A meta-analysis reveals the environmental and host factors shaping the structure and function of the shrimp microbiota

The shrimp or prawn is the most valuable traded marine product in the world market today and its microbiota plays an essential role in its development, physiology, and health. The technological advances and dropping costs of high-throughput sequencing have increased the number of studies characterizing the shrimp microbiota. However, the application of different experimental and bioinformatics protocols makes it difficult to compare different studies to reach general conclusions about shrimp microbiota. To meet this necessity, we report the first meta-analysis of the microbiota from freshwater and marine shrimps using all publically available sequences of the 16S ribosomal gene (16S rRNA gene). We obtained data for 199 samples, in which 63.3% were from marine (Alvinocaris longirostris, Litopenaeus vannamei and Penaeus monodon), and 36.7% were from freshwater (Macrobrachium asperulum, Macrobrachium nipponense, Macrobranchium rosenbergii, Neocaridina denticulata) shrimps. Technical variations among studies, such as selected primers, hypervariable region, and sequencing platform showed a significant impact on the microbiota structure. Additionally, the ANOSIM and PERMANOVA analyses revealed that the most important biological factor in structuring the shrimp microbiota was the marine and freshwater environment (ANOSIM R = 0.54, P = 0.001; PERMANOVA pseudo-F = 21.8, P = 0.001), where freshwater showed higher bacterial diversity than marine shrimps. Then, for marine shrimps, the most relevant biological factors impacting the microbiota composition were lifestyle (ANOSIM R = 0.341, P = 0.001; PERMANOVA pseudo-F = 8.50, P = 0.0001), organ (ANOSIM R = 0.279, P = 0.001; PERMANOVA pseudo-F = 6.68, P = 0.001) and developmental stage (ANOSIM R = 0.240, P = 0.001; PERMANOVA pseudo-F = 5.05, P = 0.001). According to the lifestyle, organ, developmental stage, diet, and health status, the highest diversity were for wild-type, intestine, adult, wild-type diet, and healthy samples, respectively. Additionally, we used PICRUSt to predict the potential functions of the microbiota, and we found that the organ had more differentially enriched functions (93), followed by developmental stage (12) and lifestyle (9). Our analysis demonstrated that despite the impact of technical and bioinformatics factors, the biological factors were also statistically significant in shaping the microbiota. These results show that cross-study comparisons are a valuable resource for the improvement of the shrimp microbiota and microbiome fields. Thus, it is important that future studies make public their sequencing data, allowing other researchers to reach more powerful conclusions about the microbiota in this non-model organism. To our knowledge, this is the first meta-analysis that aims to define the shrimp microbiota

Gobernanza y gestión del agua en el Occidente de México: la metrópoli de Guadalajara

La disponibilidad de agua como tal no es el problema más importante en la gestión del agua. La incertidumbre se sitúa en la capacidad para implementar sistemas de control, distribución y acceso al agua de una forma equitativa. Garantizar el acceso de agua potable a toda la población no es un problema financiero sino político, un asunto de prioridad .Ahora disponemos de un vasto conocimiento y herramientas aplicables en el campo de la hidrología, biotecnología e ingeniería del agua, pero nuestro entendimiento sobre procesos socioeconómicos, culturales y políticos involucrados en la gestión del agua, sigue siendo limitado. En este libro, desde diferentes ángulos, se analizan formas de gestión del agua, escenarios de gobernanza, conflictos sociales y soluciones de carácter sociopolítico y técnico encaminadas a un manejo más sustentable del agua con posibilidades de ser apropiado socialmente. La obra tiene un fuerte componente con tintes de ecología política alrededor de los conflictos por el agua en la metrópoli de Guadalajara y la cuenca Lerma–Chapala–Santiago, sobre todo en aquellos casos donde coinciden situaciones de deterioro ambiental y formas inadecuadas de desarrollo urbano. En las alternativas que se analizan y proponen, se descubre una rica diversidad que encabezan organizaciones sociales, ciudadanos, actores sociopolíticos, universidades e instituciones con diferentes niveles de impacto, vinculación y trayectorias. Se distinguen escalas y formas de gobernanza del agua a nivel de cuenca, zona metropolitana de Guadalajara, municipios y sistemas hidrográficos (microcuencas y sistemas de abastecimiento), además de revisar estilos de desarrollo urbano asociados al manejo del agua con una perspectiva de análisis y de propuesta.ITESO, A.C

