Se determinaron los linajes maternos y paternos de 33 bovinos Criollo (27 hembras y 6 machos) del Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño (Ceasip) mediante marcadores genéticos del ADN genómico, mitocondrial y del cromosoma Y. El ADN genómico se extrajo utilizando el kit Wizard ® Genomic Purification. Los linajes maternos se determinaron mediante secuenciación del ADN mitocondrial (región control D-loop) y los linajes paternos se determinaron analizando siete marcadores genéticos del cromosoma Y, dos SNP (Polimorfismo de Nucleótido Simple) y cinco microsatélites (Secuencias Repetidas en Tándem). La diversidad genética se estimó tipificando 18 microsatélites. Se analizaron los datos con MStools, GenePop y Arlequin. La secuenciación de D-loop mitocondrial permitió detectar seis linajes maternos, que incluían cuatro haplotipos mitocondriales de origen europeo y dos africanos. A través del análisis de los marcadores del cromosoma Y se determinaron tres linajes paternos, dos taurinos y uno cebuino. En el hato del Ceasip, la diversidad alélica (na) fue de 6.11, mientras que la heterocigosidad esperada (He) fue de 0.70 y la observada (Ho) fue de 0.68. Los valores de diversidad genética observada en los bovinos del Ceasip son similares a los estimados para la mayoría de los biotipos del Criollo boliviano (na Yacumeño= 6.82; na Saavedreño= 5.95), siendo los valores promedios para el ganado Criollo boliviano analizados anteriormente de na= 6.39, He= 0.72 y Ho= 0.65. Los análisis de Componentes Principales y de distancia genética mostraron que sería factible intercambiar material genético entre las poblaciones Criollo bolivianas sin pérdida significativa de su diversidad genética.Fil: Pereira, J. A. C.. Universidad Autónoma Gabriel René Moreno; BoliviaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Peña, S.. Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño; BoliviaFil: Liron, Juan Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Instituto de Genética Veterinaria ; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Loza, A. J.. Universidad Autónoma Gabriel René Moreno; BoliviaFil: Posik, Diego Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Instituto de Genética Veterinaria ; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Baudoin, M.. Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño; BoliviaFil: Bomblat, C.. Centro de Ecología Aplicada Simón I. Patiño; Bolivi