1-D non periodic homogenization for the seismic wave equation

International audienceWhen considering numerical acoustic or elastic wave propagation in media containing small heterogeneities with respect to the minimum wavelength of the wavefield, being able to upscale physical properties (or homogenize them) is valuable mainly for two reasons. First, replacing the original discontinuous and very heterogeneous medium by a smooth and more simple one, is a judicious alternative to the necessary fine and difficult meshing of the original medium required by many wave equation solvers. Second, it helps to understand what properties of a medium are really ‘seen' by the wavefield propagating through, which is an important aspect in an inverse problem approach. This paper is an attempt of a pedagogical introduction to non- periodic homogenization in 1-D, allowing to find the effective wave equation and effective physical properties, of the elastodynamics equation in a highly heterogeneous medium. It can be extrapolated from 1-D to a higher space dimensions. This development can be seen as an extension of the classical two-scale homogenization theory applied to the elastic wave equation in periodic media, with this limitation that it does not hold beyond order 1 in the asymptotic expansion involved in the classical theory

2-D non-periodic homogenization of the elastic wave equation: SH case

International audienceIn the Earth, seismic waves propagate through 3-D heterogeneities characterized by a large variety of scales, some of them much smaller than their minimum wavelength. The costs of computing the wavefield in such media using purely numerical methods, are very high. To lower them, and also to obtain a better geodynamical interpretation of tomographic images, we aim at calculating appropriate effective properties of heterogeneous and discontinuous media, by deriving convenient upscaling rules for the material properties and for the wave equation. To progress towards this goal we extend our successful work from 1-D to 2-D. We first apply the so-called homogenization method (based on a two-scale asymptotic expansion of the field variables) to model antiplane wave propagation in 2-D periodic media. These latter are characterized by short-scale variations of elastic properties, compared to the smallest wavelength of the wavefield. Seismograms are obtained using the 0th-order term of this asymptotic expansion, plus a partial first-order correction. Away from boundaries, they are in excellent agreement with solutions calculated at a much higher computational cost, using spectral elements simulations in the reference media. We then extend the homogenization of the wave equation, to 2-D non-periodic, deterministic media

2-D non-periodic homogenization to upscale elastic media for P-SV waves

International audienceThe pur pose of this paper is to give an upscaling tool valid for the wave equation in general elastic media. This paper is focused on P–SV wave propagation in 2-D, but the methodology can be extended without any theoretical difficulty to the general 3-D case. No assumption on the heterogeneity spectrum is made and the medium can show rapid variations of its elastic properties in all spatial directions. The method used is based on the two-scale homogenization expansion, but extended to the non-periodic case. The scale separation is made using a spatial low-pass filter. The ratio of the filter wavelength cut-off and the minimum wavelength of the propagating wavefield defines a parameter ε0 with which the wavefield propagating in the homogenized medium converges to the reference wavefield. In the general case, this non- periodic extension of the homogenization technique is only valid up to the leading order and for the so-called first-order cor rector. We apply this non-periodic homogenization procedure to two kinds of heterogeneous media: a randomly generated, highly heterogeneous medium and the Marmousi2 geological model. The method is tested with the Spectral Element Method as a solver to the wave equation. Comparing computations in the homogenized media with those obtained in the original ones shows that convergence with ε0 is even better than expected. The effects of the leading order cor rection to the source and first cor rection at the receivers' location are shown

