Caracterización molecular de arenavirus del área endémica de la fiebre hemorrágica argentina: aislamientos de pacientes con diferentes patrones clínicos de FHA y nuevos arenavirus

Objetivos generales: caracterización molecular de los genomas de las variantes del virus Junín asociadas a diferentes formas clínicas de la fiebre hemorrágica argentina (FHA). La atención se circunscribirá al análisis de los genes correspondientes a las proteínas estructurales más abundantes: la proteína de la nucleocápside (N) y el precursor de las glicoproteínas virales (GPC) de las cepas prototipo estudiadas por McKee et al. (1987). Diseño de una metodología para detectar y caracterizar arenavirus del área endémica de la FHA. Se realizará la caracterización molecular de los arenavirus desconocidos que pudieran ser encontrados. Objetivos específicos: se cultivarán cepas con distinto grado de virulencia y se aislarán sus RNAs para luego obtener copias de cDNA. Éstos serán amplificados por PCR y se determinará la secuencia nucleotídica de los RNAs S completos. La caracterización de las cepas prototipo estará orientada a la búsqueda de alteraciones en el genoma de los RNAs S y al análisis de sus productos génicos (principalmente el precursor de las glicoproteínas virales, GPC), con el objeto de identificar cambios que pudieran estar asociados a los diferentes comportamientos biológicos. De la comparación de los genomas y productos génicos de variantes del virus Junín con distintos grados y patrones de virulencia se podrán sugerir las causas moleculares de los diferentes comportamientos biológicos observados. Además, se buscarán regiones conservadas en la secuencia nucleotídica de los RNAs S de diferentes arenavirus. Este análisis hará posible el diseño de un conjunto de primers generalizados que permitirían amplificar por RT-PCR regiones homólogas del genoma de los arenavirus. Los fragmentos amplificados serán caracterizados por RFLP (polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción) y/o por secuenciamiento nucleotídico. Se empleará la técnica de RT-PCR-RFLP para detectar y caracterizar, en forma rápida, aislamientos de arenavirus desconocidos o emergentes en programas de screening en poblaciones de roedores. La obtención de fragmentos solapados permitirá realizar un clonado rápido que abarque el RNA S completo de los arenavirus encontrados. Se realizará el análisis filogenético molecular a partir de la comparación de las secuencias nucleotídicas y aminoacídicas predichas de los diferentes arenavirus caracterizados. Dicho análisis permitirá relacionar los diferentes arenavirus reportados y realizar una clasificación que refleje las relaciones que surgen de la reconstrucción hipotética de la filogenia.Tesis digitalizada en SEDICI gracias a la Biblioteca Central de la Facultad de Ciencias Exactas (UNLP).Facultad de Ciencias Exacta

Experimentation with Animals: A Key Aspect of the 3Rs. The Genetic Quality

The genetic quality of laboratory animals is essential for reproducibility of scientific research. Working with animals of certifiedgenetic quality is still a pending issue in Argentina due to the lack of routine genetic controls, of information on the genetic background of animals and of proper training. Apart from being concerned with having their results published and getting funding for research, scientists should know the genetic origin of laboratory animals. Consequently, they should perform genetic controls to verifywhether animal integrity has been compromised by accidental genetic contamination or genetic drift. The aim of this work was toevaluate the genetic purity of the inbred C57BL/6J mouse strain from three animal facilities belonging to the Buenos Aires UniversitySchool of Medicine network by analyzing a panel of microsatellite markers. Female mice tail samples (3-5 mm) were taken and genomic DNA was obtained by organic extraction. The genetic profile of each animal was determined by PCR-fragment analysis, usingmicrosatellites D1Mit155, D2Mit493, D3Mit49, D13Mit13, D6Mit8 and D12Mit12, located on six different autosomal chromosomesand selected from the Mouse Genome Informatics database (www.informatics.jax.org/searches). The results obtained provided keydata on the genetic quality of the three inbred animal colonies studied. They also served as an example for other laboratory animalfacilities in Argentina and as a starting point to modify the conditions and management of laboratory animal colonies. We determinedthe genetic purity of the inbred C57BL/6J mouse strain in all animal facilities evaluated. All six loci analyzed were homozygous,certifying their isogenicity and phenotypic uniformity. These results are promising for animal facilities mainly performing biomedical research. They also show a positive evolution in handling animal colonies and use of the 3Rs, and researcher commitment withanimal science, since they promote the supply of genetically quality-controlled animals. The positive impact of these results shouldencourage other researchers using this inbred strain to perform periodic genetic monitoring, thereby consolidating the supply ofquality-controlled mice. This pioneering study carried out in IGEVET (CONICET- UNLP) should consolidate the genetic monitoring ofinbred strains throughout the country.Fil: Lizarraga, Maria Alfonsina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Posik, Diego Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Zappa, María Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Castillo, Nadia Sabiela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentin

Species identification of a suspected bone found in blood sausage

The case of an identification for a small bone found in a blood sausage is described. The similitude with a rodent bone leads the consumer to demand the government organism responsible of food quality control. Bone and blood sausage DNA analysis was performed in order to determinate the origin species and the possibility of food contamination and/or adulteration. DNA sequence analysis confirmed the pig origin of both samples with an identity higher than 98%.Fil: Posik, Diego Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentina. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; ArgentinaFil: Bustamante, Ana Victoria. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Sanidad Animal y Medicina Preventiva. Laboratorio de Inmunoquímica y Biotecnología; ArgentinaFil: Lyall, V. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Peral Garcia, Pilar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Padola, Nora Lía. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Sanidad Animal y Medicina Preventiva. Laboratorio de Inmunoquímica y Biotecnología; ArgentinaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentin

Inferencia del origen del bovino Criollo Cubano a través del análisis de patri- y matrilinajes

Antes de descubrimiento, no existían bovinos en América. Los primeros, fueron introducidos en la Antillas Mayores (La Española, Puerto Rico, Jamaica y Cuba), y desde allí trasladados al resto de Latinoamérica. Actualmente, existen en Cuba alrededor de 1300 bovinos Criollos, concentrados principalmente en la región oriental. Con el objetivo de analizar el origen materno de esta raza y detectar eventos contemporáneos de flujo génico por vía paterna, se analizó un fragmento de 240 pb del D-loop mitocondrial (mtADN) y 5 microsatélites del cromosoma Y (BTY), en 36 hembras y 21 machos respectivamente. La diversidad genética se estimó mediante el número de haplotipos, el número de sitios polimórficos, el número de diferencias nucleotídicas entre pares de secuencias y el índice de diversidad nucleotídica, mientras que el análisis filogenético se realizó utilizando el método de median joining network. Dicho análisis permitió detectar 15 haplotipos mitocondriales (10 del haplogrupo europeo T3, 3 del africano T1, 1 del cercano oriente T2 y 1 ambiguo T1-T3) y 3 haplotipos en el BTY, ambos del haplogrupo cebuíno Y3. En el mtADN se detectaron 23 sitios polimórficos con una diversidad nucleotídica de 0,014 y 3,36 diferencias medias entre pares de secuencias. En conclusión, la población de bovinos Criollos Cubanos presentó una composición haplotípica mitocondrial comparable a la de otras razas criollas y mediterráneas, hecho que concuerda con su origen histórico. El BTY evidenció altos niveles de introgresion paterna de genes del zebú.Cattle was absent from America before the discovery. Initially, bovine were brought to Greater Antilles (La Española, Puerto Rico, Jamaica and Cuba islands), and in the course of a few years, they were taken from Caribbean islands to the rest of Latin America. Nowadays, Cuban Creole cattle population is about 1300 heads, mainly located in the eastern region of the island. With the aim of analyzing the maternal origin of Cuban Creole cattle and detect possible contemporaneous, male mediated, gene flow, a 240 pb fragment of mitochondrial D-loop (mtDNA) and five microsatellites of Y chromosome (BTY) were studied in 36 dams and 21 sires, respectively. Genetic diversity was evaluated through number of haplotypes, mean number of pairwise differences and nucleotide diversity. The phylogenetic analysis was performed using a median joining. A total of 15 mtDNA haplotypes were detected in the studied population (10 from the European haplogroup T3, 3 from the African T1, 1 from the Nearern East T2, and 1 ambiguous T1-T3). The number of polymorphic sites, the mean nucleotide diversity, and the mean number of pairwise differences were 23, 0.014 and 3.36, respectively. Two patrilinages were detected, both belonging to the Y3 Zebu haplogroup. In conclusion, Cuban Creole cattle population had a mtDNA haplotypic composition similar to the observed in Creole and Mediterranean breeds, what is in concordance with its historical origin. Y chromosome analysis evidenced a male mediated process of zebu introgression.Fil: Liron, Juan Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Acosta, A.. Centro Nacional de Sanidad Agropecuaria. Laboratorio de Genética Molecular; CubaFil: Rogberg Muñoz, Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Uffo, O.. Centro Nacional de Sanidad Agropecuaria. Laboratorio de Genética Molecular; CubaFil: Posik, Diego Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Garcia, J.. Ministerio de la Agricultura. Dirección Nacional de Genética; CubaFil: Peral Garcia, Pilar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentin

Species identification of a suspected bone found in blood sausage

The case of an identification for a small bone found in a blood sausage is described. The similitude with a rodent bone leads the consumer to demand the government organism responsible of food quality control. Bone and blood sausage DNA analysis was performed in order to determinate the origin species and the possibility of food contamination and/or adulteration. DNA sequence analysis confirmed the pig origin of both samples with an identity higher than 98%.Instituto de Genética Veterinari

Species identification of a suspected bone found in blood sausage

The case of an identification for a small bone found in a blood sausage is described. The similitude with a rodent bone leads the consumer to demand the government organism responsible of food quality control. Bone and blood sausage DNA analysis was performed in order to determinate the origin species and the possibility of food contamination and/or adulteration. DNA sequence analysis confirmed the pig origin of both samples with an identity higher than 98%.Instituto de Genética Veterinari

Inferencia del origen del bovino criollo cubano a través del análisis de patri- y matrilinajes

Cattle was absent from America before the discovery. Initially, bovine were brought to Greater Antilles (La Española, Puerto Rico, Jamaica and Cuba islands), and in the course of a few years, they were taken from Caribbean islands to the rest of Latin America. Nowadays, Cuban Creole cattle population is about 1300 heads, mainly located in the eastern region of the island. With the aim of analyzing the maternal origin of Cuban Creole cattle and detect possible contemporaneous, male mediated, gene flow, a 240 pb fragment of mitochondrial D-loop (mtDNA) and five microsatellites of Y chromosome (BTY) were studied in 36 dams and 21 sires, respectively. Genetic diversity was evaluated through number of haplotypes, mean number of pairwise differences and nucleotide diversity. The phylogenetic analysis was performed using a median joining. A total of 15 mtDNA haplotypes were detected in the studied population (10 from the European haplogroup T3, 3 from the African T1, 1 from the Nearern East T2, and 1 ambiguous T1-T3). The number of polymorphic sites, the mean nucleotide diversity, and the mean number of pairwise differences were 23, 0.014 and 3.36, respectively. Two patrilinages were detected, both belonging to the Y3 Zebu haplogroup. In conclusion, Cuban Creole cattle population had a mtDNA haplotypic composition similar to the observed in Creole and Mediterranean breeds, what is in concordance with its historical origin. Y chromosome analysis evidenced a male mediated process of zebu introgression.Antes de descubrimiento, no existían bovinos en América. Los primeros, fueron introducidos en la Antillas Mayores (La Española, Puerto Rico, Jamaica y Cuba), y desde allí trasladados al resto de Latinoamérica. Actualmente, existen en Cuba alrededor de 1300 bovinos Criollos, concentrados principalmente en la región oriental. Con el objetivo de analizar el origen materno de esta raza y detectar eventos contemporáneos de flujo gènico por vía paterna, se analizó un fragmento de 240 pb del D-loop mitocondrial (mtADN) y 5 microsatélites del cromosoma Y (BTY), en 36 hembras y 21 machos respectivamente. La diversidad genética se estimó mediante el número de haplotipos, el número de sitios polimórficos, el número de diferencias nucleotídicas entre pares de secuencias y el índice de diversidad nucleotídica, mientras que el análisis filogenètico se realizó utilizando el método de median joining network. Dicho análisis permitió detectar 15 haplotipos mitocondriales (10 del haplogrupo europeo T3,3 del africano T1,1 del cercano oriente T2y 1 ambiguo T1-T3) y 3 haplotipos en el BTY, ambos del haplogrupo cebuíno Y3. En el mtADN se detectaron 23 sitios polimórficos con una diversidad nucleotídica de 0,014 y 3,36 diferencias medias entre pares de secuencias. En conclusión, la población de bovinos Criollos Cubanos presentó una composición haplotípica mitocondrial comparable a la de otras razas criollasy mediterráneas, hecho que concuerda con su origen histórico. El BTY evidenció altos niveles de introgresion paterna de genes del zebú.Instituto de Genética Veterinari

Análisis de linajes maternos y paternos de bovinos criollo del Centro de Ecología Aaplicada Simón I. Patiño - Bolivia

Se determinaron los linajes maternos y paternos de 33 bovinos Criollo (27 hembras y 6 machos) del Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño (Ceasip) mediante marcadores genéticos del ADN genómico, mitocondrial y del cromosoma Y. El ADN genómico se extrajo utilizando el kit Wizard ® Genomic Purification. Los linajes maternos se determinaron mediante secuenciación del ADN mitocondrial (región control D-loop) y los linajes paternos se determinaron analizando siete marcadores genéticos del cromosoma Y, dos SNP (Polimorfismo de Nucleótido Simple) y cinco microsatélites (Secuencias Repetidas en Tándem). La diversidad genética se estimó tipificando 18 microsatélites. Se analizaron los datos con MStools, GenePop y Arlequin. La secuenciación de D-loop mitocondrial permitió detectar seis linajes maternos, que incluían cuatro haplotipos mitocondriales de origen europeo y dos africanos. A través del análisis de los marcadores del cromosoma Y se determinaron tres linajes paternos, dos taurinos y uno cebuino. En el hato del Ceasip, la diversidad alélica (na) fue de 6.11, mientras que la heterocigosidad esperada (He) fue de 0.70 y la observada (Ho) fue de 0.68. Los valores de diversidad genética observada en los bovinos del Ceasip son similares a los estimados para la mayoría de los biotipos del Criollo boliviano (na Yacumeño= 6.82; na Saavedreño= 5.95), siendo los valores promedios para el ganado Criollo boliviano analizados anteriormente de na= 6.39, He= 0.72 y Ho= 0.65. Los análisis de Componentes Principales y de distancia genética mostraron que sería factible intercambiar material genético entre las poblaciones Criollo bolivianas sin pérdida significativa de su diversidad genética.Fil: Pereira, J. A. C.. Universidad Autónoma Gabriel René Moreno; BoliviaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Peña, S.. Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño; BoliviaFil: Liron, Juan Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Instituto de Genética Veterinaria ; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Loza, A. J.. Universidad Autónoma Gabriel René Moreno; BoliviaFil: Posik, Diego Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Instituto de Genética Veterinaria ; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Baudoin, M.. Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño; BoliviaFil: Bomblat, C.. Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño; Bolivi

Arenavirus phylogeny: a new insight

Arenaviridae is a worldwide distributed family, of enveloped, single stranded, RNA viruses. The arenaviruses were divided in two major groups (Old World and New World), based on serological properties and genetic data, as well as the geographic distribution. In this study the phylogenetic relationship among the members of the Arenaviridae was examined, using the reported genomic sequences. The comparison of the aligned nucleotide sequences of the S RNA and the predicted amino acid sequences of the GPC and N proteins, together with the phylogenetic analysis, strongly suggest a possible kinship of Pichinde and Oliveros viruses, with the Old World arenavirus group. This analysis points at the evolutive relationships between the arenaviruses of the Americas and can be used to evaluate the different hypotheses about their origin.Instituto de Investigaciones Bioquímicas de La Plat

Marcadores genéticos: Introducción al análisis y su aplicación en diversas áreas biológicas

Los marcadores polimórficos se han utilizado desde hace décadas en diversas aplicaciones; comenzando con los marcadores fenotípicos, continuando por los bioquímicos y más recientemente a nivel del ADN. Su desarrollo e implementación fue acompañado por el incremento en el conocimiento de los procesos biológicos, convirtiéndose en una herramienta irremplazable para la resolución de una amplia gama de problemáticas. Actualmente pueden detectarse variaciones ínfimas en el material genético que resultan de utilidad en genética de microorganismos, vegetales y animales, siendo generalizada su utilización en las ciencias biológicas. En este capítulo se hará referencia a marcas o diferencias moleculares observables con efectos a distintos niveles del flujo de la información genética, que pueden ir desde la propia secuencia del material hereditario hasta la expresión de la misma, donde entran en juego numerosos factores.Facultad de Ciencias Naturales y Muse