Your bytes are your babies. Protect what's precious, keep IT safe

Een gesprek met Gerrit van Dijk (Administratieve Informatie Voorziening) en Willemieke Baan (Donald Smits Centrum voor Informatie Technologie) over de Risk Awareness-campagne Keep IT safe

Aqueous Oxidative Heck Reaction as a Protein-Labeling Strategy

An increasing number of chemical reactions are being employed for bio-orthogonal ligation of detection labels to protein-bound functional groups. Several of these strategies, however, are limited in their application to pure proteins and are ineffective in complex biological samples such as cell lysates. Here we present the palladium-catalyzed oxidative Heck reaction as a new and robust bio-orthogonal strategy for linking functionalized arylboronic acids to protein-bound alkenes in high yields and with excellent chemoselectivity even in the presence of complex protein mixtures from living cells. Advantageously, this reaction proceeds under aerobic conditions, whereas most other metal-catalyzed reactions require inert atmosphere.

Understanding the origin of congenital heart disease

In Nederland wordt 1 op de 150 zwangerschappen gecompliceerd door een aangeboren hartafwijking bij het kind. Dit is een van de meest voorkomende oorzaken van vroegtijdige sterfte bij pasgeborenen en is steeds vaker een reden om de zwangerschap voortijdig te beëindigen. Er is weinig bekend over de oorzaken en de oorsprong van aangeboren hartafwijkingen. Smilde-Baardman heeft verschillende omgevings- en genetische risicofactoren bestudeerd om meer inzicht te krijgen in het ontstaan van aangeboren hartafwijkingen. Daarbij keek ze vooral naar factoren die mogelijk cholesterolwaarden van de moeder en/of transport van cholesterol van moeder naar foetus beïnvloeden. Een belangrijk resultaat is dat ze heeft aangetoond dat twee risicofactoren voor aangeboren hartafwijkingen bij het kind, namelijk roken en overgewicht, elkaar mogelijk versterken in het ontstaansmechanisme van hartafwijkingen (zie ook het persbericht: Rokende vrouwen met overgewicht hebben verhoogde kans op baby met aangeboren hartafwijking). Het onderzoek van Smilde-Baardman steunt de veronderstelling dat aangeboren hartafwijkingen veroorzaakt wordt door een samenspel van zowel omgevings- als genetische factoren. Toekomstig onderzoek zou zich moeten richten op de interactie tussen risicofactoren waarbij onder andere afwijkende cholesterolwaarden als een mogelijk belangrijke factor in de hartontwikkeling een rol spelen. Congenital heart disease (CHD) affects approximately 1 in 150 pregnancies in the Netherlands. It is a major cause of neonatal death and it often has a great impact on the life of survivors. In the research presented in this thesis, both genetic and environmental risk factors for CHD were explored in order to gain a better understanding of the origin of CHD, with a special focus on the role of maternal cholesterol. This thesis provides evidence that maternal life style factors - smoking and high body mass index - interact in the risk they convey for CHD in offspring, implying they share a biological mechanism in the development of CHD. Furthermore, insight has been gained into the contribution of maternal cholesterol, which is transported to the foetus during pregnancy, and in the foetus's own cholesterol synthesis. We have identified two new key players involved in the genetics of cardiac development, namely lipoprotein-related receptor protein 2 (LRP2) and Smoothened (SMO). Both genes are related to the SHH-pathway, a pathway that depends on sufficient cholesterol levels. Our studies support the hypothesis that CHD is a complex disorder, caused by an interaction between genetic and environmental factors. Future research should focus on maternal cholesterol as a possible modifier in foetal cardiac development.

Research report 2 : Epigenetics of ovarian cancer; validation of novel DNA methylation markers in relation to resistance of platinum based chemotherapy in ovarian cancer

De begeleider en/of auteur heeft geen toestemming gegeven tot het openbaar maken van de scriptie. The supervisor and/or the author did not authorize public publication of the thesis.

Genetic and environmental interplay in asthma severity and its underlying airway pathology

