Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes

Communication orale, résuméLa diversité microbienne d’un sol est difficile à caractériser. Ceci s’explique par une accessibilité plus ou moins importante des populations au sein d’une matrice hétérogène et structurée, mais aussi par l’incapacité à résoudre une information constituée de 100 000 à 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol. Toutefois, récemment, d’importantes avancées en biologie moléculaire ont permis de mieux caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol in situ et ce sans a priori. Ainsi, la puissance des nouvelles générations de séquençage comme le pyroséquençage permettent de travailler en haut-débit afin d’obtenir plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines de milliers de séquences à partir d’un ADN méta-génomique. De premières études ont déjà été réalisées avec cette technique afin d’aborder la diversité bactérienne des sols. Ces études ont, pour la première fois, permis de quantifier de façon exhaustive la diversité microbienne de sols en termes de richesse spécifique et de démontrer la pertinence, la faisabilité et la robustesse de cette approche. Cette approche est maintenant unanimement reconnue pour sa pertinence et ses potentialités très importantes, et ce afin de déterminer la diversité des microorganismes telluriques. Notre approche consiste en la caractérisation de la diversité taxonomique (bactérienne et fongique) de sols sur des échantillonnages de grande ampleur dans le temps et dans l’espace, avec comme objectifs : (i) de faire un inventaire exhaustif de la diversité microbienne tellurique, (ii) d’évaluer sa distribution spatiale, (iii) de mieux comprendre sa régulation et, (iv) in fine, de pouvoir relier cette diversité en fonctionnement biologique du sol et en services écosystémiques [1-3]. Cependant, l’étude d’un aussi grand nombre d’échantillons va entraîner la production massive de séquences. Ce caractère massif, ainsi que les caractéristiques inhérentes aux séquences obtenues par cette technique requièrent le développement d’outils bioinformatiques adaptés, optimisés et évalués, afin d’analyser rapidement et efficacement ce type de données. Ce nouveau pipeline d’analyse doit tout d’abord être facile d’utilisation et répondre aux attentes des différents utilisateurs, qu’ils soient compétents en bio-informatique, ou novices dans l’analyse de tels jeux de données. Il doit également permettre de gérer un grand nombre de séquences et d’automatiser les grandes étapes d’analyse (prétraitement, filtration, clustérisation, assignation taxonomique, calculs d’indices d’abondance et de diversité, taux de couverture,…). L’ensemble du système devra enfin être transféré sur un serveur de calcul et accessible au travers d’un serveur Web pour être accessible à la collectivité des écologistes microbiens. L’objectif étant de coupler, sur un grand nombre d’échantillons, cette approche avec des mesures d’activités et de faire le lien entre la diversité microbienne et l’aptitude des sols à rendre des services

Inpatient mother-and-child postpartum psychiatric care: factors associated with improvement in maternal mental health.

International audiencePURPOSE: This study assessed the underexplored factors associated with significant improvement in mothers' mental health during postpartum inpatient psychiatric care. METHODS: This study analyzed clinical improvement in a prospective cohort of 869 women jointly admitted with their infant to 13 psychiatric Mother-Baby Units (MBUs) in France between 2001 and 2007. Predictive variables tested were: maternal mental illness (ICD-10), sociodemographic characteristics, mental illness and childhood abuse history, acute or chronic disorder, pregnancy and birth data, characteristics and mental health of the mother's partner, and MBU characteristics. RESULTS: Two thirds of the women improved significantly by discharge. Admission for 25% was for a first acute episode very early after childbirth. Independent factors associated with marked improvement at discharge were bipolar or depressive disorder, a first acute episode or relapse of such an episode. Schizophrenia, a personality disorder, and poor social integration (as measured by occupational status) were all related to poor clinical outcomes. DISCUSSION: Most women improved significantly while under care in MBUs. Our results emphasize the importance of the type of disease but also its chronicity and the social integration when providing postpartum psychiatric care

Rapid response to the M_w 4.9 earthquake of November 11, 2019 in Le Teil, Lower Rhône Valley, France

