Processus de Cox marqué dirigé par un environnement prédit : application à la répartition spatiale de juvéniles en forêt tropicale humide

International audienceUn des points faibles des modèles de dynamique forestière spatialement explicites est la modélisation du recrutement. Un inventaire détaillé du peuplement et des conditions environnementales a permis de mettre en évidence les effets de ces deux facteurs sur la densité locale de juvéniles. Mais en pratique, la collecte de telles données est coûteuse et ne peut être réalisée à grande échelle : seule une partie des juvéniles est échantillonnée et l'environnement n'est connu que partiellement. L'objectif est ici de proposer une approche pour prédire la répartition spatiale et le génotype des juvéniles sur la base d'un échantillonnage raisonnable des juvéniles, des adultes et de l'environnement. La position des juvéniles est considérée comme la réalisation d'un processus ponctuel marqué, les marques étant constituées par les génotypes. L'intensité du processus traduit les mécanismes de dispersion à l'origine de l'organisation spatiale et de la diversité génétique des juvéniles. L'intensité dépend de la survie des graines, qui dépend elle-même des conditions environnementales. Il est donc nécessaire de prédire l'environnement sur toute la zone d'étude. L'environnement, représenté par un champ aléatoire multivarié, est prédit grâce à un modèle hiérarchique spatial capable de traiter simultanément des variables de nature différente. Contrairement aux modèles existants où les variables environnementales sont considérées comme connues, le modèle de recrutement proposé prend en compte les erreurs liées à la prédiction de l'environnement. La méthode est appliquée à la prédiction du recrutement des juvéniles en forêt tropicale (Guyane française)

Ours, hommes, hyènes : qui a occupé la grotte de Bourdette (Sainte-Colombe-en-Bruilhois, Lot-et-Garonne, France) ?

À côté d’abondants indices d’occupation par l’Ours des cavernes (ossements, griffades, bauges), la grotte de Bourdette a livré les restes d’une vingtaine d’autres espèces ainsi que quelques vestiges lithiques. Une telle association de vestiges est a priori incompatible avec un fonctionnement seul de la grotte comme tanière d’Ours. Pour parvenir à distinguer les différentes occupations de Bourdette, et pour en établir la chronologie, une approche interdisciplinaire est ici développée en incluant l’étude taphonomique des restes osseux, l’analyse typotechnologique des pièces lithiques et la confrontation des différents éléments de chronologie disponibles (biochronologie, datations radiocarbone, attribution chronoculturelle des industries lithiques). À Bourdette se sont succédé ours et hyènes qui ont utilisé la grotte comme tanière et repaire, les dernières y ayant ramené les ossements de leurs proies (essentiellement bovinés et chevaux). Les vestiges lithiques semblent eux provenir de remaniements depuis le plateau, sans qu’aucune réelle occupation humaine du site ne puisse être démontrée. Les éléments de biochronologie et les datations radiocarbone disponibles s’accordent pour placer les occupations du site aux alentours de 40 ka cal. BP. La présence d’ossements d’Ours rongés par les hyènes permet d’affirmer qu’au moins une partie des occupations de la grotte par les ours et les hyènes a été pseudo-contemporaine. À Bourdette, les os sont particulièrement émoussés, possiblement à la suite des circulations ursines (« charriage à sec ») : cette atteinte est si omniprésente qu’elle a considérablement restreint l’étude taphonomique, obligeant à reconsidérer les critères classiquement utilisés en taphonomie osseuse.In Bourdette, if evidences of cave bear occupation are omnipresent (in the form of bones, claw marks and beds), the cave also delivered remains of more than a dozen other species as well as some lithic artifacts. Such a combination of different materials cannot be fully explained by the sole function of the cave as a bear den. In order to distinguish the different types of occupations in Bourdette and to establish their chronology, this paper proposes an interdisciplinary study that brings together data from faunal taphonomy, lithic typotechnology, biochronology and radiocarbon dating. Both Cave bear and Hyena used Bourdette as a den, the latter bringing remains of its preys in the cave (mostly Bovines and Horse). The presence of lithic artifacts in Bourdette seems only to be the result of post-depositional transport, so that men probably never occupied the cave themselves. Biochronological data and radiocarbon dates both date the deposits around 40 ka cal. BP. Some bear bones were gnawed by hyenas, thus indicating that occupations of the cave by the two carnivores were, at least in part, broadly contemporaneous. The intensity of polishing is particularly intense on Bourdette bones, probably due to bear circulations in the cave (“charriage à sec”), to the point that procedures used commonly in bone taphonomy were severely undermined

