Determinación de la diversidad genética del citomegalovirus humano en diferentes poblaciones de pacientes en Costa Rica

Seroprevalence of HCMV in Costa Rica is greater than 95% in adults; primary infections occur early in life and is the most frequent congenital infection in newborns. The objectives of this study were to determine the genetic variability and genotypes of HCMV gB gene in Costa Rica. Samples were collected from alcoholics, pregnant women, blood donors, AIDS patients, hematology-oncology (HO) children and HCMV isolates from neonates with cytomegalic inclusion disease. A semi-nested PCR system was used to obtain a product of 293-296 bp of the gB gene to be analyzed by Single Stranded Conformational Polymorphism (SSCP) and sequencing to determine the genetic polymorphic pattern and genotypes, respectively. AIDS patients showed the highest polymorphic diversity with 14 different patterns while fifty-six percent of HO children samples showed the same polymorphic pattern, suggesting in this group a possible nosocomial infection. In neonates three genotypes (gB1, gB2 and gB3), were determined while AIDS patients and blood donors only showed one (gB2). Of all samples analyzed only genotypes gB1, 2 and 3 were determined, genotype gB2 was the most frequent (73%) and mixed infections were not detected. The results of the study indicate that SSCP could be an important tool to detect HCMV intra-hospital infections and suggests a need to include additional study populations to better determine the genotype diversity and prevalence.La seroprevalencia de citomegalovirus es mayor del 95% en la población adulta de Costa Rica; la infección primaria ocurre muy temprano en la vida y es la infección congénita más frecuente en recién nacidos. El objetivo de este trabajo fue determinar la variabilidad genética y los genotipos del gene gB del citomegalovirus humano. Se recolectaron muestras de sangre de mujeres embarazadas, alcohólicos, pacientes con SIDA, niños con trastornos hemato-oncológicos, donadores de sangre y se incluyeron aislamientos de citomegalovirus de neonatos con enfermedad congénita. Se utilizó un sistema de PCR semi-anidado para obtener una banda de 293-296 pares de bases, la cual fue analizada por la técnica de Polimorfismo conformacional de banda simple (PCBS) y secuenciada para determinar los patrones genéticos polimórficos y los genotipos, respectivamente. La mayor diversidad polimórfica se encontró en los pacientes con SIDA con 14 patrones diferentes mientras que en los niños con trastornos hemato-oncológicos se demostró el mismo patrón en el 56% de los casos, sugiriendo una posible infección nosocomial en este grupo. En los neonatos se encontraron tres genotipos (gB1, gB2, gB3) mientras que en los pacientes con SIDA y en los donadores de sangre solo se demostró el gB2. En las muestras analizadas se determinaron los genotipos gB1, gB2 y gB3 y el gB2 se determinó en el 73% de los casos, no se detectaron infecciones mixtas. Los resultados de este trabajo indican que la técnica del PCBS puede ser una herramienta importante para detectar el citomegalovirus humano en infecciones intrahospitalarias y se sugiere la importancia de incluir poblaciones de estudio adicionales para determinar mejor la diversidad genética y su prevalencia

Estudio de mutantes resistentes a los antiretrovirales en pacientes con VIH con falla terapeutica y efecto de los factores de riesgo en el tratamiento

INTRODUCTION: Information about HIV phenotypes of resistant to available ART and the influence of different risk factors on virological failures (VF) in Costa Rican HIV positive patients prior or during HAART is unknown. MATERIALS AND METHODS: Eighty nine samples, 72 VF and 17 basal (before treatment) were analyzed by examining resistant mutants in reverse transcriptase (RT) and protease (PT) regions using Trugene or LIPA genotyping kits. Sixty eight control patients were selected and relevant information was collected in a questionnaire. RESULTS: Poor adherence, presence of resistant mutations and number of treatment's changes were the only significant factors found (p = 0.006, 0.04 and 0.01 respectively). From 66 sequenced samples, 78%, 50% and 50% showed resistance to NRTI (nucleoside reverse transcriptase inhibitors), NNRT (non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors) and PI (protease inhibitors), respectively. The most frequent mutations were M41L, M184V, and T215FY in RT and L62PI, L10FIRV and M36I in PT. DISCUSSION: The most important factor related to treatment response in this study was adherence to treatment. Mutations in RT were related to the treatment failure while the ones found in PT were secondary mutations which have been previously described to influence the selection of primary resistance mutations in these regions. The study reveals the urgency to detect resistant mutations in VF to be considered by physicians for selection of treatment schedule, to analyze basal HIV patients for monitoring of the spread of resistant mutations and the importance to reinforce the adherence in the patients for overall treatment outcome.En Costa Rica no se tiene información a cerca de genotipos de resistencia para los tratamientos anti-retrovirales disponibles y la influencia de diferentes factores de riego en la falla virológica (FV) de pacientes VIH positivos previo o durante su tratamiento. Ochenta y nueve muestras, 72 FV y 17 basales, fueron analizadas con Trugene o LIPA para la detección de mutantes de resistencia en la transcriptasa reversa (TR) y en la proteasa (PT) del VIH. Se seleccionaron sesenta y ocho controles y se recolectó información relevante en un cuestionario. La mala adherencia, la presencia de mutaciones y el número de cambios de tratamiento fueron los únicos factores con significancia encontrados. (p = 0.03, 0.04 and 0.04 respectively). De 66 muestras secuenciadas, 78%, 50% y 50% mostraron resistencia a los inhibidores análogos y no análogos de nucleótidos para la TR y la PT respectivamente. La mutaciones más frecuentes fueron M41L, M184V, y T215FY en la TR y L62PI, L10FIRV y M36I en la PT. La adherencia fue el factor más importante relacionado con la respuesta al tratamiento. Las mutaciones encontradas en la TR estaban relacionadas al tratamiento mientras que las de la PT fueron mutaciones secundarias que propician la aparición de las mutaciones asociadas a resistencia en esa región. Este estudio revela la necesidad de detectar mutantes de resistencia en pacientes con FV y de estudiar las muestras basales. Además la importancia de reforzar la adherencia en los pacientes para una mejor respuesta al tratamiento

