İstanbul ili ve ilçelerinde Salmonella taşıyıcılığının vi antijeni ile taranması çalışmaları

İnsanlarda Salmonella bakterileri Tifo, Paratifo, Sepsis, Salmonella'lı Gastro-Enteritler ve Besin zehirlenmeleri etkeni olabilmektedirler. Kişinin yaşam standartları, yaşadığı evin tipi, kalabalık olması, sosyoekonomik durumu, çevre şartları ve en önemlisi kullanılan suyun kaynağı, hastalığın yayılmasında en önemli etkenlerdir. Bu çalışmamızda İstanbul ili sınırlarında yaşayan ve belirli sektörlerde çalışan personelden kan örnekleri alınarak Salmonella taşıyıcılığı açısından araştırılmıştır. Kan örnekleri Vi-antijeni ile Salmonella taşıyıcılık kontrolünden sonra taşıyıcı bireylerin dışkısından kronik taşıyıcı olup olmadığının tespiti için dışkı örnekleri tekrar incelenmiştir. İstanbul ilinde yapılan bu çalışmada 10.000 denek üzerinde tarama yapılmıştır. Bu 10.000 kişinin 22'sinin taşıyıcı olduğu ve bunlardan da 2'sinin kronik taşıyıcı olduğu tespit edilmiştir. Bunun sonucunda kronik tifo taşıyıcılığının yıllara oranla azaldığı fakat tümüyle kaybolmadığı saptanmış ve tarama sonunda taşıyıcı oldukları saptanan bu bireylere kontrollü bir proflaksi uygulanmıştır.Temmuz,2002 Akın YİĞİNSalmonella bacteria can be the reasons of Typhoid, Paratyphoid, Gasro-Enteriditis and Nutrition poisonings. Person's living standarts, the accommodation type, the crowd of the house, socioeconomic conditions, environmental conditions and the water sources, the most importantly, are the main factor spreading of the disease. Within this study we used blood specimen that were taken from the people who live and work in certain working sectors in Istanbul. After the carrier people's feces were again controlled for chronic carrier. Furthermore, medical treatment was supplied to the carriers to maintain the isolation of these people from the society.With this study, 10.000 people are investigated throughout the city of Istanbul It is determined that 22 of these 10.000 people are carrier and 2 of them are chronic carrier.As a conclusion it is determined that chronic typhoid carrier has been decreasing throughout the years but it is not terminated totally. After the investigation the controlled proflaxi is applied to the infected people

JAK2V617F mutation distribution in hematologic malignancies.

