Phenotypical characterization of spontaneous morphological variants of Bacillus sp. strains

La cepa Bacillus tequilensis EA-CB0015 (BtqEA15_WT), el ingrediente activo de un agente controlador biológico desarrolla una variación morfológica de la colonia durante un proceso de cultivo. Con el fin de conocer más acerca de este fenómeno en este estudio un grupo de cepas bacterianas de Bacillus sp., incluida BtqEA15_WT, y los morfotipos que emergen de ellas fueron evaluados mediante diferentes ensayos fenotípicos. En resumen, la colonia de las variantes morfológicas fue descrita como planas, circulares, mucosas, traslúcidas, blanca y brillante con un tamaño promedio de 4.1 ± 0.7 mm, mientras que las colonias de sus cepas parentales (WT) eran puntiformes, crateriformes, onduladas, secas y opacas con un tamaño promedio de 2.3 ± 0.6 mm. Las cepas WT y variantes morfológicas eran Gram-positivas y con forma bacilo, pero presentaron diferencias significativas entre ellas respecto al tamaño de célula, la eficiencia de formación de esporas, la actividad antagónica, la formación de biopelícula y la motilidad. Para tener mayor conocimiento de este fenómeno, la cepa BtqEA15_WT y su variante morfológica fueron seleccionadas para llevar a cabo un análisis LC-MS/MS en el cual se mostró una diferencia entre el perfil metabólico de las cepas evaluadas. Finalmente, un experimento adaptativo de evolución de laboratorio (ALE) fue desarrollado mediante el cual se identificaron nuevos morfotipos, aparte de los ya identificados en BtqEA15_WT, emergieron de las cepas. En general, estos resultados sugieren que las variantes morfológicas pueden presentar algunas modificaciones en su mecanismo genómico y transcriptómico que pudieran afectar la expresión de algunas características bacterianas.The strain Bacillus tequilensis EA-CB0015 (BtqEA15_WT), an active ingredient of a biological control agent, developed a morphotype colony variation during a culture process. In order to know more about this phenomenon, in this study, a group of bacterial strains of Bacillus sp., including BtqEA15_WT, and the emerging morphotypes from them were evaluated with different phenotypic assays. In brief, colony variants were described as flat, circular, glistening, mucoid, white and translucent with an average size of 4.1 ± 0.7 mm, while their strain parent colony (WT) was punctiform, crateriform, undulate, dry, white and opaque with an average size of 2.3 ± 0.6 mm. WT and variant strains were Gram-stain positive and rod-shaped, but differ significantly in their cell size, spore-forming efficiency, antagonistic activity, biofilm formation, and motility. To get more insight into this approach, BtqEA15_WT strain and its variant strain was selected to carry out an LC-MS/MS analysis which showed a difference between the metabolic profile of WT and variant strain. Finally, an adaptive laboratory experiment was performed where different morphotypes, apart from those already identified in BtqEA15_WT, were emerged from that strain. Overall, these findings suggest that variant strains could presented some modifications in its genomic and transcriptomic mechanisms that affect the expression of some bacterial traits

Optimización del proceso de producción de un bioinoculante con base en Bacillus Subtilis EA-CB0575

Con el fin de reducir los efectos negativos generados por el uso de productos químicos en la agricultura, se han desarrollado insumos biológicos como el planteado por la Universidad EAFIT y AUGURA (Asociación de Bananeros de Colombia), un bioinoculante cuyo ingrediente activo es la cepa Bacillus subtilis EA-CB0575 aislada en el Urabá Antioqueño -- Para estandarizar las etapas de producción de este producto se realizó un protocolo para detallar la etapa de granulación -- Adicionalmente, se optimizaron las condiciones de operación de la mezcladora y el secador, mediante el uso de diseños estadísticos de superficie de respuesta (CCD y Box-Behnken) -- Los valores óptimos hallados para la mezcladora fueron 133 rpm como velocidad de mezclado y 46 minutos en el tiempo de mezclado; mientras que para el secador fue una velocidad de 2.03 m/s, un tiempo de secado de 33 minutos y una temperatura de 46.2°C -- Estos valores se validaron con dos réplicas en diferentes tiempos teniendo como porcentaje de error 11% y 4.35%, respectivamente -- Finalmente, se midieron cuatro propiedades fisicoquímicas del producto optimizado, siguiendo las metodologías planteadas en las Normas Técnicas Colombianas (NTC 439, 5527) y las especificaciones de la resolución 698 (2011) determinadas por el ICA -- Como resultados se obtuvo un producto que cumple con los criterios de aceptación de dichas propiedades, teniendo una humectabilidad de 1 segundo, una suspensibilidad de 95.14%, un pH de 8.345 y una estabilidad de la bacteria con un porcentaje de error del 0.042% entre los valores de viabilidad logrados en cada mes de evaluación (16 meses en total), teniendo una viabilidad promedio de 9.422 Log(UFC/g) -- Con estos resultados el proceso de producción es promisorio para su comercializació

In vitro germination and growth of maize and lettuce seeds exposed to iron oxide magnetic nanoparticles

Diagramas.Iron is a micronutrient essential for optimal plant development, nevertheless, due to their low solubility it is poorly available to plants, affecting many agronomically important crops. Nanofertilizers are nanoparticles that have been used as an alternative for the release of micro and macronutrients necessary for plant nutrition. Therefore, in this research we evaluated the effect of the application of aqueous suspensions of iron oxide (magnetite-maghemite) nanoparticles stabilized with chitosan on the germination and growth of Maize (Zea mays L.) and Lettuce (Lactuca sativa L.) plants at in vitro level. Preliminary results suggest that for aqueous nanoparticle suspensions with iron contents below 50 ppm there is no evidence of negative effects on the seed germination process and on the growth of maize seedlings. Similarly, it was determined that there is no phytotoxic effect of the suspensions on Lettuce seeds.El hierro es un micronutriente esencial para el desarrollo óptimo de las plantas, sin embargo, su baja disponibilidad afecta muchos cultivos de gran importancia agronómica. Los nanofertilizantes son nanopartículas que han sido utilizadas como alternativa para la liberación de micro y macronutrientes para la nutrición de las plantas. Por ello, en esta investigación se evaluó el efecto de la aplicación de suspensiones acuosas de nanopartículas de óxido de hierro (magnetita-maghemita) estabilizadas con quitosano sobre la germinación y el crecimiento de plantas de maíz (Zea mays L.) y lechuga (Lactuca sativa L.) a nivel in vitro. Resultados preliminares sugieren que, las suspensiones acuosas de nanopartículas con contenidos de hierro inferiores a 50 ppm, no presentan efectos negativos en el proceso de germinación de las semillas ni en el crecimiento de las plántulas de maíz. Asimismo, se determinó que no existe ningún efecto fitotóxico de las suspensiones sobre las semillas de lechuga 8Texto tomad de la fuente

ReDU: a framework to find and reanalyze public mass spectrometry data

We present ReDU (https://redu.ucsd.edu/), a system for metadata capture of public mass spectrometry-based metabolomics data, with validated controlled vocabularies. Systematic capture of knowledge enables the reanalysis of public data and/or co-analysis of one’s own data. ReDU enables multiple types of analyses, including finding chemicals and associated metadata, comparing the shared and different chemicals between groups of samples, and metadata-filtered, repository-scale molecular networking. © 2020, The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc