Molecular and functional profiling identifies therapeutically targetable vulnerabilities in plasmablastic lymphoma

Plasmablastic lymphoma (PBL) represents a rare and aggressive lymphoma subtype frequently associated with immunosuppression. Clinically, patients with PBL are characterized by poor outcome. The current understanding of the molecular pathogenesis is limited. A hallmark of PBL represents its plasmacytic differentiation with loss of B-cell markers and, in 60% of cases, its association with Epstein-Barr virus (EBV). Roughly 50% of PBLs harbor a MYC translocation. Here, we provide a comprehensive integrated genomic analysis using whole exome sequencing (WES) and genome-wide copy number determination in a large cohort of 96 primary PBL samples. We identify alterations activating the RAS-RAF, JAK-STAT, and NOTCH pathways as well as frequent high-level amplifications in MCL1 and IRF4. The functional impact of these alterations is assessed using an unbiased shRNA screen in a PBL model. These analyses identify the IRF4 and JAK-STAT pathways as promising molecular targets to improve outcome of PBL patients

Analysis of the putative AP-3 fuction for vesicle formation at the transgolgi network.

Analyse der putativen AP-3-Funktion für die Vesikelbildung am Trans-Golgi-NetzwerkDer gerichtete Transport von Membranproteinen in der Zelle geschieht durch Transportvesikel. Obwohl den heterotetrameren Adaptorproteinkomplexen eine zentrale Funktion bei der Bildung dieser Transportvesikel zugesprochen wird, ist über deren subzellulären Wirkort wenig bekannt. Von den vier identifizierten Adaptorproteinkomplexen AP-1, AP-2, AP-3 und AP-4 ist lediglich für AP-2 eine Beteiligung bei der Rezeptor-vermittelten Endozytose an der Plasmamembran gut belegt. Während für AP-1 schon verschiedentlich eine Sortierfunktion von Membranproteinen am Trans-Golgi-Netzwerk (TGN) gezeigt wurde, steht der direkte experimentelle Nachweis einer möglichen Funktion am TGN für AP-3 noch aus. In dieser Arbeit konnte durch die Etablierung eines in-vitro-Golgi/TGN-Budding-Assays gezeigt werden, dass neben AP-1 auch AP-3 eine Sortierfunktion am TGN für lysosomale und melanosomale Membranproteine zukommt. Unter Verwendung von Adaptor-defizienten Zytosolen konnte belegt werden, dass AP-1 erwartungsgemäß für die Sortierung von MPR46 essentiell ist. Für TRP-1 konnte erstmals eine Sortierung am TGN ebenfalls in Abhängigikeit von AP-1- nachgewiesen werden. Ebenso wurde gezeigt, dass AP-3 für die korrekte Verpackung (Sortierung) von Tyrosinase und Lamp-1 in Transportvesikel am TGN einen essentiellen Faktor darstelllt, womit durch diese Arbeit der erste direkte experimentelle Nachweis einer Funktion von AP-3 beim Golgi/TGN-Export vorliegt.Basierend auf dem etablierten Assay ist nun die Untersuchung weiterer Membranproteine bezüglich des Sortierverhaltens am TGN möglich. Außerdem wird mit dem Assay die Analyse von distinkten Transport-Vesikelpopulationen des Golgi/TGN-Exports hinsichtlich ihrer Membrankomposition zugänglich

Treatment Strategies and Prognostic Factors in Secondary Central Nervous System Lymphoma: A Multicenter Study of 124 Patients

Secondary central nervous system lymphoma (SCNSL) is a rare and difficult to treat type of Non-Hodgkin lymphoma characterized by systemic and central nervous system (CNS) disease manifestations. In this study, 124 patients with SCNSL intensively treated and with clinical long-term follow-up were included. Initial histopathology, as divided in low-grade, other aggressive, and diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), was of prognostic significance. Overall response to induction treatment was a prognostic factor with early responding DLBCL-SCNSL in comparison to those non-responding experiencing a significantly better progression-free survival (PFS) and overall survival (OS). However, the type of induction regime was not prognostic for survival. Following consolidating high-dose chemotherapy and autologous stem cell transplantation (HDT-ASCT), DLBCL-SCNSL patients had better median PFS and OS. The important role of HDT-ASCT was further highlighted by favorable responses and survival of patients not responding to induction therapy and by excellent results in patients with de novo DLBCL-SCNSL (65% long-term survival). SCNSL identified as a progression of disease within 6 months of initial systemic lymphoma presentation represented a previously not appreciated subgroup with particularly dismal outcome. This temporal stratification model of SCNSL diagnosis revealed CNS progression of disease within 6 months as a promising candidate prognosticator for future studies

Diffuses großzelliges B-Zell-Lymphom

Das diffuse großzellige B-Zell-Lymphom ist die häufigste Neoplasie des lymphatischen Systems. Es geht von reifen B-Zellen aus und führt unbehandelt rasch zum Tode. Charakteristisch sind rasch progrediente Lymphknotenvergrößerungen und/oder extranodale Manifestationen sowie Allgemeinsymptome (B-Symptomatik). Die individuelle Prognose kann mit Hilfe des Internationalen Prognostischen Index (IPI) abgeschätzt werden. Der Therapieanspruch ist kurativ. Die Erstlinientherapie erfolgt mit 6 - 8 Zyklen des R-CHOPProtokolls. In frühen Stadien ist eine Reduktion der Therapiezyklen möglich. Der Stellenwert der Bestrahlung ist nicht endgültig geklärt. Weitere ungeklärte Fragen wie Prognose- oder Response-gesteuerte Therapie, der Wert intensiverer Therapieprotokolle oder die Wirksamkeit neuer Substanzen sind Gegenstand prospektiver klinischer Studien. Die Heilungsrate von Patienten mit diffusem großzelligen B-Zell-Lymphom liegt bei etwa 60 - 70%

Dissecting intratumour heterogeneity of nodal B-cell lymphomas at the transcriptional, genetic and drug-response levels

Tumour heterogeneity encompasses both the malignant cells and their microenvironment. While heterogeneity between individual patients is known to affect the efficacy of cancer therapy, most personalized treatment approaches do not account for intratumour heterogeneity. We addressed this issue by studying the heterogeneity of nodal B-cell lymphomas by single-cell RNA-sequencing and transcriptome-informed flow cytometry. We identified transcriptionally distinct malignant subpopulations and compared their drug-response and genomic profiles. Malignant subpopulations from the same patient responded strikingly differently to anti-cancer drugs ex vivo, which recapitulated subpopulation-specific drug sensitivity during in vivo treatment. Infiltrating T cells represented the majority of non-malignant cells, whose gene-expression signatures were similar across all donors, whereas the frequencies of T-cell subsets varied significantly between the donors. Our data provide insights into the heterogeneity of nodal B-cell lymphomas and highlight the relevance of intratumour heterogeneity for personalized cancer therapy