Introduction

Introduction Enjeu majeur de nos sociétés contemporaines, la compréhension des modes vie et des modes d’habiter des générations successives de personnes âgées apparaît comme un levier d’action permettant de répondre aux besoins de cette frange croissante de la population et aux contraintes qui s’imposent en termes d’habitats pensés pour et par les aînés. Depuis les années 2000, les réflexions sur l’articulation entre l’habitat et..

Radiomique de l’imagerie par résonnance magnétique (IRM) multiparamétrique pour la prédiction de la réponse pathologique complète chez les femmes traitées par chimiothérapie néoadjuvante d’un cancer du sein triple négatif

Purpose: We studied the performance of pre-therapeutic radiomic MRI analysis in order to predict the full pathological response in women treated with neoadjuvant chemotherapy for triple negative breast cancer. Materials and methods : That monocentric retrospective study concerned 76 female patients that benefited from MRI in our centre before neo-adjuvant chemotherapy, between January 2007 and June 2017. The analysis of tumoral and ipsilateral mammary parenchymal was realized on T1, T2, diffusion and dynamic T1 sequences after injection of gadolinium. The initial radiom was made of 342 characteristics describing the shape, the size, the greyscale distribution and the texture of the segmented region. For each tumoral lesion, the tumor and the parenchyma were segmented independently and were analyzed with a radiomic analysis. Moreover, several combinations of radiomic analysis were realized based on the 4 different sequences (T1 weighting, T2 weighting, diffusion and dynamic with gadolinium injection weighting). The main purpose was to predict the full pathological response on the excised tissues. Results: Radiomic MRI could predict the response to chemotherapy with an average of AUC value of 0.75. Several models were analyzed and the best result was the one with T1, T2 and dynamic sequences centered on the tumor. The addition of tumoral diffusion did not produce better results. Conclusion: That study demonstrates that pre-therapeutic radiomic MRI analysis can be useful as a biomarker in order to predict the full pathological response amongst female patients diagnosed with triple negative breast cancer and treated with neo-adjuvant chemotherapy.Objectif : Nous avons étudié les performances de l’analyse radiomique de l’IRM pré thérapeutique pour prédire la réponse pathologique complète chez les femmes traitées par chimiothérapie néoadjuvante d’un cancer du sein triple négatifs. Matériel et méthodes : Cette étude rétrospective monocentrique a porté sur 76 patientes ayant bénéficiées d’une IRM dans notre centre avant chimiothérapie néoadjuvante entre janvier 2008 et juin 2017. L’analyse radiomique tumoral et du parenchyme mammaire homolatéral a été réalisée sur les séquences T1, T2, diffusion et T1 dynamique après injection de gadolinium. Le radiome initial est constitué de 342 caractéristiques décrivant la forme, la taille, la distribution en niveau de gris et la texture de la région segmentée. Pour chaque lésion tumorale, la tumeur ainsi que le parenchyme ont été segmentés indépendamment et ont fait l’objet d’une analyse radiomique. Le but était de prédire la réponse pathologique complète sur la pièce opératoire. Résultats : La radiomique IRM a permis de prédire la réponse à la chimiothérapie avec une AUC moyenne de 0.75. Plusieurs modèles ont été analysés et le plus performant a été celui regroupant les séquences T1, T2 et dynamique centrées sur la tumeur. L’ajout de la diffusion tumoral ne permettait pas d’obtenir de meilleurs résultats. Conclusion : Cette étude démontre que l’analyse radiomique de l’IRM pré thérapeutique peut être utile en tant que biomarqueur pour prédire la réponse pathologique complète chez les patientes traitées par chimiothérapie néoadjuvante d’un cancer du sein triple négatifs

Les réseaux, principes fondamentaux

International audienc

Les réseaux, principes fondamentaux

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Using MALDI-TOF spectra in epidemiological surveillance for the detection of bacterial subgroups with a possible epidemic potential

