Uji Aktifitas Renang Sebagai Indikator Kebugaran Rotifer

Pemeliharaan masal rotifer terkadang mengalami crash yang menyebabkan turunnya populasi rotifer secara drastis hingga terjadi collaps, yang berdampak pada gagalnya pemeliharaan larva akibat tidak adanya pakan rotifer. Untuk itu, penting adanya penanda status kebugaran rotifer sebagai indikator acuan peringatan dini status pemeliharaan masal rotifer. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengukur dan membandingkan aktifitas renang rotifer pada beberapa tingkatan salinitas untuk dijadikan sebagai acuan kondisi kebugaran rotifer. Rotifer Brachionus rotundiformis strain Poigar, sebagai hewan uji dikultur pada salinitas <5, 15, 25, dan 35 ppt dengan pakan microalga Nannochloropsis oculata. Penelitian diawali dengan memindahkan rotifer yang dipelihara pada setiap salinitas ke salinitas perlakuan (<5, 15, 25, dan 35 ppt). Pengamatan aktifitas renang rotifer dilakukan dengan menghitung banyaknya unit yang dilalui individu rotifer pada selang waktu pengamatan dalam 3 kali pengulangan. Pengamatan dilakukan di bawah mikroskop dengan bantuan milimeter unit yang telah diletakkan antara objek pengamatan (rotifer) dengan sumber cahaya mikroskop. Milimeter unit yang digunakan, terbuat dari plastik (transparan) sehingga tidak menghalangi sumber cahaya yang berasal dari bagian bawah mikroskop. Aktifitas renang (nilai tengah ± standar deviasi / SD) rotifer yang dipelihara pada salinitas <5 dan 35 ppt berkisar antara 0.22±0.03 sampai 0.32±0.03 unit/detik, sedangkan pada salinitas 15 dan 25 ppt berkisar antara 0.62±0.03 sampai 0.92±0.3 unit/detik. Perpindahan rotifer dari salinitas <5 dan 35 ppt ke salinitas 15 dan 35 ppt berpengaruh pada peningkatan aktifitas renang rotifer sedangkan perpindahan dari salinitas 15 dan 25 ppt ke <5 dan 35 ppt berakibat sebaliknya. Aktifitas renang yang teramati dalam penelitian ini dapat menjadi indikator kebugaran rotifer, yang mana aktifitas renang pada kisaran 0.22±0.03 sampai 0.32±0.03 unit/detik menjadi indikator kekurang kebugaran rotifer sedangkan aktifitas renang antara 0.62±0.03 sampai 0.92±0.3 unit/detik merupakan indikator kebugaran rotifer B. rotundiformis strain Poigar

Identifikasi Molekuler Rotifer Brachionus SP. Asal Perairan Tumpaan, Minahasa Selatan

Rotifer yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Tumpaan, Minahasa Selatan dan telah dikultur massal selama beberapa generasi. DNA genom rotifer diekstraksi mengikuti prosedur qiagen DNeasy Blood & Tissue kit; amplifikasi gen COI (Cytochrome oxidase sub unit 1) dilakukan dengan bantuan mesin PCR (Polymerase chain reaction) menggunakan primer universal (LCO1490 (forward) dan HCO2198 (reverse));dan dilanjutkan dengan pengurutan nukleotida produk PCR. Pengolahan data hasil sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequens dan MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) Identifikasi spesies dilakukan dengan menggunakan teknik BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) di situs Genbank. Hasil amplifikasi gen COI menggunakan DNA template ekstrak DNA genom rotifer terobservasi adanya pita DNA pada posisi sekitar 700 bp.Kualitas hasil pengurutan nukeotida menggunakan produk PCR menunjukan nilai CRL (contignous read length) dan QV20+(quality value lebih besar dari 20) yang tinggi (>600 nukleotida).Hasil BLAST menunjukkan bahwa rotifer dalam penelitian ini merujuk pada rotifer Brachionus plicatilis complex spesies.Maximum dan total score, prosentase query cover dan prosentase identity masing-masing pada nilai1003-1116, 87-96% dan 96-97%

Identifikasi Sirip Ikan Hiu Yang Didapat Dari Pengumpul Di Minahasa Tenggara Menggunakan DNA Barcode

Populasi ikan hiu global menunjukkan penurunan yang signifikan karena; penangkapan yang masif dan tak terkontrol, karakter biologi reproduksi yang lambat serta fekunditas yang rendah. Indonesia merupakan salah satu negara kontributor terbesar dalam perdagangan sirip ikan hiu dunia. Tingginya aktifitas perdagangan sirip tersebut berpengaruh terhadap populasi ikan hiu dan berdampak pada turunnya kualitas keseimbangan ekosistem laut. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi ikan hiu dari potongan sirip yang didapat dari pengumpul di Tumbak, Minahasa Tenggara menggunakan DNA barcode. Ekstraksi DNA genom sirip hiu kering dilakukan dengan menggunakan prosedur DNeasy Blood & Tissue kit, amplifikasi gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (COI) dilakukan dengan menggunakan primer Fish BCL5 (TCAACYAATCAYAAAGATATYGGCAC) dan HCO2198 (TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAA TCA). Pengolahan data sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequence3 dan MEGA ver 6. Pencocokan karakter nukleotida gen COI dilakukan dengan menggunakan program nBLAST yang terintegrasi pada laman GenBank. Sampel sirip yang berhasil dikoleksi berasal dari 4 individu yang berbeda. Hasil nBLAST menunjukkan bahwa keempat sampel sirip hiu tersebut teridentifikasi sebagai spesies Triaenodon obesus. Nilai keakuratan pensejajaran sekuens, nilai dugaan, prosentase panjang nukleotida yang selaras, dan prosentase tingkat kemiripan, masing-masing pada nilai antara 604-1245, 0.0, 70-99% dan 92-99%

DNA Barcode Dan Analisis Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Bivalvia Asal Perairan Sulawesi Utara Berdasarkan Gen COI

Identifikasi Bivalvia hanya berdasarkan karakter morfologi sangat rentan terhadap kesalahan identifikasi karena adanya persamaan bentuk dan warna. Studi ini menggunakan DNA barcode sebagai alat untuk identifikasi molekuler spesies. Meskipun kepulauan Indo-Malay merupakan diversitas terbesar dari spesies laut, studi mengenai struktur genetik dan filogenetik dari organisme laut dalam daerah ini masih jarang terutama di Sulawesi Utara. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mendapatkan komposisi DNA dari gen COI dan juga untuk mengeksplore kemungkinan dari penggunaan penanda molekuler untuk analisis filogenetik dan identifikasi spesies kerang mutiara. Sekuens COI bivalvia diamplifkasi menggunakan PCR dan untuk analisis filogenetik molekuler menggunakan metode Neighbor joining. Hasil menunjukkan bahwa specimen KM 10 yang dikoleksi dari pantai Arakan merupakan spesies Atrina vexillum karena memiliki tingkat kemiripan dari Bank gen NCBI sebesar 99%. Terdapat 63 situs mutasi yang terdiri dari 26 situs insersi, 36 situs delesi dan 1 situs transversi. Fragment hasil amplifikasi sebesar 681bp, perputaran antara setengah sekuens dari primer COI yaitu LCO1490 dan HCO2198. Atrina vexillum yang berasal dari Sulawesi Utara merupakan polifiletik dengan spesies Atrina vexillum dari China dan Jepang. Sebagai tambahan, penelitian ini juga menyediakan informasi berharga mengenai studi biologi molekuler yang digunakan sebagai informasi dalam industry budidaya dari kerang mutiara

FILOGENI MOLEKULER BAKTERI DARI MEDIA PEMELIHARAAN ROTIFER YANG DIBERI OLAHAN LIMBAH IKAN SEBAGAI SUMBER NUTRISI

This study aims to identify and construct molecular phylogeny of an isolate bacteria from culture media of rotifer Brachionus rotudiforis supplied with processed fishery waste feed as nutritional source. The use of fish waste-based food for rotifer showed positive effects on growth and nutrient content of the rotifers. Genomic DNA of the isolate bacteria BRLI- 01 was extracted and the 16S rRNA gene was amplified using primers (8F and 1492F) and further sequenced using Sanger sequence technique. The 16S rRNA gene was analysed using SeqScanner® and MEGA® followed with BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analyses in the NCBI (National Centre for Biotechnology Information). Amplification result of 16S rRNA gene bacteria s NCBI site as a reference for identification and phylogeny of bacterial species. BRLI-01 was successfully cultured on rotifer rearing media. The results of the 16S rRNA gene amplification of the isolate bacteria showed a DNA band with a length of 1400 bp. The BLAST result on the NCBI showed that the isolate bacteria BRLI-01 had a percent identity (98.46%) and is in the same phylogony branching position with Vibrio rotiferianus Keywords: Rotifers, Bacteria, Fish waste, 16S rRNA Genes, Phylogeny identificatio

