Identifikasi Isolat Klinik Methicillin-resistant Staphylococcus aureus dan Extended-Spectrum Beta-Lactamase Menggunakan Teknik Polimerase Chain Reaction

Bakteri patogen yang resisten terhadap banyak obat  seperti Staphylococcus aureus yang kebal terhadap Methicillin (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus/MRSA) telah menjadi agen penyebab infeksi baik di lingkungan pelayanan kesehatan maupun di masyarakat. Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) yang berasal dari mutasi β-laktamase juga menjadi masalah utama dalam infeksi terkait pelayanan kesehatan. Tujuan: Menentukan proporsi bakteri penghasil MRSA dan ESBL dari isolat klinis di Rumah Sakit Dr. M. Djamil Padang menggunakan teknik Polimerase Chain Reaction (PCR). Metode: Penelitian ini merupakan studi prospektif dengan mengumpulkan isolat Staphylococcus aureus dan Enterobacteriaceae dari Juli hingga September 2017. Penelitian dilakukan di Fakultas Kedokteran Universitas Andalas untuk mengkonfirmasi bakteri penghasil MRSA dan ESBL. Hasil: Sebanyak 15 dari 27 isolat Staphylococcus aureus (56%) merupakan  MRSA dan 21 dari 41 isolat Enterobacteriaceae (51%) adalah penghasil ESBL. Klebsiella sp. paling banyak ditemukan di antara isolat Enterobacteriaceae (59%). Lima puluh persen Klebsiella sp menghasilkan  ESBL. Simpulan: Studi ini menunjukkan bahwa setengah isolat klinis dari RSUP Dr. M. Djamil merupakan MRSA dan penghasil ESBL. Deteksi dini MRSA dan Enterobacteriaceae penghasil ESBL perlu dilakukan, untuk mencegah dan mengurangi transmisi bakteri MDR di lingkungan rumah sakit.Kata kunci: Enterobacteriaceae, Klebsiella sp, MDR, Staphylococcus aureu

Gambaran Polimorfisme Gen SLC22A1 rs683369 pada Pasien Diabetes Melitus Tipe 2 yang Mendapatkan Terapi Metformin

Mekanisme kerja metformin dipengaruhi oleh Organic Cation Transporter 1 (OCT1) yang dikode oleh gen SLC22A1. Variasi atau polimorfisme pada gen SLC22A1 mempengaruhi uptake metformin ke hati sehingga berhubungan dengan efek metformin dalam menurunkan glukosa darah. Rs683369 merupakan salah satu polimorfisme dari gen SLC22A1. Tujuan: Melihat gambaran polimorfisme gen SLC22A1 rs683369 pada pasien diabetes melitus tipe 2 yang mendapatkan terapi metfomin. Metode: Penelitian ini merupakan studi deskriptif dengan teknik consequtive sampling. Sampel berasal dari 44 pasien DM tipe 2 yang mendapatkan terapi tunggal metformin yang diambil darahnya melalui pembuluh vena untuk dilakukan pemeriksaan genotip dengan cara isolasi DNA, PCR dan sekuensing. Hasil: Didapatkan pasien DM tipe 2 yang mendapatkan terapi tunggal metformin sebagian besar adalah perempuan 63,6%, dan rerata umur 55,77±7,77 tahun. Pemerikaan genotip didapatkan hasil wild type (GG) 4,5%, mutan heterozigot (GC) 22,%, dan mutan homozigot (CC) 72,7%. Simpulan: Ditemukan polimorfisme gen SLC22A1 rs683369 pada pasien DM tipe 2 yang mendapatkan terapi metformin. Perlu penelitian lebih lanjut mengenai variasi lain pada gen SLC22A1 dan efeknya terhadap gula darah pasien

HUBUNGAN FAKTOR RISIKO DENGAN KEJADIAN INFEKSI MDR Acinetobacter baumannii PADA PASIEN RAWAT INAP DI RSUP DR. M. DJAMIL PADANG PERIODE JULI - DESEMBER 2018