International audienceAbstract Background For the purpose of epidemiological surveillance, the Hospital University Institute Méditerranée infection has implemented since 2013 a system named MIDaS, based on the systematic collection of routine activity materials, including MALDI-TOF spectra, and results. The objective of this paper is to present the pipeline we use for processing MALDI-TOF spectra during epidemiological surveillance in order to disclose proteinic cues that may suggest the existence of epidemic processes in complement of incidence surveillance. It is illustrated by the analysis of an alarm observed for Streptococcus pneumoniae. Methods The MALDI-TOF spectra analysis process looks for the existence of clusters of spectra characterized by a double time and proteinic close proximity. This process relies on several specific methods aiming at contrasting and clustering the spectra, presenting graphically the results for an easy epidemiological interpretation, and for determining the discriminating spectra peaks with their possible identification using reference databases. Results The use of this pipeline in the case of an alarm issued for Streptococcus pneumoniae has made it possible to reveal a cluster of spectra with close proteinic and temporal distances, characterized by the presence of three discriminant peaks (5228.8, 5917.8, and 8974.3 m/z) and the absence of peak 4996.9 m/z. A further investigation on UniProt KB showed that peak 5228.8 is possibly an OxaA protein and that the absent peak may be a transposase. Conclusion This example shows this pipeline may support a quasi-real time identification and characterization of clusters that provide essential information on a potentially epidemic situation. It brings valuable information for epidemiological sensemaking and for deciding on the continuation of the epidemiological investigation, in particular the involving of additional costly resources to confirm or invalidate the alarm. Clinical trials registration NCT03626987

Prediction of pathologic complete response of neoadjuvant chemotherapy for early triple negative breast cancer using pre-therapeutic MRI

International audienceA total of 76 patients were enrolled in this retrospective monocentric study. All patients had a non-metastatic triple negative breast cancer and underwent a pre-therapeutic MRI protocol (T1-weighted, T2-weigthed, diffusion-weighted and dynamic-contrast-enhanced imaging) before a neoadjuvant chemotherapy. Results of radiomic analyses based on multiple contrast images and using 3 classifiers (support vector machine, Random forest and multilayer perceptron) were leading to a relative interest of using a combination of features extracted from DCE-MRI, T1W and T2W in the aim to predict responders and non-responders

Evaluating the Clinical Burden and Mortality Attributable to Antibiotic Resistance: The Disparity of Empirical Data and Simple Model Estimations

International audienceGiven the proliferation of cataclysmic predictions about antibiotic resistance, cases of which are estimated to amount to 12 500 per year in France, we herein decided to compare the empirical clinical microbiology data from our institution with estimates and predictions from 10 major international scientific articles and reports. The analysis of 7 years of antibiotic resistance data from 10 bacterial species and genera of clinical interest from our institution identified no deaths that were directly attributable to extremely drug-resistant bacteria. By comparing our observations to the 10 articles and reports studied herein, we concluded that their results lack empirical data. Interventions are urgently needed to significantly reduce both mortality and the healthcare costs associated with bacterial infections, including the implementation of local and national laboratory data-based surveillance systems for the routine surveillance of antibiotic resistance that would be helpful for a better understanding of how to manage antibiotic-resistant bacteria in the future

Communications organisationnelles: Comprendre et discuter les propositions théoriques de Christian Le Moënne : un corpus de textes de 1994 à 2016