DISTRIBUCIÓN Y CONDICIONES ECOGEOGRÁFICAS DEL BOSQUE RELICTO DE Abies EN ZONAS MONTAÑOSAS DE TAMAULIPAS.

En el noreste de México, el género Abies forma bosques considerados relictos, con distribución sólo reconocida por instancias gubernamentales para el estado de Nuevo León. Dentro del estado de Tamaulipas se conocen cuatro especies de Abies que se encuentran enlistadas por IUCN, pero sólo dos de ellas (A. vejarii y A. guatemalensis) forman bosques, siendo las que se encuentran en categorías mexicanas de protección. El uso herramientas gratuitas de visualización y modelación geoespacial permitió estudiar la distribución relicta de estos bosques tamaulipecos. A través de Puntos de Control en Campo (PCC) se registraron factores ecogeográficos de tres sitios de este bosque, mismos que permitieron establecer características ópticas sobre imágenes de satélite del visualizador Google Earth™. Con los valores de altitud, pendiente y exposición, se obtuvo un primer modelo (de aproximación), usando álgebra booleana con el módulo Spatial Analyst para ArcView 3.2 de ESRI™, que se sobrepuso a las imágenes del visualizador, para ajustarlo y obtener un modelo principal. Este modelo sirvió, a su vez, como auxiliar para encontrar la distribución potencial, ya que primero se buscaron registros de Abies en bases de datos, los cuales se sobrepusieron al modelo principal en Google Earth™, para saber si se encontraban en sitios con características ópticas de bosque similares a los puntos de control; otros puntos fueron agregados sobre el visualizador en lugares donde el INEGI registra la presencia del bosque en Nuevo León. Posteriormente, se obtuvieron los valores para cada una de las variables de BioClim de los diez puntos obtenidos, estableciendo rangos que fueron procesados a través de álgebra booleana; además, se aplicó un análisis de clústers para obtener la similitud bioclimática entre los sitios. La distribución potencial también fue sobrepuesta en Google Earth™ para repetir el proceso de ajuste del modelo y obtener así la distribución real del bosque de oyamel en Tamaulipas. De esta forma, se obtuvo como resultado una superficie potencial de 165.9 Km2, pero la distribución real es de apenas 3.68 Km2, lo que representa menos del 1% del territorio estatal. En los PCCs se presentan condiciones de humedad y temperatura templada todo el año, que son producto de la exposición e inclinación de la ladera, donde la humedad depende de la altitud en los sitios de la Sierra Madre Oriental, y de la cercanía al Golfo de México el bosque de la Sierra de San Carlos, que es la forma de disgregación principal obtenida a través del análisis de similitud. Además de estas condiciones, otros factores han permitido la prevalencia de los bosques en Tamaulipas, principalmente a su aislamiento y acceso difícil, lo que no son aprovechados comercialmente. Algunos lugares de la distribución potencial se encuentran ocupados principalmente por bosques de pino, pero gran parte de la superficie ha sido afectada principalmente por incendios, por lo que presentan chaparrales, matorrales o pastizales inducidos. Por ser un ecosistema aislado y relictual, formado de especies en riesgo y que además no cuenta con protección oficial, puede presentar niveles significativos de fragilidad y vulnerabilidad, especialmente ante las condiciones cambiantes del clima planetario. Conocer su distribución sienta bases para estudios más profundos y estrategias de conservación adecuadas a estos bosques. Finalmente, y a pesar de la limitación de cartografía digital a gran detalle, las herramientas geoespaciales y el método empleado resultaron adecuados para modelar la distribución real del bosque de Abies en el Tamaulipas, siendo más apropiado que el uso de algoritmos de nicho ecológico, debido principalmente a que estos dependen de un elevado número de registros

