Profil Protein Klebsiella SP. Dalam Kondisi Cekaman Osmotik Dan Keasaman

Penelitian dilakukan untuk mengetahui profil protein yang dibuat oleh Klebsiella sp. yang tumbuh dalam kondisi cekaman osmotik dan keasaman. Cekaman osmotik dilakukan menggunakan NaCl, sedangkan cekaman keasaman menggunakan aluminium sulfat. Klebsiella sp. ditumbuhkan dalam medium minimal yang ditambah dengan NaCl, atau aluminium sulfat, untuk menimbulkan efek cekaman tunggal, atau menggunakan kedua senyawa tersebut untuk menghasilkan efek cekaman ganda. Protein total yang diekstrak dari sel kemudian dielektroforesis pada SDS-PAGE 12%. Hasil analisis menunjukkan beberapa protein intraselular, protein membran, atau protein ekstraselular yang dibuat dalam kondisi cekaman spesifik. Dalam kondisi cekaman osmotik, dibuat protein intraselular berukuran 42,7 kDa, dan protein membran berukuran 53,3 kDa. Pada cekaman asam dihasilkan protein intraselular berukuran 54,7 kDa, 25,3 kDa, 14,2 kDa, dan satu protein membran berukuran 43,9 kDa, serta protein ekstraselular berukuran 17–29 kDa. Dalam kondisi cekaman ganda, terdeteksi satu protein intraselular spesifik berukuran 26,7 kDa dan satu protein membran berukuran 61,1 kDa. Dalam cekaman osmotik, diketahui terdapat korelasi positif, sedangkan dalam cekaman ganda terdapat korelasi negatif terhadap macam protein. Dalam cekaman keasaman, tidak diperoleh pola korelasi yang spesifik

Karakterisasi dan Deteksi Cepat Bakteri Penyebab Penyakit Darah pada Pisang

Blood disease of banana is one of the most serious banana disease in Indonesia. Although the disease has became the subject of quarantine it eventually spread and found in most provinces in Indonesia. The aim of this research were to identify the blood disease bacterium (BDB) using morphological observation, biochemical assay, pathogenicity testing of hosts range using infectivity titration and rapid detection by Polymerase Chain Reaction (PCR). The results showed that the blood disease bacterium could be differentiated from Ralstonia solanacearum race 2, the causal agent of Moko disease and R. solanacearum tobacco isolates. BDB isolates were not able to hydrolyze gelatin, Tween 80, starch, and were not able to produce nitrite from nitrate. They were only able to produce acid from galactose and glycerol. The pathogenicity test indicated that the BDB was only able to infect the banana/plantain and was not able to infect tomato, eggplant, and chili. Rapid detection using PCR method showed that the 121F/R primers was able to amplify the BDB genome and was not able to amplify the genome of R. solanacearum tobacco isolates.Penyakit darah pada pisang masih merupakan kendala utama dalam budidaya pisang di Indonesia. Walaupun patogen penyakit darah sudah merupakan OPT karantina, namun saat ini penyakit sudah tersebar di seluruh provinsi di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri penyebab penyakit darah dengan karakterisasi morfologi, biokimia, kisaran inang, dengan infectivity titration dan deteksi cepat menggunakan PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bakteri penyakit darah (BDB) dapat dibedakan dengan Ralstonia solanacearum ras 2, penyebab penyakit Moko dan R. solanacearum isolat tembakau. Isolat BDB tidak dapat menghidrolisis gelatin, Tween 80, pati dan tidak dapat menghasilkan nitrit dari nitrat. Bakteri ini hanya menghasilkan asam dari galaktosa dan gliserol. Hasil uji patogenisitas menunjukkan bahwa bakteri penyakit darah (BDB) hanya dapat menginfeksi pisang dan plantain dan tidak dapat menginfeksi tomat, terung dan cabai. Deteksi cepat dengan PCR menunjukkan bahwa primer 121F/R dapat mengamplifikasi genom bakteri penyakit darah (BDB) dan tidak dapat mengamplifikasi R. solanacearum isolat tembakau

Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Fenol Dan Pembentuk Biofilm Dari Sumber Alami Dan Artifisial