International audienceIntroductionL’ouvrage que nous vous proposons est issu d’une idée simple : les transformations de l’université, les modes d’organisation de la production scientifique, des communications et publications permettent mal aujourd’hui le débat et la discussion dans les champs disciplinaires. Les développements des organisations scientifiques collectives (congrès, journées d’études, revues, ouvrages) s’ils « rassemblent » les membres, sont pris dans les exigences actuelles de publication, donc l’augmentation du nombre d’interventions, d’ateliers parallèles, d’articles au détriment des organisations de la dispute et de l’échange nécessaire. C’est vrai aussi pour les chercheurs en « communications organisationnelles ». Pourtant, certes, les collègues poursuivent leurs efforts pour faire avancer perspectives théoriques et méthodologiques dans un monde qui change. Mais nos métiers, qui évoluent aussi, nous laissent de moins en moins de temps de nous lire et de nous écouter…C’est ainsi qu’est né notre projet de s’arrêter et de lire un – un seul – « auteur », et de mettre collectivement en discussion son approche.Dans le champ des communications organisationnelles, notre choix de travailler la production scientifique de Christian Le Moënne est lié à plusieurs raisons. C’est d’abord un initiateur qui a aidé à l’émergence d’un champ scientifique qui n’était pas ou peu « reconnu » au moment où certains ont cherché à le faire exister (1995), un champ qui n’était pas forcément « clair » (qu’est-ce que les communications organisationnelles ?) … et qui est peut-être encore maintenant en construction. Ensuite, nous sommes ici devant une vingtaine d’années de productions (la plupart publiées), connues ou mal connues, peu lues : CLM est plus connu comme organisateur et discutant, un « ténor » à la présence forte durant toutes ces années, et dont tout le monde finit par connaître la « petite musique », les thèmes et items de ses interventions. Enfin car nous avions la conviction qu’il y a chez ce collègue une vraie ambition théorique et une présence continue dans des publications visibles (les revues majeures du champ) qu’il était important de clarifier, « ramasser » pour les générations de chercheurs les plus jeunes.Cet ouvrage est donc une tentative pour trouver une forme écrite de la discussion. Plus ou moins aboutie, le lecteur jugera. Notre cahier des charges collectif : expliciter un univers théorique en le prenant chacun par un bout (des chapitres thématisés) puis discuter, dire les apports ou les impasses, les adaptations pour tous ceux qui ont accompagné le développement de ce champ scientifique (la communication organisationnelle au sein des Sciences de l’Information et de la Communication).Autre volonté, autre portée politique de nos choix éditoriaux : nous avons voulu auto-éditer cet ouvrage collectif. C’est un choix de lectorat et de pratiques de lecture : nous souhaitons que l’ouvrage soit accessible, par son prix et son mode de lecture fragmentable, aux étudiants (master, en cours de thèse) et aux collègues enseignants chercheurs de la communauté et éviter les écueils éditoriaux. Cela nous permet une liberté « rare » mais fondamentale dans la production et la diffusion des idées. Cette forme nous permet de n’avoir pas donné de limites de pages ou de caractères mais de prendre l’espace et le temps nécessaires pour développer les idées des auteurs ; cela nous permet également la liberté d’éclairer et discuter le travail d’un auteur en particulier.C’est une liberté, de faire, de discuter, puis pour le lecteur d’y accéder, une liberté certaine que nous avons prise, ce sans quoi, une telle production n’aurait pas été possible. C’est donc une autre forme, une autre philosophie de production que celle de l’ouvrage édité chez les éditeurs commerciaux coutumiers de nos travaux. Ce travail a couru sur une longue plage de temps, nous ne voulions pas forcément installer une norme fixe (le nombre de signes), nous souhaitions des allers-retours de lecture pour que la discussion soit ouverte pour chacun, nous souhaitions une responsabilité finale pour chaque contributeur et le sentiment d’un travail mené à son terme, non contraint et abouti.Comment avons-nous procédé ?Nous avons commencé par construire un corpus, d’une période allant de 1994 (HDR) à 2016 en nous centrant premièrement sur les textes accessibles, en ligne et en open accès de CLM. Parmi tous les textes que nous connaissions de lui ou qui faisaient l’objet d’une référence par notre auteur lui-même et qu’il était nécessaire d’ajouter à notre corpus source pour avoir une lecture et une compréhension la plus complète possible, ainsi nous avons établi une bibliographie restreinte de 26 textes, cherché à recueillir le maximum de ces documents, dont certains ne se sont pas révélés « accessibles » mais que nous nous sommes procurés. Cette bibliographie est indiquée en fin d’introduction en annexe 1, avec les régimes d’accessibilité de ces textes

Communications organisationnelles: Comprendre et discuter les propositions théoriques de Christian Le Moënne : un corpus de textes de 1994 à 2016

International audienceIntroductionL’ouvrage que nous vous proposons est issu d’une idée simple : les transformations de l’université, les modes d’organisation de la production scientifique, des communications et publications permettent mal aujourd’hui le débat et la discussion dans les champs disciplinaires. Les développements des organisations scientifiques collectives (congrès, journées d’études, revues, ouvrages) s’ils « rassemblent » les membres, sont pris dans les exigences actuelles de publication, donc l’augmentation du nombre d’interventions, d’ateliers parallèles, d’articles au détriment des organisations de la dispute et de l’échange nécessaire. C’est vrai aussi pour les chercheurs en « communications organisationnelles ». Pourtant, certes, les collègues poursuivent leurs efforts pour faire avancer perspectives théoriques et méthodologiques dans un monde qui change. Mais nos métiers, qui évoluent aussi, nous laissent de moins en moins de temps de nous lire et de nous écouter…C’est ainsi qu’est né notre projet de s’arrêter et de lire un – un seul – « auteur », et de mettre collectivement en discussion son approche.Dans le champ des communications organisationnelles, notre choix de travailler la production scientifique de Christian Le Moënne est lié à plusieurs raisons. C’est d’abord un initiateur qui a aidé à l’émergence d’un champ scientifique qui n’était pas ou peu « reconnu » au moment où certains ont cherché à le faire exister (1995), un champ qui n’était pas forcément « clair » (qu’est-ce que les communications organisationnelles ?) … et qui est peut-être encore maintenant en construction. Ensuite, nous sommes ici devant une vingtaine d’années de productions (la plupart publiées), connues ou mal connues, peu lues : CLM est plus connu comme organisateur et discutant, un « ténor » à la présence forte durant toutes ces années, et dont tout le monde finit par connaître la « petite musique », les thèmes et items de ses interventions. Enfin car nous avions la conviction qu’il y a chez ce collègue une vraie ambition théorique et une présence continue dans des publications visibles (les revues majeures du champ) qu’il était important de clarifier, « ramasser » pour les générations de chercheurs les plus jeunes.Cet ouvrage est donc une tentative pour trouver une forme écrite de la discussion. Plus ou moins aboutie, le lecteur jugera. Notre cahier des charges collectif : expliciter un univers théorique en le prenant chacun par un bout (des chapitres thématisés) puis discuter, dire les apports ou les impasses, les adaptations pour tous ceux qui ont accompagné le développement de ce champ scientifique (la communication organisationnelle au sein des Sciences de l’Information et de la Communication).Autre volonté, autre portée politique de nos choix éditoriaux : nous avons voulu auto-éditer cet ouvrage collectif. C’est un choix de lectorat et de pratiques de lecture : nous souhaitons que l’ouvrage soit accessible, par son prix et son mode de lecture fragmentable, aux étudiants (master, en cours de thèse) et aux collègues enseignants chercheurs de la communauté et éviter les écueils éditoriaux. Cela nous permet une liberté « rare » mais fondamentale dans la production et la diffusion des idées. Cette forme nous permet de n’avoir pas donné de limites de pages ou de caractères mais de prendre l’espace et le temps nécessaires pour développer les idées des auteurs ; cela nous permet également la liberté d’éclairer et discuter le travail d’un auteur en particulier.C’est une liberté, de faire, de discuter, puis pour le lecteur d’y accéder, une liberté certaine que nous avons prise, ce sans quoi, une telle production n’aurait pas été possible. C’est donc une autre forme, une autre philosophie de production que celle de l’ouvrage édité chez les éditeurs commerciaux coutumiers de nos travaux. Ce travail a couru sur une longue plage de temps, nous ne voulions pas forcément installer une norme fixe (le nombre de signes), nous souhaitions des allers-retours de lecture pour que la discussion soit ouverte pour chacun, nous souhaitions une responsabilité finale pour chaque contributeur et le sentiment d’un travail mené à son terme, non contraint et abouti.Comment avons-nous procédé ?Nous avons commencé par construire un corpus, d’une période allant de 1994 (HDR) à 2016 en nous centrant premièrement sur les textes accessibles, en ligne et en open accès de CLM. Parmi tous les textes que nous connaissions de lui ou qui faisaient l’objet d’une référence par notre auteur lui-même et qu’il était nécessaire d’ajouter à notre corpus source pour avoir une lecture et une compréhension la plus complète possible, ainsi nous avons établi une bibliographie restreinte de 26 textes, cherché à recueillir le maximum de ces documents, dont certains ne se sont pas révélés « accessibles » mais que nous nous sommes procurés. Cette bibliographie est indiquée en fin d’introduction en annexe 1, avec les régimes d’accessibilité de ces textes