Structural basis for Z-DNA binding and stabilization by the zebrafish Z-DNA dependent protein kinase PKZ

The RNA-dependent protein kinase PKR plays a central role in the antiviral defense of vertebrates by shutting down protein translation upon detection of viral dsRNA in the cytoplasm. In some teleost fish, PKZ, a homolog of PKR, performs the same function, but surprisingly, instead of dsRNA binding domains, it harbors two Z-DNA/Z-RNA-binding domains belonging to the Zalpha domain family. Zalpha domains have also been found in other proteins, which have key roles in the regulation of interferon responses such as ADAR1 and DNA-dependent activator of IFN-regulatory factors (DAI) and in viral proteins involved in immune response evasion such as the poxviral E3L and the Cyprinid Herpesvirus 3 ORF112. The underlying mechanism of nucleic acids binding and stabilization by Zalpha domains is still unclear. Here, we present two crystal structures of the zebrafish PKZ Zalpha domain (DrZalpha(PKZ)) in alternatively organized complexes with a (CG)6 DNA oligonucleotide at 2 and 1.8 Å resolution. These structures reveal novel aspects of the Zalpha interaction with DNA, and they give insights on the arrangement of multiple Zalpha domains on DNA helices longer than the minimal binding site.FCT fellowship: (SFRH/BPD/71629/2010), ESRF BAG program, Instituto Gulbenkian de Ciência

Simulação computacional da flutuação populacional do bicho-mineiro do cafeeiro em condições de campo para o Município de São Sebastião do Paraíso-MG.

Foram realizadas simulações da flutuação populacional de lagartas do bicho-mineiro do cafeeiro, Leucoptera coffeella (Guérin-Mèneville, 1842) (Lepidoptera: Lyonetiidae), utilizando-se dados de temperatura e precipitação pluvial relativos ao município de São Sebastião do Paraíso-MG no período de 1989 a 1993. Os resultados da simulação foram comparados com aqueles obtidos em pesquisa de campo realizado por Reis e Souza (1996), sendo verificado que para a maioria dos anos o modelo foi capaz de reproduzir os picos populacionais do inseto-praga

Influência de aléias de leguminosas arbóreas na infestação de bicho-mineiro em cafeeiro.

O bicho-mineiro, Leucoptera coffeella (Guérin - Mèneville, 1842) (Lepidoptera: Lyonetiidae), é talvez a principal praga do cafeeiro (Coffea spp.) na atualidade, principalmente nas regiões de temperaturas mais elevadas e de maior déficit hídrico. Vários estudos indicam que a abundância e diversidade de insetos dentro de um campo podem estar intimamente relacionadas com a natureza da vegetação circundante. Considerando o exposto, foi objetivo deste trabalho observar o efeito de espécies de leguminosas arbóreas utilizadas como quebra-ventos (aléias) sobre os aspectos fitossanitários do cafeeiro. As leguminosas utilizadas foram: o Guandu (Cajanus cajan Millsp.), Bracatinga (Mimosa scabrella Benth.), Leucena (Leucaena leucocephala (Lam.) De Wit) e Acácia (Acacia mangium Willd.), plantadas perpendiculares ao sentido dos ventos predominantes. Os resultados parciais, obtidos em 2003, 2004, 2005 e 2006, mostram que a menor porcentagem de folhas com minas intactas foi observada nos cafeeiros sob Leucena e Guandu e também a menor porcentagem de minas predadas. Os cafeeiros sob Leucena e Guandu apresentaram nível de controle (NC) para o bicho-mineiro (30% de folhas minadas sem sinais de predação) no final de agosto enquanto que aqueles sob Acácia e Bracatinga foram semelhantes à testemunha e apresentaram NC bem mais cedo, no mês de junho

Computer simulation of the coffee leaf miner using sexual Penna aging model.

Forecast models based on climatic conditions are of great interest in Integrated Pest Management (IPM) programs. The success of these models depends, among other factors, on the knowledge of the temperature effect on the pests? population dynamics. In this direction, a computer simulation was made for the population dynamics of the coffee leaf miner, L. coffeella, at different temperatures, considering experimental data relative to the pest. The age structure was inserted into the dynamics through sexual Penna Model. The results obtained, such as life expectancy, growth rate and annual generations? number, in agreement to those in laboratory and field conditions, show that the simulation can be used as a forecast model for controlling L. coffeella

Potencial de predação de três espécies de fitoseídeos sobre Oligonychus ilicis (McGREGOR, 1917)(Acari: Tetranychidae).

O ácaro-vermelho, Oligonychus ilicis (McGregor, 1917), é um dos principais ácaros fitófagos do cafeeiro (Coffea spp.), sendo responsável por causar o bronzeamento nas folhas e como conseqüência do ataque há redução da capacidade fotossintetizadora das mesmas. Ácaros pertencentes à família Phytoseiidae são considerados os mais importantes e estudados dentre os predadores de ácaros-praga. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial de predação de Iphiseiodes zuluagai Denmark & Muma, 1972; Euseius citrifolius Denmark & Muma, 1970 e Amblyseius herbicolus (Chant, 1959) (Acari: Phytoseiidae) sobre as diversas fases do desenvolvimento de O. ilicis. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado com cinco tratamentos: testemunha sem predador, larva, ninfa e adulto: macho (exceto para A. herbicolus) e fêmea do predador, com dez repetições. Cada repetição constou de uma arena (disco de folha de cafeeiro, Coffea arabia L.), onde foram colocados 25 ácaros O. ilicis e um ácaro predador, em experimentos independentes. Após 24 horas, observou-se que a fase de fêmea adulta dos predadores foi a mais eficiente na predação, seguida pela fase de ninfa, macho e larva. Adultos de O. ilicis não foram preferidos para predação por todas as fases do desenvolvimento dos ácaros predadores e as larvas foram as preferidas

