Identification of human papillomavirus type 156, the prototype of a new human gammapapillomavirus species, by a generic and highly sensitive PCR strategy for long DNA fragments

This study developed a hanging-droplet long PCR, a generic and highly sensitive strategy to facilitate the identification of new human papillomavirus (HPV) genomes. This novel procedure used for the first time the hanging-droplet PCR technique for the amplification of long DNA fragments with generic primers targeting the L1 and E1 regions. It was first applied to the amplification of types belonging to the highly divergent genus Gammapapillovirus (Gamma-PV). The hanging-droplet long PCR was 100-fold more sensitive than a simple long PCR procedure, detecting as few as ten copies of HPV-4. Nineteen skin samples, potentially containing putative HPV types from the gamma-PV genus, were also screened. The method identified four γ-PV genomic halves from new and previously described putative types, and made the full characterization of HPV-156 possible. This novel virus meets the criteria for a new species within the gamma-PV genus, with nucleotide identities in the L1 ORF ranging from 58,3 to 67,3% compared with representative types of the current γ-PV species. HPV-156 showed the highest identity to HPV-60 (67,3%) from species gamma-4, and was consistently closely related to it in both late- and early-gene-derived phylogenies. In conclusion, this report provides a versatile and highly sensitive approach that allowed identification of the prototype of a new species within the γ-PV genus. Its application with primers targeting the different genera in which both human and non-human PVs are distributed may facilitate characterization of the missing members of the family Papillomaviridae.Fil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Piccirilli, Gustavo. Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud y Medio Ambiente - Rosario. Hospital Provincial del Centenario; ArgentinaFil: Sanchez, Adriana. Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud y Medio Ambiente - Rosario. Hospital Provincial del Centenario; ArgentinaFil: Fernandez Bussy, Ramón. Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud y Medio Ambiente - Rosario. Hospital Provincial del Centenario; ArgentinaFil: Giri, Adriana Angelica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas; Argentin

Identification of human papillomavirus type 156, the prototype of a new human gammapapillomavirus species, by a generic and highly sensitive PCR strategy for long DNA fragments

This study developed a hanging-droplet long PCR, a generic and highly sensitive strategy to facilitate the identification of new human papillomavirus (HPV) genomes. This novel procedure used for the first time the hanging-droplet PCR technique for the amplification of long DNA fragments with generic primers targeting the L1 and E1 regions. It was first applied to the amplification of types belonging to the highly divergent genus Gammapapillovirus (Gamma-PV). The hanging-droplet long PCR was 100-fold more sensitive than a simple long PCR procedure, detecting as few as ten copies of HPV-4. Nineteen skin samples, potentially containing putative HPV types from the gamma-PV genus, were also screened. The method identified four γ-PV genomic halves from new and previously described putative types, and made the full characterization of HPV-156 possible. This novel virus meets the criteria for a new species within the gamma-PV genus, with nucleotide identities in the L1 ORF ranging from 58,3 to 67,3% compared with representative types of the current γ-PV species. HPV-156 showed the highest identity to HPV-60 (67,3%) from species gamma-4, and was consistently closely related to it in both late- and early-gene-derived phylogenies. In conclusion, this report provides a versatile and highly sensitive approach that allowed identification of the prototype of a new species within the γ-PV genus. Its application with primers targeting the different genera in which both human and non-human PVs are distributed may facilitate characterization of the missing members of the family Papillomaviridae.Fil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Piccirilli, Gustavo. Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud y Medio Ambiente - Rosario. Hospital Provincial del Centenario; ArgentinaFil: Sanchez, Adriana. Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud y Medio Ambiente - Rosario. Hospital Provincial del Centenario; ArgentinaFil: Fernandez Bussy, Ramón. Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud y Medio Ambiente - Rosario. Hospital Provincial del Centenario; ArgentinaFil: Giri, Adriana Angelica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas; Argentin

Genome announcement : complete genome sequence of a novel Mupapillomavirus, HPV204