Seroprevalencia de los virus de las Hepatitis A y B en grupos etarios de Costa Rica

Justificación y Objetivos: Debido a la persistencia de casos y brotes de hepatitis viral A y B en el país, junto con la observación de un aumento importante de infecciones por el tipo A en la población de adultos, se planteó la necesidad de establecer la prevalencia de estos dos tipos de hepatitis en diferentes grupos etarios en nuestro país. Métodos: La seroprevalencia de los virus de la hepatitis A (VHA) y de hepatitis B (VHB), fueron investigadas en 873 muestras de niños pre-escolares menores de 7 años de la encuesta nacional de nutrición en 1996, 614 niños escolares de 9 a 15 años de una encuesta de nutrición de la Universidad de Costa Rica realizada en 1997 y 996 muestras de adultos, estudiantes y funcionarios de esta misma universidad recolectadas en 1994. Las muestras se analizaron por anticuerpos totales contra el VHA (anti-VHA total), VHB antígeno de superficie (HBsAg)y anticuerpos totales contra la proteína del núcleo o "core" (anti-HBc total). Resultados: Se encontró un 6,8%, 13,2% y 71,7% de anti-VHA total en los preescolares, escolares y adultos, respectivamente, con una creciente prevalencia en relación con la edad. La presencia de estos anticuerpos en los escolares estuvo asociada con la escolaridad de los padres y su condición socioeconómica, siendo mayor cuando los padresa tenían un menor nivel de escolaridad (24% con secundaria incompleta versus 7,6% con nivel educativo superior) y entre padres sin capacitación técnica o profesionales ( 16% versus 8,7% en los padres con estudios superiores). También se encontró una diferencia en la prevalencia de anti-VHA entre estudiantes de escuelas públicas (19,5%) versus privadas (6,9%). En los preescolares, el único grupo con representación estadística geográfica, la provincia de Guanacaste presentó un riesgo de 2 a 3 veces mayor de tener anticuerpos contra el VHA (21%) que los niños procedentes de otras provincias, lo cual es concordante con los datos relacionados con condiciones socioeconómicas más bajas, falta de agua potable, letrinizaci{on y hacinamiento en las áreas rurales. En cuanto a los marcadores de VHB, se encontró una prevalencia de 0,5%, 0,2% y 0,2% para HBsAg y 2,8%, 0,3% y 4,0% para el anti-HBc total en preescolares, escolares y adultos, respectivamente. No hubo ninguna relación entre las condiciones socioeconómicas o la edad, para estas prevalencias, pero el anti-HBc fue más alto en los hombres (6,9% en hombres y 2,3% en mujeres). Conclusiones: Al comparar los datos obtenidos en décadas anteriores en Costa Rica sobre estos dos tipos de hepatitis se encontró que la hepatitis B, sigue teniendo un patrón epidemiológico similar de baja prevalencia, mientras que la hepatitis A presentó un cambio de patrón durante la infancia, al pasar de una prevalencia alta a una intermedia a baja. Este cambio requiere de una intervención oportuna para evitar brotes epidémicos y un aumento en el número de casos severos en jóvenes y adultos.Justification and objectives: Due to persistence of acute cases and outbreaks of viral hepatitis A and B in our country and the observation of an important increase of type A infections in the adult population, it was considered necessary to establish the prevalence of these two types of hepatitis in different age groups in our country. Methods: Seroprevalence of viral hepatitis A (HAV) and viral hepatitis B (HBV), was studied in a population which included 873 pre-scholar children <7 years from a national nutritional survey in 1996; 614 scholar children 9-15 years from a national nutritional survey carried out by the University of Costa Rica during 1996 and 1997, and 996 samples from students and personnel from this same university collected during 1994. These samples were analyzed for total antibodies to HAV (anti-HAV total), HBV surface antigen (HBsAg) and total antibodies against core (anti-HBc total). Results: The percentage of anti-HAV was established to be 6.8%, 13.2% and 71.7% for the pre-scholar children, scholars and adults, respectively, with an increasing prevalence related to age. The presence of antibodies in the “scholar group” was associated with education level of the parents and their socioeconomic status; being higher for parents with a lower education level (24% with incomplete high school versus 7.6% with higher education level) and among parents without technical or professional training (16% versus 8.7% in the parents with higher education level). Also, it was a difference between the presence of anti-HAV among students from public schools (19.5%) versus private schools (6.9%). In the prescholar children, which was the only group with geographic statistical significance, the province of Guanacaste showed a 2-3 times higher risk to have HAV antibodies (21%) than in children from other provinces. This is in concordance with data related to low socio-economical status, lack of potable water and poor sanitary conditions. The study showed a prevalence of HBV markers to be 0.5%, 0.2% and 0.2% for HBsAg, and 2.8%, 0.3% and 4.0% for anti-HBc in pre-scholars, scholars and adults, respectively. There was no relationship between the socioeconomic status or age, with these prevalences; but the anti-HBc was found to be higher in men (6.9% in men and 2.3% in women). Conclusions: When comparing the data obtained in earlier decades in Costa Rica for these two types of hepatitis, it was found that hepatitis B continues to have a similar epidemiological pattern with a low prevalence, while hepatitis A changed the pattern during childhood from a high prevalence to an intermediate to low prevalence. This change requires an adequate intervention to avoid epidemic outbreaks and increase in the number of severe cases in the young and adult population.UCR::Vicerrectoría de Docencia::Salud::Facultad de Microbiologí

Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools Variabilidad de secuencias genómicas parciales del VIH-1 en pacientes costarricenses: análisis con diferentes herramientas bioinformáticas

OBJECTIVE: To estimate subtype and genomic variability in the HIV pol gene of Costa Rican patients by using different bioinformatics tools and to use this information to establish new policies to better manage these patients. METHODS: A total of 113 pol sequences available from Costa Rican patients under highly active antiretroviral therapy were analyzed by using the Genotyping, REGA, Stanford, and MEGA programs. The pol sequences came from 77 virologic failures (VF) and 36 basal samples (BS). Of the 77 VF, 22 also were sequenced in the env region. RESULTS: No major differences were found among the variables studied. However, there was a tendency for more variability in VF patients with a high baseline viral load. In the pol gene, 75%-83% of BS and 66%-75% of VF samples were pure B subtype by Genotyping and REGA, respectively. The other samples presented variations related mainly to circulating recombinant form CRF12 by genotyping or to CRF17 or -29 by phylogenetic analysis or a new possible BD recombinant with all programs. In the Stanford program, all variable samples showed a subtype B with high polymorphism. The variability in the env sequences was lower than that in the pol region. CONCLUSION: The B subtype is predominant in Costa Rican HIV-positive patients. There is high variability within sequences with potential recombination between B and F or D subtypes. The BD recombinant has not been previously reported. This high variability is likely the result of possible recombinant events, nonadherence to antiretroviral therapy, sexual intercourse without protection, and many sexual partners. Similar studies should be done in other countries in the Region, in particular in those places with extensive immigration, in order to decrease the possibility of virus variability as well as the cost of antiretroviral therapy.OBJETIVOS: Determinar el subtipo y la variabilidad genómica del gen pol del VIH de pacientes costarricenses mediante diferentes herramientas bioinformáticas y el uso de esta información para establecer nuevas políticas para mejorar el diagnóstico y el tratamiento de estos pacientes. MÉTODOS: Se analizaron 113 secuencias del gen pol de pacientes costarricenses bajo tratamiento antirretrovírico de gran actividad mediante cuatro programas: Genotyping, REGA, Stanford y MEGA. Las secuencias pol analizadas provenían de 77 casos considerados fracasos virológicos (FV) y 36 muestras iniciales (MI). También se secuenció la región env de 22 de los 77 FV. RESULTADOS: No se encontraron diferencias importantes entre las variables estudiadas. No obstante, se observó una tendencia a una mayor variabilidad en los pacientes FV que tenían una elevada carga viral inicial. Con respecto al gen pol, 77-83% de las MI y 66-75% de las muestras de los FV eran del subtipo B puro según Genotyping y REGA, respectivamente. Las otras muestras presentaron variaciones relacionadas principalmente con la forma recombinante en circulación CRF-12 según Genotyping, con la CRF-17 o la CRF-29 según el análisis filogenético, o una nueva posible forma recombinante BD según todos los programas. Con el programa Stanford, todas las muestras variables reflejaron un subtipo B con elevado polimorfismo. La variabilidad de la secuencia env fue menor que la de la región pol. CONCLUSIONES: El subtipo B fue el predominante en los pacientes positivos al VIH en Costa Rica. Existe una alta variabilidad en las secuencias con una posible recombinación entre los subtipos B, y F o D. La forma recombinante BD no se había notificado antes. Esta elevada variabilidad parece ser el resultado de posibles eventos de recombinación, la falta de adhesión al tratamiento antirretrovírico, las relaciones sexuales sin protección y numerosas parejas sexuales. Se deben emprender estudios similares en otros países de la Región, en particular en los lugares con mucha inmigración, para reducir tanto la posibilidad de que el virus varíe como el costo del tratamiento antirretrovírico