Germline mutation in the RAD51B gene confers predisposition to breast cancer.

International audienceBACKGROUND: Most currently known breast cancer predisposition genes play a role in DNA repair by homologous recombination. Recent studies conducted on RAD51 paralogs, involved in the same DNA repair pathway, have identified rare germline mutations conferring breast and/or ovarian cancer predisposition in the RAD51C, RAD51D and XRCC2 genes. The present study analysed the five RAD51 paralogs (RAD51B, RAD51C, RAD51D, XRCC2, XRCC3) to estimate their contribution to breast and ovarian cancer predisposition. METHODS: The study was conducted on 142 unrelated patients with breast and/or ovarian cancer either with early onset or with a breast/ovarian cancer family history. Patients were referred to a French family cancer clinic and had been previously tested negative for a BRCA1/2 mutation. Coding sequences of the five genes were analysed by EMMA (Enhanced Mismatch Mutation Analysis). Detected variants were characterized by Sanger sequencing analysis. RESULTS: Three splicing mutations and two likely deleterious missense variants were identified: RAD51B c.452 + 3A > G, RAD51C c.706-2A > G, RAD51C c.1026 + 5_1026 + 7del, RAD51B c.475C > T/p.Arg159Cys and XRCC3 c.448C > T/p.Arg150Cys. No RAD51D and XRCC2 gene mutations were detected. These mutations and variants were detected in families with both breast and ovarian cancers, except for the RAD51B c.475C > T/p.Arg159Cys variant that occurred in a family with 3 breast cancer cases. CONCLUSIONS: This study identified the first RAD51B mutation in a breast and ovarian cancer family and is the first report of XRCC3 mutation analysis in breast and ovarian cancer. It confirms that RAD51 paralog mutations confer breast and ovarian cancer predisposition and are rare events. In view of the low frequency of RAD51 paralog mutations, international collaboration of family cancer clinics will be required to more accurately estimate their penetrance and establish clinical guidelines in carrier individuals

Etude de cohorte française sur l'ataxie-télangiectasie (CoF-AT)

Objectifs.– L’étude CoF-AT est de type « action-recherche » dont les objectifs sont d’estimer le risque de cancer associé aux gènes de l’ataxie télangiectasie (A-T), de rechercher les facteurs de risque et d’étudier les caractéristiques du cancer du sein (CS) chez les hétérozygotes A-T, mais aussi de proposer une surveillance mammaire.Contexte.– Plusieurs études familiales ont montré une augmentation du risque de cancer, CS en particulier, parmi les apparentés des enfants A-T (e.x. : Swift 1987, Janin et al. 1999, Thompson et al. 2005). Bien que l’A-T soit une maladie génétique rare (1/100 000 à 1/40 000), récessive, environ 0,5% de la population générale serait hétérozygote pour les gènes de l’A-T. Ce trait génétique pourraitdonc être impliqué dans un pourcentage non négligeable de CS. Deux gènes responsables, codant des protéines impliquées dans la réparation des cassures double-brin de l’ADN, ont été identifiés (ATM Savitsky et al. 1995], MRE11 [Stewart et al. 1999]).Protocole.– Une cohorte de femmes apparentées à un enfant atteint d’A-T est en cours de constitution depuis mai 2003. Un total de 800 femmes hétérozygotes et non-hétérozygotes est attendu. Ces femmes sont recrutées via l’étude familiale rétrospective (Janin et al. 1999) et via les familles identifiées dans le cadre du diagnostic des enfants. Les femmes sont interrogées sur leurs antécédentspersonnels de maladies, leur exposition aux facteurs de risque et sur leurs antécédents familiaux de cancer. La surveillance mammaire consiste en un examen clinique, et après 40 ans, une mammographie tous les deux ans. Une DNAthèque et une tumorothèque sont constituées.État d’avancement.– Cent cinquante-neuf familles avec au moins une mutation délétère du gène ATM identifiée sont référencées au laboratoire de génétique oncologique (institut Curie). Parmi les 572 femmes invitées, 333 ont aujourd’hui accepté de participer à l’étude. L’avancement sera présenté en détail et les caractéristiques de la population incluse seront décrites.Remerciements.– Nous remercions vivement les femmes qui participent à cette étude ainsi que l’Aprat. CoF-AT est subventionnée par le ministère de la Recherche et l’Inserm, la Fondation de France, le Conseil scientifique de radioprotection d’EDF, La Ligue nationale contre le cancer et la MGEN