Fenol merupakan salah satu polutan air tanah yang memiliki sifat toksik bagi manusia maupun lingkungan. Salah satu teknologi yang dapat diaplikasikan untuk pengolahan limbah fenol adalah melalui bioremediasi dengan memanfaatkan aktivitas bakteri. Secara umum, bakteri di alam akan tumbuh dan membentuk biofilm. Bakteri pembentuk biofilm memiliki beberapa kelebihan, diantaranya mampu bertahan hidup dalam lingkungan yang kurang menguntungkan serta meningkatkan degradasi senyawa rekalsitran, karena bakteri akan saling berinteraksi dan saling melengkapi proses metabolik yang ada. Penelitian ini ditujukan untuk karakterisasi dan identifikasi isolat bakteri pendegradasi fenol dan pembentuk biofilm yang diperoleh dari limbah cair rumah sakit dan industri tekstil serta dari tanah gambut. Karakter yang diamati meliputi karakter morfologi koloni dan sel, serta karakter biokimiawi. Hasil karakterisasi selanjutnya digunakan untuk identifikasi menggunakan analisis profile matching isolat terpilih berdasarkan Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Hasil menunjukkan bahwa bakteri yang diperoleh dari limbah cair rumah sakit memiliki karakter yang mirip dengan Genus Micrococcus (isolat DL120), Genus Enterobacter (DOK135), dan Genus Bacillus (ATA6). Isolat TU3 dari limbah cair industri tekstil mirip dengan Genus Flavobacterium. Isolat HG1, SG3, dan HP3 yang diperoleh dari tanah gambut berturut-turut menunjukkan karakter yang mirip dengan Genus Alcaligenes, Arthrobacter, dan Rhodococcus

Identifikasi Fusarium dan Nematoda Parasitik yang Berasosiasi dengan Penyakit Kuning Lada di Kalimantan Barat

Pepper (Piper nigrum), known as the “King of Spices” is one of the most important spices. In the International market, Indonesian pepper has high selling value, due to its flavor characteristics. Pepper yellowing disease is one of the most important disease that caused the decrease of pepper production and become the main problem in the cultivation of pepper in West Kalimantan. This research was conducted to determine the major causal agent of leaf yellowing disease of pepper. The Fusarium associated with diseased plant were isolated from the symptomatic plant and nematodes were isolated from the root with leaf yellowing symptom. The Fusarium isolates were cultured on agar medium, and the nematode was cultured on tomato plant. From diseased pepper in West Kalimantan, it was isolated 4 Fusarium isolates and plant parasitic nematode Meloidogyne. The result showed that H isolate of Fusarium was the most virulent isolate and identified asFusarium solani. The Meloidogyne was identified by the female perenial patern.The nematode was identified as Meloidogyne incognita.INTISARILada (Piper nigrum L.) merupakan salah satu jenis rempah penting yang telah dikenal sebagai “King of Spices”. Di pasar Internasional, lada Indonesia mempunyai daya jual tinggi karena cita rasanya yang khas. Salah satu kendala dalam budidaya lada adalah adanya penyakit kuning lada dan sampai saat ini menjadi masalah utama pada pertanaman lada di Kalimantan Barat. Informasi tentang patogen utama yang berinteraksi dengan penyakit kuning lada masih sangat terbatas, sehingga penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi patogen utama yang berasosiasi dengan penyakit kuning lada. Isolasi Fusarium dilakukan dari batang lada dan isolasi nematoda dilakukan dari akar lada yang bergejala penyakit kuning di Kalimantan Barat. Fusarium hasil isolasi dikulturkan dalam medium agar, sedangkan nematoda hasil isolasi dikulturkan dalam akar tomat. Dari hasil isolasi berhasil didapatkan empat isolat Fusarium dan nematoda Meloidogyne. Identifikasi Fusarium dilakukan secara morfologis dan molekuler, dan identifikasi Meloidogyne dilakukan dengan menggunakan irisan bagian posterior nematoda betina. Dari hasil identifikasi diketahui bahwa patogen yang berasosiasi dengan penyakit kuning lada adalah Fusarium solani dan Meloidogyne incognita