Human papillomaviruses (HPVs) are small, non-enveloped viruses with a circular double-stranded DNA genome, etiologically associated with various benign and malignant neoplasms of the skin and mucosa. As of May 30, 2015, 201 different HPV types had been completely sequenced and officially recognized and divided into five PV-genera: Alpha-, Beta-, Gamma-, Mu-, and Nupapillomavirus. The Mupapillomavirus genus currently consists of only two HPV types: HPV1 and HPV63, identified in 1980 and 1993, respectively, both associated with sporadic cases of cutaneous warts. In this preliminary study, we announce the complete genome sequence of a novel HPV type, now officially recognized as HPV204. Based on preliminary data, the genome of HPV204 comprises a total of 7,227 bp and contains five early open reading frames (E1, E2, E4, E6, and E7) and two late ORFs (L1 and L2). No E5 ORF could be identified. Preliminary HPV204 clusters to the Mu-PV genus, species Mu-3.Fil: Kocjan, Boštjan J. University of Ljubljana. Faculty of Medicine. Institute of Microbiology and Immunology; SloveniaFil: Šterbenc, Anja. University of Ljubljana. Faculty of Medicine. Institute of Microbiology and Immunology; SloveniaFil: Hošnjak, Lea. University of Ljubljana. Faculty of Medicine. Institute of Microbiology and Immunology; SloveniaFil: Chouhy, Diego. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área de Virología; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa María. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área de Virología; ArgentinaFil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área de Virología; ArgentinaFil: Poljak, Mario. University of Ljubljana. Faculty of Medicine. Institute of Microbiology and Immunology; Sloveni

Análisis y aplicaciones de Internet de las cosas y ciudades inteligentes : Framework de trabajo

El desarrollo de las nuevas tecnologías como Internet de las Cosas (IoT) ha planteado nuevas formas de generar aplicaciones en pos de mejorar los servicios en las ciudades con un impacto directo en la calidad de vida de las personas y el medio ambiente. Este concepto está relacionado a ciudades inteligentes, seguridad y la gestión de las telecomunicaciones que interconectan múltiples dispositivos con una interacción humana mínima. Este trabajo se orienta a estudiar y proponer soluciones teniendo en consideración las arquitecturas necesarias, la cultura, los estudios de factibilidad técnico-económicos, el uso de las TICs, los aspectos climáticos, las normativas locales o nacionales de uso de telecomunicaciones y espectro, entre otros aspectos relevantes para proponer frameworks de IoT que puedan ser transferidos al medio local.Eje: Arquitectura, redes y sistemas operativos.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Análisis y aplicaciones de internet de las cosas y ciudades inteligentes: escenario de testeo de seguridad

El rápido desarrollo de las nuevas tecnologías de Internet de las Cosas (IoT) como sus usos en diferentes campos de la industria, las ciudades, la salud, los hogares, entre otros, ha planteado nuevas formas de enfrentar amenazas de seguridad. IoT es una colección de dispositivos interconectados fortalecido con pequeños procesadores, placas o interfaces de red que se comunican con servicios web u otro tipo de interfaces a través de diferentes medios de telecomunicación. Naturalmente si una nueva tecnología es ampliamente adoptada por el público y hay una notoria falta de estándares para el campo, las amenazas de ciberseguridad crecen. En esta etapa del proyecto nos centramos en generar un escenario para realizar un relevamiento de los diferentes tipos de tráfico y crear un posterior datasets de análisis para poder identificar diferentes amenazas en sistemas IoT industriales o corporativos.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Evaluación de performance en Redes Definidas por Software para Centro de Datos : Hipótesis de Trabajo

El análisis de infraestructuras de redes y centros de datos orientados a servicios se vuelve un elemento crítico en las empresas de telecomunicaciones. A medida que aumentan los servicios y el software las exigencias de usuarios para contar con disponibilidad, garantía, calidad y seguridad de la información son mayores. Este contexto hace que la evaluación de los DATACENTES respecto a numerosos criterios como servidores, virtualización, costos, uso de recursos, la variabilidad de las necesidades de los usuarios, y las posibilidades de crecimiento, entre otros, sean tenidas en cuenta. En este trabajo se evaluarán estos aspectos sobre nuevas tecnologías como son redes de próxima generación y Redes Definidas por Software (SDN) aplicadas en DATACENTERS. Para finalizar, se desarrollará un modelo de evaluación de performance que ayude a los administradores de red a tomar decisiones en base a atributos críticos (tipos de tráfico, servicios, usuarios, etc.) identificados previamente.Eje: Arquitecturas, Redes y Sistemas OperativosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Smartcities con LoRaWAN: el caso de monitoreo de condiciones ambientales de lagunas en tiempo real