RELATIONSHIP BETWEEN RISK FACTORS AND THE ISSUE OF MDR Acinetobacter baumannii INFECTION IN PATIENT AT RSUP DR. M. DJAMIL PADANG ON JULY - DECEMBER 2018 PERIOD By Della Sylviani ABSTRACT Infection-related to Healthcare-Associated Infections (HAIs) previously known as nosocomial infections become problem that often faced by patients and health workers. Acinetobacter baumannii (A.baumannii) is one of the bacteria that frequently found in HAIs. The objective of this study is to determine the relationship between risk factors and the issue of A. Baumannii infection in hospitalized patients at RSUP Dr. M. Djamil Padang on July - December 2018. This research is a descriptive-analytic study using total sampling method. The number of samples is 79 patients who have the culture results of A.baumannii. The data of characteristics and risk factors were collected from medical records. Data analysis have done by the chi-square test. The results showed 83.5% of patients used urinary catheters, 77.2% of patients were hospitalized for a short period (<15 days), and 11.4% of patients had a history of open surgery. The relationship between the use of a urinary catheter with A.baumannii Multidrug-resistant (MDR) infection, duration of treatment with MDR A.baumannii infection, and history of open surgery with MDR A.baumannii infection were statistically valid (p <0.05). There was a significant relationship between urinary catheter use, hospital stay, and a history of open surgery with the incidence of A.baumannii MDR infection. Infection control by isolating patients with A.baumannii MDR infection can reduce the spread of bacterial infections. .Keywords : HAIs, Acinetobacter baumannii, urinary catheter, duration of hospital stay, open surgery   HUBUNGAN FAKTOR RISIKO DENGAN KEJADIAN INFEKSI MDR Acinetobacter baumannii PADA PASIEN RAWAT INAP DI RSUP DR. M. DJAMIL PADANG PERIODE JULI - DESEMBER 2018 Oleh Della Sylviani ABSTRAK Infeksi terkait pelayanan kesehatan Healthcare Associated Infections (HAIs) atau yang dahulunya disebut infeksi nosokomial merupakan sebuah permasalahan yang sering dihadapi oleh pasien dan tenaga kesehatan. Salah satu bakteri yang sering ditemukan pada HAIs adalah Acinetobacter baumannii (A.baumannii). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan faktor risiko dengan kejadian infeksi A. baumannii pada pasien rawat inap di RSUP Dr. M. Djamil Padang Periode Juli – Desember 2018. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif analitik dengan metode pengambilan sampel total sampling. Jumlah sampel sebanyak 79 pasien yang memiliki hasil kultur A.baumannii. Pengambilan data dari rekam medik berupa karakteristik dan faktor risiko. Analisis data dilakukan dengan uji chi-square. Hasil penelitian menunjukan 83,5% pasien menggunakan kateter urin, 77,2% pasien di rawat di rumah sakit dalam jangka waktu yang singkat (<15 hari), dan 11,4% pasien memiliki riwayat operasi terbuka. Hubungan antara penggunaan kateter urin dengan infeksi Multi drug resistant (MDR) A.baumannii, lama rawatan dengan infeksi MDR A.baumannii, dan riwayat operasi terbuka dengan infeksi MDR A.baumannii bermakana secara statistik (p<0,05). Terdapat hubungan yang bermakna antara penggunaan kateter urin, lama rawatan di rumah sakit, dan riwayat operasi terbuka dengan kejadian infeksi MDR A.baumannii. Pengendalian infeksi dengan cara melakukan isolasi terhadap pasien yang mengalami infeksi MDR A.baumannii dapat mengurangi penyebaran infeksi bakteri. Kata kunci : HAIs, Acinetobacter baumannii, kateter urin, lama rawatan di rumah sakit, riwayat operasi terbuk

Pengaruh Ekstrak Daun Sirsak (Annona muricata lin) Terhadap Viabilitas Cell Line Kanker Payudara T47D Secara In Vitro

