Correlations between polymorphisms in genes coding elements of dopaminergic pathways and body mass index in overweight and obese women

Wstęp: Dopamina jest uważana za kluczowy związek w regulacji łaknienia, przyjmowaniu pokarmów, uzależnienia od leków oraz w stymulacji elektrycznej mózgu. Zwiększony poziom dopaminy obserwuje się po posiłkach w grzbietowej części prążkowia. W brzusznej części nakrywki dopamina odpowiada za motywację. Naturalny poziom synaptyczny dopaminy wynika z gęstości receptorów, ilości uwolnionego neurotransmitera oraz efektywności działania systemu wychwytu zwrotnego. W niniejszym badaniu poddano analizie korelację wartości BMI z polimorfizmem genu DRD4 oraz polimorfizmu SLC6A3. Materiał i metody: Wybrane fragmenty genu były zwielokratniane przy pomocy reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR, polymerase chain reaction) z DNA uzyskanego od 506 kobiet. Produkty zwielokrotnienia były poddawane elektroforezie. Wyniki genotypowania analizowano za pomocą testu Kruskal-Wallis (P < 0,05). Wyniki: Analizując wyniki korelacji polimorfizmu SLC6A3 istotne statystycznie różnice w zakresie wartości BMI dotyczyły jedynie kobiet otyłych (P < 0,05), nie potwierdzając się wśród kobiet z prawidłową i nadmierną masą ciała. Średnia wartość BMI była wyższa w przypadku genotypu SS, niż w zakresie rozważanych łącznie genotypów LL i LS. Różnice średnich wartości BMI w kontekście polimorfizmu DRD4 były istotne w całej analizowanej populacji. Wyższa wartość BMI korelowała z obecnością wariantu 7 i więcej powtórzeń motywu 48 par zasad. Wnioski: Prowadząc analizę łącznie korelacji z BMI dla obu polimorfizmów, istotność stawała się większa niż dla poszczególnych genów. Taka sytuacja może dowodzić, iż wpływ polimorfizów obu badanych genów mogą się kumulować i prowadzić do obniżenia działania dopaminergicznego układu nagrody. (Endokrynol Pol 2013; 64 (2): 101&#8211;107)Introduction: Dopamine is considered to be crucial for food craving and intake, drug abuse and electrical brain stimulation. Increased levels of dopamine occur after energy intake in the dorsal striatum. In the ventral tagmental area, dopamine is responsible for motivation. There is a natural synaptic dopamine level, and as a result its activity is controlled by density of receptors, amount of released neurotransmitter, and defectiveness of re-uptake by specific transporters. In our study, we wanted to investigate if there is a correlation between mean BMI values and VNTR polymorphisms in SLC6A3 (rs28363170) and DRD4 genes. Material and methods: Chosen gene fragments were amplified using polymerase chain reaction on the DNA template obtained from 506 women. The products of the reaction were electrophoresed and visualised in 3% agarose gel. The genotyping data was analysed with Kruskal-Wallis tests (p < 0.05). Results: In the case of SLC6A3, statistically significant differences in mean BMI were found in the group of obese women (p < 0.05) but not for the whole population of women with normal weight or with overweight (p > 0.05). The mean BMI was higher for the SS genotype than for combined LL and LS genotypes. The difference in mean BMI values for variants of DRD4 was significant for the whole studied population and in the obese group (p > 0.05), and the higher value was correlated with the presence of a variant with seven or more repeats of 48 bp motif. Conclusions: When the two analysed polymorphisms were combined, the spread between the mean BMI values became greater than for single genes. This suggests that the effect on body mass of these two polymorphisms may combine and cause hypo-functionality of the dopaminergic reward system. (Endokrynol Pol 2013; 64 (2): 101&#8211;107

Mass Spectrometry of RNA-Binding Proteins during Liquid-Liquid Phase Separation Reveals Distinct Assembly Mechanisms and Droplet Architectures

Liquid-liquid phase separation (LLPS) of hetero-geneous ribonucleoproteins (hnRNPs) drives the formation of membraneless organelles, but structural information about their assembled states is still lacking. Here, we address this challenge through a combination of protein engineering, native ion mobility mass spectrometry, and molecular dynamics simulations. We used an LLPS-compatible spider silk domain and pH changes to control the self-assembly of the hnRNPs FUS, TDP-43, and hCPEB3, which are implicated in neurodegeneration, cancer, and memory storage. By releasing the proteins inside the mass spectrometer from their native assemblies, we could monitor conformational changes associated with liquid-liquid phase separation. We find that FUS monomers undergo an unfolded-to-globular transition, whereas TDP-43 oligomerizes into partially disordered dimers and trimers. hCPEB3, on the other hand, remains fully disordered with a preference for fibrillar aggregation over LLPS. The divergent assembly mechanisms revealed by ion mobility mass spectrometry of soluble protein species that exist under LLPS conditions suggest structurally distinct complexes inside liquid droplets that may impact RNA processing and translation depending on biological context

