Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England.

The evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus leads to new variants that warrant timely epidemiological characterization. Here we use the dense genomic surveillance data generated by the COVID-19 Genomics UK Consortium to reconstruct the dynamics of 71 different lineages in each of 315 English local authorities between September 2020 and June 2021. This analysis reveals a series of subepidemics that peaked in early autumn 2020, followed by a jump in transmissibility of the B.1.1.7/Alpha lineage. The Alpha variant grew when other lineages declined during the second national lockdown and regionally tiered restrictions between November and December 2020. A third more stringent national lockdown suppressed the Alpha variant and eliminated nearly all other lineages in early 2021. Yet a series of variants (most of which contained the spike E484K mutation) defied these trends and persisted at moderately increasing proportions. However, by accounting for sustained introductions, we found that the transmissibility of these variants is unlikely to have exceeded the transmissibility of the Alpha variant. Finally, B.1.617.2/Delta was repeatedly introduced in England and grew rapidly in early summer 2021, constituting approximately 98% of sampled SARS-CoV-2 genomes on 26 June 2021

Recomendações sobre o uso dos testes de exercício na prática clínica Recommendations on the use of exercise testing in clinical practice

A elaboração deste documento pelo grupo de trabalho da European Respiratory Society tem como objectivo apresentar as recomendações sobre o uso clínico dos testes de exercício em doentes com patologia cardiorrespiratória, dando particular ênfase à avaliação funcional, à avaliação do prognóstico e à avaliação das intervenções terapêuticas. A intolerância ao esforço físico é um dos sintomas mais frequentes, condicionando a perda de qualidade de vida do doente com patologia cardiorrespiratória crónica. Pode definir-se "intolerância ao exercício" numa perspectiva clínica à incapacidade que o doente apresenta para realizar tarefas que os indivíduos saudáveis considerariam toleráveis. A intolerância ao exercício, considerada em termos do pico de consumo de oxigénio atingido no esforço máximo (V’O2pico) não pode ser prevista por parâmetros avaliados em repouso, como o volume expiratório máximo no primeiro segundo (FEV1), a transferência alvéolo-capilar do monóxido de carbono (DLCO), a fracção de ejecção do ventrículo esquerdo ou o índice de massa corporal (IMC). A avaliação em exercício impõe alguns desafios técnicos: a aplicação de protocolos específicos de incremento de carga de forma precisa e reprodutível, com o recurso habitual a ergómetros, tais como a bicicleta ergométrica e o tapete rolante. A prova de exercício cardiorrespiratória (CPET) é considerada o gold standard na avaliação das causas de intolerância ao exercício em doentes com doença cardíaca e pulmonar e é baseado no princípio de que a falência do sistema ocorre tipicamente quando o sistema (seja ele músculo-energético, cardiovascular ou pulmonar) se encontra sob stress. A CPET compreende a imposição de um exercício com cargas crescentes (ou seja, incremental) limitado por sintomas, enquanto se monitorizam as variáveis cardiopulmonares (exemplo: consumo de oxigénio (V’O2), produção de dióxido de carbono (V’CO2), ventilação minuto (V’E), frequência cardíaca (fC)), a percepção de sintomas (exemplo: a dispneia e o desconforto nos membros inferiores) e, quando necessárias, as avaliações da dessaturação arterial do oxigénio relacionada com o esforço, da hiperinsuflação dinâmica e da força muscular dos membros. Os sistemas são forçados até ao seu limite tolerável, de forma controlada, o que permite detectar respostas que identificam padrões de alteração e que podem ser relacionadas com padrões de referência previamente estudados e publicados pelas sociedades respiratórias europeia e americanas1-3. Neste documento, é descrito o papel da CPET como auxiliar no diagnóstico e na avaliação funcional e prognóstica. A CPET pode: - Fornecer uma medição objectiva da capacidade para o exercício; - Identificar os mecanismos que limitam a tolerância ao exercício; - Estabelecer índices de prognóstico; - Monitorizar a progressão da doença e a resposta às intervenções terapêuticas. - Auxiliar no diagnóstico, em situações de broncoconstrição induzida pelo exercício e de dessaturação arterial do oxigénio. Na identificação das causas de intolerância ao exercício, a CPET pode detectar: - Alterações na entrega de oxigénio (desde a sua entrada nas vias aéreas, passando pelo sistema de transporte cardiocirculatório, até à entrega às mitocôndrias das fibras musculares); - Limitação ventilatória no exercício; - Alteração do controlo ventilatório; - Alteração das trocas gasosas pulmonares; - Percepção excessiva de sintomas (exemplos: dispneia, precordialgia, fadiga muscular periférica); - Disfunção metabólica muscular; - Descondicionamento; - Fraco esforço dispendido. Com um bom esforço realizado, se o valor do pico do consumo de oxigénio atingido foi normal e o motivo para parar a prova foi dispneia ou fadiga muscular, então pode considerar-se que o indivíduo estudado tem uma normal tolerância ao exercício. Este cenário irá excluir doença pulmonar (DPOC, doença intersticial pulmonar, doença vascular pulmonar) ou cardíaca (insuficiência cardíaca congestiva) significativas como causa de intolerância. A prova de exercício cardiopulmonar pode auxiliar no diagnóstico diferencial entre limitação no esforço de origem pulmonar ou cardiocirculatória. Pode fornecer um perfil de respostas que caracterizam determinadas doenças; exemplo: na DPOC são frequentes a limitação ventilatória, a hiperinsuflação dinâmica, a dessaturação arterial com o exercício, a dispneia, a disfunção dos músculos periféricos; na doença intersticial pulmonar são frequentes a dispneia, a restrição ventilatória mecânica e as alterações graves das trocas gasosas. Outros padrões de respostas podem ser encontrados na broncoconstrição induzida pelo exercício, na doença vascular pulmonar, na insuficiência cardíaca e em cardiopatias congénitas. A avaliação cardiorrespiratória no exercício fornece ainda indicadores prognósticos em várias doenças. Descrevem-se neste documento vários trabalhos que estudaram os parâmetros indicadores de prognóstico em doenças como a DPOC, a doença intersticial pulmonar, a hipertensão pulmonar primária, a fibrose quística e a insuficiência cardíaca. Este documento demonstra ainda a utilidade dos testes de exercício na definição das respostas às intervenções terapêuticas, em avaliações seriadas. O grupo de trabalho envolvido neste documento considerou importante apresentar as indicações baseadas na evidência para a realização dos testes de exercício na prática clínica. A evidência actual é clara quanto à utilidade da prova de exercício cardiopulmonar, das provas de marcha e das provas de carga constante na avaliação do grau de intolerância ao exercício, do prognóstico e dos efeitos das intervenções terapêuticas em doentes adultos com doença pulmonar crónica (DPOC, doença intersticial pulmonar, hipertensão pulmonar primária), em crianças e adultos com fibrose quística, em crianças e adultos com broncospasmo induzido pelo exercício, em adultos com insuficiência cardíaca congestiva e em crianças e adolescentes com cardiopatias congénitas. Na elaboração deste documento, os autores pretenderam fornecer as respostas às perguntas que se colocam com frequência na prática clínica: - Quando se deve pedir uma avaliação da intolerância ao esforço? - Qual o teste mais adequado? - Quais as variáveis a seleccionar na avaliação do prognóstico de determinada doença ou na avaliação do efeito de uma intervenção terapêutica particular? O documento contém ainda um suplemento que pode ser obtido on-line e que descreve as bases fisiológicas subjacentes aos parâmetros avaliados nas provas de exercício cardiopulmonar