Kanker payudara merupakan kanker terbanyak di Indonesia dengan angka mortalitas yang tinggi. Kandungan acetogenin, alkaloid, tannin, dan flavonoid pada daun sirsak dipercaya dapat menghambat pertumbuhan sel kanker. Tujuan: Mengetahui pengaruh ekstrak daun sirsak terhadap viabilitas cell line kanker payudara T47D secara in vitro. Metode: Ini merupakan penelitian eksperimental dengan metode MTT menggunakan cell line T47D yang dibagi menjadi 8 kelompok perlakuan konsentrasi ekstrak daun sirsak dan tiga variasi masa inkubasi serta pengulangan sebanyak empat kali. Pemeriksaan dibaca menggunakan xMark microplate reader dan selanjutnya ditentukan konsentrasi ekstrak yang dapat menghambat 50% viabilitas sel. Hasil: Ada penurunan viabilitas sel seiring dengan peningkatan konsentrasi yang diberikan pada ketiga masa inkubasi. Konsentrasi ekstrak yang dapat menghambat 50% viabilitas sel pada masa inkubasi 24 jam 569,8μg/ml, 48 jam 431,6 μg/ml, dan 72 jam 94,26 μg/ml. Simpulan: Ekstrak daun sirsak berpengaruh terhadap viabilitas cell line kanker payudara T47D dan dapat menghambat 50% viabilitas sel pada konsentrasi 94,26 μg/ml pada masa inkubasi 72 jam yang berpotensi sebagai antikanker

The Influence of Probiotic on Dadiah as Fermented Buffalo Milk Product for Breastfeeding Women with Normal Bacterial Flora of the Gastrointestinal Tract

INTRODUCTION: Dadiah is a fermented buffalo milk product containing many potential lactic acid bacteria as probiotics. Lactic acid bacteria and their derivative products can prevent the onset of various diseases such as spur health and heart work, good food to increase stamina and endurance, prevent colorectal cancer, and improve intestinal microflora. AIM: This study aims to determine the influence of probiotic on dadiah as fermented buffalo milk products for breastfeeding women with normal bacterial flora of the gastrointestinal tract. METHODS: The study was conducted on 28 breastfeeding mothers who were divided into two groups with the same proportion, i.e., mothers who received dadiah ice cream and not. Interventions were performed for 1 month and analysis was performed on an infant’s feces. DNA isolated from feces and Lactobacillus plantarum concentrations were analyzed using real-time polymerase chain reaction. The standard curve designed to get the concentration of bacteria appropriately. Data analysis used SPSS version 20.0. Numerical data were analyzed by used unpaired t-test and paired t-test. A p &lt; 0.05 was considered statistically significant. RESULTS: The results showed that the mean intestinal microflora from the infant before the dadiah ice cream given was 4.2 × 107 CFU/g and after the dadiah ice cream was 8.6 × 108 CFU/g (p &lt; 0.05) while in the control group, the mean L. plantarum intestinal infants before administered whey ice cream is 2.6 × 107 CFU/g and thereafter 1.3 × 107 CFU/g (p &gt; 0.05). CONCLUSION: Based on the results of this study, it can be concluded that there is an increase in L. plantarum concentration after the provision of dadiah ice cream in breastfeeding mothers

Genomic analysis of three SARS-CoV-2 waves in west Sumatra: Evolutionary dynamics and variant clustering

Background: The Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 virus (SARS-CoV-2) has been undergoing evolutionary changes to improve its ability to thrive within human hosts, leading to the emergence of specific variants associated with subsequent waves of the coronavirus diseases 2019 (COVID-19) pandemic. Indonesia has grappled with the effects of this pandemic and subsequent waves affecting various regions, including West Sumatra. Although located outside Java island epicenter, West Sumatra experienced significant COVID-19 transmission, especially during the third wave in early 2022. Objective: This study aimed to investigate the genetic evolution and epidemiological dynamics of SARS-CoV-2 variants in West Sumatra throughout the three pandemic waves. Methods: We conducted a genotyping study retrospectively using 278 COVID-19 patient samples from 2020 to 2022. The Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR (RT-qPCR) was used for screening, and whole-genome sequence analysis was conducted through the Illumina MiSeq instrument. Result: The analysis revealed distinct patterns in the prevalence of viral lineages across the waves. The initial wave was predominated by clade 20A (77,4 %) especially lineage B.1.466.2 (50 %). The second wave was marked by a significant emergence of the Delta variant (72,5 %), particularly lineage AY.23 (81,1 %), originating from India, with subsequent local evolution leading to the formation of distinct clusters. We found that about 96,7 % of the third wave variant was dominated by Omicron variants, especially the generation of lineages BA.1 and BA.2, demonstrating widespread global dissemination and local variant development. Phylogenetic analysis indicated a close relatedness of West Sumatra variants to those from Malaysia and other parts of Indonesia, highlighting regional transmission dynamics and potential sources of variant introductions. Conclusion: This study has identified unique variant clusters within each wave, suggesting distinct evolutionary pathways and local adaptations. These findings provide valuable insights into the genomic landscape of SARS-CoV-2 in West Sumatra and emphasize the crucial role of ongoing genomic surveillance in tracking viral changes and guiding public health measures

PREVALENSI ISOLAT MRSA PENGHASIL PANTON-VALENTINE LEUKOCIDIN PADA PASIEN ICU RUMAH SAKIT TERSIER

Penilitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi MRSA penghasil Panton-Valentine leukocidin (PVL) dan pola kepekaannya. Sampel penelitian adalah isolat MRSA dari 315 pasien Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Cipto Mangunkusumo (RSUPNCM) selama tahun 2011 dan 2014, dengan melakukan identifikasi, uji kepekaan dan uji molekuler terhadap isolat tersebut. Penelitian ini menunjukkan sebanyak 59% dari koloni MRSA yang ditemukan masih sensitif terhadap antibiotik golongan selain β-laktam, sehingga masih dapat diduga sebagai community-associated MRSA (CA-MRSA). CA-MRSA sepertinya mulai ditransmisikan di fasilitas kesehatan. Uji molekuler terhadap isolat MRSA memberikan hasil 8,3% isolat MRSA menghasilkan PVL. Berdasarkan tipe pola kepekaannya isolat MRSA penghasil PVL tersebut masih dapat digolongkan sebagai CA-MRSA. MRSA penghasil PVL ditemukan di RSUPNCM sebagai kolonisasi. Surveilan perlu dilakukan untuk memahami interaksi antara MRSA di komunitas dan rumah sakit, terutama untuk mengurangi transmisi di fasilitas kesehatan

PREVALENSI ISOLAT MRSA PENGHASIL PANTON-VALENTINE LEUKOCIDIN PADA PASIEN ICU RUMAH SAKIT TERSIER

Penilitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi MRSA penghasil Panton-Valentine leukocidin (PVL) dan pola kepekaannya. Sampel penelitian adalah isolat MRSA dari 315 pasien Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Cipto Mangunkusumo (RSUPNCM) selama tahun 2011 dan 2014, dengan melakukan identifikasi, uji kepekaan dan uji molekuler terhadap isolat tersebut. Penelitian ini menunjukkan sebanyak 59% dari koloni MRSA yang ditemukan masih sensitif terhadap antibiotik golongan selain β-laktam, sehingga masih dapat diduga sebagai community-associated MRSA (CA-MRSA). CA-MRSA sepertinya mulai ditransmisikan di fasilitas kesehatan. Uji molekuler terhadap isolat MRSA memberikan hasil 8,3% isolat MRSA menghasilkan PVL. Berdasarkan tipe pola kepekaannya isolat MRSA penghasil PVL tersebut masih dapat digolongkan sebagai CA-MRSA. MRSA penghasil PVL ditemukan di RSUPNCM sebagai kolonisasi. Surveilan perlu dilakukan untuk memahami interaksi antara MRSA di komunitas dan rumah sakit, terutama untuk mengurangi transmisi di fasilitas kesehatan