Prevalence of Escherichia coli carriage in the oropharynx of ambulatory children and adults with and without upper respiratory symptoms

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Prediction of the intestinal resistome by a three-dimensional structure-based method

The intestinal microbiota is considered to be a major reservoir of antibiotic resistance determinants (ARDs) that could potentially be transferred to bacterial pathogens via mobile genetic elements. Yet, this assumption is poorly supported by empirical evidence due to the distant homologies between known ARDs (mostly from culturable bacteria) and ARDs from the intestinal microbiota. Consequently, an accurate census of intestinal ARDs (that is, the intestinal resistome) has not yet been fully determined. For this purpose, we developed and validated an annotation method (called pairwise comparative modelling) on the basis of a three-dimensional structure (homology comparative modelling), leading to the prediction of 6,095 ARDs in a catalogue of 3.9 million proteins from the human intestinal microbiota. We found that the majority of predicted ARDs (pdARDs) were distantly related to known ARDs (mean amino acid identity 29.8%) and found little evidence supporting their transfer between species. According to the composition of their resistome, we were able to cluster subjects from the MetaHIT cohort (n = 663) into six resistotypes that were connected to the previously described enterotypes. Finally, we found that the relative abundance of pdARDs was positively associated with gene richness, but not when subjects were exposed to antibiotics. Altogether, our results indicate that the majority of intestinal microbiota ARDs can be considered intrinsic to the dominant commensal microbiota and that these genes are rarely shared with bacterial pathogens

L'Espagne historique, littéraire et monumentale : illustrée de gravures sur acier / par P.A. Gauzence de Lastours.

Texto paralelo en francés y españolLáminas arrancadasPALAU 100799Digitalización Vitoria-Gasteiz Fundación Sancho el Sabio 2012Carton

Apport de l'imagerie par résonance magnétique et de la ponction neurochirurgicale dans le diagnostic et la prise en charge des abcès cérébraux de l'adulte

Le diagnostic positif d abcès cérébral est souvent difficile et le traitement antibiotique reste le plus souvent empirique, expliquant en partie une morbimortalité élevée. L épidémiologie est marquée par l augmentation du nombre de patients immunodéprimés et la diminution des abcès secondaires à des infections ORL ou dentaires. L'obtention d'un diagnostic microbiologique rapide est donc primordial. Les nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques récemment développées: les séquences de diffusion en IRM, permettant de différencier abcès et tumeur, et la ponction neurochirurgicale à visée diagnostique pourraient permettre d'atteindre cet objectif. Nous avons évalué ces nouvelles stratégies de prise en charge dans une cohorte rétrospective de 21 patients. L IRM de diffusion a permis d affirmer le diagnostic d abcès chez 11/11 malades et leur prise en charge plus rapide. La ponction a permis le diagnostic microbiologique dans 19/19 cas, même chez les 5 malades déjà sous antibiotiques. Plus de 50% des malades, dont tous les immunodéprimés et la moitié des malades ayant une infection dentaire, étaient infectés avec des germes autres que ceux ciblés par l antibiothérapie empirique. Aucun sous-groupe de patients ne semble donc pouvoir être traité empiriquement au risque d échecs. Devant les changements épidémiologiques récents, un diagnostic positif rapide et le diagnostic microbiologique sont indispensables à la prise en charge des abcès cérébraux à pyogènes. La réalisation d une IRM de diffusion suivie d une ponction diagnostique systématique est une stratégie fiable et rentable pour obtenir un diagnostic bactériologique avant toute antibiothérapie.PARIS6-Bibl.Pitié-Salpêtrie (751132101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Technique et applications médicales des rayons X

Thèse : Médecine : Université de Bordeaux : 1897N° d'ordre : 7