In vivo Bioluminescence Imaging of Ca(2+) Signalling in the Brain of Drosophila

Many different cells' signalling pathways are universally regulated by Ca(2+) concentration [Ca(2+)] rises that have highly variable amplitudes and kinetic properties. Optical imaging can provide the means to characterise both the temporal and spatial aspects of Ca(2+) signals involved in neurophysiological functions. New methods for in vivo imaging of Ca(2+) signalling in the brain of Drosophila are required for probing the different dynamic aspects of this system. In studies here, whole brain Ca(2+) imaging was performed on transgenic flies with targeted expression of the bioluminescent Ca(2+) reporter GFP-aequorin (GA) in different neural structures. A photon counting based technique was used to undertake continuous recordings of cytosolic [Ca(2+)] over hours. Time integrals for reconstructing images and analysis of the data were selected offline according to the signal intensity. This approach allowed a unique Ca(2+) response associated with cholinergic transmission to be identified by whole brain imaging of specific neural structures. Notably, [Ca(2+)] transients in the Mushroom Bodies (MBs) following nicotine stimulation were accompanied by a delayed secondary [Ca(2+)] rise (up to 15 min. later) in the MB lobes. The delayed response was sensitive to thapsigargin, suggesting a role for intra-cellular Ca(2+) stores. Moreover, it was reduced in dunce mutant flies, which are impaired in learning and memory. Bioluminescence imaging is therefore useful for studying Ca(2+) signalling pathways and for functional mapping of neurophysiological processes in the fly brain

Les Ursidés

The Ursids at La Baume de Gigny belong to three species : Ursus deningeri, represented by a relatively archaic form in the lower stratigraphie unit (layers XXVI and XXV) where the remains appear to be in a secondary context. Ursus spelaeus, recognised in the middle stratigraphie unit (layers XIX, XVII and XV) as well as in the upper unit where its specific characteristics are clearly attested. Ursus arctos, the remains of which belong to the wurmian layers (XVI, XV, XII and VI), a half-mandible having been discovered in the holocene layer IIILes Ursidés de La Baume de Gigny se rapportent à trois espèces : Ursus deningeri, représenté par une forme relativement archaïque dans l'ensemble inférieur (couches XXVI et XXV) où ses restes se trouvaient très probablement en position secondaire. Ursus spelaeus, reconnu dans l'ensemble moyen (couches XIX, XVII et XV) ainsi que dans l'ensemble supérieur où ses caractères spécifiques sont nettement affirmés. Ursus arctos dont les vestiges proviennent de couches würmiennes (XVI, XV, XII et VI), une hémi-mandibule ayant cependant été découverte dans la couche III holocène.Chagneau Jean. Les Ursidés. In: Gallia préhistoire. Suppléments, supplément 27, 1989. La baume de Gigny (Jura) pp. 69-76

Les Ursidés

The Ursids at La Baume de Gigny belong to three species : Ursus deningeri, represented by a relatively archaic form in the lower stratigraphie unit (layers XXVI and XXV) where the remains appear to be in a secondary context. Ursus spelaeus, recognised in the middle stratigraphie unit (layers XIX, XVII and XV) as well as in the upper unit where its specific characteristics are clearly attested. Ursus arctos, the remains of which belong to the wurmian layers (XVI, XV, XII and VI), a half-mandible having been discovered in the holocene layer IIILes Ursidés de La Baume de Gigny se rapportent à trois espèces : Ursus deningeri, représenté par une forme relativement archaïque dans l'ensemble inférieur (couches XXVI et XXV) où ses restes se trouvaient très probablement en position secondaire. Ursus spelaeus, reconnu dans l'ensemble moyen (couches XIX, XVII et XV) ainsi que dans l'ensemble supérieur où ses caractères spécifiques sont nettement affirmés. Ursus arctos dont les vestiges proviennent de couches würmiennes (XVI, XV, XII et VI), une hémi-mandibule ayant cependant été découverte dans la couche III holocène.Chagneau Jean. Les Ursidés. In: Gallia préhistoire. Suppléments, supplément 27, 1989. La baume de Gigny (Jura) pp. 69-76

Muscle protein turnover during early development in chickens divergently selected for growth rate

International audienc

Modélisation bayésienne hiérarchique pour la prédiction multivariée de processus spatiaux non gaussiens et processus ponctuels hétérogènes d'intensité liée à une variable prédite (Application à la prédiction de la régénération en forêt tropicale humide)