Isolation and Screening the Symbiont Bacteria of the Sponge Dragmacidon sp from Manado Bay, North Sulawesi that Producing Chitinase and Protease

Enzymes are important in the technology industry and hydrolytic enzymes, such as chitinase and protease are commonly used for it. Various types of microorganisms such as bacteria can produce hydrolytic enzymes.  Sponge-associated bacteria are excellent sources of extracellular hydrolytic enzymes because the surface and internal spaces of sponges are richer in nutrients. The aim of this study was to isolate and screen the bacteria of the sponge Dragmacidon sp symbiotic from Manado Bay, North Sulawesi that producing chitinase and protease   Symbiont bacteria were grown in Zobell 1226 E medium with a dilution of 10-4. Bacterial isolation was carried out based on the morphological characteristics of the colony. Chitinase and protease activity was carried out by growing each bacterial isolate in chitin and protein media at 36oC for 48 hours. Chitinase and protease activities were indicated by the formation of a clear zone around the bacterial colony, however, the clear zone for chitinase activity was observed after pouring the Lugol's solution. Based on this study, 8 isolates bacteria of the symbiotic spongy Dragmacidon sp from Manado Bay, North Sulawesi were isolated based on morphological characteristics. The colony of the bacteria is generally white with an irregular shape. Four isolates, namely 1, 2, 3, and 8 had chitinase activity with chitinolytic indexes were 1.7; 1.5; 1.4, and 1.3, respectively. Six isolates, namely 1, 2, 3, 4, 5, and 6 had protease activity with proteolytic indexes were 1.4; 1.8; 3.1; 1.3; 1.8; and 2.5, respectively.Keywords: Bacteria; Chitinolytic; Proteolytic; Symbiont; SpongeAbstrakEnzim menempati posisi penting dalam bidang teknologi dan industri. Enzim yang banyak digunakan dalam bidang industri adalah enzim hidrolase. Enzim dapat diisolasi dari berbagai jenis mikroorganisme seperti bakteri. Bakteri yang berasosiasi dengan spons merupakan sumber enzim hidrolitik ekstraseluler yang sangat baik karena permukaan dan ruang internal spons lebih kaya nutrisi. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menguji aktivitas kitinase dan protease bakteri simbion spons Dragmacidon sp dari Teluk Manado. Bakteri simbion spons ditumbuhkan dalam media Zobell 1226 E pada pengenceran 10-4. Isolasi bakteri dilaksanakan berdasakan karakteristik morfologi. Aktivitas kitinase dan protease dilaksanakan dengan menumbuhkan setiap isolat bakteri dalam media kitin dan protein pada suhu 36oC selama 48 jam. Aktivitas kitinase dan protease ditandai dengan terbentuknya zona bening di sekitar koloni bakteri yang mana untuk kitinase diamati setelah diberi larutan lugol. Berdasarkan penelitian ini, 8 isolat bakeri simbion spon Dragmacidon sp dari Teluk Manado, Sulawesi Utara berhasil diisolasi berdasarkan karakteristik morfologi. Isolat bakteri umumnya berwarna putih dengan bentuk ireguller. Empat isolat yakni 1, 2, 3, dan 8 memiliki aktivitas kitinase dan enam isolat yakni 1, 2, 3, 4, 5, dan 6 yang memiliki aktivitas protease. Indeks kitinolitik dari masing-masing keempat isolat bakteri secara berturut turut adalah 1,7; 1,5; 1,4; dan 1,3 dengan kategori bernilai rendah dan indeks proteolitik adalah 1,4; 1,8; 3,1; 1,3; 1,8; dan 2,5 dengan kategori bernilai rendah sampai tinggi.Kata kunci: Bakteri; Kitinolitik; Proteolitik; Simbion; Spon