广州戊型病毒性肝炎暴发株和散发株部分序列比较

目的了解广州某部新兵连戊型病毒性肝炎(戊型肝炎)暴发流行的分子病毒学特征,并与当地散发毒株比较,以查找病原可能来源。方法用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法,对抗HEV-IgM阳性的34例暴发性戊型肝炎及46例散发性戊型肝炎患者的血清和粪便标本进行HEVRNA检测,并对HEVRNA阳性标本的基因开放读码框(ORF)2部分片段进行克隆测序分析。结果34例暴发流行病例标本中检测出12株病毒,46例散发病例标本中检到2株。经克隆测序分析,各暴发毒株的核苷酸同源性为95.3%~100%;氨基酸同源性为94.0%~100%。且暴发毒株和散发毒株的核苷酸及氨基酸的同源性也较高,分别为95.3%~99.3%和94.0%~100%;暴发毒株和散发毒株与各型中的标准株相比,与Jap1株同源性最高,其核苷酸同源性为92.0%~95.3%,氨基酸同源性为96.0%~100.0%。进化树分析提示本次戊型肝炎暴发流行病毒株与戊型肝炎病毒基因Ⅳ型距离最近。结论本次戊型肝炎暴发流行的病原可能来于广州本地;广州地区戊型肝炎流行毒株属戊型肝炎基因型Ⅳ型

类泛素蛋白及其中文命名

泛素家族包括泛素及类泛素蛋白,约20种成员蛋白.近年来,泛素家族领域取得了迅猛发展,并已与生物学及医学研究的各个领域相互交叉.泛素家族介导的蛋白质降解和细胞自噬机制的发现分别于2004和2016年获得诺贝尔奖.但是,类泛素蛋白并没有统一规范的中文译名. 2018年4月9日在苏州召开的《泛素家族介导的蛋白质降解和细胞自噬》专著的编委会上,部分作者讨论了类泛素蛋白的中文命名问题,并在随后的\"泛素家族、自噬与疾病\"(Ubiquitinfamily,autophagy anddiseases)苏州会议上提出了类泛素蛋白中文翻译草案,此草案在参加该会议的国内学者及海外华人学者间取得了高度共识.冷泉港亚洲\"泛素家族、自噬与疾病\"苏州会议是由美国冷泉港实验室主办、两年一度、面向全球的英文会议.该会议在海内外华人学者中具有广泛影响,因此,参会华人学者的意见具有一定的代表性.本文介绍了10个类别的类泛素蛋白的中文命名,系统总结了它们的结构特点,并比较了参与各种类泛素化修饰的酶和它们的生物学功能.文章由45名从事该领域研究的专家合作撰写,其中包括中国工程院院士1名,相关学者4名,长江学者3名,国家杰出青年科学基金获得者18名和美国知名高校华人教授4名.他们绝大多数是参加编写即将由科学出版社出版的专著《泛素家族介导的蛋白质降解和细胞自噬》的专家

Application and Research of Supercomputing used in Regional Atmospheric Environment Sciences