Interaksi Meloidogyne Incognita dan Fusarium Solani pada Penyakit Kuning Lada

Pepper yellowing disease is one of the most important disease of pepper causing the decrease of pepper production. This research was conducted in the screen house and laboratory to determine the major causal agent of leaf yellowing disease of pepper. Meloidogyne incognita and Fusarium solani were isolated from pepper plantation in West Kalimantan. Pepper seedlings Natar 1 cultivars were planted in sterilized soil collected from pepper plantation in Bengkayang, West Kalimantan. Five months-old seedling were inoculated with M. incognita (1000 larvae of 2nd stadium/plant) and F. solani (50 ml of spore suspension with spore density of 106 spore/ml) in several combinations of time inoculation, i.e., F. solani and then M. incognita, M. incognita and then F. solani, M. incognita together with F. solani, M. incognita only, and F. solani only. The parameters observed were the development of leaf yellowing disease every weeks for five months. The number of gall, and population M. incognita were observed at the end of the observation. The result showed that when M. incognita was inoculated to the roots followed by F. solani, the disease severity and the percentage of plant diseases were higher than those which were infected with F. solani or M. incognita alone. The higher population densities of M. incognita and a number of root gall, had observed on plants inoculated by M. incognita combined with F. solani than plants inoculated by M. incognita and F. solani alone. Interaction between M. incognita and F. solani as caused of leaf yellowing disease of pepper was synergistic reaction. IntisariPenyakit kuning lada merupakan salah satu penyakit penting pada lada yang mengakibatkan terjadinya penurunan produksi lada di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui peran Meloidogyne incognita dan Fusarium solani sebagai penyebab penyakit kuning lada. Penelitian yang dilakukan rumah kasa dan laboratorium. Meloidogyne incognita dan Fusarium solani diisolasi dari pertanaman lada di Kalimantan Barat. Penelitian dilakukan dengan menggunakan bibit lada kultivar Natar 1 berumur 5 bulan, dan diinokulasi dengan M. incognita sebanyak 1000 larva stadium 2 dan 50 ml suspensi mikrokonidium F. solani dengan kerapatan 106/ml. Perkembangan gejala penyakit diamati setiap minggu selama 5 bulan, dan pada akhir pengamatan dilakukan penghitungan jumlah puru dan populasi M. incognita. Hasil penelitian menunjukkan bahwa apabila M. incognita menginfeksi akar dan selanjutnya diikuti dengan infeksi oleh F. solani, tingkat keparahan penyakit dan persentase tanaman sakit lebih tinggi dibandingkan dengan infeksi oleh F. solani atau M. incognita secara terpisah. Populasi M. incognita dan jumlah puru akar pada tanaman yang diinokulasi dengan M. incognita bersama-sama dengan F. solani lebih tinggi dibandingkan pada tanaman yang diinokulasi dengan M. incognita atau F. solani secara terpisah. Interaksi antara M. incognita dan F. solani dalam menyebabkan penyakit kuning lada adalah bersifat sinergis

Sebaran Penyakit Hawar Daun Bakteri Di Beberapa Sentra Produksi Bawang Merah Di Indonesia

Penelitian ini bertujuan mengetahui daerah sebaran penyakit hawar daun bakteri di beberapa sentra pertanaman bawang merah di Indonesia dan kultivar bawang merah yang dapat diinfeksi, serta mengidentifikasi patogen penyebabnya. Penentuan lokasi pengamatan dan pengambilan sampel dilakukan secara stratified purpossive random sampling. Survei dilakukan dengan cara wawancara dan pengamatan di lapangan (observasi) terhadap kultivar bawang dan gejala penyakit yang terinfeksi oleh bakteri patogen. Sampel diidentifikasi melalui pengamatan morfologi koloni, uji postulat Koch, uji reaksi hipersensitif dan pengujian sifat-sifat biokimia dan fisiologi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penyakit hawar daun bakteri telah tersebar secara merata di seluruh daerah pertanaman bawang merah di Indonesia, yang meliputi Kabupaten Cirebon, Tegal, Nganjuk, Bantul, dan Sigi, dengan tingkat serangan mencapai 62,5–100%. Penyakit ini menginfeksi bawang merah kultivar Bima curut, Bauji, Biru-sawah, dan Palasa. Gejala hawar daun bakteri yang dijumpai berupa water soaking, terjadi lekukan daun, pengerutan daun, klorosis, nekrosis, mati pucuk, pertumbuhan kerdil, dan kematian. Isolat bakteri yang ditemukan mempunyai bentuk koloni bulat, cembung, berlendir, dan berwarna kuning. Ciri morfologi koloni, gejala dan karakteristik isolat bakteri mirip dengan sifat-sifat bakteri Xanthomonas axonopodis pv. allii penyebab penyakit hawar daun pada bawang bombay

Mekanisme Antibiosis Bacillus Subtilis B315 Untuk Pengendalian Penyakit Layu Bakteri Kentang

