İnsanlardan ve hayvanlardan i̇zole edilen blandm-5 üreten karbapenem dirençli escherichia coli kökenlerinin plazmidlerı üstünde bulunan direnç gen tanımlayıcılarının i̇n silico analizi

Due to their ability to resist endpoint antimicrobials such as carbapenem, it is very important to detect and monitor multi-drug resistant Gram negative strains with plasmids containing genes such as blaNDM-5 by new molecular methods. This study aimed to perform in silico analysis of resistance gene identifiers on human and animal-derived blaNDM-5 plasmids found in open databases, which were analyzed by new whole genome sequencing techniques and to compare these resistance genes. The plasmid genomic sequences of 4 human and 2 animal E. coli strains containing blaNDM-5 genes included in our study were analyzed in Silico using the Resistance Gene Identifier (RGI) option of the comprehensive antibiotic resistance gene database using default values. Human and animal strains included in our study were found to have different antimicrobial resistance genes in addition to blaNDM-5. All plasmids were found to have at least 8 perfect antimicrobial resistance gene sequences matches. When the resistance gene identifiers in all plasmids were examined, 35 resistance gene identifiers were found. Besides blaNDM-5, mphA, qacEdelta1 and sul1 were found in all plasmids. As a conclusion, it was determined by our study results that, regardless of the source, there may be different antimicrobial resistance gene identifiers besides the blaNDM-5 resistance gene in plasmids. We are of the opinion that routine molecular surveillance studies should be carried out considering the one health approach of Gram-negative pathogens such as E. coli, which can contain plasmids that cause multi-drug resistance and can be isolated from all sources.Karbapenem gibi son nokta antimikrobiyallere direnç yetenekleri dolayısıyla, blaNDM-5 gibi genler ihtiva eden plazmidlere sahip çoklu ilaç direnci gösteren Gram negatif kökenlerin yeni moleküler yöntemlerle tespiti önemlidir. Biz de çalışmamızda bu yeni tekniklerle tüm genom sekans analizi yapılan ve açık veritabanlarında bulunan insan ve hayvan kaynaklı blaNDM-5 plazmidleri üstünde bulunan direnç gen tanımlayıcılarının in silico analizini yapmayı ve bu direnç genlerini karşılaştırmayı amaçladık. Çalışmamıza dahil edilen 4 insan ve 2 hayvan kaynaklı, blaNDM-5 geni içeren E.coli kökenlerine ait plazmid genomik dizileri, varsayılan değerler kullanılarak kapsamlı antibiyotik direnç gen veritabanının, direnç geni tanımlayıcı (RGI) seçeneği kullanılarak bilgisayar ortamında analiz edildi. Çalışmamıza dahil edilen insan ve hayvan kaynaklı kökenlerde blaNDM-5 yanında farklı antimikrobiyal direnç genlerinin de olduğu tespit edildi. Tüm plazmidlerin en az 8 mükemmel antimikrobiyal direnç gen dizisi eşleşmesi gösterdiği saptandı. Tüm plazmidlerde bulunan direnç gen tanımlayıcıları incelendiğinde 35 direnç gen tanımlayıcısı saptandı. blaNDM-5 yanında, mphA, qacEdelta1 ve sul1’in bütün plazmidlerde olduğu tespit edildi. Sonuç olarak, kaynak fark etmeksizin, plazmidlerde, blaNDM-5 direnç geni yanında farklı antimikrobiyallere direnç gen tanımlayıcılarının da olabildiği çalışma sonucunda tespit edilmiştir. Çoklu ilaç direncine neden olan plazmidleri ihtiva edebilen ve tüm kaynaklardan izole edilebilen E. coli gibi Gram negatif patojenler üzerinde tek sağlık yaklaşımı düşünülerek rutin moleküler surveyans çalışmalarının yapılması gerektiği kanaatindeyiz

IN SILICO MLST, SCCMEC AND SPA TYPING OF HUMAN MRSA STRAINS AND DETERMINATION OF ANTIMICROBIAL RESISTANCE GENES

Objective: The incidence of MRSA still remains an important public health problem. The aim of study was to perform in silico analysis of MLST, SCCmec, spa type, evolutionary similarity and whole-genome sequencing (WGS) based antimicrobial susceptibility testing by using genomic data of MRSA strains isolated from human infections in different countries. Methods: WGS data of 30 MRSA strains were obtained as etiological agents were download from NCBI. Phylogeny analysis with large data were performed via CSI Phylogeny online software. SCCmec, MLST and spa typing were performed using the software at the Center for Genomic Epidemiology. ResFinder 4.0 was used to perform WGS based antimicrobial susceptibility testing. Results: After in silico analysis of 30 MRSA strains, 14 different spa types, 11 different sequence types, and 9 different SCCmec types were detected. T037, ST239, and SCCmec_type_III(3A) were the most detected spa, MLST, and SCCmec types respectively. WGS based antimicrobial susceptibility testing results were analyzed, 28, 27, and 26 out of 30 MRSA strains carried aminoglycoside tetracycline and fluoroquinolone resistance genes respectively. Conclusions: According to our in silico analysis results, we found that similar typing profiles could be observed in the strains in different geographical locations and certain types of spa, MLST, and SCCmec can coexist.WOS:00071367350002

Sığır masseter kaslarında kuduz virüsünün anatomik lokalizasyonun Real-Time PCR ile belirlenmesi

Amaç: Bu çalışmada sığırlarda kuduz virüsünün masseter kaslarda izlediği patho-anatomik lokalizasyonun Real-Time PCR ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma kuduz bir köpek tarafından yüz bölgesinden ısırılmış 1.5 yaşında erkek sığırda yapıldı. Kuduz şüphesiyle karantinada tutulduktan 15 gün sonra ölen sığırın ilgili bölgesinden doku örnekleri alındı. Standart diseksiyon yöntemleriyle ısırılan bölgede N. trigeminus sinirinin dalları incelendi. Sığır baş bölgesinin 32 farklı kısmı Tagman probe esasına dayalı RT-PCR ve FAT yöntemiyle incelendi. Bulgular: Kuduz virüsüne spesifik nükleik asitler masseter kasların motor sinirlerinde; N. trigeminus'un N. mandibularis dalında N. masticatorius, N. mandibularis, N. massetericus ve Nn. temporalis profunda unilaterally ganglion trigeminale ve ponsta Real Time-PCR ile belirlendi. Beynin diğer kısımlarında incelenen örneklerde tespit edilemedi. Öneri: Bu çalışmada sığırlarda nöronal bağlantıların ve sinaps geçişlerinin virüs nükleik asitlerinin RT-PCR yöntemi ile ortaya konulmasıyla anatomik olarak izlenebileceği belirlendi.Aim: In this case, the anatomical pathways on masticatory muscles of cattle infected rabies virüs have been determined by Real Time PCR (RT-PCR). Materials and Methods: A 1.5-year old male Brown Swiss cattle which was bitten in face by dog was used. The cattle was died 15 days post exposure to the dog rabies suspected. The areas where the tissue samples to taken. The origin, course and branches of the trigeminal nerve were exposed by standart dissection method. Rabies virus was investigated on 32 different parts of the cattle's head by means of TaqMan Probe-Based Real-Time PCR and FAT. Results: The rabies virus specific nucleic acid was detected in masseter muscles motor nerves; N. mandibularis branch of N. trigeminus, N. masticatorius, motor leaf of N. mandibularis, N. massetericus and Nn. temporalis profunda which are two extra branches of N. masticatorius, unilaterally ganglion trigeminale, and pons by Real Time-PCR. However, no rabies virus has been detected in the samples obtained from other different parts of the brain. Conclusion: Contrary to immunohistochemical methods, it is not possible to trace neuronal connections across synapses within the brain. RT-PCR method could be helpful to detect pathways of the neurotropic agents suspected cattle

Sığır masseter kaslarında kuduz virüsünün anatomik lokalizasyonun Real-Time PCR ile belirlenmesi