Distribuição espacial do bicho-mineiro, Leucoptera coffeella (Guér.-Ménev., 1942)(Lepidoptera: Lyonetiidae), e vespas (Hymenoptera: vespidae) em cafezal (Coffea arabica L.) orgânico em formação.

O bicho-mineiro do cafeeiro [Leucoptera coffeella (Guér.-Mènev., 1942).] é uma das maiores pragas dos cafezais, acarretando perdas de até 50% na produção. O conhecimento da distribuição espacial dessa praga e das vespas (Hymenoptera: Vespidae), seus predadores, é muito importante para seu melhor manejo em plantações de café orgânico. Neste trabalho foi estudado um cafezal orgânico em formação no seu terceiro ano de implantação. Foram utilizados os índices de Fisher e Morisita para caracterizar a distribuição espacial do numero de folhas minadas, numero de minas novas, número de minas predadas e número de vespas. Os intervalos de confiança para os índices foram calculados utilizando o método bootstrap. Os índices não conseguiram identificar claramente um padrão espacial para as variáveis no período investigado

Análise da variabilidade espacial da ocorrência do bicho-mineiro [Leucoptera coffeella, (GUÉR.-MÈNEV., 1942)] (Lepidoptera: Lyonetiidae) em cafezal (Coffea arábica, L.) orgânico em formação.

Um dos desafios na produção orgânica de café é o controle de pragas sem o uso de pesticidas. Uma das pragas mais prejudiciais é o bicho-mineiro (Leucoptera coffeella), que pode causar severos danos aos cafeeiros, com perdas que podem alcançar 50% da produção total. Compreender a distribuição espacial do bicho-mineiro pode ser importante no contexto do controle biológico da praga. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o relacionamento entre a presença do bicho-mineiro e a localização do cafeeiro (Coffea arabica) em um cultivo orgânico no segundo ano de sua implantação. Foi usado o semivariograma como uma ferramenta para a determinação do grau de dependência espacial do bicho-mineiro. Pelos resultados obtidos, podemos afirmar que a ocorrência do bicho-mineiro apresenta autocorrelação espacial até 30 metros

Efeito da chuva e do manejo das plantas adventícias na incidência de ácaros predadores (Phytoseeidae) em cafeeiro orgânico.

O objetivo deste trabalho foi estudar o efeito do manejo das plantas adventícias que nascem entre as linhas de cafeeiro orgânico, as quais podem estar servindo de refúgio para ácaros predadores da família Phytoseiidae. O experimento foi conduzido em Santo Antônio do Amparo, Estado de Minas Gerais, Brasil, com cinco tratamentos e cinco repetições em uma área de 1ha, onde foram realizados diferentes manejos das plantas adventícias: 1 - roçada alternada, 2 - capina (sem mato) em todas entre linhas, 3 - roçada em ambas entre linhas, 4 - capina/mato sem manejo e 5 - mato sem manejo. As coletas das folhas do cafeeiro foram feitas mensalmente, sendo 25 folhas em cada repetição em um total de 125 folhas por tratamento. Após a coleta as folhas foram levadas ao laboratório de Acarologia da Epamig/EcoCentro, Lavras, Minas Gerais. Os ácaros foram extraídos das folhas pelo método de lavagem e posteriormente montados em lâminas em meio de Hoyer para identificação específica. O maior número de ácaros predadores foi encontrado na época de menor precipitação pluvial, independente do método de manejo das plantas adventícias. Foram encontrados 259 ácaros adultos e 73 imaturos. Os ácaros adultos foram identificados como sendo pertencentes as seguintes espécies: Euseius concordis (Chant, 1959), a mais abundante com (58,3%), seguida de Euseius citrifolius Denmark e Muma, 1970 (30,8%), Euseius alatus DeLeon, 1966 (4,3%), Typhlodrompis mangle DeLeon, 1967 (2,4%), Neoseiulus tunus DeLeon, 1967 (DeLeon, 1967) (0,9%), Metaseiulus (Metaseiulus) Chant & McMurtry (0,5%), Phytoseius sp. Ribaga (0,5%) e Galendromus sp. Muma (0,5%)

Análise temporal do preço do café pago ao produtor pela cooperativa regional de cafeicultores em Guaxupé (Cooxupé).

A produção de café no Brasil é considerada uma tradição de mais de dois séculos. Tendo em vista a importância da cafeicultura para o desenvolvimento econômico e social dos estados produtores, o objetivo desse trabalho foi ajustar um modelo capaz de descrever o comportamento da série de preço do café, da cooperativa Cooxupé, no período de janeiro de 1979 a dezembro de 2005, utilizando técnicas de séries temporais. Buscando caracterizar as causas mais importantes da crise, o modelo ARIMA com intervenções foi o que se ajustou melhor aos dados