TEZ10203Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2013.Kaynakça (s. 121-131) var.xvii, 133 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm.Bu çalışmada; Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı ve Pediatrik Hematoloji Bilim Dalına Eylül 2009-2011 tarihleri arasında başvuran hematolojik malignensi’li hastalarda JAK2V617F mutasyonu dağılımı incelenmiştir. Pediatri grubunda sitomorfolojik, immunohistokimyasal ve immün akımsitometrik çalışmalar ile Akut Lösemi tanısı alan hastalardan 216’sı (164’ü ALL, 52 AML’li) çalışmaya alınmıştır. Ayrıca Eylül 2009-2011 tarihleri arasında Dahiliye Hematoloji bölümüne başvuran PV, ET, KML ve PMF’li 176 yetişkin hasta çalışmaya dahil edilmiştir. JAK2V617F mutasyonunu saptamak amacı ile tam kandan DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA izolasyonu manuel yöntemle High Pure PCR Template Preperation Kit (Roche) kullanılarak gerçekleştirilmiş ve DNA’lar -80oC’de saklanmıştır. JAK2V617F gen mutasyonları RealTime PCR kullanılarak, genotiplendirmeler ise erime eğrileri analizleri ile saptanmıştır. Mutant JAK2617F/F için Tm=53ºC, yaban tip JAK2617V/V için Tm=62ºC ve Heterezigot allelleri JAK2617V/F için Tm=53ºC ve Tm=62ºC’dir. Sonuç olarak; ALL’li 164 hastanın hiçbirinde (% 0), AML’li 52 hastanın 1 (% 1,92), PV’li 79 hastanın 71’i (% 89,8), ET’li 51 hastanın 22’si (% 43,1), KML’li 22 hastanın 1’i (% 4,5) ve PMF’li 24 hastanın 15’inde (% 62,5) JAK2V617F mutasyonu saptanmıştır. KML, PV, PMF’li yetişkin hasta gruplarında trombosit değerleri ile JAK2V617F mutasyonu arasında herhangi bir anlamlı ilişki bulunmaz iken beklendiği gibi ET’de hastalığın temel patogenomik bulgusu olan trombositoz nedeni ile JAK2V617F mutasyonu ve trombosit değerleri arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır. ET ve PV’li yetişkin hasta gruplarında, genotip ve allel dağılımı arasında istatiksel olarak önemli bir fark bulunmuş (p=0,000) ve allel dağılımı açısından T allelinin hastalık riski oluşturabileceği saptanmıştır (p=0,000). JAK2 V617F mutasyonu saptanan ve saptanmayan PV ve ET hastaları arasında hemoglobin (Hb), hematokrit (Hct), lökosit (Wbc) değerleri açısından istatistiksel bir fark bulunmamıştır (p>0.05). Erişkinler ile karşılaştırıldığında çocukluk çağı lösemilerinde JAK2V617F mutasyonu hematolojik malignensilerde yok denecek kadar az olduğu sonucu çıkarılmıştır. Bu çalışma; pediatrik yaş grubunda bu kadar yüksek hasta sayısı ile Türkiyede yapılan ilk araştırmadır. Dünya literatüründe ki çalışmalar ile paralel sonuçlar elde edilmiştir. Bunun yanında, ilk kez, lösemilerde önemli bir sınıflama aracı olan immünofenotipleme için yapılan akımsitometrik verileri ile JAK2V617F mutasyon ilişkisi değerlendirilmiştir. Literatürde belirtildiği gibi, hematolojik malignitelerde özellikle PV ve ET ayırıcı tanısında ve tedaviye yanıtın takibinde, JAK2V617F mutasyonun Realtime PCR ile saptanmasının, tarama testi olarak faydalı olduğu birkez daha gösterilmiştir. Yakın zamanda MPDs hastalarında tedavide önemli olan seçici JAK1/2 inhibitorü içeren bir ilaç geliştirilmiştir. Bu da JAK2V617F mutasyonun incelenmesinin ne kadar önemli olduğunu göstermiştir.In this study we have examined the deviation of JAK2V617F mutation among the patients who applied to the departments of child health and disease and pediatric hematology of Çukurova University Medicine Faculty between September 2009 and September 2011. 216 patients in the pediatric group that were diagnosed with acute leukemia by cytomorphological and immunohistochemical studies have been examined. In addition, 176 adults -PV, ET, CML and PMF patients- who applied to Hematology clinic between the dates September 2009 and 2011 have been studied. In order to identify the JAK2V617F mutation, DNA has been isolated from the whole blood. DNA isolation has been carried out with manual methodology, using the High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche), and the extracted DNAs have been preserved at -80ºC. Gene mutations have been identified by analyzing the Tm curves obtained throughout the RealTime PCR. The mutant JAK2617F/F Tm value is 53ºC, the wild type JAK2617V/V Tm value is 62ºC, and heterozygosis allels JAK2617V/F Tm values are 53ºC and 62ºC. As a result, the rates of the identified JAK2V617F mutation are as follows: none (0%) among the 164 ALL patients, 1 (1,92%) among the 52 AML patients, 71 (89,8%) among the 79 PV patients, 22 (43,1%) among the 51 ET patients, 1 (4,5%) among the 22 CML patients, 15 (62,5%) among the 24 PMF patients. Although no significant relation has been detected between the platelet value and JAK2V617F mutation for the CML, PV and PMF adult patient groups, a significant relation has been detected between the platelet value and JAK2V617F mutation for the ET patients -as expected- because of thrombocytosis, which is the main pathogenomic sign of the disease. A significant statistical difference (p=0,000) has been found between the allele and genotype distribution. T allele is identified as a risk for the disease according to allele distribution (p0.05) has been found for hemoglobin (Hb), hematocrit (Hct), white blood cell (WBC) values for the PV and ET patients with and without JAK2V617F mutation. It is concluded that the JAK2V617F mutation at the hematological malignancies is very little or negligible in the childhood leukemia when compared to the adults. This study examines the highest number of patients in pediatric age group in Turkey and in the literature. The results obtained are in accordance with the literature. Moreover, this is the first study to evaluate the relationship between JAK2V617F mutation and flowcytometric findings for the immunophenotypic examination, which is an important classification tool of leukemia. It is once again shown that determination of the JAK2V617F mutation with Realtime PCR is a useful screening test for definitive diagnosis of hematologic malignancies especially PV and ET and follow-up of patients’ response to therapy as reported in the literature. A medicine has been recently developed consisting of JAK1/2 inhibitor to cure MPDs patients. This reveals the importance of examination of JAK2V617F mutation.Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: FEF2006D13

Determination of Giardia intestinalis Genotypes in Stool Specimens by Real-Time PCR Method