Las necesidades de gestionar diversas condiciones ambientales en las ciudades impulsan a que se tomen mediciones en tiempo real en los reservorios de agua para ser analizada por expertos y tomar decisiones al respecto. Para ello se analizaron diferentes sensores y medios de comunicación arribando a una propuesta que cubra tales necesidades. Así, este trabajo propone un conjunto de tecnologías relacionadas a smartcities que ayudan a mantener mediciones de diversas variables del agua. Se muestra además el desarrollo del framework realizado y la interacción de los componentes electrónicos y de telecomunicaciones LoRaWAN que conforman el sistema propuesto. Para finalizar se expone un ejemplo ilustrativo de los datos censados.XIV Workshop Arquitectura, Redes y Sistemas Operativos.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Sistema inteligente de detección de anomalías para IoT

En los últimos años, con el avance de Internet de las Cosas (IoT), ha aumentado la cantidad de dispositivos conectados a la red y, consecuentemente, el incremento de los riesgos de violaciones de seguridad y ataques maliciosos. Estadísticamente la mayoría de estos ataques se producen en los dispositivos finales de IoT y existen múltiples alternativas detectarlos. En ese contexto, este proyecto tiene como objetivo el diseño de un Sistema Inteligente de Detección de Anomalías para IoT que utilice técnicas de Machine Learning (ML). Específicamente, el proyecto abarca el diseño y desarrollo de un sistema capaz de detectar ataques de seguridad en base a anomalías en los dispositivos finales de IoT, aplicando técnicas de aprendizaje automático que provean el mecanismo adecuado para dicha detección.Eje: Seguridad informática.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Evaluación de performance en Redes Definidas por Software para Centro de Datos : Hipótesis de Trabajo

El análisis de infraestructuras de redes y centros de datos orientados a servicios se vuelve un elemento crítico en las empresas de telecomunicaciones. A medida que aumentan los servicios y el software las exigencias de usuarios para contar con disponibilidad, garantía, calidad y seguridad de la información son mayores. Este contexto hace que la evaluación de los DATACENTES respecto a numerosos criterios como servidores, virtualización, costos, uso de recursos, la variabilidad de las necesidades de los usuarios, y las posibilidades de crecimiento, entre otros, sean tenidas en cuenta. En este trabajo se evaluarán estos aspectos sobre nuevas tecnologías como son redes de próxima generación y Redes Definidas por Software (SDN) aplicadas en DATACENTERS. Para finalizar, se desarrollará un modelo de evaluación de performance que ayude a los administradores de red a tomar decisiones en base a atributos críticos (tipos de tráfico, servicios, usuarios, etc.) identificados previamente.Eje: Arquitecturas, Redes y Sistemas OperativosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Modelo para la evaluación de performance mediante identificación de tráfico y atributos críticos en redes definidas por software

En el desarrollo de infraestructuras de redes de información es necesario identificar y dar un tratamiento a los múltiples tipos de tráfico, usuarios y servicios a fin de incrementar productividad o hacer un uso adecuado de la infraestructura. Hoy en día los usuarios son dinámicos, tienen diversos medios y dispositivos de conexión a redes y numerosas y nuevas exigencias. La característica de variabilidad de las necesidades en el tiempo por parte de los usuarios, los servicios en la nube, la virtualización de servidores y la necesidad de implantar adaptaciones ágiles, hace que se estudien nuevos estándares que den soporte a estas necesidades como redes de próxima generación o Redes Definidas por Software (SDN). En este proyecto se propone estudiar esta nueva tecnología de infraestructura de redes y desarrollar un esquema de solución basado en el análisis de simulaciones de tipos de tráfico cuali-cuantitativos y resultados de un escenario de estudio real (ambiente académico universitario) en comparación con las redes tradicionales IP. Para finalizar, se desarrollará un modelo de evaluación de performance alto nivel que ayude a los administradores de red a tomar decisiones en base a atributos críticos (tipos de tráfico, servicios, usuarios, etc.) identificados previamente.Eje: Arquitectura, Redes y Sistemas OperativosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI