Development of Platform for Studies of Protein-Protein Interactions and the Design of Peptide Probes

蛋白质是生命的物质基础和生命存在的表现形式，而其生物学功能，很多是依靠特殊的蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-ProteinInteraction）来实现的。因此，研究和调控蛋白质-蛋白质相互作用在研究蛋白质功能、阐明细胞通路以及设计新型药物等方面均有着非常重要的意义。有研究发现，很多蛋白质-蛋白质相互作用都是由α-螺旋结构介导的，可以通过具有α-螺旋的多肽进行调节。但是，自然状态下，多肽在溶液中往往呈无规卷曲状态，导致其与目标蛋白的识别、结合功能大大降低，限制了多肽在生物体中的应用。因此，探索如何稳定多肽α-螺旋以提高其生物活性和稳定性是目前的研究热点和重点。 本论文利用大肠杆菌原核...Proteins are the material basis of life and the manifestation of life existence. Their biological functions mostly rely on special protein-protein interactions. Therefore, the research and regulation of protein-protein interactions are important to study protein functions, cell passways and design new drugs. Many protein-protein interactions are mediated by α-helix structure and can be adjusted by...学位：理学硕士院系专业：化学化工学院_分析化学学号：2052013115154

The Application and Development of Laser Light Scattering in the Investigation of Protein Crystal Growth

光散射技术广泛应用于生物大分子的晶体生长研究中，它包括静态光散射和动态光散射两种。利用静态光散射可以测定蛋白质溶液渗透的第二维里系数；利用动态光散射可以测定蛋白质溶液的平动扩散系数，获得溶液中蛋白质粒子的流体力学半径及分布情况，分离蛋白质结晶的成核与生长过程，研究大分子的聚集行为和晶体生长的动力学。借助光散射技术可以实现蛋白质晶体生长过程的动态控制。近些年光散射仪器向着小型化、轻便化的方向发展，光散射技术不断得到改进，日益完善，不仅用于地面实验，也应用于空间领域蛋白质晶体生长的研究中

Development of multicyclic peptide templates and peptide probes through stable thioether-bond

蛋白质通过各类蛋白酶的催化反应或蛋白质–蛋白质间相互作用参与了细胞内大多数的机制运作过程。因此，研究和调控生物体异常蛋白酶表达及内大多数的机制运作过程。因此，研究和调控生物体异常蛋白酶表达及研究和调控生物体内异常的蛋白酶表达及蛋白质相互作用对理解生命体系、发展新型药物疗法有着重要意义。多肽类调控剂有着易合成修饰、免疫原性低、与靶蛋白结合特异性高等优点，环肽分子（特别是多元环肽）又进一步通过构象限制提高了多肽的稳定性、刚性及结合亲合力，因此是一类很有潜力的蛋白酶或蛋白质相互作用调控剂。在自然界中，常通过二硫键对蛋白或活性肽构象进行环化限制，这些富二硫键天然生物分子也为多肽环化提供了丰富的模板，但...Proteins participate in most of biological and pathological processes in cells via catalyzing different kinds of reactions or via thousands of protein- protein interactions. Consequently, investigate and control over inappropriate proteases expression and protein-protein interactions are important for better understanding of biology systems and can potentially be the effective strategy for therap...学位：理学硕士院系专业：化学化工学院_分析化学学号：2052014115152

Structural and mechanistical studies of the nuclear import of KAT8 by importin α

作为真核细胞的显著特征，核膜包裹的细胞核将核内的遗传物质和转录单元与细胞质内的翻译单元和代谢单元分割了开来，这种分割方便了细胞对包括基因表达、信号传导和细胞周期等众多细胞生理活动的调控。特定组分在细胞质和细胞核间的选择性双向运输就是这种调控的一项关键特征，大分子货物蛋白从细胞质向细胞核定向运输需要货物蛋白的核定位信号NLS、识别并结合NLS的接头蛋白细胞核输入蛋白IMPα及载体分子细胞核输入蛋白IMPβ三方的协调作用。目前多种货物蛋白NLSs与细胞核输入蛋白IMPα的相互作用和结构生物学研究极大的帮助了我们对核质蛋白转运机理的研究。 细胞核输入蛋白IMPα1，作为细胞核输入蛋白IMPα家族的...As a notable characteristic of eukaryotic cells, the nuclear envelope separates the genetic materials and the transcriptional factory of the nucleus from the translation factory and the metabolic factory in the cytoplasm. This separation facilitates the regulation of many cellular physiological events, such as gene expression, signal transduction and cell cycle. The selective bidirectional transpo...学位：理学博士院系专业：生命科学学院_生物化学与分子生物学学号：2162012015377

蛋白质多肽氨基端乙酰化酶NatB介导底物特异性乙酰化反应的分子基础

文章简介蛋白质多肽氨基端乙酰化(N-terminal acetylation)发生在蛋白质或多肽的氨基端第一个氨基酸的(N端)α氨基上,是真核生物中一种最常见的蛋白质翻译后修饰方式。该修饰是由6类N端乙酰转移酶(NAT)来完成的(Nat A至Nat F),而每一种都只作用于其特异的蛋白国家自然科学基金委;;科技部的经费支