Equine dermatophytoses

Dermatophytosis (ringworm, tinea) is a skin disease particularly common in horses. It is highly contagious, which explains the frequent outbreaks wherever horses are housed together (stud farms, riding schools, liveries…). Recent molecular analyses of dermatophytes have raised questions on the validity of certain dermatophyte species or varieties previously described as pathogenic for horses based on their phenotypic characteristics. Trichophyton equinum is responsible for most of dermatophytosis cases in horses. This species is very host-specific, and only exceptionally affects other animal species or man. The development of Trichophyton equinum in the skin’s corneum stratum and hairs produces a dry form of ringworm, with moderate inflammation, alopecia, erythema, scaling and generally no pruritus. Clinical signs are highly variable and the risk of confusion with other dermatoses is not negligible. The diagnosis is based on anamnesis, accurate observation of the skin lesions, and the essential laboratory tests (direct examination and fungal culture). Clinical management should combine topical and systemic antifungal drugs. Environmental decontamination is also required, taking into account the spores’ capacity for prolonged survival. Although vaccination is a very promising preventive measure, no vaccine against equine dermatophytoses is currently licensed for use in France.Les dermatophytoses, ou teignes, demeurent des dermatoses particulièrement fréquentes chez les Equidés. L'extrême contagiosité de ces mycoses rend compte de la fréquence des formes cliniques chaque fois que des chevaux sont regroupés (dans les élevages, les centres équestres ou les pensions...). Les dermatophytes pathogènes pour les Équidés ont récemment fait l'objet d'analyses moléculaires qui ont remis en cause la validité de certaines espèces ou de variétés précédemment décrites à partir de caractères phénotypiques. Trichophyton equinum est le dermatophyte responsable de la majorité des cas de dermatophytose équine. Cette espèce présente une étroite spécificité d'hôte et la contamination d'autres espèces animales ou des êtres humains n'est qu'exceptionnellement rapportée. Le développement de Trichophyton equinum dans la couche cornée de la peau et dans les poils est à l'origine d'une teigne sèche dans laquelle l'inflammation est modérée, le prurit le plus souvent absent, avec dépilation, érythème et squamosis. La diversité des formes cliniques est cependant élevée et le risque de confusion avec d'autres dermatoses n'est pas négligeable. Le diagnostic des dermatophytoses équines est fondé sur le recueil de l'anamnèse, l'observation précise des signes cutanés et le recours indispensable aux examens complémentaires (examen direct et culture mycologique). Le traitement doit associer l'application d'antifongiques par voie locale et générale. Par ailleurs, il ne faut pas négliger la décontamination du milieu extérieur, compte tenu de la survie prolongée des spores de dermatophytes. Bien que la vaccination constitue un mode de prévention très prometteur, aucun vaccin anti-dermatophytoses équines n'est actuellement disponible en France

Réception de Monsieur Jacques Guillot le 1er Février 2018

Houin René, Guillot Jacques. Réception de Monsieur Jacques Guillot le 1er Février 2018. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 170 n°5, 2017. pp. 286-288

Equine parasitic andfungalpneumonias : clinical aspects

The prevalence and extent of parasitic and fungal pneumonias in horses remain unknown. Parascaris equorum is common among foals and young horses. As horses are only occasional hosts for Dictyocaulus arnfieldi, their contamination occurs when they are grazing together with donkeys. The severity of the respiratory signs in parasitic pneumonia is variable, and fecal examination is often inconclusive. Such infestations can be treated successfully with anthelmintics. In France, fungal pneumonias are mainly caused by Aspergillus sp in adult horses and by Pneumocystis sp in foals. These pathogens generally develop in immunocompromised patients. Clinical signs are variable and rarely suggestive of fungal pneumonia. Despite treatment with antifungal drugs, the prognosis is often guarded.La prévalence et l'importance des pneumonies parasitaires et fongiques chez le cheval ne sont pas bien connues. Parascaris equorum est un parasite fréquent affectant les poulains et les jeunes chevaux. Les chevaux sont des hôtes occasionnels de Dictyocaulus arnfieldi qui se contaminent lors de pâturage commun avec des ânes. Les signes respiratoires de pneumonies parasitaires sont de sévérité variable et le diagnostic par analyse coprologique est souvent infructueux. L'administration d'un anthelminthique constitue un traitement efficace. En France, les Aspergillus sont les champignons les plus fréquemment impliqués dans les pneumonies fongiques du cheval adulte et les Pneumocystis, dans celles du poulain. Le plus souvent, ces pathogènes prolifèrent chez des patients dont l'immunité est compromise. Les signes cliniques sont variables, rendant la suspicion clinique difficile. Le pronostic est réservé malgré l'administration de molécules antifongiques

Pythiosis in Africa

We report the first case of pythiosis from Africa in an 8-month-old dog with a chronic and ulcerative cutaneous lesion. The etiologic agent belonged to the genus Pythium. Phylogenetic analysis placed the isolate in a sister group to the other P. insidiosum strains. However, the isolate may belong to a new Pythium species

A pilot study of the efficacy of wipes containing chlorhexidine 0.3%, climbazole 0.5% and Tris-EDTA to reduce Malassezia pachydermatis populations on canine skin