Un des points faibles des modèles de dynamique forestière spatialement explicites est la modélisation de la régénération. Un inventaire détaillé du peuplement et des conditions environnementales a permis de mettre en évidence les effets de ces deux facteurs sur la densité locale de juvéniles. Mais en pratique, la collecte de telles données est coûteuse et ne peut être réalisée à grande échelle : seule une partie des juvéniles est échantillonnée et l'environnement n'est connu que partiellement. L'objectif est ici de proposer une approche pour prédire la répartition spatiale et le génotype des juvéniles sur la base d'un échantillonnage raisonnable des juvéniles, des adultes et de l'environnement. La position des juvéniles est considérée comme la réalisation d'un processus ponctuel marqué, les marques étant constituées par les génotypes. L'intensité du processus traduit les mécanismes de dispersion à l'origine de l'organisation spatiale et de la diversité génétique des juvéniles. L'intensité dépend de la survie des graines, qui dépend elle-même des conditions environnementales. Il est donc nécessaire de prédire l'environnement sur toute la zone d'étude. L'environnement, représenté par un champ aléatoire multivarié, est prédit grâce à un modèle hiérarchique spatial capable de traiter simultanément des variables de nature différente. Contrairement aux modèles existants où les variables environnementales sont considérées comme connues, le modèle de régénération proposé doit prendre en compte les erreurs liées à la prédiction de l'environnement. La méthode est appliquée à la prédiction de la régénération des juvéniles en forêt tropicale (Guyane française)One of the weak points of forest dynamics models is the recruitment. Classically, ecologists make the assumption that recruitment mainly depends on both spatial pattern of mature trees and environment. A detailed inventory of the stand and the environmental conditions enabled them to show the effects of these two factors on the local density of seedlings. In practice, such information is not available: only a part of seedlings is sampled and the environment is partially observed. The aim of the paper is to propose an approach in order to predict the spatial distribution and the seedlings genotype on the basis of a reasonable sampling of seedling, mature trees and environmental conditions. The spatial pattern of the seedlings is assumed to be a realization of a marked point process. The intensity of the process is not only related to the seed and pollen dispersal but also to the sapling survival. The sapling survival depends on the environment; so the environment must be predicted on the whole study area. The environment is characterized through spatial variables of different nature and predictions are obtained using a spatial hierarchical model. Unlike the existing models which assume the environmental covariables as exactly known, the recruitment model we propose takes into account the error related to the prediction of the environment. The prediction of seedling recruitment in tropical rainforest in French Guiana illustrates our approachMONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

4 -Fluent : la modélisation numérique au service de la conception optimisée de réacteurs de post-chloration

L’apparition d’ordinateurs de plus en plus puissants à un coût acceptable a permis de développer le champ d’utilisation des modèles numériques tridimensionnelles en mécanique des fluides, réservés initialement aux applications aéronautiques. L’étude présentée ici illustre l’utilisation d’un code de calcul disponible dans le commerce, «Fluent», pour évaluer l’efficacité hydraulique de réservoirs de chloration. Le but est de tendre vers un flux homogène au sein du réservoir, nécessaire à une bonne qualité de traitement d’eau. Les simulations exposées montrent que Fluent est un véritable outil d’ingénierie. Elles ont permis d’aboutir à des recommandations pratiques de design appliquées aux réservoirs de chloration.Chataigner O., Gagnon J.-L., Chagneau G., Chopard P. 4 -Fluent : la modélisation numérique au service de la conception optimisée de réacteurs de post-chloration . In: L'école française de l'eau au service du développement mondial. Congrès de la Société Hydrotechnique de France. 25èmes journées de l'hydraulique. Chambéry, du 15 au 18 septembre 1996. Tome 1, 1998

Hierarchical Bayesian model for Gaussian, Poisson and ordinal random fields

As most georeferenced data sets are multivariate and concern variables of different kinds, spatial mapping methods must be able to deal with such data. The main difficulties are the prediction of non Gaussian variables and the modelling of the dependence between processes. The aim of this paper is to propose a new approach that permits simultaneous modelling of Gaussian, count and ordinal spatial processes. We consider a hierarchical model implemented within a Bayesian framework. The method used for Gaussian and count variables is based on the generalized linear mixed models. Ordinal variable is taken into account through a generalization of the ordinal probit model. We use a moving average approach to model the spatial dependence between the processes. The proposed model is applied to pedological data collected in French Guiana