0世纪90年代以来，我国在高性能计算机的研制方面已经取得了较好的成绩，我国的高性能计算环境已得到重大改善，总计算能力与发达国家的差距正逐步缩小。然而高性能计算应用的研究与开发明显滞后于高性能计算机的发展。一个重要的高性能计算应用是气象数值预报和模拟。 气象、生态环境问题与人们的日常生活息息相关，气象灾害、生态环境恶化每年都给国民经济造成巨大损失。随着人们生活水平的提高，人们要求有更准确、更及时的气象和灾害预报以及更清洁、更舒适的生活环境。大气环境问题特征通常空间范围大，形成过程复杂，影响因素繁多，动态过程不确定，无法进行实验，对大气环境问题进行综合研究的最有效、最经济的途径就是进行数值模拟。数值预报也已经成为各种业务天气预报的最重要的基础和持续提高业务天气预报准确率的根本途径。预报和模拟所建立的数值模式普遍计算规模巨大，于是模式开发、数值算法及并行计算便成为了现代大气环境研究的中流砥柱。 本文开展了基于MM5的城市生态环境数值预测和模拟、亚洲沙尘暴数值预报及气象环境科学网格建设三个实际应用，并针对应用中遇到的问题开展算法研究和程序设计等工作，使得数值预报更方便、更快捷、更准确。开展的工作具有很强的实用性。 文章首先介绍了MM5在深腾6800上的移植、测试、性能优化工作。深腾6800的运行环境不同于以往MM5所移植的运行环境，需要编写新的编译文件和数据接口程序，并修改一些编译错误。试运行模式进行效率和正确性测试，为以后的计算和研究提供基础。此工作在刘洪利副研究员帮助下完成。 为了提高MM5数值计算的精度，提出了一些改进措施。针对同一特定气象问题存在多种物理模式以及MM5中使用了很多经验参数，而不同情况下适合不同模式和参数的问题，引进自适应算法进行选择，目前实现了IKAWA参数的自适应选择，取得比较好的效果；针对控制方程数值算法SIMPLE精度、稳定性、收敛性差问题，引进迭代校正算法。控制方程是对流扩散方程，MM5选用了比较简单的SIMPLE方法来求解，这种方法的优点是简单、易于实现、计算量少，缺点是计算结果误差较大及稳定性较差。已经出现了根据新的控制方程解法设计的软件GRAPES,WRF等，这些软件的计算量是MM5的上十倍。由于新的软件没有突出的优势，也不完善，使用过程复杂，目前国内用于数值计算最多的软件还是MM5，对现有MM5算法进行改进也是有意义的工作。引入C-N格式和迭代校正方法，提高算法稳定性、收敛性和精度。 开发新模式并行耦合进MM5，并对MM5并行化方法进行研究，使得MM5能用来预报和研究新的气象问题。针对特定问题，选择或开发新的物理模式，并使用与MM5相适应的并行化方法并行化，将其并行耦合入MM5中是非常有意义的工作。将中国气象局大气成分观测与服务中心龚山陵教授、张小曳研究员开发的亚洲沙尘暴预报模式CUACE/Dust并行化并与MM5进行耦合，用于沙尘暴实时业务预报。该业务预报已经在实施中。此工作在周春红老师、高晋芳硕士帮助下完成。 为了方便使用MM5，根据网格计算的要求改进MM5程序设计，部署到CNGRID和SCGRID上，提供网格计算服务。需要改进程序设计使之满足多用户使用以及避免交互式的使用方式，并进行性能优化。 制作高精度的地表情况数据和气象数据，建立模型，使用MM5进行计算，研究北京典型气象条件下小尺度环流特征以及城市发展规划中应考虑的几个问题。此工作由刘洪利副研究员、欧阳志云研究员主持下完成。The atmospheric problems have the specialties of big arise space, complicated course, many influencing factors, various dynamic models, etc. Numerical computing and simulation becomes the most efficient and economical way to do the research of them. People want the forecast to be more exactly and betimes. Numerical computing has become the most important method to improve the precision and shorten the time of the operational weather forecasts. However, the computing size of numerical model is huge. Model development, numerical computing method and parallel computing are most important for modern atmospheric research work. In this paper, we use MM5 to develop 3 applications, which are the numerical simulation eco-environment, numerical forecasting of Asian sand storm, and construction of environmental sciences grid. Meanwhile, according to the facing problems, we make some research work. Firstly, we transplant MM5 on Deepcomp6800. Compile files are rewritten because Intel efc and ecc compilers are different from others. Some data interfaces are written because the GRIB data on Deepcomp6800 is not compatible with others. After the transplantation, MM5 is run to get the performance data. Secondly, In order to improve the precision of MM5, some methods are presented. A method is designed to self-adapt IKAWA parameter, which makes the time differencing more close to Leapfrog scheme. There are different physical models to solve the same meteorological problem, and invariable experimental parameters used in MM5. Different situation needs different models and parameters during even one running. Self-adaptive method can do it well. Moreover, an advanced iterative method is designed to improve the SIMPLE method for government equations, which are convective and diffusive equations. Thirdly, we parallel CUACE/Dust model and then couple it to MM5, which is being used for operational real-time sand storm forecasting. This work can be referenced to parallel and couple a new model to MM5. It is useful for applying the meteorological research work to operational real-time forecasting. Fourthly, we redesign the programming of MM5 for grid computing. This work solves the problem of multi-user and the interactive running way. After this, we construct a meteorological sciences grid on CNGRID and SCGRID. Finally, one application is given to simulate heat island and circumfluence of Beijing and how city planning influencing the eco-environment

study on scalable parallel eigenproblem solver on smp cluster

基于对称三对角特征问题的分而治之方法,提出了一个适合SMP集群环境的多级混合并行算法.SMP节点内的并行求解采用了粗粒度和细粒度两种OpenMP并行.为了改善纯MPI算法中的负载不平衡,混合并行算法使用了动态任务分配方法.在深腾6800上的试验表明,混合并行算法具有好的扩展性和加速比

