Genetic distance among advanced lineages of cotton germplasm using RAPD and microsatellite markers

Abstract

O objetivo deste trabalho foi selecionar coefi cientes de similaridade para serem aplicados a conjuntos de genótipos de algodoeiro com baixa diversidade genética. Analisou-se um conjunto de 65 linhagens e4 cultivares de algodão, com marcadores de RAPD e SSR, e estimou-se a similaridade genética de acordo com sete coefi cientes de similaridade: Coincidência Simples, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dicee Russel & Rao. A adequação dos coefi cientes ao conjunto de genótipos foi verifi cada por correlação entre as matrizes de distância, índice de consenso entre os dendrogramas e otimização de Tocher. As análises mostraram que o coefi ciente de Russel e Rao foi divergente em relação aos demais e seu uso não é recomendável. Entre os parâmetros usados para avaliar a qualidade de informação de cada coefi ciente, apenas o índice de consenso estabeleceu diferenças e os classifi cou em dois grupos: aquele em que a ausência simultânea é considerada eaquele em que ela é desconsiderada. Considerando-se a presença de apenas dois alelos microssatélites por loco e os maiores índices de consenso, os coefi cientes de Coincidência Simples, Hamman e Rogers & Tanimoto devem ser preferidos, quando em conjuntos de genótipos de algodoeiro melhorados e com baixa diversidade.The objective of this work was to select similarity coefficients to be used among sets of cotton genotypes with low genetic diversity. Sixty-five lineages and four cotton cultivars were analyzed by RAPD and SSR markers; and the genetic similarity was estimated by seven similarity coefficients: Simple Matching, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dice and Russel & Rao. The adequacy of the use of each coefficient to the collected data was verified by correlation between the distance matrices, the consensus index between the dendrograms and the Tocher's optimization method. The coefficient of Russel & Rao was the most divergent, and its use is not recommended. Among the parameters used to estimate the quality of information provided by each coefficient, differences were observed only by the consensus index, which established two groups: one in which simultaneous absence of bands are taken into account, and other in which it is excluded. Considering the presence of only two microsatellite alleles per polymorphic locus and the higher consensus index coefficients, the Simple Matching, Hamman and Rogers & Tanimoto coefficients should be preferred when analyzing cotton elite genotypes with low genetic similarity