A tecnologia de microarranjos na identificação de genes de interesse na bovinocultura.

Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os quais podem ser usados no desenvolvimento de métodos para a seleção de genótipos superiores dentro dos programas de Melhoramento Genético. Esse é um dos motivos de sua adoção em um dos projetos que compõe a carteira dos Macroprogramas da Embrapa, o MP1 Rede Genômica Animal. Assim, esta publicação tem como propósito posicionar o leitor a respeito da contribuição que a tecnologia de microarranjos de expressão tem trazido com respeito à identificação de genes e processos biológicos que atuam na manifestação de características de interesse econômico, em especial na bovinocultura. Além disso, pretende despertar o interesse da comunidade científica para uma área que ainda demanda muita pesquisa e à qual a Embrapa Informática Agropecuária tem dedicado um grande esforço: a análise dos dados gerados dos experimentos com microarranjos da Rede Genômica Animal.bitstream/item/32169/1/doc111.pd

Utilização da metodologia WGCNA na construção de redes gênicas e identificação de mecanismos envolvidos na resposta de vacas à mastite.

Tendo em vista a importância da predição das funções biológicas de genes ainda não caracterizados e da identificação de redes gênicas, esse trabalho teve por objetivo implantar uma metodologia baseada em co-expressão para análise dos dados gerados nos experimentos de microarranjos da Rede Genômica Animal. Nesse trabalho, dados de um experimento com microarranjos da Embrapa Gado de Leite, realizado para se identificar genes e mecanismos biológicos envolvidos na resposta de vacas leiteiras a infecção por microorganismos causadores da mastite foram utilizados

Construção de um pipeline para identificação e análise de CNVs utilizando dados de chips de genotipagem de SNPs.

O objetivo desse estudo foi construir um pipeline de bioinformática para a identificação e análise de CNVs a partir dos dados gerados pelos chips de genotipagem de SNPs da plataforma Illumina, o qual tem sido largamente utilizado na genotipagem de rebanhos bovinos da Embrapa

Identificação de CNVs em bovinos Canchim, a partir de dados de gentipagem de SNPs com chips de alta densidade.

O objetivo desse estudo foi utilizar uma ferramenta open source, o CNstream (ALONSO et al., 2010), para a identificação de CNVs a partir de dados de genotipagem de bovinos por meio de chips de SNPs da plataforma Illumina. Foram utilizados dados de 400 animais (bovinos Canchim), participantes de um programa de melhoramento da Embrapa Pecuária Sudeste, genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina)

Identificação de polimorfismos no gene da leptina bovina.

O objetivo desse trabalho foi identificar a existência de polimorfismos de conformação de cadeia simples (SSCP) e de tamanho de fragmentos de restrição (RFLP) em regiões do gene da leptina amplificadas por reação em cadeia da polimerase (PCR) de bovinos de corte pertencentes a três grupos genéticos terminados em confinamento.bitstream/CPAF-RO-2010/13292/1/cot336-leptina-bovina.pd

Marcadores moleculares na bovinocultura de corte.

A pecuária de corte no Brasil ainda está em busca de melhores índices em termos de produtividade e precocidade do rebanho. A grande esperança para o melhoramento genético mais eficaz e mais rápido das raças zebuínas, em especial a Nelore, está aliada aos resultados obtidos com a genética molecular, a qual vem se estabelecendo cada vez mais nos centros de pesquisas. O desenvolvimento de técnicas moleculares surge Marcadores moleculares na bovinocultura de corte como uma ferramenta a mais a ser utilizada na análise genética visando o aprimoramento de características de interesse econômico. Apesar da grande notoriedade, os conceitos sobre marcadores moleculares ainda são pouco conhecidos pela grande maioria dos atores envolvidos com a pecuária de corte nacional. Esta é uma revisão organizada em forma de perguntas e respostas, as quais visam definir marcadores moleculares, esclarecer como os mesmos são detectados em laboratório e explicar como os resultados de pesquisa podem ser aplicados para aprimorar o desempenho de bovinos, com ênfase naqueles destinados à produção de carne

Um modelo computacional para estudar a influência dos anticorpos na manutenção da memória imunológica.

Este artigo apresenta um modelo computacional para estudar a evolução temporal do repertório clonal, incluindo populações de anticorpos. O modelo proposto também foi utilizado para estudar o comportamento da memória imunológica quando populações antigênicas são inoculadas aleatoriamente para simular um processo de mutação viral. Os resultados das simulações realizadas sugerem que um decréscimo na produção de anticorpos favorece a manutenção global da memória imunológica. O modelo aqui exposto permite representar a geração, manutenção e regulação da memória imunológica de uma forma mais completa, através de uma rede de memória, que combina as características da teoria de seleção clonal de F. M. Burnet e a hipótese de rede de N. K. Jerne, considerando somente interações idiotípicas–anti-idiotípicas.bitstream/item/17764/1/cnptiabp_21.pd

Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim.

A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários.CIIC 2012. No 12604

Utilização da plataforma Galaxy na análise de dados de RNAseq.

Este trabalho teve como objetivo avaliar a plataforma Galaxy na análise de dados de RNA-seq, uma metodologia de sequenciamento de transcritos (moléculas de RNAm) que utiliza as novas tecnologias de sequenciamento (NTS)

Proposta de utilização de mineração de textos para análise e priorização de genes candidatos de interesse para a agricultura.

RESUMO: Neste artigo é apresentado um projeto para utilização de técnicas de mineração de textos para análise e priorização de genes candidatos em experimentos de varredura genômica, visando a inclusão de novos genes em programas de melhoramento animal e vegetal. Embora no presente estágio do projeto, os resultados ainda sejam preliminares, é apresentado um experimento que demonstra como a descrição da função biológica de genes pode ser capturada a partir de textos que descrevem sua função biológica, que é o primeiro passo no sentido de comparar genes funcionalmente, visando priorizá-los segundo um critério específico.SBIAgro 2011