Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease

ENXERTIA DE COFFEA ARABICA SOBRE PROGÊNIES DE C. CANEPHORA E DE C. CONGENSIS NO CRESCIMENTO, NUTRIÇÃO MINERAL E PRODUÇÃO GRAFTS OF COFFEA ARABICA ONTO C. CANEPHORA AND C. CONGENSIS AND ITS EFFECTS ON GROWTH, MINERAL NUTRITION AND YIELD

A enxertia de cultivares de Coffea arabica L. sobre Coffea canephora Pierre vem sendo utilizada como alternativa para o cultivo do café em áreas infestadas por nematóides, em vista da resistência de C. canephora a esse patógeno. O objetivo deste trabalho foi estudar no campo, em áreas isentas de nematóides, o desenvolvimento da parte aérea, a nutrição mineral e a produção de cultivares de C. arabica enxertados sobre C. canephora e C. congensis. Em 1986 , instalaram-se experimentos em três regiões cafeeiras paulistas - Campinas, Garça e Mococa - no espaçamento de 3,5 x 2,0 m, com duas plantas por cova. Como porta-enxerto, utilizaram-se duas progênies de C. canephora (Apoatã IAC 2258 e IAC 2286) e uma de C. congensis (IAC Bangelan coleção 5), tolerantes a nematóides e, como enxerto, dois cultivares de C. arabica (Catuaí Vermelho IAC H 2077-2-5-81 e Mundo Novo IAC 515-20). Também se efetuaram auto-enxertias no Catuaí e no Mundo Novo e, como testemunhas, consideraram-se plantas desses cultivares não enxertadas. Os dados mostraram que, mesmo na ausência de nematóides, a utilização de progênies de C. canephora e de C. congensis como porta-enxerto conferiu maior desenvolvimento e produção (médias de cinco anos) aos cultivares de C. arabica, sendo esse efeito mais acentuado no 'Catuaí'. O crescimento sazonal em altura, em todos os tratamentos, foi maior na primavera e no verão e menor no outono e no inverno. De modo geral, a enxertia aumentou o crescimento em altura em todas as estações do ano, principalmente no outono e no inverno. As plantas enxertadas apresentaram maiores teores foliares de potássio e menores de manganês, em relação às não enxertadas. A enxertia não alterou de modo consistente os teores dos demais nutrientes.<br>Grafts of Coffea arabica L. onto C. canephora Pierre have been routinely used in regions infested with nematodes, due to the resistance of C. canephora to these pathogens. In the present work, growth, mineral nutrition and yield of two C. arabica cultivars grafted on C. canephora and C. congensis were evaluated in fields free from nematodes, in three coffee growing regions of São Paulo State, Brazil. Catuaí Vermelho IAC H 2077-2-5-81 and Mundo Novo IAC 515-20 (two cultivars of C. arabica) were grafted on nematode resistant lines Apoatã IAC 2258 and IAC 2286 of C. canephora and on IAC Bangelan colection 5 of C. congensis. Plants not grafted were used as controls, and plants grafted onto their own roots were also evaluated. Grafted cultivars after five years grew better and had higher yield than the ungrafted ones, specially the Catuaí cultivar. Seasonal growth (plant height) was faster during spring and summer, for all treatmentes. In general, grafting increased height throughout the year, mainly during fall and winter seasons. Leaves of grafted plants had higher potassium and lower manganese content than ungrafted ones. Levels of other nutrients were not consistently affected by grafting

Absorção, translocação e utilização de zinco, cobre e manganês por mudas enxertadas de Coffea arabica Absorption, translocation and utilization of zinc, copper and manganese in grafted seedlings of Coffea arabica

Comparativamente ao pé-franco, a combinação enxerto/porta-enxerto altera os complexos mecanismos de "feedback" entre parte aérea e raízes, afetando de maneira positiva ou negativa a eficiência nutricional da planta. Este trabalho teve como objetivo avaliar, em cultivo hidropônico, a eficiência da absorção, translocação e utilização de Zn, Cu e Mn por mudas de Coffea arabica L., de acordo com o porta-enxerto utilizado. O experimento foi realizado em casa de vegetação, por um período de 170 dias, em vasos que continham areia como substrato, recebendo solução nutritiva circulante. Utilizaram-se, como enxerto, quatro genótipos de C. arabica: os cultivares Catuaí Vermelho IAC 15 e Oeiras MG 6851 e os híbridos 'H 419-10-3-1-5' e 'H 514-5-5-3' , e, como porta-enxerto, quatro genótipos, sendo três de Coffea canephora Pierre ex Froenher: Apoatã LC 2258, Conilon Muriaé-1 e RC EMCAPA 8141 (recombinação entre clones da variedade Robustão Capixaba - EMCAPA 8141) e uma linhagem de Coffea arabica L.: Mundo Novo IAC 376-4, além de quatro pés-francos. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados com 20 tratamentos, quatro repetições e uma planta por parcela. A eficiência nutricional das mudas quanto ao Zn, Cu e Mn variou de acordo com a combinação enxerto/porta-enxerto. A progênie 'H 514-5-5-3' foi mais eficiente quanto à utilização de Zn, Cu e Mn e produção de matéria seca, quando combinada com os porta-enxertos Apoatã LC 2258 e Mundo Novo IAC 376-4. O Catuaí Vermelho IAC 15 foi mais eficiente na utilização de Cu e Mn quando combinado com Apoatã LC 2258.<br>There are complexes feedback mechanisms involving the relationship rootstock/scion, whick can positively or negatively affect the plant nutrient efficiency use. The goal of the present work was to evaluate the efficiency of uptake, translocation and utilization of Zn, Cu and Mn in coffee seedlings. The experiment was carried out in a greenhouse over 170 days using circulating nutrient solution in pots with sand medium. Four Coffea arabica L. genotypes were used as grafts: Catuaí Vermelho IAC 15 and Oeiras MG 6851, and the hybrids 'H 419-10-3-1-5' and 'H 514-5-5-3' . Three genotypes of Coffea canephora Pierre et Froenher were used as rootstocks: Apoatã LC 2258, Conilon Muriaé-1 and RC EMCAPA 8141 (recombination among clones of the variety Robustão Capixaba - EMCAPA 8141), one line of C. arabica: Mundo Novo IAC 376-4, and four additional non-grafted plants. The experiment was in a randomized block design with 20 treatments, four replications and one plant per plot. The nutritional efficiency of the coffee seedlings for Zn, Cu and Mn varied according to the graft/rootstock combination. Progeny 'H 514-5-5-3' proved to be the most effective regarding Zn, Cu and Mn utilization and dry matter yield when combined with the rootstocks Apoatã LC 2258 and Mundo Novo IAC 376-4. Catuaí Vermelho IAC 15 was more effective for Cu and Mn utilization when combined with Apoatã LC 2258