquences, qui s’avère un réel problème dans les BD publiques en biologie. La BD MERGEM mit aussi de l’avant l’utilisation de technologies du Web sémantique et de développementWeb pour enrichir et publier son contenu. De plus, un pipeline bio-informatique d’annotations fonctionnelles fut réalisé dans le but de correctement identifier les éléments de MERGEM et leur contexte génomique dans deux projets de séquençages importants : 264 métagénomes du microbiote intestinale et 390 génomes de Pseudomonas aeruginosa. Les résultats démontrent l’utilité de développer des BD spécialisées en génomique.The current Master’s project consist of the development of a database (DB) on bacterial antibiotic resistance and its use in bioinformatic analyses for two major genomic projects. The DB is called MERGEM (Mobile Elements and Resistance Genes Enhanced for Metagenomics) and puts a particular emphasis on a good genes nomenclature and the reliability of the annotation of their sequences, which is a real problem in biological public databases. The MERGEM database also adopts technologies of the SemanticWeb and utilizesWeb development to enrich and publish its content. Furthermore, a bioinformatic annotation pipeline was developed in order to correctly identify MERGEMs’ genes and their contexts in two important sequencing projects : one with 264 metagenomes from the human gut microbiome and another one consisting of 390 Pseudomonas aeruginosa genomes. The results of this project proves the usefulness of specialized databases in genomic studies

La confrontation des connaissances théoriques à la réalité hospitalière : où en est l'hygiène des mains ? : quelles sont les stratégies d'adaptation des infirmiers face aux protocoles ? : travail de Bachelor

Thème : Les facteurs favorisant la stratégie d’adaptation des infirmiers, face aux protocoles de l’hygiène des mains, ont un impact sur l’incidence des infections liées aux soins. Ce qui mène à une non-conformité chronique. La mise en oeuvre des recommandations de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS (Sic)) pour l’hygiène des mains au cours des soins permet de guider une conformité aux protocoles d’hygiène. Contenu : Cette revue de la littérature a été réalisée à travers les bases de données PubMed et Cairn, sur une durée de cinq ans (2008 et 2013). Discussion : Leurs résultats obtenus à la lecture de cinq articles sont divisés selon différentes thématiques. La première concerne la conformité ou non aux protocoles d’hygiène des mains. La seconde, de l’actualisation des connaissances. Et la dernière concerne l’adaptation des infirmiers face aux protocoles d’hygiène. Ces thématiques sont mises en lien avec le modèle conceptuel de Soeur Callista Roy