Etude de cohorte française sur l'ataxie-télangiectasie (CoF-AT) : 2003-2008

AbstractNational audienceObjectifs Les objectifs de l’étude CoF-AT sont d’estimer précisément le risque de cancer associé aux gènes de l’Ataxie Télangiectasie (A-T), de rechercher les facteurs de risque associés, d’étudier les caractéristiques du cancer du sein (CS) chez les hétérozygotes A-T et de proposer une surveillancemammaire aux femmes apparentées à un enfant atteint d’A-T. Contexte En effet, plusieurs études familiales ont montré une augmentation du risque de cancer et en particulier de cancer du sein parmi les apparentés des enfants A-T (ex : Swift 1987, Janin et al., 1999, Olsen et al., 2005, Thompson et al., 2005) et bien que l’A-T soit une maladie génétique rare (entre 1 cas sur 100 000 naissances et 1 sur 40 000), transmise selon le mode récessif, on estime autour de 0.5 % la proportion d’hétérozygotespour les gènes de l’A-T dans la population générale. Ce trait génétique pourrait donc être impliqué dans un pourcentage non négligeable de CS. L’A-T est une maladie de l’enfant caractérisée par une ataxie cérébelleuse dégénérative, des télangiectasies cutanées ou muqueuses, un déficit immunitaireet un risque augmenté de cancer. Deux gènes responsables de la maladie et codant des protéines impliquées dans la réparation des cassures double-brin de l’ADN ont été identifiés : ATM (Savitsky et al., 1995) et MRE11 (Stewart et al., 1999). Protocole : Une cohorte de femmes apparentées à un enfant atteint d’A-T est en cours de constitution depuis mai 2003. Un total de 800 inclusions de femmes hétérozygotes et non-hétérozygotes est attendu. Les femmes appartiennent aux familles recrutées lorsde l’étude familiale rétrospective (Janin et al., 1999) et aux nouvelles familles identifiées dans le cadre du diagnostic des enfants atteints. Ces nouvelles familles sont contactées par l’intermédiaire des (hémato-), (neuro-) pédiatres, généticiens, registre A-T du CEREDIH (1), APRAT (2) et ORPHANET. Les femmes sont interrogées tous les deux ans sur leurs antécédents personnels et familiaux de cancer et sur leur exposition aux facteurs de risque de cancer. Le suivi médical proposé consiste en unesurveillance mammaire clinique, et si les femmes ont 40 ans et plus, une mammographie tous les deux ans. Une DNAthèque et une tumorothèque sont mises en place. Etat d’avancement Un peu plus de 4 ans après le début de l’étude, 182 familles A-T ont été identifiées à partir des dossiers médicaux du laboratoire de Génétique Oncologique de l’Institut Curie, dont 159 porteuses d’au moins une mutation identifiée. 513 femmes appartenant à 134 familles ont été invitées à participer ; 283 femmes (69 familles) ont accepté de participer. L’avancement de l’étude CoF-AT sera présenté en détail et les caractéristiques de la population incluse en janvier 2008 seront décrites. Remerciements Nous remercions vivement les femmes qui participent à cette étude ainsi que l’APRAT. CoF-AT est subventionnée par le Ministère de la Recherche et l’Inserm, la Fondation de France, le Conseil Scientifique de Radioprotection d’EDF, La Ligue Nationale Contre le Cancer. (1)Centre de Référence des Déficits Immunitaires Héréditaires (2)Association Pour la Recherche sur l’Ataxie-Télangiectasi

High frequency of exon 15 deletion in the FANCA gene in Tunisian patients affected with Fanconi anemia disease: implication for diagnosis.

International audienceTunisian population is characterized by its heterogeneous ethnic background and high rate of consanguinity. In consequence, there is an increase in the frequency of recessive genetic disorders including Fanconi anemia (FA). The aim of this study was to confirm the existence of a founder haplotype among FA Tunisian patients and to identify the associated mutation in order to develop a simple tool for FA diagnosis. Seventy-four unrelated families with a total of 95 FA patients were investigated. All available family members were genotyped with four microsatellite markers flanking FANCA gene. Haplotype analysis and homozygosity mapping assigned 83 patients belonging to 62 families to the FA-A group. A common haplotype was shared by 42 patients from 26 families at a homozygous state while five patients from five families were heterozygous. Among them, 85% were from southern Tunisia suggesting a founder effect. Using multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) technique, we have also demonstrated that this haplotype is associated with a total deletion of exon 15 in FANCA gene. Identification of a founder mutation allowed genetic counseling in relatives of these families, better bone marrow graft donor selection and prenatal diagnosis. This mutation should be investigated in priority for patients originating from North Africa and Middle East

PROMIDISα: A T-cell receptor α signature associated with immunodeficiencies caused by V(D)J recombination defects