在镉盐胁迫下用蛋白质组学技术筛选与鉴定海兔亚口腔神经节的差异蛋白质

以蓝斑背肛海兔(Notarcus leachii cirrosusStimpson,NLCS)的口腔神经节(Buccal ganglion,BG)为研究对象,按BG形态对称性,解剖成亚BG(sub-BG,SBG),并分为左SBG和右SBG,简称为LSBG和RSBG.用双向凝胶电泳(2D-PAGE)技术优化分离LSBG和RSBG全蛋白质,并采用蛋白质组学和数据库比对技术筛选与鉴定差异蛋白质.实验结果表明,LSBG和RSBG之间的差异蛋白质主要由活性多肽的前体蛋白或降解后大片段多肽组成,它们对维持BG的生理功能起着重要的作用.在急性镉盐(10μg/mL)胁迫下,NLCS的LS-BG和RSBG表达了由镉盐诱导的差异蛋白质,并采用蛋白质组学技术分别分离、筛选和鉴定,其主要的差异蛋白质有下调的肌球蛋白、钙结合蛋白、上调的热休克蛋白和硫氧还蛋白.这些蛋白质可能与BG细胞抗镉毒性有关,部分差异蛋白质适合于监测镉盐污染且开展毒理学研究的蛋白指示物

UVA Assisted 4-Thiothymidine for Cancer Treatment

This article reviews the developments of 4-thiothymidine analogues, assisted with UVA light, as a novel cancer therapy. First, the key points on synthetic chemistry, photochemistry and cellular toxicity of 4-thiothymidine are summarized. As the chemical structure of 4-thiothymidine is very similar to that of its parent thymidine, thus 4-thiothymidine can be readily incorporated into cellular DNA, and with the help of thymidine kinase, much more preferably into cancerous DNA. Unlike thymidine, 4-thiothymdine can absorb strongly in UVA (longer wavelengths of UV) light. Thus UVA-assisted 4-thiothymidine offers an effective cancer treatment. Some underlying mechanisms of action by 4-thiothymidine/UVA and compares this cancer approach with the commonly used photodynamic therapy are discussed. The various interactions between 4-thiothymidine with human serum albumin are introduced. Finally, a short conclusion on the past efforts and a brief prospect for future work in this exciting research field are given

Quantitative analysis of protein-protein interaction in BACTH system using flow cytometry

蛋白-蛋白相互作用是所有生命活动的基础，其研究有助于人们更好地理解蛋白质功能、构建相互作用网络、发现药物靶点、发展疾病诊断和治疗的方法。现有的蛋白-蛋白相互作用研究方法主要分为体外检测和体内检测两种。等温滴定量热法、表面等离子体共振法、荧光偏振法等是常用的体外检测方法，这类方法往往需要使用昂贵的仪器检测以及繁琐的蛋白纯化与标记过程；而酵母双杂交、蛋白质片段重组、合成致死等体内检测方法则只需在细胞和基因水平操作，不仅省去了蛋白质纯化步骤，而且能够真实地反映蛋白质在细胞中的相互作用情况。其中，酵母双杂交系统作为最常用的蛋白-蛋白相互作用研究方法，具有灵敏度高，适用范围广，操作相对简便等优点。其原理...Protein-protein interactions (PPIs) are fundamental to virtually every aspect of life processes. Characterizing the interacting partners of a protein is important in the understanding of protein function, deciphering biochemical networks, discovering novel drug targets, and developing diagnostic and therapeutic assays. Current approaches for PPI study in vitro include isothermal titration calorime...学位：理学博士院系专业：化学化工学院_化学生物学学号：2052011015371

免疫蛋白质组学及疫苗靶位筛选

蛋白质组学自建立起即向生命科学的其他研究领域渗透,形成了多样的交叉学科。免疫蛋白质组学即由蛋白质组学与蛋白质免疫印迹技术相结合而产生的一个新研究方向,在免疫原性蛋白质研究及疫苗靶位筛选中展示出广泛的应用前景。该文就免疫蛋白质组学的形成、主要研究技术体系及其进展、在免疫原性蛋白质鉴定、新型高效候选疫苗靶位发现等方面进行概述。973计划(No.2006CB101807)资助项

优化分离与鉴定蓝斑背肛海兔口腔神经节蛋白质组

采用双向凝胶电泳技术优化分离蓝斑背肛海兔(Notarcus leachii cirrosusStimpson,NLCS)口腔神经节(Buccal Ganglion,BG)蛋白质组,并获得约300个蛋白质斑点.用组合基质辅助激光解吸电离化飞行时间(MALD I-TOF)质谱技术和胶内酶解技术测定BG蛋白质组中的96个蛋白质斑点的肽指纹(Peptide m ass fin-gerprint,PMF)图谱.经数据库检索与比对后,发现96种蛋白质中仅有4种蛋白质可获得较高的匹配率,它们分别是微管蛋白(Tubu lin)、肌动蛋白(Actin)和两个1,5-二磷酸核酮糖-羧化酶/加氧酶(R ibu lose-1,5-b i-sphosphate carboxylase/oxygenase,R ibu lose),均属于神经细胞骨架蛋白质;同时还发现一种交配信号肽前体(Peptide m ating pheromone precursor).利用LOC trees软件和分类法对56种蛋白质进行亚细胞定位与分类