Amaç: Bu çalışmada sığırlarda kuduz virüsünün masseter kaslarda izlediği patho-anatomik lokalizasyonun Real-Time PCR ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma kuduz bir köpek tarafından yüz bölgesinden ısırılmış 1.5 yaşında erkek sığırda yapıldı. Kuduz şüphesiyle karantinada tutulduktan 15 gün sonra ölen sığırın ilgili bölgesinden doku örnekleri alındı. Standart diseksiyon yöntemleriyle ısırılan bölgede N. trigeminus sinirinin dalları incelendi. Sığır baş bölgesinin 32 farklı kısmı Tagman probe esasına dayalı RT-PCR ve FAT yöntemiyle incelendi. Bulgular: Kuduz virüsüne spesifik nükleik asitler masseter kasların motor sinirlerinde; N. trigeminus'un N. mandibularis dalında N. masticatorius, N. mandibularis, N. massetericus ve Nn. temporalis profunda unilaterally ganglion trigeminale ve ponsta Real Time-PCR ile belirlendi. Beynin diğer kısımlarında incelenen örneklerde tespit edilemedi. Öneri: Bu çalışmada sığırlarda nöronal bağlantıların ve sinaps geçişlerinin virüs nükleik asitlerinin RT-PCR yöntemi ile ortaya konulmasıyla anatomik olarak izlenebileceği belirlendi.Aim: In this case, the anatomical pathways on masticatory muscles of cattle infected rabies virüs have been determined by Real Time PCR (RT-PCR). Materials and Methods: A 1.5-year old male Brown Swiss cattle which was bitten in face by dog was used. The cattle was died 15 days post exposure to the dog rabies suspected. The areas where the tissue samples to taken. The origin, course and branches of the trigeminal nerve were exposed by standart dissection method. Rabies virus was investigated on 32 different parts of the cattle's head by means of TaqMan Probe-Based Real-Time PCR and FAT. Results: The rabies virus specific nucleic acid was detected in masseter muscles motor nerves; N. mandibularis branch of N. trigeminus, N. masticatorius, motor leaf of N. mandibularis, N. massetericus and Nn. temporalis profunda which are two extra branches of N. masticatorius, unilaterally ganglion trigeminale, and pons by Real Time-PCR. However, no rabies virus has been detected in the samples obtained from other different parts of the brain. Conclusion: Contrary to immunohistochemical methods, it is not possible to trace neuronal connections across synapses within the brain. RT-PCR method could be helpful to detect pathways of the neurotropic agents suspected cattle

The protective effect of Ferula elaeochytris on age-related erectile dysfunction

Ethnopharmacological relevance Ferula elaeochytris Korovin (FE) is a perennial medicinal plant of Apiaceae family. Ferula elaeochytris Korovin, known as ‘Çakşır’ in Anatolia, is widely used as an aphrodisiac as well as antioxidant, anti-inflammatory, and anti-diabetic. Aim of the study: Erectile dysfunction (ED) is a serious public health problem that has a high prevalence and negatively affects the quality of life in elderly men. In the treatment and prophylaxis of many diseases, because of widely increasing use of plant extracts as therapeutic agents, preclinical studies related to plant extracts are becoming more important by the day. In this study, we aimed to investigate the protective effect of Ferula elaeochytris Korovin (FE) root extract on age-related ED. Materials and methods Seventy-two male Wistar albino rats were equally divided into four groups: 4-month aged rats (Y), 24-month aged rats (AG), and FE-administered (20 and 40 mg/kg/day; oral gavage; over 8 weeks) 24-month aged rats (AG + FE). The measurements included: changes in smooth muscle cells and collagen fibrils, tumor necrosis factor alpha (TNF-α), penile neuronal nitric oxide synthase (nNOS) and endothelial nitric oxide synthase (eNOS) expression, serum testosterone concentrations (ST), neurogenic- and endothelial-dependent relaxations of the corpus cavernosum (CC), intracavernosal pressure/mean arterial pressure (ICP/MAP), area under the curve (total ICP), total antioxidant status (TAS), and total oxidant status (TOS) on corpus cavernosal tissue. Results These results have an important role in the development of ED. ICP/MAP, total ICP, eNOS/nNOS expressions and ST levels increased in AG+40 mg FE group compared to the AG group, whereas TNF-α levels decreased and oxidative and antioxidant parameters balanced. Conclusions Our findings show that FE may have a useful effect on decelerating the development of age-related ED