BACKGROUND: Wipes containing chlorhexidine and azole derivates have been recommended for veterinary use. No study has been published about their activity against Malassezia pachydermatis. HYPOTHESIS/OBJECTIVES: To evaluate the in vivo and in vitro activity of wipes soaked in a chlorhexidine, climbazole and Tris-EDTA solution against Malassezia pachydermatis. ANIMALS: Five research colony shar-pei dogs. METHODS: Wipes were applied once daily onto the left axilla, left groin and perianal area (protocol A), and twice daily on the right axilla, right groin and umbilical region (protocol B) for 3 days. In vivo activity was evaluated by quantifying Malassezia colonies through contact plates on the selected body areas before and after wipe application. The activity of the solution in which the wipes were soaked was assessed in vitro by contact tests following the European Standard UNI EN 1275 guidelines. RESULTS: Samples collected after wipe application showed a significant and rapid reduction of Malassezia yeast CFU. No significant difference in the Malassezia reduction was found between protocols A and B. In vitro assay showed 100% activity against Malassezia yeasts after a 15 min contact time with the wipe solution. CONCLUSIONS AND CLINICAL IMPORTANCE: Wipes containing chlorhexidine, climbazole and Tris-EDTA substantially reduced the M. pachydermatis population on the skin of dogs. The results, although this was an uncontrolled study performed on a small number of dogs, suggest that these wipes may be useful for topical therapy of Malassezia dermatitis involving the lips, paws, perianal area and skin folds. RÉSUMÉ: CONTEXTE: Des lingettes contenant de la chlorhexidine et des dérivésazolés ont été recommandés en médicine vétérinaire. Aucune étude n'a été publiée sur leur activité contre Malassezia pachydermatis. HYPOTHÈSES/OBJECTIFS: Evaluer l'activité in vivo et in vitro de lingettes imprégnées d'une solution de chlorhexidine, climbazole et Tris-EDTA contre Malassezia pachydermatis. SUJETS: Cinq colonies de shar-pei de recherche. MÉTHODES: Les lingettes ont été appliquées une fois par jour au niveau du pli axillaire gauche, le pli inguinal droit et de la zone périanale(protocole A) et deux fois par joursur le pli axillaire droit, le inguinal droit et l'ombilic (protocole B) pendant 3 jours. L'activité in vivo a été évaluée par quantification des colonies de Malassezia par disques de contact sur les zones corporelles choisies avant et après application des lingettes. L'activité de la solution d'imprégnation des lingettes a été testée in vitro par tests de contact suivant les recommandations de l'European Standard UNI EN 1275. RÉSULTATS: Les échantillons prélevés après application ont montré une diminution importante et rapide des CFU des levures Malassezia. Aucune différence significative dans la diminution des Malassezia n'a été mise en évidence entre les protocoles A et B. Des tests in vitro ont montré 100% d'activité contre les Malassezia après un temps de contact de 15 minutes avec la solution des lingettes. CONCLUSIONS ET IMPORTANCE CLINIQUE: Les lingettes contenant la chlorhexidine, le climbazole et le Tris-EDTA réduisent substantiellement la population de M. pachydermatis sur la peau des chiens. Les résultats, bien qu'il s'agisse d'une étude non contrôlée réalisée sur un faible nombre de chiens, suggère que ces lingettes peuvent être utiles en traitement local de la dermatite à Malassezia des lèvres, des pattes, du périnée et des plis cutanés. RESUMEN: INTRODUCCIÓN: las gasas que contienen clorhexidina y derivados de azol son recomendadas para uso veterinario. No se ha publicado ningún estudio acerca su actividad contra Malassezia paquidermatis. HIPÓTESIS/OBJETIVOS: evaluar la actividad in vivo e in vitro de las gasas con clorhexidina, climbazol y soluciónb Tris-EDTA frente a Malassezia pachydermatis ANIMALES: cinco colonias de investigación de perros Sharpei. MÉTODOS: las gasas se aplicaron una vez al día en la axila izquierda, zona inguinal izquierda, y zona perianal (protocolo A), y dos veces al día en la axila derecha, zona inguinal derecha, y región umbilical (protocolo B) durante tres días. La actividad in vivo se evaluó mediante cuantificación de las colonias de Malassezia en placas de contacto de zonas seleccionadas del cuerpo antes y después de la aplicación de las gasas. La actividad de la solución en las que las gasas se empaparon se evaluó in vitro mediante pruebas de contacto siguiendo los estándares europeos UNI EN 1275. RESULTADOS: las muestras recogidas tras la aplicación de las gasas mostraron una reacción rápida y significativa de las colonias de Malassezia. No hubo significativas en la reducción de Malassezia en los dos protocolos. El ensayo in vitro demostró una actividad del 100% frente a Malassezia tras 15 minutos de contacto con la solución de las gasas. CONCLUSIONES E IMPORTANCIA CLÍNICA: las gasas que contienen clorhexidina, climbazol y Tris-EDTA reducen sustancialmente la población de Malassezia paquidermatis en la piel de perros. Aunque este era un estudio no controlado y desarrollado en un pequeño número de perros, los resultados sugieren que estas gasas pueden ser útiles para la terapia tópica de dermatitis producida por Malassezia en zonas de los labios, almohadillas plantares, y zonas perianales y pliegues de la piel. ZUSAMMENFASSUNG: HINTERGRUND: Feuchttücher, die Chlorhexidinund Azolderivate beinhalten, werden für den veterinärmedizinischen Gebrauch empfohlen. Es gibt keine Studie über ihre Wirkung im Einsatz gegen Malasseziapachydermatis. HYPOTHESE/ZIELE: Eine Evaluierung der in vivo und der in vitro Aktivität dieser Feuchttücher in einer Chlorhexidin, Climbazol und Tris-EDTA Lösung gegen Malasseziapachydermatis. TIERE: Fünf Shar-Peis aus einer Versuchstierkolonie. METHODEN: Die Feuchttücher wurden einmal täglich in der linken Achsel, in der linken Inguinalgegend und perianal (Protokol A) angewendet, und zweimal täglich in der rechten Achsel, in der rechten Inguinalgegend und umbilikal (Protokol B); beide Protokolle wurden 3 Tage lang durchgeführt. Die in vivo Aktivität wurde durch die Quantifizierung von Malassezienkolonien durch Kontaktplatten an den ausgewählten Körperstellen vor und nach Verwendung der Feuchttücher beurteilt. Die Aktivität der Lösung, in der die Feuchttücher getaucht waren, wurde in vitro mittels Kontakttest, den European Standard UNI EN 1275 Richtlinienfolgend, beurteilt. ERGEBNISSE: Die Proben, die nach Anwendung der Feuchttücher genommen wurden, zeigten eine signifikante und rasche Abnahme der Malassezienhefen CFU. Zwischen den Protokollen A und B wurden keine signifikanten Unterschiede bei der Reduktion der Malassezien gefunden. Der in vitro Test zeigte nach einer 15 minütigen Kontaktzeit mit der Feuchtlösung eine 100%ige Wirkung gegen Malassezien. SCHLUSSFOLGERUNGEN UND KLINISCHE BEDEUTUNG: Feuchttücher, die Chlorhexidin, Climbazol und Tris-EDTA enthalten, reduzierten die M. pachydermatisPopulation auf der Haut der Hunde signifikant. Obwohl es sich um eine unkontrollierte Studie handelte, die an einer kleinen Zahl von Hunden durchgeführt wurde, weisen die Ergebnisse darauf hin, dass diese Feuchttücher für eine topische Behandlung der Malasseziendermatitis der Lippen, der Pfoten, der Perianalgegend und der Hautfaltennützlich sein könnten. [Image: see text] [Image: see text

