Genetic distance among advanced lineages of cotton germplasm using RAPD and microsatellite markers

O objetivo deste trabalho foi selecionar coefi cientes de similaridade para serem aplicados a conjuntos de genótipos de algodoeiro com baixa diversidade genética. Analisou-se um conjunto de 65 linhagens e4 cultivares de algodão, com marcadores de RAPD e SSR, e estimou-se a similaridade genética de acordo com sete coefi cientes de similaridade: Coincidência Simples, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dicee Russel & Rao. A adequação dos coefi cientes ao conjunto de genótipos foi verifi cada por correlação entre as matrizes de distância, índice de consenso entre os dendrogramas e otimização de Tocher. As análises mostraram que o coefi ciente de Russel e Rao foi divergente em relação aos demais e seu uso não é recomendável. Entre os parâmetros usados para avaliar a qualidade de informação de cada coefi ciente, apenas o índice de consenso estabeleceu diferenças e os classifi cou em dois grupos: aquele em que a ausência simultânea é considerada eaquele em que ela é desconsiderada. Considerando-se a presença de apenas dois alelos microssatélites por loco e os maiores índices de consenso, os coefi cientes de Coincidência Simples, Hamman e Rogers & Tanimoto devem ser preferidos, quando em conjuntos de genótipos de algodoeiro melhorados e com baixa diversidade.The objective of this work was to select similarity coefficients to be used among sets of cotton genotypes with low genetic diversity. Sixty-five lineages and four cotton cultivars were analyzed by RAPD and SSR markers; and the genetic similarity was estimated by seven similarity coefficients: Simple Matching, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dice and Russel & Rao. The adequacy of the use of each coefficient to the collected data was verified by correlation between the distance matrices, the consensus index between the dendrograms and the Tocher's optimization method. The coefficient of Russel & Rao was the most divergent, and its use is not recommended. Among the parameters used to estimate the quality of information provided by each coefficient, differences were observed only by the consensus index, which established two groups: one in which simultaneous absence of bands are taken into account, and other in which it is excluded. Considering the presence of only two microsatellite alleles per polymorphic locus and the higher consensus index coefficients, the Simple Matching, Hamman and Rogers & Tanimoto coefficients should be preferred when analyzing cotton elite genotypes with low genetic similarity

In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping

Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 18; Mesoamerican: 69) and between the gene pools (59 SNPs), predominantly on chromosomes 1 and 9. The LD extension estimate corrected for population structure and relatedness (r2 SV) was~88 kbp, while for the Andean gene pool was~395 kbp, and for the Mesoamerican was ~ 130 kbp. Conclusions: For common bean, DArTseq provides an efficient and cost-effective strategy of generating SNPs for large-scale genome-wide studies. The DArTseq resulted in an operational panel of 560 polymorphic SNPs in linkage equilibrium, providing high genome coverage. This SNP set could be used in genotyping platforms with many applications, such as population genetics, phylogeny relation between common bean varieties and support to molecular breeding approaches

Is the information about dengue available on Brazilian websites of quality and reliable?

The objective of the present study was to identify and evaluate the content of information about dengue available on Brazilian websites. Thirty-two websites were selected for the analysis. For the evaluation of the content of information about dengue, a form was prepared with 16 topics grouped in six information blocks: etiology/transmission, vector, control and prevention, disease/diagnosis, treatment and epidemiology. The websites were also evaluated according to the following criteria: authorship, update, language, interactivity, scientific basis and graphic elements. The results showed a predominantly lack of information in relation to the topics analyzed in each information block. Regarding the technical quality of the websites, only 28.1% showed some indication of scientific basis and 34.3% contained the date of publication or of the last update. Such results attested the low reliability of the selected websites. Knowing that the internet is an efficient mechanism for disseminating information on health topics, we concluded that the creation of such mechanisms to disseminate correct and comprehensive information about dengue is necessary in order to apply this useful tool in the prevention and control of the disease in Brazil

Genetic characterization of cotton landraces found in the Paraíba and Rio Grande do Norte states

The objective of this study was to estimate genetic diversity of cotton mocó planted in Paraíba and Rio Grande do Norte using microsatellite markers, since mocó landraces are a valuable source of genetic diversity. A set of 38 accessions - 21 plants from Rio Grande do Norte and 17 from Paraiba - was analyzed using 24 pairs of cotton microsatellite primers, which amplified 20 polymorphic loci. The average inbreeding was 0.432, and was slightly higher in individuals from Paraíba than from Rio Grande do Norte. Genetic diversity (Nei´s unbiased estimator) between individuals from each state’s populations had similar values (HT = 0.327 and 0.302 in Paraíba and Rio Grande do Norte, respectively), indicating that comparable variability has been maintained. Moreover, the proportion of diversity between populations was extremely low (DST = 0.007), but expressive between mesoregions (DST = 0.069). These data led us to conclude that the genetic similarities between populations are high

Distribuição do modo de ocorrência in situ de landraces de algodoeiro Semiárido Brasileiro

