International Committee on Systematics of Prokaryotes * Subcommittee on the taxonomy of phototrophic bacteria: Minutes of the meetings, 11 August 2009, Montreal, Canada

Projet Chercheur Qualifié FRS-FNR

Darwin in Antarctica: diversity and phylogeny

In the first part, I imagine that Charles Darwin has visited Livingston Island in the Antarctic Peninsula. In the first part, our research on the cyanobacterial diversity in the region of the Belgian research station Princess Elisabeth is presented.Diversité moléculaire des cyanobactérie

Where to publish in Open Access: avoid the abuses

Où publier en Open Access ? Eviter les dérives Annick Wilmotte, Maître de recherche FNRS – ULiège (chercheuse en microbiologie) [support de la présentation disponible) Annick Wilmotte s’intéresse surtout au gold Open Access : les APC s’élèvent dans son domaine de recherche souvent au minimum à 2000 €. Par exemple, l’éditeur MDPI pratique des APC entre 326 et 1860 € Sur le site de MDPI[1], les institutions et agences de financement qui permettent les APC sont listées par pays. Le FNRS figure parmi celles-ci alors qu’il ne permet en réalité que 750 € d’APC. Il y a donc une contradiction entre le souhait des institutions et chercheurs que ces APC soient raisonnables et la logique des maisons d’édition commerciales qui considèrent ces APC comme une source de revenus sur base desquels il faut faire du profit. Certains éditeurs tels que Wiley propose parfois un modèle hybride : la revue est à souscription et l’article est disponible en Open Access moyennant le paiement d’APC par les auteurs (Wiley se retrouve avec deux sources de revenus pour les mêmes articles : abonnements à la revue + APC). Le Directory of Open Access Journals est une source d’information intéressante concernant les APC et recense environ 12.000 titres de périodiques de qualité publiés en Open Access[2]. Le risque est qu' au lieu d’un verrou financier à la fin du processus pouvant empêcher l’accès à la littérature scientifique, on pourrait se retrouver avec un verrou financier à l’entrée où les auteurs n’auraient pas le financement pour soumettre leurs articles. Une autre dérive est l’existence des revues frauduleuses. Ces fausses revues vont encaisser les APC et promettre une publication rapide alors qu’il n’y a rien derrière ! Selon le site de l’ULiège[3], il y a eu 10.000 fausses revues en 2018 ! Pour identifier ces revues, il y a des sites qui proposent des check-lists[4]. Cela ne sert à rien de faire une liste avec les noms car des revues frauduleuses apparaissent tout le temps. Ces check-lists proposent des questions auxquelles il faut répondre pour arriver à la conclusion : soit que ce sont des acteurs/revues de confiance soit, au contraire, que ce sont bien des revues frauduleuses. La pratique des volumes spéciaux (qui est positive en soi) devient négative pour la recherche lorsque ces volumes sont multipliés de manière ahurissante car cela devient contre-productif (saucissonnage, pressions pour produire des articles, temps pris pour convaincre des collègues de déposer un article…).Diversité des cyanobactérie

Les cyanobactéries antarctiques: de leur diversité à leur génomique

AMBIO, CCAMBI

Gram-Negative Bacteria: "Inner" vs. "Cytoplasmic" or "Plasma Membrane": A Question of Clarity rather than Vocabulary

In this short commentary, we show that the utilisation of the term “inner membrane” to characterize the cytoplasmic or plasma membrane of Gram-negative bacteria can be a source of confusion and we propose that it should be completely abandoned

Protection of Antarctic microbial communities - 'out of sight, out of mind'

Recent advances in molecular biology techniques have shown the presence of diverse microbial communities and endemic species in Antarctica. Endemic microbes may be a potential source of novel biotechnologically important compounds, including, for example, new antibiotics. Thus, the scientific and biotechnological value of Antarctic terrestrial microbial habitats can be compromised by human visitation to a greater extent than previously realized. The ever-increasing human footprint in Antarctica makes consideration of this topic more pressing, as the number of locations known to be pristine habitats, where increasingly sophisticated cutting-edge research techniques may be used to their full potential, declines. Examination of the Protected Areas system of the Antarctic Treaty shows that microbial habitats are generally poorly protected. No other continent on Earth is dominated to the same degree by microbial species, and real opportunities exist to develop new ways of conceptualising and implementing conservation of microbial biogeography on a continental scale. Here we highlight potential threats both to the conservation of terrestrial microbial ecosystems, and to future scientific research requiring their study

Le phycologiste Pierre Compère: sa contribution aux études des cyanobactéries

At the occasion of the 80th birthday of Pierre Compère, his rich career as a phycologist and cyanobacteriologist is placed in the context of the advances of the scientific theories, the evolution of the cyanobacterial taxonomy and the nomenclatural discussions linked to the utilization of two different Codes of nomenclature.Taxonomie des cyanobactérie

International Committee on Systematics of Prokaryotes. Subcommittee on the Taxonomy of Phototrophic Bacteria: Minutes of the meetings, 4 August 2015, Tübingen, Germany.

peer reviewedMinutes of the closed and open meetings, 4 August 2015, Tübingen, German

A next-generation approach to assess the cyanobacterial diversity and biogeography in the High Arctic (Svalbard)

Polar ecosystems are extremely sensitive to global climate changes and human activities. Cyanobacteria are key photosynthetic organisms in these latitudes, due to their roles in soil aggregation, nitrogen fixation, carbon cycles, and secondary metabolite production, among others. Previous works indicate that different cyanobacterial taxa/communities have different impacts on the environment, in both biogeochemical cycles and bioactive compound productions. Furthermore, the presence of biogeographical patterns in microorganisms, as found in macroorganisms, is an ongoing debate. In this study, during the 2013 MicroFun expedition, we sampled 72 locations around Svalbard including diverse biotopes such as glacial forefields, tundra soils, hot springs, soil crusts, microbial mats, wet walls, cryoconites, plankton and periphyton, in order to (1) assess the biodiversity of cyanobacteria around Svalbard, (2) verify the existence of biogeographical trends around the archipelago, and (3) compare these data with other polar (cold) areas, especially Antarctica. We used a pyrosequencing approach targeting cyanobacteria-specific 16S rRNA gene sequences to deeply study the cyanobacterial communities.BIPOLES, PYROCYAN