A large outbreak of COVID-19 linked to an end of term trip to Menorca (Spain) by secondary school students in summer 2021

Coronavirus SARS-CoV-2; COVID-19; 2019-nCov; Joves; BrotCoronavirus SARS-CoV-2; COVID-19; 2019-nCov; Jóvenes; BroteCoronavirus SARS-CoV-2; COVID-19; 2019-nCov; Youths; OutbreakBackground: An outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) occurred in young people from Catalonia (Spain) who travelled to Menorca (Spain) in summer 2021. This outbreak appeared when governments relaxed Covid-19 preventive measures: the mask usage and the opening of nightlife. It was related to a super-disseminating mass event: Sant Joan festivities in Ciutadella. The aim of this article is to describe an outbreak of COVID-19 in young people aged 17–19 years from Catalonia travelling to Menorca. Methods: This is an observational study of a COVID-19 outbreak. The study population comprised Catalonian youth aged 17–19 years who travelled to Menorca from 15 June to 10 July. Epidemiological descriptive indicators were obtained. Descriptive and geographical statistics were carried out. Bivariate Moran’s I test was used to identify spatial autocorrelation between the place of residence and deprivation. The outbreak control method was based on identifying and stopping chains of transmission by implementing the test-trace-isolate-quarantine (TTIQ) strategy. Results: We identified 515 confirmed cases infected in Menorca, 296 (57.5%) in girls and 219 (42.5%) in boys, with a total of 2,280 close contacts. Of them, 245 (10.7%) were confirmed as cases. The cases were diagnosed between 15 June and 10 July. None of the persons with confirmed infection died or required hospitalisation. The attack rate was 27.2%. There was an inverse relationship between deprivation and number of confirmed cases (p<0.005), there were clusters of confirmed cases in the most socioeconomic favoured areas. Discussion: The outbreak is related with young people from socioeconomic favoured areas who travelled to Menorca in summer 2021. Failure to comply with preventive measures in binge-drinking events and during holidays may have favoured SARS-CoV-2 transmission. The interauthority coordination and establishment of a clear line of leadership allowed continuous communication between institutions, which were key to managing this complex COVID-19 outbreak

Implementació d’un programa de clusterització de proteïnes basat en la similitud de seqüència i aplicat en la caracterització dels receptors CD300

Curs 2018-2019L’augment exponencial de dades obtingudes en biologia molecular degut a la implementació de tècniques d’alt rendiment ha impulsat la necessitat de desenvolupar mètodes que permetin el tractament i organització d’aquestes. Les biomolècules més abundants en l’organisme són les proteïnes i, degut a l’interès que desperten, s’obté d’elles una gran quantitat d’informació que ha esdevingut en un desenvolupament d’eines que en permeten l’anàlisi i el tractament. Un tipus de tractament consisteix en l’agrupament per similitud de seqüència, el qual ens permet associar potencials característiques a una proteïna de la qual només se’n coneix la seqüència, mitjançant la similitud amb altres biomolècules d’aquest grup ja conegudes. Aquesta associació es basa en el fet que seqüències similars semblen esdevenir en estructures semblants, les quals determinen la funció de la proteïna. L’objectiu d’aquest treball és implementar una eina informàtica que permeti agrupar les proteïnes en base a aquesta similitud per tal de generar Xarxes de Similitud de Seqüència. Per crear-la, s’ha utilitzat el llenguatge de programació Python per generar un script que pren com a input inicial un conjunt de seqüències i genera un fitxer que permet visualitzar-se, usant el software Cytoscape, com una xarxa basada en un llindar de similitud que adjudica l’usuari. S’ha fet una prova inicial per estudiar el funcionament d’aquesta eina amb la família de receptors CD300, un conjunt molècules interessants pel Laboratori de Bioquímica i Biofísica Computacional (CBBL), on s’ha dut a terme aquest treball. Com ha resultat s’ha obtingut una eina informàtica que permet treballar amb un nombre elevat de seqüències suposant un baix cost computacional gràcies a que treballa amb alineaments per parelles i que, aplicada a la família CD300 dona resultats molt similars als obtinguts mitjançat arbres filogènics. L’avantatge que presenta és que, al tractar-se d’un script generat de novo, permet futures implementacions de metadata, gràcies a les qual també es podrien classificar les molècules segons la seva funció, entre d’altres