Ecological implications of pedogenesis and geochemistry of ultramafic soils in Kinabalu Park (Malaysia)

In Sabah, Malaysia, ultramafic rock outcrops are widespread (totalling 3500 km2, one of the main outcrops in the tropical zone), and predominantly of the peridotite type. However, strongly serpentinised peridotite is also locally common, particularly along fault lines in the Mt. Kinabalu area. This study aimed to determine the extent of chemical variation in ultramafic soils in relation to the degree of serpentinisation and the weathering intensity, and consequent potential ecological implications linked to resulting soil chemical fertility. It was hypothesized that young soils and soils derived from bedrock with a significant degree of serpentinisation strongly differ from typical Geric Ferralsols and result in soil chemistries with more adverse properties to plant life (e.g. low availability of the essential nutrients N, P, K and Ca and high concentrations of potentially phytotoxic Mg and Ni). Ultramafic soil diversity linked to the age of the soil or the degree of serpentinisation would thus be a main factor of plant diversity and distribution. The diverse topography of Kinabalu Park (ultramafic soils present between 400 and 2950 m asl) has given rise to high pedodiversity with the broad overall ultramafic soil types being: (i) deep laterite soils (Geric Ferralsols); (ii) moderately deep montane soils (Dystric Cambisols) with mor humus; (iii) shallow skeletal soils at high altitude (Eutric Cambisols Hypermagnesic); and (iv) bare serpentinite soils (Hypereutric Leptosols Hypermagnesic) at low altitude (200–700 m asl). Leptosols on serpentinite and Eutric Cambisols have the most extreme chemical properties in the whole Kinabalu Park area both with very high Mg:Ca molar quotients, with either high available Ni (Cambisols) or high pH (Leptosols). These soils host specific and adapted vegetation (high level of endemism) that tolerates geochemical peculiarities, including Ni hyperaccumulators. Geric Ferralsols present far less chemical constraints than Hypermagnesian Cambisols soils to the vegetation and host a tall and very diverse rainforest, not so different than that on non-ultramafic soils. It therefore appears that altitude, soil age and degree of bedrock serpentinisation are the main determining factors of soil properties: the qualifier “ultramafic” alone is not sufficient to define soil geochemical and ecological conditions in the Kinabalu Park area, probably more than in any other ultramafic region in the world

Reins polykystiques observés chez des Cyprinidés d'un étang de l'Eure

Besse P., Levaditi J.-C., Destombes P., Nazimoff O., Guillot Jacques. Reins polykystiques observés chez les Cyprinidés d'un étang de l'Eure. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 112 n°7, 1959. pp. 421-426