“Hotfix” patch management software system for the dynamic applications' repair

Wraz ze wzrostem zapotrzebowania na oprogramowanie ulega przekształceniom także proces jego wytwarzania. W nowych gałęziach gospodarki coraz powszechniejsze staje się wykorzystywanie dostępnych rozwiązań informatycznych, co przyczyniło się do zacieśnienia współpracy między zespołem deweloperskim a osobami reprezentującymi inne branże oraz rozumiejącymi specyficzne wymagania biznesowe. Zaowocowało to znacznym skróceniem czasu między wydaniami kolejnych wersji programu, ale również częstymi zmianami wymagań i koniecznością radzenia sobie z błędami wykrytymi tuż po udostępnieniu jego nowej wersji.Naprawę tego typu defektów umożliwiają poprawki typu hotfix. W ramach projektu licencjackiego realizowanego w firmie Chatham Financial Europe, Ltd Sp. z o.o na jej własne potrzeby, powstała aplikacja internetowa o nazwie FuegoFixer, która pozwala użytkownikowi na automatyzację zgłoszenia tego typu poprawki, śledzenie postępu prac nad nią oraz weryfikację kompletności poszczególnych etapów, niwelując tym samym negatywne skutki manualnej obsługi zgłoszonych poprawek. Praca licencjacka zawiera szczegółowy opis wdrożenia tych rozwiązań. Obejmuje ona ponadto szereg przykładów zastosowania systemu programowego do zarządzania poprawkami.Along with the growing demand for the software, the process of its development also evolves. New branches of economy tend to use available IT solutions more and more often, which contributes to closer cooperation between the development team and people representing other industries, who better understand specific business requirement. This results in a significant reduction of time between subsequent releases of the software, but also leads to frequent changes in the requirements and creates the necessity of dealing with errors identified shortly after the newest release.Dealing with this type of defects is done through so called hotfixes. This bachelor's degree project, carried out at Krakow office of Chatham Financial Europe, Ltd Sp. z o.o., focused on development of FuegoFixer web application, which allows user to automate the reporting of the mentioned hotfixes, track progress of solving the problem and verify the completeness of each step, thus eliminating the negative effects of manual handling of these processes. The bachelor's thesis contains a detailed description of the implementation of abovementioned solutions. It also includes a number of examples of the use of developed patch management software

Effect of Crossing C57BL/6 and FVB Mouse Strains on Basal Cytokine Expression

C57BL/6 is the most often used laboratory mouse strain. However, sometimes it is beneficial to cross the transgenic mice on the C57BL/6 background to the other strain, such as FVB. Although this is a common strategy, the influence of crossing these different strains on homeostatic expression of cytokines is not known. Here we have investigated the differences in the expression of selected cytokines between C57BL/6J and C57BL/6JxFVB mice in serum and skeletal muscle. We have found that only few cytokines were altered by crossing of the strains. Concentrations of IL5, IL7, LIF, MIP-2, and IP-10 were higher in serum of C57BL/6J mice than in C57BL/6JxFVB mice, whereas concentration of G-CSF was lower in C57BL/6J. In the skeletal muscle only the concentration of VEGF was higher in C57BL/6J mice than in C57BL/6JxFVB mice. Concluding, the differences in cytokine expression upon crossing C57BL/6 and FVB strain in basal conditions are not profound

Mass Spectrometry of RNA-Binding Proteins during Liquid-Liquid Phase Separation Reveals Distinct Assembly Mechanisms and Droplet Architectures

Liquid-liquid phase separation (LLPS) of hetero-geneous ribonucleoproteins (hnRNPs) drives the formation of membraneless organelles, but structural information about their assembled states is still lacking. Here, we address this challenge through a combination of protein engineering, native ion mobility mass spectrometry, and molecular dynamics simulations. We used an LLPS-compatible spider silk domain and pH changes to control the self-assembly of the hnRNPs FUS, TDP-43, and hCPEB3, which are implicated in neurodegeneration, cancer, and memory storage. By releasing the proteins inside the mass spectrometer from their native assemblies, we could monitor conformational changes associated with liquid-liquid phase separation. We find that FUS monomers undergo an unfolded-to-globular transition, whereas TDP-43 oligomerizes into partially disordered dimers and trimers. hCPEB3, on the other hand, remains fully disordered with a preference for fibrillar aggregation over LLPS. The divergent assembly mechanisms revealed by ion mobility mass spectrometry of soluble protein species that exist under LLPS conditions suggest structurally distinct complexes inside liquid droplets that may impact RNA processing and translation depending on biological context