On November 11, 2019, a Mw 4.9 earthquake hit the region close to Montelimar (lower Rhône Valley, France), on the eastern margin of the Massif Central close to the external part of the Alps. Occuring in a moderate seismicity area, this earthquake is remarkable for its very shallow focal depth (between 1 and 3 km), its magnitude, and the moderate to large damages it produced in several villages. InSAR interferograms indicated a shallow rupture about 4 km long reaching the surface and the reactivation of the ancient NE-SW La Rouviere normal fault in reverse faulting in agreement with the present-day E-W compressional tectonics. The peculiarity of this earthquake together with a poor coverage of the epicentral region by permanent seismological and geodetic stations triggered the mobilisation of the French post-seismic unit and the broad French scientific community from various institutions, with the deployment of geophysical instruments (seismological and geodesic stations), geological field surveys, and field evaluation of the intensity of the earthquake. Within 7 days after the mainshock, 47 seismological stations were deployed in the epicentral area to improve the Le Teil aftershocks locations relative to the French permanent seismological network (RESIF), monitor the temporal and spatial evolution of microearthquakes close to the fault plane and temporal evolution of the seismic response of 3 damaged historical buildings, and to study suspected site effects and their influence in the distribution of seismic damage. This seismological dataset, completed by data owned by different institutions, was integrated in a homogeneous archive and distributed through FDSN web services by the RESIF data center. This dataset, together with observations of surface rupture evidences, geologic, geodetic and satellite data, will help to unravel the causes and rupture mechanism of this earthquake, and contribute to account in seismic hazard assessment for earthquakes along the major regional Cévenne fault system in a context of present-day compressional tectonics

Communautés microbiennes sur les toits végétalisés parisiens

National audienc

Diversité microbienne et matières organiques des sols: vers une meilleure compréhension des interactions

communication orale invitée, résumé et actes en ligneDe tous les éléments chimiques, le carbone (C) constitue l’élément clé pour toutes les formes de vie sur Terre. Le cycle biogéochimique associé est très complexe et comporte des implications majeures pour la fertilité et la structure des sols, la qualité de l’environnement et les changements globaux. Au sein de la biosphère, la principale réserve de C est constituée par les Matières Organiques du Sol (MOS) dont la régulation (stockage vs. déstockage) par l’activité des microorganismes telluriques détermine la balance carbonée des écosystèmes. De nombreux modèles sont disponibles à ce jour pour évaluer la dynamique des MOS et prédire son évolution selon les pratiques agricoles (travail du sol, amendement, fertilisation N…). Toutefois, malgré son rôle central, la composante microbienne n’est actuellement que très insuffisamment prise en compte dans ces modèles. En effet, les microorganismes sont souvent considérés sur la base d’un postulat proposé par Beijerinck (1913) : "tout est partout" ("everything is everywere"), comme des organismes ubiquistes présentant une forte redondance fonctionnelle. A ce titre, les communautés microbiennes apparaissent encore de façon récurrente comme une "boîte noire" fonctionnelle génératrice de flux dont l’intensité ne dépend que de facteurs abiotiques comme la température, l’humidité, le pH…, excluant l’hypothèse que la diversité et la composition des communautés microbiennes ainsi que les interactions trophiques entre les populations puissent jouer un rôle fonctionnel. Ceci s’explique principalement par un manque de connaissances (principalement en raison de verrous méthodologiques) des populations microbiennes impliquées dans les transformations des MOS, mais aussi à un manque de généricité des travaux fondamentaux qui restent encore difficilement transposables à une large gamme d’agro-écosystèmes. Grâce aux efforts réalisés ces 20 dernières années de nombreux outils moléculaires ont été développés pour caractériser in situ et sans a priori la diversité des communautés microbiennes du sol. Ceci offre aujourd’hui de nombreuses opportunités pour aborder le déterminisme de la régulation de la diversité microbienne dans le sol et pour évaluer l’implication de cette diversité dans le fonctionnement du sol, et notamment dans l’évolution des MOS. Les exposés proposés dans cette session sont une illustration des travaux actuellement menés dans ce domaine

Identifier les fonctionnalités des communautés bactériennes du sol. En direct des labos

National audienceLes chercheurs ont mis au point une méthode d’extraction et d’analyse des protéines générées par le métabolisme cellulaire des bactéries du sol (metaprotéome) pour caractériser in situ et sans a priori la structure fonctionnelle et la fonctionnalité des communautés microbiennes indigènes

La métaprotéomique au service du diagnostic environnemental

National audienc