O objetivo foi determinar como os algodoeiros mocó (Gossypium hirsutum r. marie galante) são mantidos in situ nos estados do Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte e Paraíba. Essa caracterização foi realizada através de entrevistas com os proprietários das plantas e por meio da análise do ambiente. As coletas foram feitas entre os anos de 2004 a 2005. Um total de 343 plantas foram coletadas, 22 do estado de PB, 47 do Estado do RN, 146 do estado do CE, 40 a partir do estado de MA e 91 do estado do PI. Nos estados de PB e RN só foi encontrado algodão do tipo mocó e nos demais estados, a ocorrência foi de 92%, 62% e 78% no CE, PI e MA, respectivamente. As outras plantas de algodão coletadas eram da espécie G. barbadense. Grande parte dos algodoeiros era de fundo de quintal (45,2%), sendo a maior porcentagem encontrada nos estados do PI e MA. O cultivo predominou no CE; RN em populações selvagens foram as mais frequentes e, na PB, variedades locais. A manutenção de plantas mocó está relacionada, principalmente, ao uso medicinal (20,9%) e para confecção de para lamparinas (29,7%). Poucos habitantes na PB, RN, PI e nenhum no MA realizavam beneficiamento das plantas e o armazenamento das sementes; no entanto, em CE, 40,5% de proprietários afirmaram comercializar a fibra. Verificou-se que a manutenção de espécies é dependente dos hábitos culturais, por conseguinte, a manutenção in situ não é um meio adequado para a conservação dos recursos genéticos. Os esforços devem ser direcionados para a conservação ex situ

Análise do perfil dos orientadores do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (Instituto Federal Goiano – Campus Urutaí – 2011 a 2014)

Este estudo teve como objetivo analisar o perfil de professores orientadores do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC) do Instituto Federal Goiano – Câmpus Urutaí, entre os anos de 2011 e 2014. Para isso, coletou-se dados dos orientadores através da Plataforma Lattes do CNPq. Foram coletadas informações sobre titulação, áreas e linhas de atuação, experiência de orientação, produção cientifica, dentre outros. Na sequência, construiu-se um dendrograma baseado no método de agrupamento de Neighbor Joining, o qual permitiu a identificação de três grupos bem distintos, representativos do perfil de professores orientadores (A, B e C). O grupo A (n=17) compreende aquele em que nenhum professor orientador do PIBIC foi estudante de PIBIC/PIVIC em sua instituição de origem e não possui linhas de pesquisa explicitadas em seu currículo Lattes. O grupo B (n=24), representa o maior percentual de professores que foram estudantes de PIBIC/PIVIC, além de possuírem projetos e áreas de atuação cadastradas no currículo Lattes e serem o grupo com maior número de orientações de estudantes concluídas, assim como maior índice de publicação de resumos nos últimos 4 anos. No entanto, esse grupo compreende a menor porcentagem de professores com doutorado (42%). Já o grupo C (n=26) destaca-se por ter o maior percentual de professores com doutorado, sendo também o grupo que menos orientou estudantes em trabalhos de conclusão de curso e em PIBIC/PIVIC. É possível notar, que este grupo compreende, portanto, professores jovens, recém-doutores, cujas publicações possivelmente sejam resultados de pesquisas de seus estudos em programas de pós-graduação ou de estudos independentes, não vinculados ao PIBIC/PIVIC. Em síntese, pôde-se concluir que o perfil dos orientadores analisados é caracterizado por possuir (1) aproximadamente metade de professores que foram estudantes do PIBIC/PIVIC, (2) projetos cadastrados no Lattes, (3) orientadores-doutores, (4) experiência em orientação de iniciação científica e (5) publicação de pelo menos 5 resumos nos últimos 4 anos. Todavia, apenas 35,9% dos orientadores, possuem pelo menos 5 artigos publicados entre os anos de 2011 a 2014

Distância genética entre linhagens avançadas de germoplasma de algodão com uso de marcadores de RAPD e microssatélites Genetic distance among advanced lineages of cotton germplasm using RAPD and microsatellite markers

O objetivo deste trabalho foi selecionar coeficientes de similaridade para serem aplicados a conjuntos de genótipos de algodoeiro com baixa diversidade genética. Analisou-se um conjunto de 65 linhagens e 4 cultivares de algodão, com marcadores de RAPD e SSR, e estimou-se a similaridade genética de acordo com sete coeficientes de similaridade: Coincidência Simples, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dice e Russel & Rao. A adequação dos coeficientes ao conjunto de genótipos foi verificada por correlação entre as matrizes de distância, índice de consenso entre os dendrogramas e otimização de Tocher. As análises mostraram que o coeficiente de Russel e Rao foi divergente em relação aos demais e seu uso não é recomendável. Entre os parâmetros usados para avaliar a qualidade de informação de cada coeficiente, apenas o índice de consenso estabeleceu diferenças e os classificou em dois grupos: aquele em que a ausência simultânea é considerada e aquele em que ela é desconsiderada. Considerando-se a presença de apenas dois alelos microssatélites por loco e os maiores índices de consenso, os coeficientes de Coincidência Simples, Hamman e Rogers & Tanimoto devem ser preferidos, quando em conjuntos de genótipos de algodoeiro melhorados e com baixa diversidade.The objective of this work was to select similarity coefficients to be used among sets of cotton genotypes with low genetic diversity. Sixty-five lineages and four cotton cultivars were analyzed by RAPD and SSR markers; and the genetic similarity was estimated by seven similarity coefficients: Simple Matching, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dice and Russel & Rao. The adequacy of the use of each coefficient to the collected data was verified by correlation between the distance matrices, the consensus index between the dendrograms and the Tocher's optimization method. The coefficient of Russel & Rao was the most divergent, and its use is not recommended. Among the parameters used to estimate the quality of information provided by each coefficient, differences were observed only by the consensus index, which established two groups: one in which simultaneous absence of bands are taken into account, and other in which it is excluded. Considering the presence of only two microsatellite alleles per polymorphic locus and the higher consensus index coefficients, the Simple Matching, Hamman and Rogers & Tanimoto coefficients should be preferred when analyzing cotton elite genotypes with low genetic similarity