Amaç: Giardia intestinalis flagellalı, Giardiyaz’a neden olan bir protozoondur ve dünya çapında önemli bir sorundur. Moleküler yöntemlerle sekiz farklı genotipi saptanan G. intestinalis’de, A ve B genotipinin, insan ve memelilerde hastalıklarla ilişkili olduğu ve farklı genotiplerin, farklı klinik tablolar meydana getirebildiği bildirilmektedir. Biz de bu bilgiler ışığında, giardiyaz tanısı almış ve G. intestinalis pozitif saptanan dışkı örneklerinde bulunan G. intestinalis genotiplerinin dağılımını real-time PCR yöntemi ile belirlemeyi ve moleküler epidemiyolojik bir veri sunmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Ocak 2016-Ocak 2018 tarihleri arasında, hem nativ hem de lugol ile mikroskobik olarak incelenen dışkı örnekleri içinde G. intestinalis kist ve/veya trofozoit’i pozitif bulunan 50 G. intestinalis pozitif hastanın dışkı numuneleri çalışmaya dâhil edildi. Dışkı örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirildikten sonra genotip A ve genotip B için spesifik primerler kullanılarak real-time PCR ile analiz edildi. Bulgular: Çalışmamıza dâhil edilen 50 giardiyaz tanılı hastanın dışkı örneklerinde, 28’inde (%56) A genotipi saptanırken, 17’sinde (%34) B genotipi, 5’inde (%10) ise hem A, hem de B genotipi bulundu. Cinsiyete göre saptanan genotipler incelendiğinde, erkeklerde ve kadınlarda sırasıyla 25 (%50) ve 25 (%50) olarak bulundu. Sonuç: Sonuç olarak, çalışmamız ile ülkemizde giardiyaza neden olan ama ayrımı yalnızca moleküler yöntemlerle ortaya konabilen G. intestinalis genotipleri incelenerek, G. intestinalis’in A genotipinin, B genotipine oranla biraz daha fazla olduğu belirlendi. Ülkemizde G. intestinalis’in moleküler epidemiyolojisine yönelik veriler sınırlıdır. Bu çalışmanın buna katkı sağlayacağı düşüncesindeyiz.Objective: As a causative agent giardiasis, Giardia intestinalis is a flagellated protozoa, and it is a major problem worldwide. Eight different genotypes have been identified in G. intestinalis by molecular method. It has been reported that the genotypes A and B are related to diseases in human and mammals and different genotypes cause different clinical pictures. In this study, we aimed to determine the distribution of G. intestinalis genotypes in stool specimens of G. intestinalis positive patients by realtime PCR and to present a molecular epidemiological data. Material and Methods: Between January 2016 and January 2018, stool samples from fifty G. intestinalis cyst and / or trophozoite positive patients were included in the study. Native andlugol-treated stool specimens were microscopically examined. DNA isolation from stool specimens was performed and then analyzed by real-time PCR using specific primers for genotypes A and B. Results: In stool samples of fifty patients with diagnosis of giardiasis included in our study, genotype A (n=28: 56%), genotype B (n=17: 34%) and both genotype A and genotype B (n=5: 10%) were detected. These genotypes were found in 25 (50%) male, and 25 (50%) female patients. Conclusion: In conclusion, we investigated G. intestinalis genotypes which cause giardiasis in our country but these genotypes can only be distinguished by molecular methods. We found that G. intestinalis genotype A is slightly more frequent than genotype B. In our country, the data on the molecular epidemiology of G. intestinalis genotypes are very limited. We believe this work will contribute to this

Vorhandensein von Staphylococcus aureus, Staphylokokken Enterotoxinen und ­antimikrobielle Resistenzen in traditionell hergestelltem Rohmilchkäse

The objectives of this study was to investigate the presence of Staphylococcus aureus, distribution of classical staphylococcal enterotoxin (SE) SEA to SEE, relevant gene/s and antimicrobial resistance pattern of S. aureus isolated from traditionally produced raw milk cheeses. A total of 106 fresh white cheese samples were examined. The 25 (23.6 %) of 106 cheese samples were found to be contaminated with coagulase positive staphylococci (CPS). From 52 isolates identified as S. aureus, one or more SEs was detected in 38.4 % of the isolates by ELISA whereas one or more se genes were detected in 50 % of the isolates by RT PCR. SEE (75 %) and see gene (61.5 %) were detected most frequently, whereas SED and sed gene were not detected in any isolates. Overall, 63.5 % of isolates were resistant to antimicrobial agents with 59.6 %, 13.5 %, 5.8 %, 5.8 % and 3.8 % of the isolates were resistant to penicillin, erythromycin, tetracycline, cefoxitin and kanamycin, respectively. The results of this study have revealed that cheeses made from raw milk were highly contaminated with S. aureus, therefore, creates a risk for public health due to the presence of enterotoxins as well as resistant strains against antimicrobial agents