International audienceBACKGROUND:V(D)J recombination ensures the diversity of the adaptive immune system. Although its complete defect causes severe combined immunodeficiency (ie, T-B- severe combined immunodeficiency), its suboptimal activity is associated with a broad spectrum of immune manifestations, such as late-onset combined immunodeficiency and autoimmunity. The earliest molecular diagnosis of these patients is required to adopt the best therapy strategy, particularly when it involves a myeloablative conditioning regimen for hematopoietic stem cell transplantation.OBJECTIVE:We aimed at developing biomarkers based on analysis of the T-cell receptor (TCR) α repertoire to assist in the diagnosis of patients with primary immunodeficiencies with V(D)J recombination and DNA repair deficiencies.METHODS:We used flow cytometric (fluorescence-activated cell sorting) analysis to quantify TCR-Vα7.2-expressing T lymphocytes in peripheral blood and developed PROMIDISα, a multiplex RT-PCR/next-generation sequencing assay, to evaluate a subset of the TCRα repertoire in T lymphocytes.RESULTS:The combined fluorescence-activated cell sorting and PROMIDISα analyses revealed specific signatures in patients with V(D)J recombination-defective primary immunodeficiencies or ataxia telangiectasia/Nijmegen breakage syndromes.CONCLUSION:Analysis of the TCRα repertoire is particularly appropriate in a prospective way to identify patients with partial immune defects caused by suboptimal V(D)J recombination activity, a DNA repair defect, or both. It also constitutes a valuable tool for the retrospective in vivo functional validation of variants identified through exome or panel sequencing. Its broader implementation might be of interest to assist early diagnosis of patients presenting with hypomorphic DNA repair defects inclined to experience acute toxicity during prehematopoietic stem cell transplantation conditioning

Morbidity and mortality from ataxia-telangiectasia are associated with ATM genotype.

Morbidity and mortality among patients with A-T are associated with ATM genotype. This information could improve our prognostic ability and lead to adapted therapeutic strategies

Telomere length, ATM mutation status and cancer risk in Ataxia-Telangiectasia families.

Recent studies have linked constitutive telomere length (TL) to aging-related diseases including cancer at different sites. ATM participates in the signaling of telomere erosion, and inherited mutations in ATM have been associated with increased risk of cancer, particularly breast cancer. The goal of this study was to investigate whether carriage of an ATM mutation and TL interplay to modify cancer risk in ataxia-telangiectasia (A-T) families.The study population consisted of 284 heterozygous ATM mutation carriers (HetAT) and 174 non-carriers (non-HetAT) from 103 A-T families. Forty-eight HetAT and 14 non-HetAT individuals had cancer, among them 25 HetAT and 6 non-HetAT were diagnosed after blood sample collection. We measured mean TL using a quantitative PCR assay and genotyped seven single-nucleotide polymorphisms (SNPs) recurrently associated with TL in large population-based studies.HetAT individuals were at increased risk of cancer (OR = 2.3, 95%CI = 1.2-4.4, P = 0.01), and particularly of breast cancer for women (OR = 2.9, 95%CI = 1.2-7.1, P = 0.02), in comparison to their non-HetAT relatives. HetAT individuals had longer telomeres than non-HetAT individuals (P = 0.0008) but TL was not associated with cancer risk, and no significant interaction was observed between ATM mutation status and TL. Furthermore, rs9257445 (ZNF311) was associated with TL in HetAT subjects and rs6060627 (BCL2L1) modified cancer risk in HetAT and non-HetAT women.Our findings suggest that carriage of an ATM mutation impacts on the age-related TL shortening and that TL per se is not related to cancer risk in ATM carriers. TL measurement alone is not a good marker for predicting cancer risk in A-T families

Functional classification of ATM variants in ataxia-telangiectasia patients.

Ataxia-telangiectasia (A-T) is a recessive disorder caused by biallelic pathogenic variants of ataxia-telangiectasia mutated (ATM). This disease is characterized by progressive ataxia, telangiectasia, immune deficiency, predisposition to malignancies, and radiosensitivity. However, hypomorphic variants may be discovered associated with very atypical phenotypes, raising the importance of evaluating their pathogenic effects. In this study, multiple functional analyses were performed on lymphoblastoid cell lines from 36 patients, comprising 49 ATM variants, 24 being of uncertain significance. Thirteen patients with atypical phenotype and presumably hypomorphic variants were of particular interest to test strength of functional analyses and to highlight discrepancies with typical patients. Western-blot combined with transcript analyses allowed the identification of one missing variant, confirmed suspected splice defects and revealed unsuspected minor transcripts. Subcellular localization analyses confirmed the low level and abnormal cytoplasmic localization of ATM for most A-T cell lines. Interestingly, atypical patients had lower kinase defect and less altered cell-cycle distribution after genotoxic stress than typical patients. In conclusion, this study demonstrated the pathogenic effects of the 49 variants, highlighted the strength of KAP1 phosphorylation test for pathogenicity assessment and allowed the establishment of the Ataxia-TeLangiectasia Atypical Score to predict atypical phenotype. Altogether, we propose strategies for ATM variant detection and classification