横向流动CO_2激光器振动和平动温度的确定

一、前言 振动温度和上、下激光能级粒子数密度对了解激光器件的性能是非常重要的,它们决定了从该器件可以得到的最大能量。用测量激光介质对各振转跃迁的增益系数来确定这些参数是简单易行的办法。我们在电激励横向流动CO_2激光器中垂直于光轴截面上的三个位置测量了00°1-10°0带P支和R支共30条谱线的增益系数,并由此计算出平动温度(即气体温度)和振动温度。 二、实验结果 　 实验装置和光腔结构与[3]基本相同,只是用CO_2激光光谱仪代替探测器I,以便随时监视激光

realization of self-adapting ikawa parameter in mm5

在"大规模科学计算在生态环境研究中的应用"项目的研究中,我们移植国际上比较成熟的软件MM5进行气象数据场的计算.在实际计算时,由于初始数据采集误差较大等原因,MM5中采用了很多固定的平滑因子,造成MM5不能模拟复杂多变环境现象,而我国地形、环境的多样性,使得数值计算结果不能令人满意.为了解决这个问题,我们引入自适应算法对软件中IKAWA参数进行自适应选择.由于是并行计算,改进引起的额外时间开销是可接受的.最后给出算例分析改进的有效性

横向流动CO_2激光器振动和平动温度的确定

一、前言 振动温度和上、下激光能级粒子数密度对了解激光器件的性能是非常重要的,它们决定了从该器件可以得到的最大能量。用测量激光介质对各振转跃迁的增益系数来确定这些参数是简单易行的办法。我们在电激励横向流动CO_2激光器中垂直于光轴截面上的三个位置测量了00°1-10°0带P支和R支共30条谱线的增益系数,并由此计算出平动温度(即气体温度)和振动温度。 二、实验结果 　 实验装置和光腔结构与[3]基本相同,只是用CO_2激光光谱仪代替探测器I,以便随时监视激光

evaluation and introduction of the toolkit for advanced optimization

本文通过在曙光2000Ⅱ的运行,从起源与现状、设计原理、核心组件、具体算例等方面给出了高级最优化工具箱TAO的一个评介,并从具体实用中给出了TAO的优缺点及建议

Biodiversity and screening of culturable actinobacteria against Fusarium oxysporum isolated from mangrove soil in Maowei sea

目的研究茅尾海红树林植物根际土壤放线菌多样性并进行抗菌活性筛选,为发现放线菌新物种以及新农用生防菌奠定基础。方法采用传统涂布分离方法和复合营养成分培养基,从25份红树林土壤样品中分离放线菌;通过PCR扩增菌株16S r RNA基因序列,并通过构建系统发育树研究放线菌多样性;采用纸片扩散法分析放线菌发酵液和乙酸乙酯萃取浓缩液对2种尖孢镰刀菌菌体拮抗和孢子萌发抑制活性。结果通过排重获得117株放线菌,16S r RNA基因序列比对分析表明117株放线菌分布于6个亚目10个科19个属,除优势菌属链霉菌属外,还发现纤维微球菌属,戈登菌属,栖白蚁菌属,拟诺卡菌属和植物放线孢菌属等稀有放线菌属;尖孢镰刀菌拮抗活性试验表面,共有23株放线菌在至少1个抗菌活性检测中显示为阳性,总阳性率为19.66%。结论广西北部湾茅尾海红树林根际土壤中存在丰富的放线菌资源,具有从中发现新物种和新型农用生防菌的潜力。Objective To investigate the biodiversity and bioactivity of anti-Fusarium oxysporum of actinobacteria isolated from mangrove soil in Maowei sea in Guangxi Province. Methods Actinobacteria were isolated from a total of 25 soil samples by traditional plate dilution method only using one isolation media containing nutritional composition. Diversity of culturable actinobacteria were analyzed based on comparison of 16S rRNA gene sequences. The antiftmgal activity of ethyl acetate extracts from the fermentation broth and crude fermentation broth of the strains were tested by disk diffusion method. Results A total of 117 actinobacteria strains were distributed in 19 genera affiliated with 10 families of 6 orders, including Streptornyces, Cellulosimicrobium, Gordonia, lsoptericola, Nocardiopsis, Plantactinospora, in which Streptomyces was the dominant genera. Twenty-three strainsexhibited positive results in at least one antifungal assay against mycelia growth or spore germination, and the total positive rate was 19.66%. Conclusion The study indicated that the abundance of culturable actinobacteria with antibiotic activity to Fusarium oxysporum in mangrove soilde served further exploration and research for biocontrol strains.国家自然科学基金(No.31260004,31660005)； 南宁市科技局项目(No.20153330)； 广西民族大学相思湖青年学者创新团队资助项目(No.201406