patrimonio intelectual

Actas de congresoLas VI Jornadas se realizaron con la exposición de ponencias que se incluyeron en cuatro ejes temáticos, que se desarrollaron de modo sucesivo para facilitar la asistencia, el intercambio y el debate, distribuidos en tres jornadas. Los ejes temáticos abordados fueron: 1. La enseñanza como proyecto de investigación. Recursos de enseñanza-aprendizaje como mejoras de la calidad educativa. 2. La experimentación como proyecto de investigación. Del ensayo a la aplicabilidad territorial, urbana, arquitectónica y de diseño industrial. 3. Tiempo y espacio como proyecto de investigación. Sentido, destino y usos del patrimonio construido y simbólico. 4. Idea constructiva, formulación y ejecución como proyecto de investigación. Búsqueda y elaboración de resultados que conforman los proyectos de la arquitectura y el diseño

Proyecto, investigación e innovación en urbanismo, arquitectura y diseño industrial

Actas de congresoLas VII Jornadas de Investigación “Encuentro y Reflexión” y I Jornadas de Investigación de becarios y doctorandos. Proyecto, investigación e innovación en Urbanismo, Arquitectura y Diseño Industrial se centraron en cuatro ejes: el proyecto; la dimensión tecnológica y la gestión; la dimensión social y cultural y la enseñanza en Arquitectura, Urbanismo y Diseño Industrial, sustentados en las líneas prioritarias de investigación definidas epistemológicamente en el Consejo Asesor de Ciencia y Tecnología de esta Universidad Nacional de Córdoba. Con el objetivo de afianzar continuidad, formación y transferencia de métodos, metodología y recursos se incorporó becarios y doctorandos de los Institutos de investigación. La Comisión Honoraria la integraron las tres Secretarias de Investigación de la Facultad, arquitectas Marta Polo, quien fundó y María del Carmen Franchello y Nora Gutiérrez Crespo quienes continuaron la tradición de la buena práctica del debate en la cotidianeidad de la propia Facultad. Los textos que conforman las VII Jornadas son los avances y resultados de las investigaciones realizadas en el bienio 2016-2018.Fil: Novello, María Alejandra. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Repiso, Luciana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Mir, Guillermo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Brizuela, Natalia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Herrera, Fernanda. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Períes, Lucas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Romo, Claudia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Gordillo, Natalia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; ArgentinaFil: Andrade, Elena Beatriz. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño; Argentin

White spot syndrome virus impact on the expression of immune genes and gut microbiome of black tiger shrimp Penaeus monodon

Abstract The gut microbiome plays an essential role in the immune system of invertebrates and vertebrates. Pre and pro-biotics could enhance the shrimp immune system by increasing the phenoloxidase (PO), prophenoloxidase (ProPO), and superoxide dismutase activities. During viral infection, the host immune system alteration could influence the gut microbiome composition and probably lead to other pathogenic infections. Since the JAK/STAT pathway is involved in white spot syndrome virus (WSSV) infection, we investigated the intestine immune genes of STAT-silenced shrimp. During WSSV infection, expression levels of PmVago1, PmDoral, and PmSpätzle in PmSTAT-silenced shrimp were higher than normal. In addition, the transcription levels of antimicrobial peptides, including crustinPm1, crustinPm7, and PmPEN3, were higher in WSSV-challenged PmSTAT-silenced shrimp than the WSSV-infected normal shrimp. Meanwhile, PmSTAT silencing suppressed PmProPO1, PmProPO2, and PmPPAE1 expressions during WSSV infection. The microbiota from four shrimp tested groups (control group, WSSV-infected, PmSTAT-silenced, and PmSTAT-silenced infected by WSSV) was significantly different, with decreasing richness and diversity due to WSSV infection. The relative abundance of Bacteroidetes, Actinobacteria, and Planctomycetes was reduced in WSSV-challenged shrimp. However, at the species level, P. damselae, a pathogen to human and marine animals, significantly increased in WSSV-challenged shrimp. In constrast, Shewanella algae, a shrimp probiotic, was decreased in WSSV groups. In addition, the microbiota structure between control and PmSTAT-silenced shrimp was significantly different, suggesting the importance of STAT to maintain the homeostasis interaction with the microbiota

Observatorio del Poder Legislativo 2018

Observatorio Legislativo tiene como objetivo evaluar el desempeño del Congreso del Estado de Jalisco para construir un diagnóstico del Poder Legislativo, que incida en la vida pública y política del estado. Se hizo un ejercicio de evaluación continua a lo largo del semestre Otoño 2018, en formato de semáforo (negro, rojo, amarillo y verde) con una metodología documental, por medio de leyes locales y solicitudes de información a sujetos obligados. Los resultados de la evaluación han arrojado una calificación poco satisfactoria al Poder Legislativo del Estado de Jalisco, según la evidencia recabada. Se realizaron actividades académicas, específicamente lecturas que abonaron al debate sobre el Poder Legislativo y a discusiones en el salón, que fomentaron la visualización de la teoría en el contexto actual. Para fortalecer la sensibilización de los alumnos con los temas legislativos, se realizaron actividades fuera del ITESO, como fueron la evaluación conjunta con CIMTRA y acudir a las comparecencias para la magistratura de la Sala Superior del Tribunal de Justicia Administrativa en el Congreso del Estado. Finalmente, después de todo lo observado durante el semestre, se realizó por primera vez un foro del Observatorio Legislativo ITESO. El cual en manera de cierre de semestre procuró que se hicieran visibles las problemáticas observadas en la herramienta de evaluación y sentar un precedente, procurando que este foro se repita en generaciones posteriores.ITESO, A.C

Gobernanza y gestión del agua en el Occidente de México: la metrópoli de Guadalajara

La disponibilidad de agua como tal no es el problema más importante en la gestión del agua. La incertidumbre se sitúa en la capacidad para implementar sistemas de control, distribución y acceso al agua de una forma equitativa. Garantizar el acceso de agua potable a toda la población no es un problema financiero sino político, un asunto de prioridad .Ahora disponemos de un vasto conocimiento y herramientas aplicables en el campo de la hidrología, biotecnología e ingeniería del agua, pero nuestro entendimiento sobre procesos socioeconómicos, culturales y políticos involucrados en la gestión del agua, sigue siendo limitado. En este libro, desde diferentes ángulos, se analizan formas de gestión del agua, escenarios de gobernanza, conflictos sociales y soluciones de carácter sociopolítico y técnico encaminadas a un manejo más sustentable del agua con posibilidades de ser apropiado socialmente. La obra tiene un fuerte componente con tintes de ecología política alrededor de los conflictos por el agua en la metrópoli de Guadalajara y la cuenca Lerma–Chapala–Santiago, sobre todo en aquellos casos donde coinciden situaciones de deterioro ambiental y formas inadecuadas de desarrollo urbano. En las alternativas que se analizan y proponen, se descubre una rica diversidad que encabezan organizaciones sociales, ciudadanos, actores sociopolíticos, universidades e instituciones con diferentes niveles de impacto, vinculación y trayectorias. Se distinguen escalas y formas de gobernanza del agua a nivel de cuenca, zona metropolitana de Guadalajara, municipios y sistemas hidrográficos (microcuencas y sistemas de abastecimiento), además de revisar estilos de desarrollo urbano asociados al manejo del agua con una perspectiva de análisis y de propuesta