Astma is een chronische inflammatoire aandoening van de luchtwegen, die kinderen en volwassenen van alle leeftijden treft. De WHO schat dat wereldwijd 400 miljoen patiënten astma hebben in 2025. Astma wordt veroorzaakt door een combinatie van genetische en omgevingsfactoren. Astmapatiënten hebben terugkerende aanvallen van piepen, kortademigheid, beklemming op de borst en hoesten, vooral 's nachts of in de vroege ochtend. De klinische ernst van astma is geassocieerd met ontsteking van de luchtwegwand, een verstoorde barrière in het epitheel dat de luchtwegwand bekleedt en een veranderde eiwitsamenstelling van de luchtwegwand (remodellering). Inhalatiecorticosteroïden vormen de basis van de behandeling van astma. De therapie met inhalatiecorticosteroïden leidt tot onderdrukking van ontsteking in de luchtwegen en vermindering van de astmasymptomen en gevoeligheid van de luchtwegen voor ingeademde prikkels zoasl allergenen, mist, koude lucht en sigarettenrook (hyperreactiviteit). Dit proefschrift toont aan dat genetische variatie mede de epitheliale integriteit bepaalt en ook de uitgebreidheid van de luchtwegwandontsteking en remodellering en daaraan gerelateerde ernst van astma op volwassen leeftijd. Daarnaast aan bleek een interactie tussen bepaalde genen en inhalatiesteroïden, en tussen bepaalde genen en roken, de klinische en pathologische expressie van astma te beïnvloeden. Bij kinderen met astma bleek er een verband te bestaan tussen langdurige blootstelling aan luchtverontreiniging en de ernst van luchtwegvernauwing en hyperreactiviteit ( gevoeligheid van luchtwegen). We vonden geen sterk bewijs dat inhalatiecorticosteroïden, die in de studie werd onderzocht, de effecten van luchtverontreiniging kon veranderen, maar wel dat de genetische factoren een rol spelen bij de respons van kinderen met astma op luchtverontreiniging. Asthma is a chronic inflammatory disorder of the airways that affects children and adults of all ages. With this thesis we aimed to understand better the underlying mechanisms of asthma severity. We investigated the role of genes encoding proteins involved in epithelial integrity, chronic airway inflammation and airway remodeling in asthma and showed that genetic variation determines epithelial integrity, the extent of the airway inflammation and remodeling, as well as the subsequent clinical severity (i.e. airway hyperresponsiveness, lung function level and decline over time) of adult individuals with asthma. We showed that gene by inhaled corticosteroids and gene by smoking interactions also play a role in the clinicopathological expression of the disease. We further focused on the susceptibility of asthmatic children to ambient air pollution, an unavoidable environmental exposure of the modern world. We showed associations of long-term air pollution (carbon monoxide and nitrogen dioxide) exposure with severity of airflow obstruction and airway hyperresponsiveness in children with asthma. We did not find strong evidence of modification of pollution effects by controller medication used in a clinical trial. However, we showed that genetics play a role in the respiratory response of asthmatic children to air pollution by potentially regulating oxidant/anti-oxidant cellular mechanisms and inflammation. Understanding the underlying mechanisms of asthma severity and adding to the current knowledge of asthma pathophysiology may ultimately offer better targets for drug development for either prevention or cure of asthma.

Kenniskeuzes in nieuwsberichten van Nederlandse kranten

Deze scriptie beschrijft het verloop van kennis in nieuwsberichten. De hypothese is dat kennis geleidelijk verdwijnt uit artikelen aangezien journalisten die als bekend gaan veronderstellen. Deze scriptie is een eerste verkenning van dit gebied.

Predictions and explanations

Kinderen worden vaak beschouwd als relatief stabiele presteerders, maar in werkelijkheid fluctueert de prestatie van kinderen, zelfs van moment tot moment binnen één taak. Het doel van dit proefschrift (welke is uitgevoerd als onderdeel van het programma ‘TalentenKracht’) is om inzicht te verkrijgen in de korte-termijn processen van wetenschappelijk inzicht van kinderen in de leeftijd van 4 tot 6 jaar. Het eerste deel van dit proefschrift (hoofdstuk 2 en 3) richt zich op de verklaringen van kinderen met betrekking tot wetenschap en techniek. ‘Skill theory’ blijkt een veelzijdig en bruikbare methode te bieden voor het kwantificeren van de verklaringen van kinderen. Een meerderheid van de kinderen liet een hoge mate van intra-individuele variabiliteit zien waarbij de meeste kinderen neigden te stabiliseren in de inhoud en complexiteit van de verklaringen tegen het einde van een enkele taak. Het tweede deel van het proefschrift (hoofdstukken 4 tot 6) bestaat uit verschillende studies die zowel de voorspellingen als de verklaringen van de kinderen meenemen als maat voor wetenschappelijk inzicht. Beide maten worden veelvuldig als inwisselbaar gebruikt om wetenschappelijk inzicht te kwantificeren. Echter, de resultaten tonen dat voorspellingen en verklaringen van jonge kinderen beschouwd dienen te worden als twee aparte, emergerende processen. De resultaten benadrukken daarnaast het belang van de materiele en sociale context voor het wetenschappelijk inzicht bij jonge kinderen. De bevindingen in dit proefschrift demonstreren het belang van korte termijn processen bij (het onderzoek naar) de ontwikkeling van wetenschappelijk inzicht bij jonge kinderen. Deze bevindingen zijn van groot belang voor leerkrachten, onderzoekers en beleidsmakers. Children are often referred to as stable performers, but in reality, children’s performance fluctuates, even from moment to moment in the same task setting. The aim of this dissertation (which is part of the nationwide program ‘Curious Minds’) is to gain insight into the short‐term processes of scientific understanding in young children between the ages of 4 to 6 years. The first part of this dissertation (chapters 2 and 3) focuses on the explanations of children regarding scientific phenomena. Skill theory proves to be a versatile and useful method for quantifying children’s explanations. A majority of children showed a high degree of intra‐individual variability and most children tended to stabilize in both complexity and content towards the end of a single task. The second part of the dissertation (chapters 4 through 6) consists of studies using both predictions and explanations as measures of scientific understanding. Both measures are often used almost interchangeable as rulers for scientific understanding. However, the results indicate that predictions and explanations should be regarded as distinct, emergent processes in young children. The results further emphasize the importance of the material and social context for children’s scientific understanding. The findings in this dissertation have demonstrated the importance of short-term processes in the development of young children’s scientific understanding. These findings have implications for teachers, researches and policymakers.