Antibiosis mechanism of Bacillus subtilis B315 for controlling potato bacterial wilt disease. Bacillus subtilis B315 isolated from rhizospheric potato has antibiosis mechanism against Ralstonia solanacearum in vitro and become potentially used as controlling method of bacterial wilt in the field. The objectives of this research were to study the mechanism of B.subtilis B315 in controlling bacterial wilt disease, to study of B. subtilis B315 potency as both biocontrol and plant growth promoter, and to evaluate the mechanism as biocontrol agent. This green house experiment used CRD (Completely Randomized Design) with 5 treatments and 6 replicates. The treatments were control (without B. subtilis B315), B. subtilis B315 wild type, antibiosis mutant M16, antibiosis mutant M4, and antibiosis mutant M14. Variables observed were incubation period, disease index, infection rate, effectiveness of control, and growth components (i.e number of bud, plant height, leaf area, plant fresh and dry weight). The result of this research showed that B. subtilis B315 could delay incubation period, suppressed the disease index up to 64,9% and could promote the plant growth (leaf area). B. subtilis B315 had the antibiosis and other mechanisms that induced sistemic resistance. The implication of this research was that B. subtilis B315 could be used for biocontrol the bacterial wilt and promoted the potato growth

Pengaruh Penambahan Laurat dan Glisin terhadap Nilai Warna dan Kadar Sitrinin Angkak

Angkak, commonly used for food colorant and flavor enhancers in oriental cuisine, is the result of fermentation by Monascus purpureus on steamed rice. In addition to producing pigments Monascus purpureus, Angkak also produces mycotoxins, citrinin, which is hepato-nephrotoxic. Biosynthesis of pigment and citrinin is following a polyketide synthase pathway and then subdivides to form pigment or citrinin. Fatty acids and amino acids are known to be the precursors of red pigment formers in their biosynthetic pathways. The purpose of this research was to know the effect of addition of lauric fatty acid and amino acid glycine on steamed rice substrate to the color characteristic and citrinin level by M. purpureus JK9A. The amount of fatty acid and glycine was respectively 0.5% and 1% (w/w). Fermentation was carried out for 14 days and every two days the solids content of fermented products, pH, number of cells, colors, pigments dissolved in water were measured. The level of citrinin was tested at the end of the fermentation period (14th day). There was no significant difference between treatments for the solids content of about 23 ̶ 29% and the number of cells 6.32 ̶ 6.56 logCFU/g. While the pH value, color and water-soluble pigments were significantly different between treatment and control. The ˚hue values of glycine and combination of lauric-glycine were 16.11 and 15.33, respectively, lower than controls (22.76). The highest A500nm/A400nm ratio was in the combination treatment of lauric-glycine and the lowest levels of citrinin also in the treatment of lauric-glycine combination. This study noticed that the addition of lauric or glycine and its combination in rice media for Monascus purpureus JK9A fermentation proved to increase the biosynthesis of red pigment (46.34%) and decrease citrinin level up to 49.97%

Genotypic And Phenotypic Characterization Of Alcaligenes Javaensis Jg3 Potential AS An Effective Biodegrader

Utilization of glycerol by lipase producing bacteria offers great benefits for fat and oil waste degradation and waterwaste treatment. Nevertheless, there have been lack of reports about the availability of non-pathogenic, lipase producing bacteria, which could naturally degrade glycerol produced from the lipolysis process by lipase. This study reported a newly identified species of rhizobacteria, Alcaligenes javaensis JG3, which is not only able to produce high level of lipase, but also able to degrade glycerol molecules. Identification of strain JG3 was carried out using SEM (Scanning Electron Microscope), BD Phoenix 100 Automated Microbiology System and 16S rRNA gene analysis to determine its taxonomy status. The ability of the strain to metabolize glycerol was investigated both genotypically and phenotypically using degenerate PCR and a glycerol minimal medium. Identification test results showed that strain JG3 belongs to genus Alcaligenes, with the closest relationship with A. faecalis and A. aquatilis (96% nucleotide similarity maximum). Degenerate PCR resulted in a 248-bp sequence showing 93% similarity with glpK of Candidatus Sodalis pierantonius SOPE, a key gene involved in glycerol metabolism. In vitro glycerol utilization test result showed that Alcaligenes sp. JG3 was able to grow on glycerol aerobically, but not anaerobically. It is concluded that Alcaligenes sp. JG3 possesses genes coding for glycerol metabolism and this trait is phenotypically expressed, thus making the strain potential to be used as an effective fat and oil biodegrader